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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sul. |
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Data corrente: |
23/01/2019 |
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Data da última atualização: |
23/01/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
NICIURA, S. C. M.; CRUVINEL, G. G.; MORAES, C. V.; DONATONI, F. A. B.; MALAGO JUNIOR, W.; BENAVIDES, M. V.; CHAGAS, A. C. de S. |
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Afiliação: |
SIMONE CRISTINA MEO NICIURA, CPPSE; Giovanna Gabrielle Cruvinel, UNICEP; Caroline Valério Moraes, UFSCar; FLAVIA ALINE BRESSANI DONATONI, CPPSE; WILSON MALAGO JUNIOR, CPPSE; MAGDA VIEIRA BENAVIDES, CPPSUL; ANA CAROLINA DE SOUZA CHAGAS, CPPSE. |
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Título: |
PCR-based genotyping of SNP markers in sheep. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
Molecular Biology Reports, v. 45, n. 4, p. 651-654, Aug. 2018. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1007/s11033-018-4206-8 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Single nucleotide polymorphisms (SNPs) are the main type of variation in genome, enabling them to be associated with traits of economic importance in livestock. Genome-wide association studies (GWAS) have led to the discovery of SNPs associated with desirable traits in sheep. However, in these studies, SNPs are genotyped by high-throughput methods in genome scale, which are expensive and require sophisticated equipment and analysis methods. Therefore, the goal of this study was to develop a reliable, rapid, and inexpensive polymerase chain reaction (PCR)-based method to genotype a medium number of animals for a few candidate SNPs previously associated with desirable phenotypes in sheep by GWAS, using markers associated with gastrointestinal nematode resistance as a model. DNA extracted from white-blood cells of 150 sheep was submitted to PCR amplification followed by agarose gel electrophoresis and determination of banding pattern. Tetra-primer ARMS-PCR was successfully optimized after changes in annealing temperature; annealing and extension times; concentration of MgCl2 and DNA; ratios of inner, outer, forward and reverse primer; and addition of adjuvants, for genotyping the OAR2_14765360, OAR6_81718546, OAR11_62887032, and OAR12_69606944 SNPs in sheep. An extensive optimization of tetra-primer ARMS-PCR resulted in a suitable, simple, cost-effective PCR-based method of genotyping four SNP markers previously detected by chip arrays. |
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Palavras-Chave: |
PCR RFLP; Resistência nematódeo gastrintestinal; Tetra primer ARMS PCR. |
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Thesagro: |
Marcador Molecular; Ovino. |
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Thesaurus Nal: |
Genome. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
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005 2019-01-23
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sul (CPPSUL) |
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| 21. |  | MELLO, S. S. de; ROCHA, M. I. P.; GIGLIOTI, R.; BRESSANI, F. A. B.; MALAGO JUNIOR, W.; NICIURA, S. C. M. Identificação de polimorfismos no gene da glicoproteína-P (PgP) em Haemonchus contortus: dificuldades técnicas. In: JORNADA CIENTÍFICA - EMBRAPA SÃO CARLOS, 4., 2012, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Instrumentação: Embrapa Pecuária Sudeste, 2012. p. 48. (Embrapa Instrumentação. Documentos, 56).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 22. | | TIZIOTO P. C.; MUDADO, M. de A.; DONATONI, F. A. B.; MALAGO JUNIOR, W.; SIQUEIRA, F.; ROSA, A. do N.; REGITANO, L. C. de A. Haplotype tree of MYOD1 gene in Bos indicus beef cattle. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF BRAZIL ASSOCIATION AND COMPUTER BIOLOGY 7.; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE IBEROAMERICAN SOCIETY FOR BIOINFORMATICS, 3., 2011, Florianópolis. X-Meeting - proceeding. Florianóplis : ABC3C: SolBio, 2011. ID 127.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 23. | | BEGNAMI, I. DOS S.; AONO, A. H.; MALAGO JUNIOR, W.; GUSMAO, M. R.; VIGNA, B. B. Z.; SOUZA, A. P. DE. Differential gene expression for elucidating Paspalum regnellii resistance against Spittlebugs (Mahanarva spectabilis). In: GB MEETING, 5., 2023, Campinas. Proceedings... Campinas: Unicamp, 2023.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 24. | | BILHASSI, T. B.; GIGLIOTI, R.; OKINO, C. H.; MALAGO JUNIOR, W.; OLIVEIRA, H. N. de; MARCONDES, C. R.; OLIVEIRA, M. C. de S. Differential IL10 mRNA profiles associated to Babesia bovis and B. bigemina infection levels in persistently infected animals. Open Journal of Veterinary Medicine, v. 9, p.161-169, 2019| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 4 |
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| 25. | | NICIURA, S. C. M.; OKINO, C. H.; NUCCI, A. DA S.; MALAGO JUNIOR, W.; BENAVIDES, M. V.; ESTEVES, S. N.; CHAGAS, A. C. de S. Polymorphisms in exon 11 of the mptl-1 gene and monepantel resistance in Haemonchus contortus. Parasitology Research, v. 121, p. 3581-3588, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| 26. | | BILHASSI, T. B.; IBELLI, A. M. G.; GIGLIOTI, R.; MALAGO JUNIOR, W.; REGITANO, L. C. de A.; OLIVEIRA, M. C. de S.; OLIVEIRA, H. N. de. Estimativa da taxa de infecção por Babesia bovis usando a técnica de RT-PCR em animais de diferentes grupos genéticos. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 48., 2011, Belém. O Desenvolvimento da produção animal e a responsabilidade frente a novos desafios. Anais... Belém: SBZ: UFRA, 2011. 4 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 27. | | OLIVEIRA, P. S. N.; MALAGO JUNIOR, W.; TIZIOTO, P. C.; NASCIMENTO, M. L. do; MUDADU, M. de A.; REGITANO, L. C. de A. NEUROD1 gene is not associated with feed efficiency in Nellore cattle. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON ANIMAL FUNCTIONAL GENOMICS, 5., 2013, Guarujá. Abstract... Guarujá:[ s.n.], 2013. AB.28.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 28. | | NICIURA, S. C. M.; CRUVINEL, G. G.; MORAES, C. V.; DONATONI, F. A. B.; MALAGO JUNIOR, W.; BENAVIDES, M. V.; CHAGAS, A. C. de S. PCR-based genotyping of SNP markers in sheep. Molecular Biology Reports, v.45, n.4, p.651-654, aug. 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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| 29. | | NICIURA, S. C. M.; CRUVINEL, G. G.; MORAES, C. V.; DONATONI, F. A. B.; MALAGO JUNIOR, W.; BENAVIDES, M. V.; CHAGAS, A. C. de S. PCR-based genotyping of SNP markers in sheep. Molecular Biology Reports, v. 45, n. 4, p. 651-654, Aug. 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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| 34. | | ARAKAKI, J. E.; MALAGO JUNIOR, W.; MUDADU, M. de A.; SANTOS, P. M.; FAVERO, A. P.; BORRA, R. C.; VIGNA, B. B. Z. Transcriptome analysis of Paspalum notatum and Paspalum vaginatum under water deficit condition. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 65., 2019, Águas de Lindóia. Edição de genes e genomas. [Ribeirão Preto]: Sociedade Brasileira de Genética, 2019. p. 198. E-book. Genética 2019.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 36. | | VIGNA, B. B. Z.; ARAKAKI, J. E.; MALAGO JUNIOR, W.; MUDADU, M. de A.; SANTOS, P. M.; FAVERO, A. P.; BORRA, R. C. Transcriptome analysis of paspalum vaginatum under drought condition. In: INTERNATIONAL FORAGE & TURF BREEDING CONFERENCE, 2019, Lake Buena Vista. A global vision for innovation: abstract book. Gainesville: University of Florida, 2019. p. 129. Na publicação: M.A. Mudadu. IFTBC 2019.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 37. | | VIGNA, B. B. Z.; ARAKAKI, J. E.; MALAGO JUNIOR, W.; MUDADU, M. de A.; SANTOS, P. M.; FAVERO, A. P.; BORRA, R. C. Transcriptome analysis of paspalum vaginatum under drought condition. In: INTERNATIONAL FORAGE & TURF BREEDING CONFERENCE - a global vision for innovation, 2019, Lake Buena Vista, USA. Proceedings... Lake Buena Vista, USA: IFTBC, 2019.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 38. | | BRANDÃO, M. M.; ARRUDA, L. H.; NESHICH, G.; NESHICH, I. P.; PEREIRA, J. G. C.; MALAGÓ JÚNIOR, W.; SILVA-FILHO, M. C. Structural and phylogenetic analysis of Spodoptera frugiperda chymotrypsins involved on insect chemical protective barrier against plant Proteinase Inhibitors (PIs). In: ANNUAL MEETING OF THE SBBq, 40., 2011, Foz do Iguaçu. [Proceedings...]. São Paulo, SP: Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2011. Não paginado.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 39. | | OLIVEIRA, P. S. N. de; TIZIOTO, P. C.; NORONHA, C. T.; MALAGO JUNIOR, W.; MUDADU, M. de A.; REGITANO, L. C. de A. A SNP in NEUROD1 is associated with production traits in Nelore beef cattle. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 51., 2014, Barra dos Coqueiros. A produção animal frente às mudanças climáticas e tecnológicas - anais. Barra dos coqueiros: Sociedade Brasileira de Zootecnia, 2014. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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