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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
Data corrente: |
27/02/2008 |
Data da última atualização: |
16/01/2020 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
Autoria: |
NARCISO, M. G.; NESHICH, G.; YAMAGISHI, M. E. B.; FALCÃO, P.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I. |
Afiliação: |
MARCELO GONCALVES NARCISO, CNPTIA; GORAN NESIC, CNPTIA; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; PAULA REGINA KUSER FALCAO, CNPTIA; EDGARD HENRIQUE DOS SANTOS, CNPTIA; FÁBIO DANILO VIEIRA, CNPTIA; JOSÉ GILBERTO JARDINE, CNPTIA; IVAN MAZONI, CNPTIA. |
Título: |
Aspectos computacionais da análise da co-evolução de aminoácidos que pertencem a uma proteína qualquer usando o software Sting. |
Ano de publicação: |
2006 |
Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO DE COMPUTAÇÃO DO SUL DE MATO GROSSO, 2., 2006, Rondonópolis. Computação e educação: anais. Rondonópolis: UFMT, 2006. |
Páginas: |
p. 166-175. |
Idioma: |
Português |
Notas: |
COMPSULMT 2006. |
Conteúdo: |
Este artigo descreve um dos recursos do software Sting, que se trata da análise da co-evolução em um alinhamento de aminoácidos. Basicamente, os aminoácidos mais importantes para a proteína, em termos de funcionalidade e estrutura, são os que co-evoluem. Para verificar a co-evolução de um aminoácido em relação aos demais, é feito um calculo estatístico, o qual mede a co-evolução de cada aminoácido na cadeia. Este cálculo de co-evolução, bem como o software que mostram os resultados, é o objetivo deste trabalho. |
Palavras-Chave: |
Bioinformática; Co-evolução de aminoácidos; Software Sting. |
Thesagro: |
Aminoácido; Proteína. |
Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; Proteins. |
Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
Marc: |
LEADER 01526nam a2200301 a 4500 001 1004702 005 2020-01-16 008 2006 bl uuuu u00u1 u #d 100 1 $aNARCISO, M. G. 245 $aAspectos computacionais da análise da co-evolução de aminoácidos que pertencem a uma proteína qualquer usando o software Sting.$h[electronic resource] 260 $aIn: CONGRESSO DE COMPUTAÇÃO DO SUL DE MATO GROSSO, 2., 2006, Rondonópolis. Computação e educação: anais. Rondonópolis: UFMT$c2006 300 $ap. 166-175. 500 $aCOMPSULMT 2006. 520 $aEste artigo descreve um dos recursos do software Sting, que se trata da análise da co-evolução em um alinhamento de aminoácidos. Basicamente, os aminoácidos mais importantes para a proteína, em termos de funcionalidade e estrutura, são os que co-evoluem. Para verificar a co-evolução de um aminoácido em relação aos demais, é feito um calculo estatístico, o qual mede a co-evolução de cada aminoácido na cadeia. Este cálculo de co-evolução, bem como o software que mostram os resultados, é o objetivo deste trabalho. 650 $aBioinformatics 650 $aProteins 650 $aAminoácido 650 $aProteína 653 $aBioinformática 653 $aCo-evolução de aminoácidos 653 $aSoftware Sting 700 1 $aNESHICH, G. 700 1 $aYAMAGISHI, M. E. B. 700 1 $aFALCÃO, P. 700 1 $aSANTOS, E. H. dos 700 1 $aVIEIRA, F. D. 700 1 $aJARDINE, J. G. 700 1 $aMAZONI, I.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Registros recuperados : 77 | |
21. | | MAZONI, I.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Studying structure function relationship of proteins using "remediated" PDB files. In: ANNUAL MEETING OF SBBQ, 37.; CONGRESS OF THE PAN-AMERICAN ASSOCIATION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 11, 2008, Águas de Lindóia. Program and index... Águas de Lindóia, Program and index... Águas de Lindóia: SBBq, 2008. Não paginado. PABMB.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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23. | | TOGAWA, R. C.; RIBEIRO, C.; MAZONI, I.; PELLIGRINELLI, T.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. The table of interface forming residues as the specificity indicator for serine proteases bound to different inhibitors. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS & COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2008, Georgia. Las Vegas Nevada: CSREA, 2008, p. 811-817. BIOCOMP 2008. WORLDCOMP'08Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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24. | | MAZONI, I.; BORRO, L. C.; JARDINE, J. G.; YANO, I. H.; SALIM, J. A.; NESHICH, G. Study of specific nanoenvironments containing [alfa]-helices in all-[alfa] and ([alfa]+[beta])+([alfa]/[beta]) proteins. Plos One, v. 13, n. 7, p. 1-25, 2018. Artigo e0200018.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Territorial. |
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26. | | JARDINE, J. G.; NESHICH, I. A. P.; MORAES, F. R. de; MAZONI, I.; MANCINI, A.; SALIM, J. A.; NESHICH, G. Generation of lipase B mutants with increased surface hydrophobicity in order to improve biodiesel catalysis. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não paginado. X-Meeting 2009.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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27. | | SALIM, J. A.; MAZONI, I.; MANCINI, A. L.; MORAES, F. R.; JARDINE, J. G.; NESHICH, I. P.; NESHICH, G. MSSP: a web-based application for analysis of selected parameter from multiple structures in a graphical manner. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não paginado. X-Meeting 2009.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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29. | | JARDINE, J. G.; NESHICH, G.; MAZONI, I.; MARTINS, D.; MARANGONI, S.; NOVELLO, J. C.; GATTAZ, W. F.; DIAS-NETO, E. Molecular modeling and structural analysis of the Myelin basic protein-Q65ZS4. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 3., 2007, São Paulo. Proceedings... Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2007. p. 138. X-meeting 2007.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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30. | | NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; SALIM, J. A.; MORAES, F. R. de; NISHIMURA, L.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Pathogenic Prion Proteins (PrP) have higher electrostatic potential pattern than normal cellular prion protein in a specific region. In: ANNUAL MEETING OF THE SBBq, 40., 2011, Foz do Iguaçu. [Proceedings...]. São Paulo, SP: Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2011. Não paginado.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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32. | | NESHICH, I. A. P.; MORAES, F. de; SALIM, J. A.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Size matters: surface hydrophobicity index (SHI) describes the impact of the size of interface area on oligomerization driven by hydrophobic effect. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY; STRUCTURAL BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOPHYSICS MEETING, 8., 2012, Long Beach, California. Abstracts... California: ISMB, 2012. Não paginado. 3Dsig 2012.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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33. | | NESHICH, I. A. P.; MORAES, F. R. de; SALIM, J. A.; MAZONI, I.; MANCINI, A.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Surface hydrophobicity index (SHI): insight into the mechanisms of protein-protein associations. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não paginado. X-Meeting 2009Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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34. | | MAZONI, I.; SALIM, J. A; NESHICH, I. A. P.; MORAES, F. R. de; NISHIMURA, L.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Structure function relationship de convoluted to a level of physical chemical descriptors: case study - lysozyme / lactalbumine differences. In: ANNUAL MEETING OF THE SBBq, 40., 2011, Foz do Iguaçu. [Proceedings...]. São Paulo, SP: Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2011. Não paginado.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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35. | | NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; QUINAGLIA, T.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; FALCAO, P. R. K.; NESHICH, G. Aspectos computacionais da análise da co-evolução de aminoácidos que pertencem a uma proteína qualquer. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2006. 4 p. (Embrapa Informática Agropecuária. Comunicado técnico, 77). Na publicação: Goran Neshich.Tipo: Comunicado Técnico/Recomendações Técnicas |
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36. | | NARCISO, M. G.; NESHICH, G.; YAMAGISHI, M. E. B.; FALCÃO, P.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I. Aspectos computacionais da análise da co-evolução de aminoácidos que pertencem a uma proteína qualquer usando o software Sting. In: CONGRESSO DE COMPUTAÇÃO DO SUL DE MATO GROSSO, 2., 2006, Rondonópolis. Computação e educação: anais. Rondonópolis: UFMT, 2006. p. 166-175. COMPSULMT 2006.Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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37. | | MAZONI, I.; BORRO, L. C.; MANCINI, A.; SALIM, J. A.; MORAES, F. R.; JARDINE, J. G.; NESHICH, I. P.; NESHICH, G. Computational analysis of the secondary structure elements based on the physical chemical and geometrical descriptors and statistics data. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não paginado X-Meeting 2009.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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38. | | SALIM, J. A.; VON ZUBEN, F. J.; MORAES, F. R. de; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; JARDINE, J.; NESHICH, G. Characterization of catalytic site residues using STING_DB structural descriptors. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY; STRUCTURAL BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOPHYSICS CONFERENCE MEETING, 8., 2012, Long Beach, California. Abstracts... California: ISCB, 2012. Não paginado. Poster. 3DSIG 2012.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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39. | | MAZONI, I.; FALCÃO, P. R. K.; YAMAGISHI, M.; BORRO, L.; JARDINE, J. G.; SANTOS, E. H. dos; OLIVEIRA, S. R. de M.; NESHICH, G.; NARCISO, M. G. Comparisson of the amino acids co-evolution and the correlated structure descriptors. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-51. Na publicação: Paula Kuser, Stanley R. M. Oliveira, Marcelo Narciso.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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40. | | MAZONI, I.; BORRO, L. C.; MANCINI, A.; SALIM, J. A.; MORAES, F. R.; JARDINE, J. G.; NESHICH, I. A. P.; NESHICH, G. Comparison between physical chemical and geometrical characteristics of the amino acids present in alpha-helices and beta-sheets. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não pagiando. X-Meeting 2009.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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