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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
29/12/2019 |
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Data da última atualização: |
06/02/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SILVA, A. A.; SILVA, F. F.; SILVA, D. A.; SILVA, H. T.; COSTA, C. N.; LOPES, P. S.; VERONEZE, R.; THOMPSON, G.; CARVALHEIRA, J. |
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Afiliação: |
ALESSANDRA ALVES SILVA; FABYANO FONSECA SILVA; DELVAN ALVES SILVA; HUGO TEIXEIRA SILVA; CLAUDIO NAPOLIS COSTA, CNPGL; PAULO SÁVIO LOPES; RENATA VERONEZE; GERTRUDE THOMPSON; JULIO CARVALHEIRA. |
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Título: |
Genotype imputation strategies for Portuguese Holstein cattle using different SNP panels. |
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Ano de publicação: |
2019 |
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Fonte/Imprenta: |
Czech Journal of Animal Science, v. 64, n. 9, p. 377-386, 2019. |
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DOI: |
https://doi.org/10.17221/120/2019-CJAS |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Although several studies have investigated the factors affecting imputation accuracy, most of these studies involved a large number of genotyped animals. Thus, results from these studies cannot be directly applied to small populations, since the population structure affects imputation accuracy. In addition, factors affecting imputation accuracy may also be intensified in small populations. Therefore, we aimed to compare different imputation strate-gies for the Portuguese Holstein cattle population considering several commercially available single nucleotide poly-morphism (SNP) panels in a relatively small number of genotyped animals. Data from 1359 genotyped animals were used to evaluate imputation in 7 different scenarios. In the S1 to S6 scenarios, imputations were performed from LDv1, 50Kv1, 57K, 77K, HDv3 and Ax58K panels to 50Kv2 panel. In these scenarios, the bulls in 50Kv2 were divided into reference (352) and validation (101) populations based on the year of birth. In the S7 scenario, the validation population consisted of 566 cows genotyped with the Ax58K panel with theirgenotypes masked to LDv1. In general, all sample imputation accuracies were high with correlations ranging from 0.94 to 0.99 and concordance rate rang-ing from 92.59 to 98.18%. SNP-specific accuracy was consistent with that of sample imputation. S4 (40.32% of SNPs imputed) had higher accuracy than S2 and S3, both with less than 7.59% of SNPs imputed. Most probably, this was due to the high number of imputed SNPs with minor allele frequency (MAF) < 0.05 in S2 and S3 (by 18.43% and 16.06% higher than in S4, respectively). Therefore, for these two scenarios, MAF was more relevant than the panel density. These results suggest that genotype imputation using several commercially available SNP panels is feasible for the Portuguese national genomic evaluation. MenosAlthough several studies have investigated the factors affecting imputation accuracy, most of these studies involved a large number of genotyped animals. Thus, results from these studies cannot be directly applied to small populations, since the population structure affects imputation accuracy. In addition, factors affecting imputation accuracy may also be intensified in small populations. Therefore, we aimed to compare different imputation strate-gies for the Portuguese Holstein cattle population considering several commercially available single nucleotide poly-morphism (SNP) panels in a relatively small number of genotyped animals. Data from 1359 genotyped animals were used to evaluate imputation in 7 different scenarios. In the S1 to S6 scenarios, imputations were performed from LDv1, 50Kv1, 57K, 77K, HDv3 and Ax58K panels to 50Kv2 panel. In these scenarios, the bulls in 50Kv2 were divided into reference (352) and validation (101) populations based on the year of birth. In the S7 scenario, the validation population consisted of 566 cows genotyped with the Ax58K panel with theirgenotypes masked to LDv1. In general, all sample imputation accuracies were high with correlations ranging from 0.94 to 0.99 and concordance rate rang-ing from 92.59 to 98.18%. SNP-specific accuracy was consistent with that of sample imputation. S4 (40.32% of SNPs imputed) had higher accuracy than S2 and S3, both with less than 7.59% of SNPs imputed. Most probably, this was due to the high number of... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Genomic evaluation; Imputation accuracy. |
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Thesaurus Nal: |
Dairy cattle. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/207907/1/120-2019-CJAS.pdf
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Marc: |
LEADER 02654naa a2200265 a 4500
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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| Registros recuperados : 171 | |
| 122. |  | MENEZES, G. R. de O.; TORRES, R. de A.; SARMENTO, J. L. R.; RODRIGUES, M. T.; BRITO, L. F.; LOPES, P. S.; SILVA, F. G. da. Modelos de regressão aleatória na avaliação da produção de leite em cabras da raça Saanen. Revista Brasileira de Zootecnia, v.40, n.7, p.1526-1532, 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 123. | | SOARES, T. L. da S.; SANTOS, F. L. C.; PEIXOTO, M. G. C. D.; CARRARA, E. R.; BRUNELI, F. A. T.; VERONEZE, R.; LOPES, P. S. A interação genótipo-ambiente já afeta características leiteiras e idade ao primeiro parto em animais Guzerá. Revista Guzerate, ano 2, n. 2, p. 66-70, maio 2023.| Tipo: Artigo de Divulgação na Mídia |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 124. | | ARAUJO, C. V.; TORRES, R. A.; COSTA, C. N.; LOPES, P. S.; PERREIRA, C. S.; EUCLYDES, R. F.; TORRES FILHO, R. A. Interação reprodutor x rebanho na produção de leite da raça Holandesa no Brasil. Revista Brasileira de Zootecnia, Viçosa, v. 30, n. 3, p. 992-999, 2001.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 125. | | CAMPÊLO, J. E. G.; LOPES, P. S.; TORRES, R. de A.; SILVA, L. O. C.; EUCLYDES, R. F.; ARAÚJO, C. V. de; PEREIRA, C. S. Maternal effects on the genetic evaluation of Tabapuã beef cattle. Genetics and Molecular Biology, São Paulo, v. 27, n. 4, p. 517-521, Dec. 2004. CNPGC.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 126. | | JUNQUEIRA, V. S.; LOPES, P. S.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; LOURENÇO, D. A. L.; YOKOO, M. J. I.; CARDOSO, F. F. Impact of embryo transfer phenotypic records on large-scale beef cattle genetic evaluations. Revista Brasileira de Zootecnia, Viçosa, MG, v. 47, e20170033, 2018. 4 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas; Embrapa Pecuária Sul. |
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| 127. | | PEREIRA, R. J.; LOPES, P. S.; VERNEQUE, R. da S.; SANTANA JUNIOR, M. L.; LAGROTTA, M. R.; TORRES, R. de A. Funções de covariância para produção de leite no dia do controle em bovinos Gir Leiteiro. Pesquisa Agropecuária Brasileira, v. 45, n. 11, p. 1303-1311, 2010.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| 128. | | CARNEIRO, P. L. S.; MALHADO, C. H. M.; EUCLYDES, R. F.; TORRES, R. de A.; LOPES, P. S.; CARNEIRO, A. P. S.; CUNHA, E. E. Seleção tradicional e associada a marcadores moleculares na avaliação genética animal. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 41, n. 4, p. 615-621, abr. 2006 Título em inglês: Traditional and associated selection with molecular markers in the genetic evaluation of animals.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 129. | | SARMENTO, J. L. R.; TORRES, R. A.; SOUSA, W. H.; LOBO, R. N. B.; ALBUQUERQUE, L. G.; LOPES, P. S.; SANTOS, N. P. S.; BIGNARD, A. B. Random regression models for the estimation of genetic and environmental covariance functions for growth traits in Santa Ines sheep. Genetics and Molecular Research, Ribeirão Preto, v. 15, n. 2, Jun. 2016| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 130. | | SILVA, D. A.; SILVA, A. A.; COSTA, C. N.; SILVA, F. F.; LOPES, P. S.; GUIMARÃES, S. E. F; SANTOS, G. G. dos; THOMPSON, G.; CARVALHEIRA, J. Random vs fixed contemporary group effects on genetic evaluations of the Brazilian Holstein cattle using an autoregressive animal model. In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 11., 2018, Auckland, New Zealand. Proceedings... Massey University, 2018.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 131. | | PIRES, A. V.; LOPES, P. S.; GUIMARAES, S. E. F.; GUIMARAES, C. T.; GOMIDE, L. A. M.; BENEVENUTO JUNIOR, A. A.; CARMO, F. M. S. Quantitative trait loci mapping for meat quality traits in swine chromosome 6. Arquivo Brasileiro de Medicina Veterinária e Zootecnia, Belo Horizonte, v. 57, n. 5, p. 608-615, 2005.| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 132. | | MESQUITA, D. L.; ANTONIASSI, R.; BIZZO, H. R.; JUNQUEIRA, N. T. V.; DUBOC, E.; PEREIRA, L. M.; LOPES, P. S. N. Rendimento de óleo e composição em ácidos graxos de pequi (Caryocar spp.). In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE ÓLEOS ESSENCIAIS, 5., 2009, Rio de Janeiro. Anais... Rio de Janeiro: Instituto Militar de Engenharia, 2009. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
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| 133. | | ROGÉRIO, J. B.; MESQUITA, D. L.; BIZZO, H. R.; JUNQUEIRA, N. T. V.; DUBOC, E.; LOPES, P. S. N.; ANTONIASSI, R. Rendimento e qualidade do óleo de pequi anão (Caryocar brasiliense subsp. intermedium). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PLANTAS OLEAGINOSAS, ÓLEOS, GORDURAS E BIODIESEL, 6., 2009, Montes Claros. Biodiesel: inovação tecnológica: anais. Lavras: UFLA, 2009. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
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| 134. | | SILVA, A. A.; SILVA, D. A.; LOPES, P. S.; SILVA, H. T.; VERONEZE, R.; THOMPSON, G.; COSTA, C. N.; CARVALHEIRA, J. SNP substitution effects for SCS changes across environmental gradients in Portuguese dairy cattle. In: ANNUAL MEETING OF THE EUROPEAN FEDERATION OF ANIMAL SCIENCE, 73., 2022, Porto. Book of abstracts... Rome: European Federation of Animal Science, 2022. p. 136.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 135. | | SILVA, A. A.; SILVA, D. A.; GUIMARÃES, S. E. F.; LOPES. P. S.; SILVA, F. F.; THOMPSON, G.; COSTA, C. N.; CARVALHEIRA, J. Single-step genomic evaluation using an autoregressive multiple lactation model for Portuguese Holstein cattle. In: In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 11., 2018, Auckland, New Zealand. Proceedings... Massey University, 2018.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 136. | | CAMPÊLO, J. E. G.; LOPES, P. S.; TORRES, R. de A.; SILVA, L. O. C.; EUCLYDES, R. F.; ARAÚJO, C. V. de; PEREIRA, C. S. Heterogeneidade de variância na avaliação genética de bovinos da raça Tabapuã em análises com efeitos maternos. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 38., 2001, Piracicaba. Anais... Piracicaba: FEALQ, 2001. p. 565-566. CNPGC. SBZ.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 137. | | CAMPÊLO, J. E. G.; LOPES, P. S.; TORRES, R. de A.; EUCLYDES, R. F.; SILVA, L. O. C.; ARAÚJO, C. V. de; PEREIRA, C. S. Heterogeneidade de variância na avaliação genética de bovinos da raça Tabapuã. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 38., 2001, Piracicaba. Anais... Piracicaba: FEALQ, 2001. p. 520-521. CNPGC. SBZ.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 138. | | TORAL, F. L. B.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; LOPES, P. S.; CARDOSO, F. F.; SILVA, L. O. C. da. Heteroskedasticity for weaning weight of Charolais-Zebu crossbred calves. Revista Brasileira de Zootecnia, Viçosa, MG, v. 41, n. 5, p. 1163-1172, 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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| 139. | | SILVA, A. A.; SILVA, D. A.; SILVA, F. F.; COSTA, C. N.; SILVA, H. T.; LOPES, P. S.; VERONEZE, R.; THOMPSON, G.; CARVALHEIRA, J. GWAS and gene networks for milk-related traits from test-day multiple lactations in Portuguese Holstein cattle. Journal of Applied Genetics, v. 61, p. 465-476, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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