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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
Data corrente: |
20/04/2006 |
Data da última atualização: |
27/02/2024 |
Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
Autoria: |
NESHICH, G.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; CRUZ, S. A. B. da; MANCINI, A. L.; JARDINE, J. G.; HIGA, R. H. |
Afiliação: |
GORAN NESIC, CNPTIA; PAULA REGINA KUSER FALCAO, CNPTIA; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; STANLEY ROBSON DE MEDEIROS OLIVEIRA, CNPTIA; IVAN MAZONI, CNPTIA; EDGARD HENRIQUE DOS SANTOS, CNPTIA; FABIO DANILO VIEIRA, CNPTIA; SERGIO APARECIDO BRAGA DA CRUZ, CNPTIA; ADAUTO LUIZ MANCINI, CNPTIA; JOSE GILBERTO JARDINE, CNPM; ROBERTO HIROSHI HIGA, CNPTIA. |
Título: |
What makes the active site amino acids so different from the others: defining the structural descriptors specific for activity. |
Ano de publicação: |
2005 |
Fonte/Imprenta: |
In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. |
Páginas: |
p. 149. |
Idioma: |
Inglês |
Notas: |
Na publicação: Paula Kuser, Michel Yamagishi, Stanley Oliveira, Edgard Santos, Fabio Vieira, Sergio Cruz, Adauto Mancini, Roberto Higa. X-meeting 2005. Presented Posters. |
Conteúdo: |
We describe in this paper some of the new features available in Diamond STING Suite. Also, we emphasize here the main difference which continues to work in favor of the STING and separates it from the other servers belonging to this category also available on the Internet - the capability to present the largest number of descriptors for the sequence, structure, function, stability and binding in a concise and visually compelling way, as well as the capability to select/focus for/at those residues which satisfy a user defined parameter/descriptor values. This feature allows that some very interesting and important questions can be answered, such as: Is there a set of parameters (protein structure descriptors) which can define UNIQUELY an amino acid ensemble coinciding with the active site of a given protein or coinciding with amino acids identified experimentally as crucial for the folding / stability. We present here an example where by combining selected ranges for a number of structure parameters we have obtained at the end of a Select procedure an ensemble of which coincides with the critical residues identified experimentally as the activity essential residues for number of protein families. The Select procedure used only few parameters and their numerical values/regions to achieve this objective. |
Palavras-Chave: |
Bioinformática; Descritores. |
Thesagro: |
Aminoácido. |
Thesaurus Nal: |
Amino acids; Bioinformatics. |
Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
Marc: |
LEADER 02526nam a2200313 a 4500 001 1008738 005 2024-02-27 008 2005 bl uuuu u00u1 u #d 100 1 $aNESHICH, G. 245 $aWhat makes the active site amino acids so different from the others$bdefining the structural descriptors specific for activity.$h[electronic resource] 260 $aIn: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional$c2005 300 $ap. 149. 500 $aNa publicação: Paula Kuser, Michel Yamagishi, Stanley Oliveira, Edgard Santos, Fabio Vieira, Sergio Cruz, Adauto Mancini, Roberto Higa. X-meeting 2005. Presented Posters. 520 $aWe describe in this paper some of the new features available in Diamond STING Suite. Also, we emphasize here the main difference which continues to work in favor of the STING and separates it from the other servers belonging to this category also available on the Internet - the capability to present the largest number of descriptors for the sequence, structure, function, stability and binding in a concise and visually compelling way, as well as the capability to select/focus for/at those residues which satisfy a user defined parameter/descriptor values. This feature allows that some very interesting and important questions can be answered, such as: Is there a set of parameters (protein structure descriptors) which can define UNIQUELY an amino acid ensemble coinciding with the active site of a given protein or coinciding with amino acids identified experimentally as crucial for the folding / stability. We present here an example where by combining selected ranges for a number of structure parameters we have obtained at the end of a Select procedure an ensemble of which coincides with the critical residues identified experimentally as the activity essential residues for number of protein families. The Select procedure used only few parameters and their numerical values/regions to achieve this objective. 650 $aAmino acids 650 $aBioinformatics 650 $aAminoácido 653 $aBioinformática 653 $aDescritores 700 1 $aFALCAO, P. R. K. 700 1 $aYAMAGISHI, M. E. B. 700 1 $aOLIVEIRA, S. R. de M. 700 1 $aMAZONI, I. 700 1 $aSANTOS, E. H. dos 700 1 $aVIEIRA, F. D. 700 1 $aCRUZ, S. A. B. da 700 1 $aMANCINI, A. L. 700 1 $aJARDINE, J. G. 700 1 $aHIGA, R. H.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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62. | | HIGA, R. H.; CRUZ, S. A. B. da; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; FILETO, R.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. Building multiple sequence alignments with a flavor of HSSP alignments. Genetics and Molecular Research, v. 5, n. 1, p. 127-137, 2006.Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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65. | | TRASPADINI, E. I. F.; PRADO, R. M.; VAZ, G. J.; SILVA, F. C. da; MANCINI, A. L.; SILVA, G. P. da; SANTOS, E. H. dos; WADT, P. G. S. Guia prático para aplicação do método da diagnose da composição nutricional (CND): exemplo de uso na cultura da cana-de-açúcar. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2018. 30 p. (Embrapa Informática Agropecuária. Documentos, 160).Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Rondônia. |
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67. | | YAMAGISHI, M. E. B.; FALCAO, P. R. K.; OLIVEIRA, S. R. de M.; HIGA, R. H.; SANTOS, E. H. dos; MAZONI, I.; VIEIRA, F. D.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. Rotâmeros raros no Java Protein Dossier. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2006. 6 p. (Embrapa Informática Agropecuária. Comunicado técnico, 76).Tipo: Comunicado Técnico/Recomendações Técnicas |
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Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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71. | | NESHICH, G.; MANCINI, A. L.; YAMAGISHI, M. E. B.; FALCAO, P. R. K.; FILETO, R.; PINTO, I. P.; PALANDRANI, J. F.; KRAUCHENCO, J. N.; BAUDET, C.; MONTAGNER, A. J.; HIGA, R. H. STING Report: convenient web-based application for graphic and tabular presentations of protein sequence, structure and function descriptors from the STING database. Nucleic Acids Research, v. 33, p. D269-D274, 2005. Na publicação: Paula R. Kuser.Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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78. | | YAMAGISHI, M. E. B.; BEZERRA, G. B. P.; QUINALIA, T.; KUSER, P. R.; HIGA, R. H.; MANCINI, A. L.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; CRUZ, S. A. B.; OLIVEIRA, S. R. M.; NESHICH, G.; RAY, N.; MAIGRET, B. An interative protein interface surface Java Viewer. In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. p. 17. X-meeting 2005. Presented posters.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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