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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
Data corrente: |
26/07/2022 |
Data da última atualização: |
10/11/2022 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
CARDOSO, T. F.; BRUSCADIN, J. J.; AFONSO, J.; PETRINI, J.; ANDRADE, B. G. N.; OLIVEIRA, P. S. N. de; MALHEIROS, J. M.; ROCHA, M. I. P.; ZERLOTINI NETO, A.; FERRAZ, J. B. S.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. |
Afiliação: |
UFSCar; ESALQ/USP; Munster Technological University; UFSCar; Federal University of Latin American Integration, Foz do Iguaçu; UFSCar; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; FZEA/USP; ESALQ/USP; ESALQ/USP; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
Título: |
EEF1A1 transcription cofactor gene polymorphism is associated with muscle gene expression and residual feed intake in Nelore cattle. |
Ano de publicação: |
2022 |
Fonte/Imprenta: |
Mammalian Genome, v. 33, n. 4, p. 619-628, Dec. 2022. |
DOI: |
https://doi.org/10.1007/s00335-022-09959-8 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
Abstract. Cis-acting effects of noncoding variants on gene expression and regulatory molecules constitute a significant factor for phenotypic variation in complex traits. To provide new insights into the impacts of single-nucleotide polymorphisms (SNPs) on transcription factors (TFs) and transcription cofactors (TcoF) coding genes, we carried out a multi-omic analysis to identify cis-regulatory effects of SNPs on these genes? expression in muscle and describe their association with feed efficiency-related traits in Nelore cattle. As a result, we identified one SNP, the rs137256008C > T, predicted to impact the EEF1A1 gene expression (? = 3.02; P-value = 3.51E-03) and the residual feed intake trait (? = -3.47; P-value = 0.02). This SNP was predicted to modify transcription factor sites and overlaps with several QTL for feed efficiency traits. In addition, coexpression network analyses showed that animals containing the T allele of the rs137256008 SNP may be triggering changes in the gene network. Therefore, our analyses reinforce and contribute to a better understanding of the biological mechanisms underlying gene expression control of feed efficiency traits in bovines. The cis-regulatory SNP can be used as biomarker for feed efficiency in Nelore cattle. |
Palavras-Chave: |
Cofatores de transcrição; Expressão gênica; Fatores de transcrição; Loci de característica quantitativa; Nelore cattle; Polimorfismos de nucleotídeo único. |
Thesagro: |
Gado Nelore. |
Thesaurus Nal: |
Gene expression; Quantitative trait loci; Single nucleotide polymorphism; Transcription (genetics); Transcription factors. |
Categoria do assunto: |
-- G Melhoramento Genético |
Marc: |
LEADER 02647naa a2200421 a 4500 001 2144939 005 2022-11-10 008 2022 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $ahttps://doi.org/10.1007/s00335-022-09959-8$2DOI 100 1 $aCARDOSO, T. F. 245 $aEEF1A1 transcription cofactor gene polymorphism is associated with muscle gene expression and residual feed intake in Nelore cattle.$h[electronic resource] 260 $c2022 520 $aAbstract. Cis-acting effects of noncoding variants on gene expression and regulatory molecules constitute a significant factor for phenotypic variation in complex traits. To provide new insights into the impacts of single-nucleotide polymorphisms (SNPs) on transcription factors (TFs) and transcription cofactors (TcoF) coding genes, we carried out a multi-omic analysis to identify cis-regulatory effects of SNPs on these genes? expression in muscle and describe their association with feed efficiency-related traits in Nelore cattle. As a result, we identified one SNP, the rs137256008C > T, predicted to impact the EEF1A1 gene expression (? = 3.02; P-value = 3.51E-03) and the residual feed intake trait (? = -3.47; P-value = 0.02). This SNP was predicted to modify transcription factor sites and overlaps with several QTL for feed efficiency traits. In addition, coexpression network analyses showed that animals containing the T allele of the rs137256008 SNP may be triggering changes in the gene network. Therefore, our analyses reinforce and contribute to a better understanding of the biological mechanisms underlying gene expression control of feed efficiency traits in bovines. The cis-regulatory SNP can be used as biomarker for feed efficiency in Nelore cattle. 650 $aGene expression 650 $aQuantitative trait loci 650 $aSingle nucleotide polymorphism 650 $aTranscription (genetics) 650 $aTranscription factors 650 $aGado Nelore 653 $aCofatores de transcrição 653 $aExpressão gênica 653 $aFatores de transcrição 653 $aLoci de característica quantitativa 653 $aNelore cattle 653 $aPolimorfismos de nucleotídeo único 700 1 $aBRUSCADIN, J. J. 700 1 $aAFONSO, J. 700 1 $aPETRINI, J. 700 1 $aANDRADE, B. G. N. 700 1 $aOLIVEIRA, P. S. N. de 700 1 $aMALHEIROS, J. M. 700 1 $aROCHA, M. I. P. 700 1 $aZERLOTINI NETO, A. 700 1 $aFERRAZ, J. B. S. 700 1 $aMOURÃO, G. B. 700 1 $aCOUTINHO, L. L. 700 1 $aREGITANO, L. C. de A. 773 $tMammalian Genome$gv. 33, n. 4, p. 619-628, Dec. 2022.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Registros recuperados : 10 | |
1. | | DIAS, V. A. D.; CURI, R. A.; PEREIRA, G. L.; MALHEIROS, J. M.; ESPIGOLAN, R.; ALBUQUERQUE, L. G. de; CHARDULO, L. A. L.; OLIVEIRA, H. N. de. Frequencies of candidate genes and associations with carcass and meat traits in Nellore and crossbred cattle. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 51, n. 2, p. 169-176, fev. 2016. Título em português: Frequências de genes candidatos e associações com características de carcaça e da carne em bovinos da raça Nelore e cruzados.Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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2. | | MALHEIROS, J. M.; CORREIA, B. S. B.; CERIBELI, C.; CARDOSO, D. R.; COLNAGO, L. A.; BOGUSZ JUNIOR, S.; REECY, J. M.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; PALHARES, J. C. P.; BERNDT, A.; REGITANO, L. C. de A. Comparative untargeted metabolome analysis of ruminal fluid and feces of Nelore steers (Bos indicus). Scientific Reports, v.11, n.1, e12752, 2021. 13 p.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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3. | | MALHEIROS, J. M.; CORREIA, B. S. B.; CERIBELI, C.; CARDOSO, D. R.; COLNAGO, L. A.; BOGUSZ JUNIOR, S.; REECY, J. M.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; PALHARES, J. C. P.; BERNDT, A.; REGITANO, L. C. de A. Comparative untargeted metabolome analysis of ruminal fuid and feces of Nelore steers (Bos indicus). Scientific Reports, v. 11, n. 1, e12752, 2021.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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4. | | VILAR, C. S. M. M.; MALHEIROS, J. M.; SILVA, P. F. da; MARTINS, E. H.; CORREIA, L. E. C. S.; OLIVEIRA, M. H. V. de; COLNAGO, L. A.; SILVA, J. A. II. V.; MERCADANTE, M. E. Z. Muscle growth affects the metabolome of the pectoralis major muscle in redwinged tinamou (Rhynchotus rufescens). Poultry Science, v. 102, n. 12, 2023. 15 p.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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5. | | LIMA, A. O.; MALHEIROS, J. M.; AFONSO, J.; PETRINI, J.; COUTINHO, L. L.; DINIZ, W. J. da S.; DONATONI, F. A. B.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; RIBEIRO, J. A. S.; OLIVEIRA, K. S. de; ROCHA, M. I. P.; ANDRADE, B. G. N.; FUKUMASU, H.; BEIKI, H.; REECY, J. M.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURAO, G. B.; REGITANO, L. C. de A. Prune homolog 2 with BCH domain (PRUNE2) gene expression is associated with feed efficiency related traits in Nelore steers. Mammalian Genome, 2022.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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6. | | CARDOSO, T. F.; BRUSCADIN, J. J.; DINIZ, W. J. da S.; BANERJEE, P.; AFONSO, J.; ANDRADE, B. G. N. B; MALHEIROS, J. M.; ZERLOTINI NETO, A.; VIEIRA, D. da S.; FERNANDES, A. C.; CESAR, A. S. M.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Integration of different omics layers with SNP-SNP interaction networks associated with methane emission in nelore cattle. In: BRAZILIAN CONGRESS OF GENETICS, 67., 2022, Natal. [Abstracts]. Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2022. p. 247. e-book. Na publicação: Adhemar Zerlotini.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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7. | | BRUSCADIN, J. J.; CARDOSO, T. F.; DINIZ, W. J. da S.; SOUZA, M. M. de; AFONSO, J.; VIEIRA, D.; MALHEIROS, J. M.; ANDRADE, B. G. N.; PETRINI, J.; FERRAZ, J. B. S.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Differential allele-specific expression revealed functional variants and candidate genes related to meat quality traits in B. indicus muscle. Genes, v. 13, n. 12, 2336, 2022.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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8. | | CARDOSO, T. F.; BRUSCADIN, J. J.; AFONSO, J.; PETRINI, J.; ANDRADE, B. G. N.; OLIVEIRA, P. S. N. de; MALHEIROS, J. M.; ROCHA, M. I. P.; ZERLOTINI NETO, A.; FERRAZ, J. B. S.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. EEF1A1 transcription cofactor gene polymorphism is associated with muscle gene expression and residual feed intake in Nelore cattle. Mammalian Genome, v. 33, n. 4, p. 619-628, Dec. 2022.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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9. | | MALHEIROS, J. M.; CORREIA, B. S. B.; CERIBELI, C.; BRUSCADIN, J. J.; DINIZ, W. J. S.; BANERJEE, P.; VIEIRA, D. S.; CARDOSO, T. F.; ANDRADE, B. G. N.; PETRINI, J.; CARDOSO, D. R.; COLNAGO, L. A.; BOGUSZ JUNIOR, S.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; PALHARES, J. C. P.; MEDEIROS, S. R. de; BERNDT, A.; REGITANO, L. C. de A. Ruminal and feces metabolites associated with feed efciency, water intake and methane emission in Nelore bulls. Scientifc Reports, v. 13, 18001, 2023. 13 p.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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10. | | ANDRADE, B. G. N.; DONATONI, F. A. B.; CUADRAT, R. R.; CARDOSO, T. F.; MALHEIROS, J. M.; OLIVEIRA, P. S. N. DE; PETRINI, J.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REECY, J. M.; KOLTES, J. E.; ZERLOTINI NETO, A.; MEDEIROS, S. R. de; BERNDT, A.; PALHARES, J. C. P.; AFLI, H.; REGITANO, L. C. de A. Stool and ruminal microbiome components associated with methane emission and feed efficiency in Nelore beef cattle. Frontiers in Genetics, v. 13, 812828, may, 2022. 12 p.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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