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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
06/05/2019 |
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Data da última atualização: |
06/05/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
ITO, E. A.; KATAHIRA, I.; VICENTE, F. F. da R.; PEREIRA, L. F. P.; LOPES, F. M. |
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Afiliação: |
Eric Augusto Ito, Department of Computer Science, Bioinformatics Graduate Program/Federal University of Technology Paraná; Isaque Katahira, Department of Computer Science, Bioinformatics Graduate Program/Federal University of Technology – Paraná; Fábio Fernandes da Rocha Vicente, Department of Computer Science, Bioinformatics Graduate Program/Federal University of Technology – Paraná; LUIZ FILIPE PROTASIO PEREIRA, CNPCa; Fabrício Martins Lopes, Department of Computer Science, Bioinformatics Graduate Program/Federal University of Technology – Paraná. |
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Título: |
BASiNET - Biological Sequences NETwork: a case study on coding and non-coding RNAs identification. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
Nucleic Acids Research, v. 46, n. 16, p. , 2018 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
With the emergence of Next Generation Sequencing (NGS) technologies, a large volume of sequence data in particular de novo sequencing was rapidly produced at relatively low costs. In this context, computational tools are increasingly important to assist in the identification of relevant information to understand the functioning of organisms. This work introduces BASiNET, an alignment-free tool for classifying biological sequences based on the feature extraction from complex network measurements. The method initially transform the sequences and represents them as complex networks. Then it extracts topological measures and constructs a feature vector that is used to classify the sequences. The method was evaluated in the classification of coding and non-coding RNAs of 13 species and compared to the CNCI, PLEK and CPC2 methods. BASiNET outperformed all compared methods in all adopted organisms and datasets. BASiNET have classified sequences in all organisms with high accuracy and low standard deviation, showing that the method is robust and non-biased by the organism. The proposed methodology is implemented in open source in R language and freely available for download at https://cran.r-project.org/package=BASiNET. |
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Palavras-Chave: |
RNA-seq. |
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Thesaurus Nal: |
Cardiovascular diseases; Epigenetics; Neurodegenerative diseases; Nucleotides. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/196978/1/BASinet-Biological-sequences-NETwork.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
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Registro |
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URL |
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| Registros recuperados : 11 | |
| 1. |  | AZEVEDO, H.; LOPES, F. M.; SILLA, P. R.; HUNGRIA, M. A database for the taxonomic and phylogenetic identification of the genus Bradyrhizobium using multilocus sequence analysis. BMC Genomics, London, v. 16, 2015. Suppl 5, S10. 11 p. Edição dos Proceedings of the 10th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-Meeting 2014), Belo Horizonte, Oct. 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 5. | | PACANHELA, E. F.; RONDINA, A. B. L.; NOGUEIRA, M. A.; HUNGRIA, M.; SAITO, P. T. M.; LOPES, F. M. Análise e Classificação Automática de Nódulos em Raízes de Cultivares de Soja. In: BRAZILIAN E-SCIENCE WORKSHOP (BRESCI), 16., 2022, Niterói. Anais [...]. Porto Alegre: SBC, 2022. p. 41-48.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 6. | | SILVA, C. N. da; FALEIRO, F. G.; JUNQUEIRA, N. T. V.; COSTA, A. M.; LOPES, F. M. Caracterização morfoagronômica e ganhos de seleção em progênies de meio-irmãos de Passiflora maliformis L. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA CERRADOS, 2015, Planaltina, DF. Jovens Talentos 2015: resumos. Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2015. (Embrapa Cerrados. Documentos, 328). p. 29| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 7. | | D'ABADIA, A. C. A.; FALEIRO, F. G.; COSTA, A. M.; JUNQUEIRA, N. T. V.; BRAGA, M. F.; LOPES, F. M. Características físicas de frutos de maracujazeiro-doce sob diferentes sistemas de condução. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA CERRADOS, 2015, Planaltina, DF. Jovens Talentos 2015: resumos. Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2015. (Embrapa Cerrados. Documentos, 328). p. 25| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 8. | | PASCHOAL, A. R.; FERNANDES, E. D. M.; SILVA, J. C.; LOPES, F. M.; PEREIRA, L. F. P.; DOMINGUES, D. S. CoffeebEST: an integrated resource for Coffea spp expressed sequence tags. Genetics and Molecular Research, v. 13, n. 4, p. 10913-10920, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 10. | | SILVA, C. N. da; FALEIRO, F. G.; JUNQUEIRA, N. T. V.; COSTA, A. M.; LOPES, F. M. Diferencial de seleção em progênies de passiflora maliformis. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 8., 2015, Goiânia. O melhoramento de plantas, o futuro da agricultura e a soberania nacional: anais. Goiânia: UFG: SBMP, 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 11. | | DABADIA, A. C. A.; FALEIRO, F. G.; COSTA, A. M.; JUNQUEIRA, N. T. V.; BRAGA, M. F.; LOPES, F. M. Variabilidade genética e características físicas de frutos de matrizes selecionadas de maracujazeiro doce. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 8., 2015, Goiânia. O melhoramento de plantas, o futuro da agricultura e a soberania nacional: anais. Goiânia: UFG: SBMP, 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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