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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Gado de Leite. Para informações adicionais entre em contato com cnpgl.biblioteca@embrapa.br. |
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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
13/08/2021 |
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Data da última atualização: |
13/08/2021 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SILVA, A. A.; SILVA, D. A.; SILVA, F. F.; COSTA, C. N.; SILVA, H. T.; LOPES, P. S.; VERONEZE, R.; THOMPSON, G.; CARVALHEIRA, J. |
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Afiliação: |
ALESSANDRA ALVES SILVA, Universidade Federal de Viçosa; DELVAN ALVES SILVA, Universidade Federal de Viçosa; FABYANO FONSECA SILVA, Universidade Federal de Viçosa; CLAUDIO NAPOLIS COSTA, CNPGL; HUGO TEIXEIRA SILVA, Universidade Federal de Viçosa; PAULO SÁVIO LOPES, Universidade Federal de Viçosa; RENATA VERONEZE, Universidade Federal de Viçosa; GERTRUDE THOMPSON, Universidade do Porto; JULIO CARVALHEIRA, Universidade do Porto. |
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Título: |
GWAS and gene networks for milk-related traits from test-day multiple lactations in Portuguese Holstein cattle. |
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Ano de publicação: |
2020 |
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Fonte/Imprenta: |
Journal of Applied Genetics, v. 61, p. 465-476, 2020. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1007/s13353-020-00567-3 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
This study focused on the identification of QTL regions, candidate genes, and network related genes based on the first 3 lactations (LAC3) of milk, fat, and protein yields, and somatic cell score (SCS) in Portuguese Holstein cattle. Additionally, the results were compared with those from only first lactation (LAC1) data. The analyses were performed using the weighted single-step GWAS under an autoregressive test-day (TD) multiple lactations model. A total of 11,434,294 and 4,725,673 TD records from LAC3 and LAC1, respectively, including 38,323 autosomal SNPs and 1338 genotyped animals were used inGWAS analyses. A total of 51 (milk), 5 (fat), 24 (protein), and 4 (SCS) genes were associated to previously annotated relevant QTL regions for LAC3. The CACNA2D1 at BTA4 explained the highest proportion of genetic variance respectively for milk, fat, and protein yields. For SCS, the TRNAG-CCC at BTA14, MAPK10, and PTPN3 genes, both at BTA6 were considered important candidate genes. The accessed network refined the importance of the reported genes. CACNA2D1 regulates calcium density and activation/inactivation kinetics of calcium transport in the mammary gland; whereas TRNAG-CCC, MAPK10, and PTPN3 are directly involved with inflammatory processes widely derived from mastitis. In conclusion, potential candidate genes (TRNAG-CCC, MAPK10, and PTPN3) associated with somatic cell were highlighted, which further validation studies are needed to clarify its mechanism action in response to mastitis. Moreover, most of the candidate genes identified were present in both (LAC3 and LAC1) for milk, fat and protein yields, except for SCS, in which no candidate genes were shared between LAC3 and LAC1. The larger phenotypic information provided by LAC3 dataset was more effective to identify relevant genes, providing a better understanding of the genetic architecture of these traits over all lactations simultaneously. MenosThis study focused on the identification of QTL regions, candidate genes, and network related genes based on the first 3 lactations (LAC3) of milk, fat, and protein yields, and somatic cell score (SCS) in Portuguese Holstein cattle. Additionally, the results were compared with those from only first lactation (LAC1) data. The analyses were performed using the weighted single-step GWAS under an autoregressive test-day (TD) multiple lactations model. A total of 11,434,294 and 4,725,673 TD records from LAC3 and LAC1, respectively, including 38,323 autosomal SNPs and 1338 genotyped animals were used inGWAS analyses. A total of 51 (milk), 5 (fat), 24 (protein), and 4 (SCS) genes were associated to previously annotated relevant QTL regions for LAC3. The CACNA2D1 at BTA4 explained the highest proportion of genetic variance respectively for milk, fat, and protein yields. For SCS, the TRNAG-CCC at BTA14, MAPK10, and PTPN3 genes, both at BTA6 were considered important candidate genes. The accessed network refined the importance of the reported genes. CACNA2D1 regulates calcium density and activation/inactivation kinetics of calcium transport in the mammary gland; whereas TRNAG-CCC, MAPK10, and PTPN3 are directly involved with inflammatory processes widely derived from mastitis. In conclusion, potential candidate genes (TRNAG-CCC, MAPK10, and PTPN3) associated with somatic cell were highlighted, which further validation studies are needed to clarify its mechanism action in response to m... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Gene function; Regiões QTL. |
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Thesagro: |
Bovino; Gado Holandês; Gado Leiteiro; Gene; Produção Leiteira. |
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Thesaurus Nal: |
Milk yield; Somatic cells. |
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Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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Marc: |
LEADER 02891naa a2200337 a 4500
001 2133544
005 2021-08-13
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520 $aThis study focused on the identification of QTL regions, candidate genes, and network related genes based on the first 3 lactations (LAC3) of milk, fat, and protein yields, and somatic cell score (SCS) in Portuguese Holstein cattle. Additionally, the results were compared with those from only first lactation (LAC1) data. The analyses were performed using the weighted single-step GWAS under an autoregressive test-day (TD) multiple lactations model. A total of 11,434,294 and 4,725,673 TD records from LAC3 and LAC1, respectively, including 38,323 autosomal SNPs and 1338 genotyped animals were used inGWAS analyses. A total of 51 (milk), 5 (fat), 24 (protein), and 4 (SCS) genes were associated to previously annotated relevant QTL regions for LAC3. The CACNA2D1 at BTA4 explained the highest proportion of genetic variance respectively for milk, fat, and protein yields. For SCS, the TRNAG-CCC at BTA14, MAPK10, and PTPN3 genes, both at BTA6 were considered important candidate genes. The accessed network refined the importance of the reported genes. CACNA2D1 regulates calcium density and activation/inactivation kinetics of calcium transport in the mammary gland; whereas TRNAG-CCC, MAPK10, and PTPN3 are directly involved with inflammatory processes widely derived from mastitis. In conclusion, potential candidate genes (TRNAG-CCC, MAPK10, and PTPN3) associated with somatic cell were highlighted, which further validation studies are needed to clarify its mechanism action in response to mastitis. Moreover, most of the candidate genes identified were present in both (LAC3 and LAC1) for milk, fat and protein yields, except for SCS, in which no candidate genes were shared between LAC3 and LAC1. The larger phenotypic information provided by LAC3 dataset was more effective to identify relevant genes, providing a better understanding of the genetic architecture of these traits over all lactations simultaneously.
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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| 81. |  | LUZ, E. M.; CAROLLO, E. M.; OLIVEIRA, A. A. R.; SANTOS FILHO, H. P.; BARBOSA, C. de J.; SANTOS, J. F. Procedimentos básicos do Laboratório de Fitopatologia da Embrapa Mandioca e Fruticultura. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA MANDIOCA E FRUTICULTURA, 5., 2011, Cruz das Almas. Anais... Cruz das Almas: Embrapa Mandioca e Fruticultura Tropical, 2011. 1 p. 1 CD-EOM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 82. | | NORONHA, A. C. da S.; SANTOS FILHO, H. P.; SANCHES, N. F.; OLIVEIRA, A. A. R.; LOPES, F. F.; ANDRADE, P. R. O.; OLIVEIRA, A. M. G. Procedimentos para o monitoramento e níveis de controle de ácaros em mamoeiro sob sistema de produção integrada. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE ACAROLOGIA, 2., 2008, Poços de Caldas. Anais... Poços de Caldas: SIBAC, 2008. p. 120.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 83. | | OLIVEIRA, A. A. R.; SANTOS FILHO, H. P.; SANCHES, N. F.; CRUZ, J. L.; OLIVEIRA, A. M. G.; ANDRADE, P. R. O. de; LOPES, F. F. Monitoramento da pinta preta do mamoeiro no município de Itamaraju, BA, com ênfase na produção integrada. In:SIMPÓSIO DO PAPAYA BRASILEIRO, 4., 2009, VITÓRIA-ES. Pesquisa científica e a crise no mercado do mamão: anais... Vitória: Incaper, 2009. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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| 85. | | BOAVENTURA, V. de J.; SANTOS FILHO, H. P.; SANCHES, N. F.; OLIVEIRA, A. A. R.; OLIVEIRA, A. M. G. de; SOUZA, J. A.; NORONHA, A. C. da S. Monitoramento de artrópodes em área experimental de cultivo de mamoeiro. In: SIMPÓSIO BAIANO DE EDUCAÇÃO AMBIENTAL, 1., 2007, Cruz das Almas. Reciclando conceitos para desenvolver ações educativas com princípios ambientalistas. Cruz das Almas: [s.n.], [2007?]. Aloyséia Cristina da Silva Noronha, CNPMF.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
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| 86. | | OLIVEIRA, A. A. R.; SANTOS FILHO, H. P.; SANCHES, N. F.; NORONHA, A. C. da S.; LOPES, F. F.; ANDRADE, P. R. O.; OLIVEIRA, A. M. G. Monitoramento de doenças como fator de redução do uso de fungicidas no controle da pinta-preta (Asperisporium caricae) do mamoeiro. In: SIMPÓSIO SOBRE INOVAÇÃO E CRIATIVIDADE CIENTÍFICA NA EMBRAPA, 2., 2010, Brasília, DF. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2010. Disponível em: Acesso em: 21 fev. 2011.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 87. | | SANCHES, N. F.; SANTOS FILHO, H. P.; NORONHA, A. C. da S.; OLIVEIRA, A. A. R.; SANTOS, M. J.; LOPES, F. F.; ANDRADE, P. R. O. Ocorrência de ataque do mandarová Erinnyis ello em mamoeiro na Fazenda Palmeiras, Município de Porto Seguro-BA: estudo de caso. In: MARTINS, D. dos S.; COSTA, A. N. da; COSTA, A. de F. S. da. (Ed.). Papaya Brasil: manejo, qualidade e mercado do mamão. Vitória: Incaper, 2007. p. 502-503.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 88. | | BINKS, O.; MEIR, P.; ROWLAND, L.; COSTA, A. C. L. da; VASCONCELOS, S. S.; OLIVEIRA, A. A. R. de; FERREIRA, L.; CHRISTOFFERSEN, B.; NARDINI, A.; MENCUCCINI, M. Plasticity in leaf-level water relations of tropical rainforest trees in response to experimental drought. New Phytologist, v. 211, n. 2, p. 477-488, July 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 89. | | BINKS, O.; MEIR, P.; ROWLAND, L.; COSTA, A. C. L. da; VASCONCELOS, S. S.; OLIVEIRA, A. A. R. de; FERREIRA, L.; CHRISTOFFERSEN, B.; NARDINI, A.; MENCUCCINI, M. Plasticity in the water relations and anatomy of leaves of tropical rainforest trees in response to experimental drought. In: ANNUAL MEETING OF THE ASSOCIATION FOR TROPICAL BIOLOGY AND CONSERVATION, 53., 2016, Montpellier. Tropical ecology and society: reconciling conservation and sustainable use of biodiversity: program & abstracts. [S.l.]: ATBC, 2016. p. 131.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 90. | | NORONHA, A. C. da S.; SANTOS FILHO, H. P.; SANCHES, N. F.; OLIVEIRA, A. A. R.; LOPES, F. F.; ANDRADE, P. R. O.; OLIVEIRA, A. M. G. de; BOAVENTURA, V. de J.; OLIVEIRA, V. de S.; SANTOS, M. de J. Ácaros associados à cultura do mamoeiro em áreas monitoradas no sul da Bahia. In: MARTINS, D. dos S.; COSTA, A. N. da; COSTA, A. de F. S. da. (Ed.). Papaya Brasil: manejo, qualidade e mercado do mamão. Vitória: Incaper, 2007. p. 538-540.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
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| 91. | | ROWLAND, L.; LOBO-DO-VALE, R. L.; CHRISTOFFERSEN, B. O.; MELÉM, E. A.; KRUIJT, B.; VASCONCELOS, S. S.; DOMINGUES, T.; BINKS, O. J.; OLIVEIRA, A. A. R.; METCALFE, D.; COSTA, A. C. L. da; MENCUCCINI, M.; MEIR, P. After more than a decade of soil moisture deficit tropical rainforest trees maintain photosynthetic capacity, despite increased leaf respiration. Global Change Biology, v. 21, n. 12, p. 4662-4672, Dec. 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 96. | | COSTA, A. C. L. da; ROWLAND, L.; OLIVEIRA, R. S.; OLIVEIRA, A. A. R.; BINKS, O. J.; SALMON, Y.; VASCONCELOS, S. S.; S. JUNIOR, J. A.; FERREIRA, L. V.; POYATOS, R.; MENCUCCINI, M.; MEIR, P. Stand dynamics modulate water cycling and mortality risk in droughted tropical forest. Global Change Biology, v. 24, n. 1, p. 249-258, Jan. 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 98. | | PRAZERES, A. G.; SILVA, S. A.; OLIVEIRA, A. A. R.; MOREIRA, R. F. C.; LEDO, C. A. da S.; SILVA, R. O. da; SAMPAIO FILHO, O. M.; OLIVEIRA, V. S. Sensibilidade micelial do mofo-cinzento (Amphobotrys ricini) da mamoneira (Ricinus communis L.) à diferentes fungicidas. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 5., 2009, Guarapari. O melhoramento e os novos cenários da agricultura: anais. Vitória: Incaper, 2009. 1 CD-ROM. pdf 2575| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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| 99. | | GIRARDI, E. A.; NASCIMENTO, A. S. do; BARBOSA, F. F. L.; ANDRADE, E. C. de; ASTUA, J. de F.; BARBOSA, C. de J.; SANCHES, N. F.; STUCHI, E. S.; FANCELLI, M.; SANTOS FILHO, H. P.; OLIVEIRA, A. A. R. Guia de identificação do Huanglongbing (HLB, Ex-greening)dos citros. Cruz das Almas : Embrapa Mandioca e Fruticultura, 2011. 32 p. il.| Tipo: Folder/Folheto/Cartilha |
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| 100. | | PRAZERES, A. G.; SILVA, S. A.; MOREIRA, R. F. C.; SANTOS FILHO, H. P.; OLIVEIRA, A. A. R.; SOUSA, C. da S.; SOUZA, C. M. M. de; SOARES, A. C. F.; MACHADO, E. L. Ocorrência de mofo-cinzento em genótipos de mamoneira no Recôncavo baiano. In: SIMPÓSIO BAIANO DE EDUCAÇÃO AMBIENTAL, 1., 2007, Cruz das Almas. Reciclando conceitos para desenvolver ações educativas com princípios ambientalistas. Cruz das Almas: [s.n.], [2007?]. Carlos Magno Marques de Souza, UFRB; Ana Cristina Fermino Soares, UFRB; Edna Lobo Machado, UFRB.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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