| |
|
|
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Semiárido. |
|
Data corrente: |
07/01/2022 |
|
Data da última atualização: |
22/08/2023 |
|
Tipo da produção científica: |
Orientação de Tese de Pós-Graduação |
|
Autoria: |
MEDEIROS, F. L. B. |
|
Afiliação: |
FLÁVIA LAYSE BELÉM MEDEIROS. |
|
Título: |
Desenvolvimento de mapas genéticos e físicos com base em SNPs em Psidium guajava e triagem in silico de loci microssatélites de goiabeira para transferibilidade em Eucalyptus globulus. |
|
Ano de publicação: |
2021 |
|
Fonte/Imprenta: |
2021 |
|
Páginas: |
117 f. |
|
Idioma: |
Português |
|
Notas: |
Dissertação (Mestrado em Agronomia - Melhoramento Genético de Plantas) - Universidade Federal Rural de Pernambuco, Recife. Orientada por Carlos Antonio Fernandes Santos, Embrapa Semiárido. |
|
Conteúdo: |
A goiabeira (Psidium guajava) é conhecida mundialmente pela facilidade de manejo, riqueza nutricional e versatilidade em consumo. Apesar de seu mercado em expansão, ainda é uma espécie pouco estudada do ponto de vista molecular, sendo importante o fomento de estudos que possibilitem a aplicação de seleção assistida por marcadores na espécie. Neste sentido, este trabalho teve com objetivos: 1) desenvolver e comparar mapas genéticos e físicos com base em SNPs de Eucalyptus para P. guajava e 2) propor a utilização da ferramenta BLAST para a triagem in silico de sequências microssatélites (SSR) de P. guajava para E. globulus, de forma a orientar estudos de transferibilidade. O material vegetal utilizado de goiabeira foi oriundo do cruzamento das cultivares Pedro Sato × Goiabeira Roxa (PSR), disponível na Embrapa Semiárido, Petrolina, PE. Folhas novas e sadias de ambas as espécies foram coletadas, devidamente identificadas, e acondicionadas em isopor para transporte ao laboratório, onde as extrações de DNA foram realizadas de acordo com o protocolo CTAB 2x modificado com uma pré-lavagem de sorbitol. A quantificação do DNA foi realizada por espectrofotometria, utilizando a placa Microdrop na faixa de absorbância a 260 nm. Após quantificação, as amostras foram diluídas para concentração de trabalho de 60 ng/µL (P. guajava) e 20 ng/µL (E. deglupta) e armazenadas a -20ºC. A genotipagem de 112 progênies da população de PSR foi efetuada com o Euchip60K de Eucalyptus. A análise de ligação realizada no JoinMap 4.0 considerou um LOD score de 5,0 a 12, enquanto no programa GACD considerou LOD de 8,0. O mapa físico foi ordenado em cromossomos da goiabeira considerando o alinhamento de sequências dos SNPs de Eucalyptus (query) e o genoma da goiabeira (subject), estimando as posições dos marcadores através do Blastn, com e-value < E-10 . O JoinMap 4.0 gerou um mapa de 1.405,2 cM e o mapa GACD 1.392,7 cM. Os mapas gerados apresentaram grupos com segmentos de vários cromossomos, quando comparados com o mapa físico, indicando limitações. O GACD apresentou maior limitação em relação ao JoinMap 4.0, ao separar os marcadores de acordo com sua origem parental. O mapa físico gerado com Blastn, e-values variando de 8xE-10 a 1,15xE-26, cobriu 434,88 Mb, com distâncias médias de 0,62 Mb, sendo referência para estudos de mapeamento e estimativas de QTLs em goiabeira. Para a triagem in silico foram alinhadas sequencias de 23 clones de SSR para P. guajava (query) contra o genoma completo de E. globulus (subject.) através do Blastn optimização MEGABLAST e em seguida selecionadas aquelas com e-value < 1e−20 . Foram avaliados primers de 140 loci disponibilizados pelo projeto GuavaMap, com base no e-value < 1.7 e proximidade entre as sequências forward e reverse (máximo de 300 nucleotídeos de distância). Das 23 sequências avaliadas 39% apresentaram alinhamentos significativos, com identidade média das sequências de 87%. Dos loci GuavaMap somente três, 2,1%, apresentaram alinhamentos significativos. Os loci SSR com resultados significativos no BLAST amplificaram em gel de poliacrilamida, enquanto os loci que não apresentaram ?hits? ou e-value no Blastn também não produziram amplicons in vitro. Desta forma, a triagem in silico demonstrou ser efetiva para orientar estudos genômicos entre as duas espécies, reduzindo custos e tempo. MenosA goiabeira (Psidium guajava) é conhecida mundialmente pela facilidade de manejo, riqueza nutricional e versatilidade em consumo. Apesar de seu mercado em expansão, ainda é uma espécie pouco estudada do ponto de vista molecular, sendo importante o fomento de estudos que possibilitem a aplicação de seleção assistida por marcadores na espécie. Neste sentido, este trabalho teve com objetivos: 1) desenvolver e comparar mapas genéticos e físicos com base em SNPs de Eucalyptus para P. guajava e 2) propor a utilização da ferramenta BLAST para a triagem in silico de sequências microssatélites (SSR) de P. guajava para E. globulus, de forma a orientar estudos de transferibilidade. O material vegetal utilizado de goiabeira foi oriundo do cruzamento das cultivares Pedro Sato × Goiabeira Roxa (PSR), disponível na Embrapa Semiárido, Petrolina, PE. Folhas novas e sadias de ambas as espécies foram coletadas, devidamente identificadas, e acondicionadas em isopor para transporte ao laboratório, onde as extrações de DNA foram realizadas de acordo com o protocolo CTAB 2x modificado com uma pré-lavagem de sorbitol. A quantificação do DNA foi realizada por espectrofotometria, utilizando a placa Microdrop na faixa de absorbância a 260 nm. Após quantificação, as amostras foram diluídas para concentração de trabalho de 60 ng/µL (P. guajava) e 20 ng/µL (E. deglupta) e armazenadas a -20ºC. A genotipagem de 112 progênies da população de PSR foi efetuada com o Euchip60K de Eucalyptus. A análise de ligaç... Mostrar Tudo |
|
Palavras-Chave: |
Extração de DNA; GACD; Goiabeira; GuavaMap; Mapa genético. |
|
Thesagro: |
DNA; Goiaba; Seleção Genética. |
|
Thesaurus Nal: |
Guavas; Molecular genetics; Plant genetics. |
|
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/230079/1/MEDEIROS.-Desenvolvimento-de-mapas-geneticos.2021.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 04404nam a2200265 a 4500
001 2138878
005 2023-08-22
008 2021 bl uuuu m 00u1 u #d
100 1 $aMEDEIROS, F. L. B.
245 $aDesenvolvimento de mapas genéticos e físicos com base em SNPs em Psidium guajava e triagem in silico de loci microssatélites de goiabeira para transferibilidade em Eucalyptus globulus.$h[electronic resource]
260 $a2021$c2021
300 $a117 f.
500 $aDissertação (Mestrado em Agronomia - Melhoramento Genético de Plantas) - Universidade Federal Rural de Pernambuco, Recife. Orientada por Carlos Antonio Fernandes Santos, Embrapa Semiárido.
520 $aA goiabeira (Psidium guajava) é conhecida mundialmente pela facilidade de manejo, riqueza nutricional e versatilidade em consumo. Apesar de seu mercado em expansão, ainda é uma espécie pouco estudada do ponto de vista molecular, sendo importante o fomento de estudos que possibilitem a aplicação de seleção assistida por marcadores na espécie. Neste sentido, este trabalho teve com objetivos: 1) desenvolver e comparar mapas genéticos e físicos com base em SNPs de Eucalyptus para P. guajava e 2) propor a utilização da ferramenta BLAST para a triagem in silico de sequências microssatélites (SSR) de P. guajava para E. globulus, de forma a orientar estudos de transferibilidade. O material vegetal utilizado de goiabeira foi oriundo do cruzamento das cultivares Pedro Sato × Goiabeira Roxa (PSR), disponível na Embrapa Semiárido, Petrolina, PE. Folhas novas e sadias de ambas as espécies foram coletadas, devidamente identificadas, e acondicionadas em isopor para transporte ao laboratório, onde as extrações de DNA foram realizadas de acordo com o protocolo CTAB 2x modificado com uma pré-lavagem de sorbitol. A quantificação do DNA foi realizada por espectrofotometria, utilizando a placa Microdrop na faixa de absorbância a 260 nm. Após quantificação, as amostras foram diluídas para concentração de trabalho de 60 ng/µL (P. guajava) e 20 ng/µL (E. deglupta) e armazenadas a -20ºC. A genotipagem de 112 progênies da população de PSR foi efetuada com o Euchip60K de Eucalyptus. A análise de ligação realizada no JoinMap 4.0 considerou um LOD score de 5,0 a 12, enquanto no programa GACD considerou LOD de 8,0. O mapa físico foi ordenado em cromossomos da goiabeira considerando o alinhamento de sequências dos SNPs de Eucalyptus (query) e o genoma da goiabeira (subject), estimando as posições dos marcadores através do Blastn, com e-value < E-10 . O JoinMap 4.0 gerou um mapa de 1.405,2 cM e o mapa GACD 1.392,7 cM. Os mapas gerados apresentaram grupos com segmentos de vários cromossomos, quando comparados com o mapa físico, indicando limitações. O GACD apresentou maior limitação em relação ao JoinMap 4.0, ao separar os marcadores de acordo com sua origem parental. O mapa físico gerado com Blastn, e-values variando de 8xE-10 a 1,15xE-26, cobriu 434,88 Mb, com distâncias médias de 0,62 Mb, sendo referência para estudos de mapeamento e estimativas de QTLs em goiabeira. Para a triagem in silico foram alinhadas sequencias de 23 clones de SSR para P. guajava (query) contra o genoma completo de E. globulus (subject.) através do Blastn optimização MEGABLAST e em seguida selecionadas aquelas com e-value < 1e−20 . Foram avaliados primers de 140 loci disponibilizados pelo projeto GuavaMap, com base no e-value < 1.7 e proximidade entre as sequências forward e reverse (máximo de 300 nucleotídeos de distância). Das 23 sequências avaliadas 39% apresentaram alinhamentos significativos, com identidade média das sequências de 87%. Dos loci GuavaMap somente três, 2,1%, apresentaram alinhamentos significativos. Os loci SSR com resultados significativos no BLAST amplificaram em gel de poliacrilamida, enquanto os loci que não apresentaram ?hits? ou e-value no Blastn também não produziram amplicons in vitro. Desta forma, a triagem in silico demonstrou ser efetiva para orientar estudos genômicos entre as duas espécies, reduzindo custos e tempo.
650 $aGuavas
650 $aMolecular genetics
650 $aPlant genetics
650 $aDNA
650 $aGoiaba
650 $aSeleção Genética
653 $aExtração de DNA
653 $aGACD
653 $aGoiabeira
653 $aGuavaMap
653 $aMapa genético
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Semiárido (CPATSA) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 297 | |
| 65. |  | AGUIAR, R. A.; SILVEIRA, P. M.; MOREIRA, J. A. A.; BERNARDES, T. G. Efeito de plantas de cobertura do solo, cultivares e doses de nitrogênio na produtividade de milho. In: CONGRESSO DE PESQUISA, ENSINO E EXTENSÃO, 4., 2007, Goiânia. Ciência, educação e compromisso social: anais... Goiânia: Universidade Federal de Goiás, 2007. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
|    |
| 68. | | STONE, L. F.; PORTES, T. A. de; MOREIRA, J. A. A. Efeitos da tensão da água do solo sobre a produtividade e o crescimento do feijoeiro. II. Crescimento. In: REUNIÃO SOBRE FEIJÃO IRRIGADO (GO, DF, MG, ES, SP, RJ), 1., 1988, Goiânia. Anais. Goiânia: EMBRAPA-CNPAF, 1990. p. 112. (EMBRAPA-CNPAF. Documentos, 27).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
| |
| 70. | | STONE, L. F.; MOREIRA, J. A. A.; SILVA, S. C. da. Efeitos da tensão da água do solo sobre a produtividade e o crescimento do feijoeiro. I. Produtividade. In: REUNIÃO SOBRE FEIJÃO IRRIGADO (GO, DF, MG, ES, SP, RJ), 1., 1988, Goiânia. Anais. Goiânia: EMBRAPA-CNPAF, 1990. p. 111. (EMBRAPA-CNPAF. Documentos, 27).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
| |
| 74. | | STONE, L. F.; MOREIRA, J. A. A.; PINHEIRO, B. da S.; OLIVEIRA, I. P. de. Consumo de água da consorciação arroz de terras altas Brachiaria brizantha em comparação com o arroz solteiro. In: CONGRESSO DA CADEIA PRODUTIVA DE ARROZ, 1.; REUNIÃO NACIONAL DE PESQUISA DE ARROZ - RENAPA, 7., 2002, Florianópolis. Anais... Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2002. p. 328-330. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 134).| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
| |
| 78. | | MOREIRA, J. A. A.; CARVALHO, M. T. M.; DIDONET, A. D.; STONE, L. F. Crescimento e produtividade de milho para o consumo in natura cultivado em sucessão a diferentes plantas de cobertura do solo. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 26.; SIMPÓSIO BRASILEIRO SOBRE A LAGARTA-DO-CARTUCHO, SPODOPTERA FRUGIPERDA, 2.; SIMPÓSIO SOBRE COLLETOTRICHUM GRAMINICOLA, 1., 2006, Belo Horizonte, Inovação para sistemas integrados de produção: trabalhos apresentados. {Sete Lagoas}: ABMS, 2006. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
| |
| 79. | | MOREIRA, J. A. A.; CORCIOLI, G.; DIDONET, A. D.; SILVA, N. F. Crescimento e produtividade de milho cultivado no sistema de preparo convencional de solo em sucessão a diferentes espécies de adubos verdes. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 26.; SIMPÓSIO BRASILEIRO SOBRE A LAGARTA-DO-CARTUCHO, SPODOPTERA FRUGIPERDA, 2.; SIMPÓSIO SOBRE COLLETOTRICHUM GRAMINICOLA, 1., 2006, Belo Horizonte, Inovação para sistemas integrados de produção: trabalhos apresentados. {Sete Lagoas}: ABMS, 2006. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
| |
| Registros recuperados : 297 | |
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
