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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Cerrados. |
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Data corrente: |
28/03/2003 |
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Data da última atualização: |
28/03/2003 |
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Autoria: |
MAGNABOSCO, C. de U.; FARIA, C. U; LOS REYES, A. de; LOBO, R. B.; SAINZ, R. D. |
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Título: |
Interferencia bayesiana para peso ao desmame em bovinos da raca nelore. |
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Ano de publicação: |
2001 |
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Fonte/Imprenta: |
In: REUNION DE LA ASOCIACION LATINOAMERICANA DE PRODUCCION ANIMAL, 17.; REUNION DE LA ASOCIACION CUBANA DE PRODUCCION ANIMAL, 9.; ENCUENTRO REGIONAL SOBRE NUTRICION Y PRODUCCION DE ANIMALES MONOGASTRICOS, 6.; ENCUENTRO REGIONAL SOBRE TRANSFERENCIA DE TECNOLOGIA EN LA PRODUCCION ANIMAL TROPICAL, 1., 2001, La Habana, Cuba. Programa - resumenes. La Habana: ACPA, 2001. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
A pecuaria de corte e atividade de interesse economico e social de alta relevancia, e cada vez mais surge a necessidade de novas tecnologias para que a industria tenha uma melhor relacao custo beneficio. Desta forma, conhecer os fatores que influenciam o desempenho de bovinos de corte, em especial dos parametros geneticos e de ambiente das de crescimento, e de suma importancia. Tais parametros geneticos sao obtidos com base em estimativas de componentes de (co) variancia, e dessa maneira o aperfeicoamento de metodos de estimacao desses componentes tem sido uma constante preocupacao dos pesquisadores ao longo dos anos.
Atualmente, o metodo amplamente utilizado para a estimacao dos componentes de (co) variancia e o REML (BOLDMAN et al., 1995), e o uso do MTDFREML (Derivate Free Restricted Maximum Likelihood) solucionou os problemas de limitacoes computacionais. No entanto, metodos bayesianos vem sendo utilizados tambem como uma opcao para solucao de problemas relacionadas a avaliacao de merito genetico em populacoes animais. Conforme descrito por MAGNABOSCO et al., (2000), o algoritmo de Amostragem de Gibbs - GS e um metodo capaz de gerar amostras aleatorias de estimativas de parametros, a partir de um conjunto de observacoes, obtendo-se dessa forma as denominadas distribuicoes posteriores dos parametros, dado um conjunto de observacoes, que e proporcional ao produto da probabilidade dos parametros , pela probabilidade das observacoes. E um metodo de utilizacao recente, que alguns autores tem sugerido para uso em contextos que envolvem o melhoramento animal (WANG et al., 1994, SORENSEN et al., 1994, LOBO et al., 1997, VAN VLECK, 1996).
A Amostragem de Gibbs por ser um metodo de Monte Carlo requer intensas integracoes numericas, no entanto e de facil implementacao, principalmente se comparado a algoritmos baseados na Maxima Verossimilhanca Restrita (DFREML). O programa MTGSAM (Multiple Trait Gibbs Sampler under Animal Model) utiliza a aplicacao do metodo Interativo de Gauss Seidel sobre as equacoes de modelos mistos para a geracao dos valores iniciais dos efeitos fixos e aleatorios. A grande limitacao do metodo e o tempo de computacao, cerca de quarenta vezes maior do que uma analise correspondente usando metodo DFREML. Entratanto, os recursos computacionais estao sendo rapidamente melhorados (MAGNABOSCO et al.., 2000).
A estimacao dos componentes de (co) variancia, pelo metodo da Amostragem de Gibbs, requer cuidados especiais na sua implementacao em dados de campo, como a necessidade de se definir um tamanho de cadeia amostral, o que esta relacionado com a convergencia da cadeia amostral. Nesse trabalho, o objetivo foi estudar as distribuicoes marginais posteriores dos parametros geneticos para peso aos 205 dias em bovinos da raca Nelore, atraves de dois diferentes tamanhos de cadeia, em esquema de cadeia longa, e dessa forma, obter estimativas validaas dessas distribuicoes posteriores. MenosA pecuaria de corte e atividade de interesse economico e social de alta relevancia, e cada vez mais surge a necessidade de novas tecnologias para que a industria tenha uma melhor relacao custo beneficio. Desta forma, conhecer os fatores que influenciam o desempenho de bovinos de corte, em especial dos parametros geneticos e de ambiente das de crescimento, e de suma importancia. Tais parametros geneticos sao obtidos com base em estimativas de componentes de (co) variancia, e dessa maneira o aperfeicoamento de metodos de estimacao desses componentes tem sido uma constante preocupacao dos pesquisadores ao longo dos anos.
Atualmente, o metodo amplamente utilizado para a estimacao dos componentes de (co) variancia e o REML (BOLDMAN et al., 1995), e o uso do MTDFREML (Derivate Free Restricted Maximum Likelihood) solucionou os problemas de limitacoes computacionais. No entanto, metodos bayesianos vem sendo utilizados tambem como uma opcao para solucao de problemas relacionadas a avaliacao de merito genetico em populacoes animais. Conforme descrito por MAGNABOSCO et al., (2000), o algoritmo de Amostragem de Gibbs - GS e um metodo capaz de gerar amostras aleatorias de estimativas de parametros, a partir de um conjunto de observacoes, obtendo-se dessa forma as denominadas distribuicoes posteriores dos parametros, dado um conjunto de observacoes, que e proporcional ao produto da probabilidade dos parametros , pela probabilidade das observacoes. E um metodo de utilizacao recente, que ... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Cerrado; Gado de Corte; Gado Nelore; Genética Animal. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Registro original: |
Embrapa Cerrados (CPAC) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
31/01/2018 |
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Data da última atualização: |
21/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
CHUD, T. C. S.; BICKHART, D. M.; ZERLOTINI NETO, A.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B.; MUNARI, D. P. |
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Afiliação: |
TATIANE C. S. CHUD, FCAV/Unesp; DEREK M. BICKHART, FCAV/Unesp; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; JOHN B. COLE, Usda; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; DANÍSIO P. MUNARI, FCAV/Unesp. |
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Título: |
Copy number variation in dairy cattle using next-generation sequencing. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
In: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 26., 2018, San Diego. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2018. |
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Páginas: |
1 p. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
PAG 2018. P0490. Na publicação: Adhemar Zerlotini, Marcos Vinicius B. da Silva. |
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Conteúdo: |
Gene copy number variants (CNV) have been shown to be associated with several production traits in dairy cattle; however, the detection and validation of CNVs in crossbred cattle is currently lacking. In order to provide a basis for future association studies, we sought to identify CNV regions (CNVRs) within the Girolando composite breed resulting from a mating of the Holstein (taurine) and Gir (indicine) breeds. A read depth method was performed using CNVnator software on NGS data from two Girolando, two Gir and ten Holstein bulls. The individual CNVs were merged into CNVRs based on genomic regions overlapping by at least 1 bp. In total, we identified a composite of 1,286 CNVRs (520 deletions, 255 duplications, 511 mixed) on the genomes of all samples. We observed 34 CNVRs (nine deletions, 25 mixed) in common (overlapping > 50%) only between Girolando and Holstein and 181 CNVRs (20 deletions, 21 duplications,140 mixed) only in Girolando and Gir, suggesting parent-of-origin inheritance from Holstein and Gir cattle, respectively. One of these Holstein-specific CNVRs intersected with the interleukin 6 family cytokine (LIF) gene which is linked to fat production and fertility traits in Holstein. Genes related to disease resistance (e.g. the CD4 gene) also coincided with CNVRs present only in Gir and Girolando cattle suggesting an indicine origin for the CNV. These results showed evidence of specific CNVRs shared by Girolando and purebred breeds which may be targeted for future selective breeding. MenosGene copy number variants (CNV) have been shown to be associated with several production traits in dairy cattle; however, the detection and validation of CNVs in crossbred cattle is currently lacking. In order to provide a basis for future association studies, we sought to identify CNV regions (CNVRs) within the Girolando composite breed resulting from a mating of the Holstein (taurine) and Gir (indicine) breeds. A read depth method was performed using CNVnator software on NGS data from two Girolando, two Gir and ten Holstein bulls. The individual CNVs were merged into CNVRs based on genomic regions overlapping by at least 1 bp. In total, we identified a composite of 1,286 CNVRs (520 deletions, 255 duplications, 511 mixed) on the genomes of all samples. We observed 34 CNVRs (nine deletions, 25 mixed) in common (overlapping > 50%) only between Girolando and Holstein and 181 CNVRs (20 deletions, 21 duplications,140 mixed) only in Girolando and Gir, suggesting parent-of-origin inheritance from Holstein and Gir cattle, respectively. One of these Holstein-specific CNVRs intersected with the interleukin 6 family cytokine (LIF) gene which is linked to fat production and fertility traits in Holstein. Genes related to disease resistance (e.g. the CD4 gene) also coincided with CNVRs present only in Gir and Girolando cattle suggesting an indicine origin for the CNV. These results showed evidence of specific CNVRs shared by Girolando and purebred breeds which may be targeted for future ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Copy number variants. |
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Thesagro: |
Gado. |
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Thesaurus NAL: |
Cattle; Composite breeds. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/171991/1/PL-CopyNumber-PAGXXVI.pdf
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Marc: |
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