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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Milho e Sorgo. |
Data corrente: |
05/10/2023 |
Data da última atualização: |
09/10/2023 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
CHANDNANI, R.; QIN, T.; YE, H.; HU, H.; PANJVANI, K.; TOKIZAWA, M.; MACIAS, J. M.; MEDINA, A. A.; BERNARDINO, K. C.; PRADIER, P.-L.; BANIK, P.; MOONEY, A.; MAGALHAES, J. V. de; NGUYEN, H. T.; KOCHIAN, L. V. |
Afiliação: |
RAHUL CHANDNANI, UNIVERSITY OF SASKATCHEWAN; TONGFEI QIN, UNIVERSITY OF SASKATCHEWAN; HENG YE, UNIVERSITY OF MISSOURI; HAIFEI HU, UNIVERSITY OF WESTERN AUSTRALIA; KARIM PANJVANI, UNIVERSITY OF SASKATCHEWAN; MUTSUTOMO TOKIZAWA, UNIVERSITY OF SASKATCHEWAN; JAVIER MORA MACIAS, UNIVERSITY OF SASKATCHEWAN; ALMA ARMENTA MEDINA, UNIVERSITY OF SASKATCHEWAN; KARINE C. BERNARDINO; PIERRE-LUC PRADIER UNIVERSITY OF SASKATCHEWAN, UNIVERSITY OF SASKATCHEWAN; PANKAJ BANIK, UNIVERSITY OF SASKATCHEWAN; ASHLYN MOONEY, UNIVERSITY OF SASKATCHEWAN; JURANDIR VIEIRA DE MAGALHAES, CNPMS; HENRY T. NGUYEN, UNIVERSITY OF MISSOURI; LEON V. KOCHIAN, UNIVERSITY OF SASKATCHEWAN. |
Título: |
Application of an improved 2-dimensional high-throughput soybean root phenotyping platform to identify novel genetic variants regulating root architecture traits. |
Ano de publicação: |
2023 |
Fonte/Imprenta: |
Plant Phenomics, v. 5, article 97, 2023. |
DOI: |
https://doi.org/10.34133/plantphenomics.0097 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
Nutrient-efficient root system architecture (RSA) is becoming an important breeding objective for generating crop varieties with improved nutrient and water acquisition efficiency. Genetic variants shaping soybean RSA is key in improving nutrient and water acquisition. Here, we report on the use of an improved 2-dimensional high-throughput root phenotyping platform that minimizes background noise by imaging pouch-grown root systems submerged in water. We also developed a background image cleaning Python pipeline that computationally removes images of small pieces of debris and filter paper fibers, which can be erroneously quantified as root tips. This platform was used to phenotype root traits in 286 soybean lines genotyped with 5.4 million single-nucleotide polymorphisms. There was a substantially higher correlation in manually counted number of root tips with computationally quantified root tips (95% correlation), when the background was cleaned of nonroot materials compared to root images without the background corrected (79%). Improvements in our RSA phenotyping pipeline significantly reduced overestimation of the root traits influenced by the number of root tips. Genome-wide association studies conducted on the root phenotypic data and quantitative gene expression analysis of candidate genes resulted in the identification of 3 putative positive regulators of root system depth, total root length and surface area, and root system volume and surface area of thicker roots (DOF1-like zinc finger transcription factor, protein of unknown function, and C2H2 zinc finger protein). We also identified a putative negative regulator (gibberellin 20 oxidase 3) of the total number of lateral roots. MenosNutrient-efficient root system architecture (RSA) is becoming an important breeding objective for generating crop varieties with improved nutrient and water acquisition efficiency. Genetic variants shaping soybean RSA is key in improving nutrient and water acquisition. Here, we report on the use of an improved 2-dimensional high-throughput root phenotyping platform that minimizes background noise by imaging pouch-grown root systems submerged in water. We also developed a background image cleaning Python pipeline that computationally removes images of small pieces of debris and filter paper fibers, which can be erroneously quantified as root tips. This platform was used to phenotype root traits in 286 soybean lines genotyped with 5.4 million single-nucleotide polymorphisms. There was a substantially higher correlation in manually counted number of root tips with computationally quantified root tips (95% correlation), when the background was cleaned of nonroot materials compared to root images without the background corrected (79%). Improvements in our RSA phenotyping pipeline significantly reduced overestimation of the root traits influenced by the number of root tips. Genome-wide association studies conducted on the root phenotypic data and quantitative gene expression analysis of candidate genes resulted in the identification of 3 putative positive regulators of root system depth, total root length and surface area, and root system volume and surface area of thicker roots (... Mostrar Tudo |
Thesagro: |
Genética Vegetal; Raiz; Seleção Fenótipa; Soja. |
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1157100/1/Application-of-an-improved-2-dimensional-high-throughput-soybean-root.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Milho e Sorgo (CNPMS) |
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Registro |
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URL |
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| Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Rondônia. Para informações adicionais entre em contato com cpafro.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
Biblioteca(s): |
Embrapa Rondônia. |
Data corrente: |
03/09/2020 |
Data da última atualização: |
03/09/2020 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Circulação/Nível: |
B - 4 |
Autoria: |
ALVES, E. A.; TEIXEIRA, A. L.; ROCHA, R. B.; ROSA NETO, C.; ESPINDULA, M. C.; RAMALHO, A. R.; ARAÚJO, L. V. de. |
Afiliação: |
ENRIQUE ANASTACIO ALVES, CPAF-RO; ALEXSANDRO LARA TEIXEIRA, CPAF-RO; RODRIGO BARROS ROCHA, CPAF-RO; CALIXTO ROSA NETO, CPAF-RO; MARCELO CURITIBA ESPINDULA, CPAF-RO; ANDRE ROSTAND RAMALHO, CPAF-RO; LEONARDO VENTURA DE ARAUJO, CPAF-RO. |
Título: |
Panorama da produção e potencialidades dos cafés Robustas em Rondônia. |
Ano de publicação: |
2020 |
Fonte/Imprenta: |
Informe Agropecuário, v. 41, n. 309, p. 77-88, 2020. |
ISSN: |
0100-3364 |
Idioma: |
Português |
Conteúdo: |
Inúmeras foram as dificuldades superadas na colonização e implantação de um dos mais expressivos parques cafeeiros do País. Hoje,os cafeicultores de Rondônia podem aproveitar doa avanços da genética cafeeira regional e inovar com as tecnologias de manejo e melhora do ambiente para a produção sustentável na Amazônia. Os Robustas Amazônicas são frutos da seleção genética de plantas que se desenvolveram em uma região de terras aptas e clima favorável. Essa transformação deve-se aos produtores pioneiros que começaram a adotar novas tecnologias do plantio à pós-colheita. No campo, as grandes inovações passam por seleção genética, novos arranjos espaciais, irrigação e podas de renovação. Os produtores dos cafés Robustas aprenderem a valorizar o fruto do seu trabalho. Colheitas cuidadosas e secagens lentas têm feito a diferença e levado estes cafés a atingirem um novo patamar de qualidade. Além de originarem bebidas excelentes, os Robustas são plantas vigorosas e produtivas. Os cafeicultores cultivam linhas intercaladas de seis ou mais clones, cada um com a sua característica de porte, produção, tamanho de frutos e ciclo de maturação. São materiais genéticos extremamente responsivos aos tratos culturais e, em lavouras bem cuidadas, não raro, ultrapassam 150 sacas por hectare. |
Palavras-Chave: |
Agricultural production; Amazônia Ocidental; Beverage quality; Rondônia; Western Amazon. |
Thesagro: |
Bebida; Café Robusta; Coffea Canephora; Custo de Produção; Produção Agrícola; Qualidade. |
Thesaurus NAL: |
Production costs. |
Categoria do assunto: |
E Economia e Indústria Agrícola |
Marc: |
LEADER 02309naa a2200349 a 4500 001 2124726 005 2020-09-03 008 2020 bl uuuu u00u1 u #d 022 $a0100-3364 100 1 $aALVES, E. A. 245 $aPanorama da produção e potencialidades dos cafés Robustas em Rondônia.$h[electronic resource] 260 $c2020 520 $aInúmeras foram as dificuldades superadas na colonização e implantação de um dos mais expressivos parques cafeeiros do País. Hoje,os cafeicultores de Rondônia podem aproveitar doa avanços da genética cafeeira regional e inovar com as tecnologias de manejo e melhora do ambiente para a produção sustentável na Amazônia. Os Robustas Amazônicas são frutos da seleção genética de plantas que se desenvolveram em uma região de terras aptas e clima favorável. Essa transformação deve-se aos produtores pioneiros que começaram a adotar novas tecnologias do plantio à pós-colheita. No campo, as grandes inovações passam por seleção genética, novos arranjos espaciais, irrigação e podas de renovação. Os produtores dos cafés Robustas aprenderem a valorizar o fruto do seu trabalho. Colheitas cuidadosas e secagens lentas têm feito a diferença e levado estes cafés a atingirem um novo patamar de qualidade. Além de originarem bebidas excelentes, os Robustas são plantas vigorosas e produtivas. Os cafeicultores cultivam linhas intercaladas de seis ou mais clones, cada um com a sua característica de porte, produção, tamanho de frutos e ciclo de maturação. São materiais genéticos extremamente responsivos aos tratos culturais e, em lavouras bem cuidadas, não raro, ultrapassam 150 sacas por hectare. 650 $aProduction costs 650 $aBebida 650 $aCafé Robusta 650 $aCoffea Canephora 650 $aCusto de Produção 650 $aProdução Agrícola 650 $aQualidade 653 $aAgricultural production 653 $aAmazônia Ocidental 653 $aBeverage quality 653 $aRondônia 653 $aWestern Amazon 700 1 $aTEIXEIRA, A. L. 700 1 $aROCHA, R. B. 700 1 $aROSA NETO, C. 700 1 $aESPINDULA, M. C. 700 1 $aRAMALHO, A. R. 700 1 $aARAÚJO, L. V. de 773 $tInforme Agropecuário$gv. 41, n. 309, p. 77-88, 2020.
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