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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sul. |
Data corrente: |
07/12/2020 |
Data da última atualização: |
07/12/2020 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
JUNQUEIRA, V. S.; LOPES, P. S.; LOURENCO, D.; SILVA, F. F. e; CARDOSO, F. F. |
Afiliação: |
Vinícius Silva Junqueira, UFV; Paulo Sávio Lopes, UFV; Daniela Lourenco, University of Georgia; Fabyano Fonseca e Silva, UFV; FERNANDO FLORES CARDOSO, CPPSUL. |
Título: |
Applying the metafounders approach for genomic evaluation in a multibreed beef cattle population. |
Ano de publicação: |
2020 |
Fonte/Imprenta: |
Frontiers in Genetics, v. 11, 556399, Dec. 2020. |
Idioma: |
Inglês |
Notas: |
Article 556399. |
Conteúdo: |
Pedigree information is incomplete by nature and commonly not well-established because many of the genetic ties are not known a priori or can be wrong. The genomic era brought new opportunities to assess relationships between individuals. However, when pedigree and genomic information are used simultaneously, which is the case of single-step genomic BLUP (ssGBLUP), defining the genetic base is still a challenge. One alternative to overcome this challenge is to use metafounders, which are pseudo-individuals that describe the genetic relationship between the base population individuals. The purpose of this study was to evaluate the impact of metafounders on the estimation of breeding values for tick resistance under ssGBLUP for a multibreed population composed by Hereford, Braford, and Zebu animals. Three different scenarios were studied: pedigree-based model (BLUP), ssGBLUP, and ssGBLUP with metafounders (ssGBLUPm). In ssGBLUPm, a total of four different metafounders based on breed of origin (i.e., Hereford, Braford, Zebu, and unknown) were included for the animals with missing parents. The relationship coefficient between metafounders was in average 0.54 (ranging from 0.34 to 0.96) suggesting an overlap between ancestor populations. The estimates of metafounder relationships indicate that Hereford and Zebu breeds have a possible common ancestral relationship. Inbreeding coefficients calculated following the metafounder approach had less negative values, suggesting that ancestral populations were large enough and that gametes inherited from the historical population were not identical. Variance components were estimated based on ssGBLUPm, ssGBLUP, and BLUP, but the values from ssGBLUPm were scaled to provide a fair comparison with estimates from the other two models. In general, additive, residual, and phenotypic variance components in the Hereford population were smaller than in Braford across different models. The addition of genomic information increased heritability for Hereford, possibly because of improved genetic relationships. As expected, genomic models had greater predictive ability, with an additional gain for ssGBLUPm over ssGBLUP. The increase in predictive ability was greater for Herefords. Our results show the potential of using metafounders to increase accuracy of GEBV, and therefore, the rate of genetic gain in beef cattle populations with partial levels of missing pedigree information. Keywords: unknown parent group, founder, genomic selection, missing pedigree, breeding values MenosPedigree information is incomplete by nature and commonly not well-established because many of the genetic ties are not known a priori or can be wrong. The genomic era brought new opportunities to assess relationships between individuals. However, when pedigree and genomic information are used simultaneously, which is the case of single-step genomic BLUP (ssGBLUP), defining the genetic base is still a challenge. One alternative to overcome this challenge is to use metafounders, which are pseudo-individuals that describe the genetic relationship between the base population individuals. The purpose of this study was to evaluate the impact of metafounders on the estimation of breeding values for tick resistance under ssGBLUP for a multibreed population composed by Hereford, Braford, and Zebu animals. Three different scenarios were studied: pedigree-based model (BLUP), ssGBLUP, and ssGBLUP with metafounders (ssGBLUPm). In ssGBLUPm, a total of four different metafounders based on breed of origin (i.e., Hereford, Braford, Zebu, and unknown) were included for the animals with missing parents. The relationship coefficient between metafounders was in average 0.54 (ranging from 0.34 to 0.96) suggesting an overlap between ancestor populations. The estimates of metafounder relationships indicate that Hereford and Zebu breeds have a possible common ancestral relationship. Inbreeding coefficients calculated following the metafounder approach had less negative values, suggesting that ances... Mostrar Tudo |
Thesagro: |
Bovino; Seleção Genótipa. |
Categoria do assunto: |
-- |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/218811/1/fgene.pdf
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Marc: |
LEADER 03145naa a2200205 a 4500 001 2127712 005 2020-12-07 008 2020 bl uuuu u00u1 u #d 100 1 $aJUNQUEIRA, V. S. 245 $aApplying the metafounders approach for genomic evaluation in a multibreed beef cattle population.$h[electronic resource] 260 $c2020 500 $aArticle 556399. 520 $aPedigree information is incomplete by nature and commonly not well-established because many of the genetic ties are not known a priori or can be wrong. The genomic era brought new opportunities to assess relationships between individuals. However, when pedigree and genomic information are used simultaneously, which is the case of single-step genomic BLUP (ssGBLUP), defining the genetic base is still a challenge. One alternative to overcome this challenge is to use metafounders, which are pseudo-individuals that describe the genetic relationship between the base population individuals. The purpose of this study was to evaluate the impact of metafounders on the estimation of breeding values for tick resistance under ssGBLUP for a multibreed population composed by Hereford, Braford, and Zebu animals. Three different scenarios were studied: pedigree-based model (BLUP), ssGBLUP, and ssGBLUP with metafounders (ssGBLUPm). In ssGBLUPm, a total of four different metafounders based on breed of origin (i.e., Hereford, Braford, Zebu, and unknown) were included for the animals with missing parents. The relationship coefficient between metafounders was in average 0.54 (ranging from 0.34 to 0.96) suggesting an overlap between ancestor populations. The estimates of metafounder relationships indicate that Hereford and Zebu breeds have a possible common ancestral relationship. Inbreeding coefficients calculated following the metafounder approach had less negative values, suggesting that ancestral populations were large enough and that gametes inherited from the historical population were not identical. Variance components were estimated based on ssGBLUPm, ssGBLUP, and BLUP, but the values from ssGBLUPm were scaled to provide a fair comparison with estimates from the other two models. In general, additive, residual, and phenotypic variance components in the Hereford population were smaller than in Braford across different models. The addition of genomic information increased heritability for Hereford, possibly because of improved genetic relationships. As expected, genomic models had greater predictive ability, with an additional gain for ssGBLUPm over ssGBLUP. The increase in predictive ability was greater for Herefords. Our results show the potential of using metafounders to increase accuracy of GEBV, and therefore, the rate of genetic gain in beef cattle populations with partial levels of missing pedigree information. Keywords: unknown parent group, founder, genomic selection, missing pedigree, breeding values 650 $aBovino 650 $aSeleção Genótipa 700 1 $aLOPES, P. S. 700 1 $aLOURENCO, D. 700 1 $aSILVA, F. F. e 700 1 $aCARDOSO, F. F. 773 $tFrontiers in Genetics$gv. 11, 556399, Dec. 2020.
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sul (CPPSUL) |
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Status |
URL |
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Registro Completo
Biblioteca(s): |
Embrapa Cerrados. |
Data corrente: |
22/10/2018 |
Data da última atualização: |
22/10/2018 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
Autoria: |
SAMBUICHI, R. H. R.; SPINOLA, P. A. C.; MATTOS, L. M. de; AVILA, M. L. de; MOURA, I. F. de; SILVA, A. P. M. da. |
Afiliação: |
Regina Helena Rosa Sambuichi, IPEA; PAULO ASAFE CAMPOS SPINOLA, UNB; LUCIANO MANSOR DE MATTOS, CPAC; MARIO LUCIO DE AVILA, UNB; IRACEMA FERREIRA DE MOURA, MINISTÉRIO DA SAÚDE; ANA PAULA MOREIRA DA SILVA, IPEA. |
Título: |
Análise da construção da Política Nacional de Agroecologia e Produção Orgânica no Brasil. |
Ano de publicação: |
2018 |
Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESO DE LA ASOCIACIÓN LATINOAMERICANA DE SOCIOLOGÍA RURAL, 10., 2018, Montevideo. Anais... Montevideo: ALASRU, 2018. |
Idioma: |
Português |
Conteúdo: |
Resumo: A Política Nacional de Agroecologia e Produção Orgânica (Pnapo) foi criada em 2012, com o objetivo de integrar, articular e adequar as políticas públicas que contribuem para a produção sustentável de alimentos saudáveis e livres de contaminantes químicos, aliando o desenvolvimento rural com a conservação dos recursos naturais e a valorização do conhecimento dos povos e comunidades tradicionais. Este texto apresenta uma análise do processo de construção desta política com base nas percepções dos representantes das diversas instituições do governo e da sociedade civil que participam da sua gestão. Entrevistas semiestruturadas foram realizadas com esses representantes e uma análise de conteúdo foi procedida com base nas transcrições das entrevistas. Os resultados obtidos mostraram que os espaços de diálogo proporcionados pela Comissão Nacional de Agroecologia e Produção Orgânica (Cnapo), formada por representantes do governo e de entidades da sociedade civil, e a Câmara Interministerial de Agroecologia e Produção Orgânica (Ciapo), composta por representantes dos ministérios que atuam na política, propiciaram a construção participativa entre governo e sociedade e estimularam uma abordagem interministerial dentro do âmbito governamental. Os principais desafios são o aprimoramento da gestão intersetorial e a ampliação da prioridade da Pnapo dentro do próprio governo. Conclui-se que a continuidade da política dependerá muito do reconhecimento da sociedade por sua importância, demandando do governo a sua manutenção e ampliação dos espaços conquistados. MenosResumo: A Política Nacional de Agroecologia e Produção Orgânica (Pnapo) foi criada em 2012, com o objetivo de integrar, articular e adequar as políticas públicas que contribuem para a produção sustentável de alimentos saudáveis e livres de contaminantes químicos, aliando o desenvolvimento rural com a conservação dos recursos naturais e a valorização do conhecimento dos povos e comunidades tradicionais. Este texto apresenta uma análise do processo de construção desta política com base nas percepções dos representantes das diversas instituições do governo e da sociedade civil que participam da sua gestão. Entrevistas semiestruturadas foram realizadas com esses representantes e uma análise de conteúdo foi procedida com base nas transcrições das entrevistas. Os resultados obtidos mostraram que os espaços de diálogo proporcionados pela Comissão Nacional de Agroecologia e Produção Orgânica (Cnapo), formada por representantes do governo e de entidades da sociedade civil, e a Câmara Interministerial de Agroecologia e Produção Orgânica (Ciapo), composta por representantes dos ministérios que atuam na política, propiciaram a construção participativa entre governo e sociedade e estimularam uma abordagem interministerial dentro do âmbito governamental. Os principais desafios são o aprimoramento da gestão intersetorial e a ampliação da prioridade da Pnapo dentro do próprio governo. Conclui-se que a continuidade da política dependerá muito do reconhecimento da sociedade por sua importânci... Mostrar Tudo |
Thesagro: |
Agricultura Familiar; Desenvolvimento Sustentável; Políticas Públicas. |
Categoria do assunto: |
B Sociologia Rural |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/184822/1/ALASRU-apagar.pdf
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Marc: |
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