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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
Data corrente: |
09/07/2009 |
Data da última atualização: |
14/06/2023 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
KUBO, K. S.; STUART, R. M.; FREITAS-ASTÚA, J.; ANTONIOLI-LUIZON, R.; LOCALI-FABRIS, E. C.; COLETTA-FILHO, H. D.; MACHADO, M. A.; KITAJIMA, E. W. |
Afiliação: |
Karen Sumire Kubo, APTA; R. M. Stuart, APTA; Juliana Freitas-Ástua, CNPMF; Renata Antonioli-Luizon, APTA; Eliane Cristina Locali-Fabris, APTA; Helvecio Della Coletta-Filho, APTA; Marcos Antonio Machado, APTA; Elliot Watanabe Kitajima, ESALQ. |
Título: |
Evaluation of the genetic variability of orchid fleck virus by single-strand conformational polymorphism analysis and nucleotide sequencing of a fragment from the nucleocapsid. |
Ano de publicação: |
2009 |
Fonte/Imprenta: |
Archives of Virology, v. 154, n. 6, p. 1009-1014, mai. 2009. |
ISSN: |
0304-8608 |
DOI: |
DOI 10.1007/s00705-009-0395-8 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
The variability of a fragment of the nucleocapsid gene of orchid fleck virus (OFV) was investigated by single-strand conformational polymorphism (SSCP) analysis and nucleotide sequencing. Forty-eight samples of 18 genera of orchids were collected from Brazil, Costa Rica and Australia. The SSCP analysis yielded six different band patterns, and phylogenetic analysis based on the nucleotide fragment sequence obtained in this work and six available in GenBank showed two different groups, one with isolates 023Germany and So-Japan, and other with the rest of the isolates. None of the analyses showed geographic correlation among the Brazilian strains. The data obtained in this study showed a low genetic variation in this region of the genome; the dN/dS ratio of 0.251-0.405 demonstrated a negative selective pressure that maintains the stability of the analyzed fragments. |
Palavras-Chave: |
Nuclear type. |
Thesaurus Nal: |
Orchid fleck virus. |
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
Marc: |
LEADER 01736naa a2200253 a 4500 001 1654417 005 2023-06-14 008 2009 bl uuuu u00u1 u #d 022 $a0304-8608 024 7 $aDOI 10.1007/s00705-009-0395-8$2DOI 100 1 $aKUBO, K. S. 245 $aEvaluation of the genetic variability of orchid fleck virus by single-strand conformational polymorphism analysis and nucleotide sequencing of a fragment from the nucleocapsid.$h[electronic resource] 260 $c2009 520 $aThe variability of a fragment of the nucleocapsid gene of orchid fleck virus (OFV) was investigated by single-strand conformational polymorphism (SSCP) analysis and nucleotide sequencing. Forty-eight samples of 18 genera of orchids were collected from Brazil, Costa Rica and Australia. The SSCP analysis yielded six different band patterns, and phylogenetic analysis based on the nucleotide fragment sequence obtained in this work and six available in GenBank showed two different groups, one with isolates 023Germany and So-Japan, and other with the rest of the isolates. None of the analyses showed geographic correlation among the Brazilian strains. The data obtained in this study showed a low genetic variation in this region of the genome; the dN/dS ratio of 0.251-0.405 demonstrated a negative selective pressure that maintains the stability of the analyzed fragments. 650 $aOrchid fleck virus 653 $aNuclear type 700 1 $aSTUART, R. M. 700 1 $aFREITAS-ASTÚA, J. 700 1 $aANTONIOLI-LUIZON, R. 700 1 $aLOCALI-FABRIS, E. C. 700 1 $aCOLETTA-FILHO, H. D. 700 1 $aMACHADO, M. A. 700 1 $aKITAJIMA, E. W. 773 $tArchives of Virology$gv. 154, n. 6, p. 1009-1014, mai. 2009.
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Registro original: |
Embrapa Mandioca e Fruticultura (CNPMF) |
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Registros recuperados : 28 | |
3. | | ANTONIOLI-LUIZON, R.; LOCALI-FABRIS, E. C.; ASTÚA, J. F.; MACHADO, M. A.; KITAJIMA, E. W. Estudo da variabilidade genética do vírus da pinta verde do maracujazeiro através de SSCP (Single Strand Conformational Polymorphism). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA, 25., 2009, Porto de Galinhas, PE. Anais... [São Paulo]: Sociedade Bras. de Microbiologia, 2009. Resumo I - Virologia (Divisão P).Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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6. | | PEREIRA, J. A.; ANTONIOLO-LUIZON, R.; LOCALI-FABRIS, E. C.; KUBO, K. S.; MACHADO, M. A.; FREITAS-ÁSTUA, J. Estudo da variabilidade genética da possível capa protéica do Citrus leprosis virus virus C (CiLV-C) em espécies de citros de 14 estados brasileiros. Tropical Plant Pathology, Brasília, DF, v. 34, ago. 2009. Suplemento. Edição dos Resumos do XLII Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Rio de Janeiro, ago. 2009. Suplemento. Resumo 928.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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7. | | KITAJIMA, E. W.; CALEGARIO, R. F.; LOCALI-FABRIS, E. C.; NOVELLI, V. M.; BASTIANEL, M.; FREITAS-ASTÚA, J.; FRANCISCHINI, F. In situ detection of CiLV-C in the mite vector Brevipalpus phoenicis, evidence for a circulative type of virus/vector relationship and a model for the virus circulation in the mite. Tropical Plant Pathology, Brasilia, DF, v. 33, supl., ago. 2008.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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8. | | KITAJIMA, E. W.; CALEGARIO, R. F.; NOVELLI, V. M.; LOCALI-FABRIS, E. C.; BASTIANEL, M.; FRANCISCHINI, F.; FREITAS-ASTUA, J. In situ detection and immunolocalization of the Citrus leprosis virus cytoplasmic type (CiLV) in the mite vector and evidences that the virus/vector relationship is of circulative type. In: INTERNATIONAL SCIENTIFIC SEMINAR ON PLANT HEALTH, 6.; LATIN AMERICAN AND CARIBBEAN SYMPOSIUM, 2., 2008, La Habana, Cuba. Acarina Biodiversity: their use, protection and conservation. Havana, [s.n.], 2008. 1 CD ROMTipo: Resumo em Anais de Congresso |
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9. | | ASTUA, J. de F.; KITAJIMA, E. W.; KUBO, K. S.; BASTIANEL, M.; CRISTOFANI-VALY, M.; LOCALI-FABRIS, E.; NOVELLI, V. M.; MACHADO, M. A. The atypical Brevipalpus-transmitted viruses and their interactions with host plants and mite vectors. In: EMBO WORLD LECTURE COURSE VIRUS-HOST: PARTNERS IN PATHOGENICITY, 2010, San Jose. [Abstracts...].San Jose: EMBO, 2010. p. 40. Organizado por Cecilia Ramirez.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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10. | | PEREIRA, J. A.; ANTONIOLI - LUIZON, R.; NICOLINI, F.; LOCALI-FABRIS, E. C.; KUBO, K. S.; M ACHADO, M. A.; FREITAS-ASTÚA, J. Análise da variabilidade genética do gene da capa protéica do vírus da leprose dos citros. Tropical Plant Pathology, Brasilia, DF, v. 33, supl., p. 287, ago. 2008.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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11. | | NICOLINI, F.; BASTIANEL, M.; SCHONS, J.; KITAJIMA, E. W.; LOCALI-FABRIS, E. C.; PEREIRA, J. A.; KUBO, K. S.; NOVELLI, V. M.; MACHADO, M. A.; FREITAS-ASTÚA, J. Comparação entre os títulos de vírus transmitidos por ácaros Brevipalpus por RT-qPCR. Tropical Plant Pathology, Brasilia, DF, v. 33, supl., ago. 2008.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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12. | | FREITAS-ÁSTUA, J.; BASTIANEL, M.; LOCALI-FABRIS, E. C.; NOVELLI, V. M.; SILVA-PINHATI, A. C.; BASÍLIO-PALMIERI, A. C.; TARGON, M. L. P. N.; MACHADO, M. A. Differentially expressed stress-related genes in the compatible citrus-Citrus leprosis virus interaction. Genetics and Molecular Biology, Ribeirão Preto, v. 30, n. 3, p. 980-990, 2007.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
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13. | | KUBO, K. S.; NOVELLI, V. M.; BASTIANEL, M.; LOCALI-FABRIS, E. C.; ANTONIOLI-LUIZON, R.; MACHADO, M. A.; FREITAS-ASTUA, J. Detection of Brevipalpus-transmitted viruses in their mite vectors by RT-PCR. Experimental Applied Acarology, Dordrechet, v. 54, n. 1, jan. 2011.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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14. | | NOVELLI, V. M.; ASTUA, J. de F.; LOCALI-FABRIS, E. C.; BASTIANEL, M.; ANTONIOLI-LUIZON, R.; RIBEIRO, B. M.; MACHADO, M. A. Detecção do vírus da leprose dos citros no ácaro vetor. Laranja, Cordeiropólis, v. 28, n. 1/2, 2007 Disponível em: Acesso em: 26 out. 2010.
Pdf: 04_313 desenvolvimento [1]. pdf
Secção: FitopalogiaTipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 4 |
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15. | | COSTA, F. M.; FREITAS-ASTUA, J.; BASTIANEL, M.; LOCALI-FABRIS, E.; MACHADO, M. A.; KUBO, K. S.; GONDIM JÚNIOR, M. G. C.; NOVELLI, V. M.; PEREIRA, J. A. Detecção do vírus da mancha anelar do cafeeiro (CoRSV) nas diferentes fases do ácaro vetor Brevipalpus phoenicis. Tropical Plant Pathology, Brasília, DF, v. 34, ago. 2009. Suplemento. Edição dos Resumos do XLII Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Rio de Janeiro, ago. 2009. Suplemento. Resumo 919.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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16. | | KUBO, K. S.; STUART, R. M.; FREITAS-ASTÚA, J.; ANTONIOLI-LUIZON, R.; LOCALI-FABRIS, E. C.; COLETTA-FILHO, H. D.; MACHADO, M. A.; KITAJIMA, E. W. Evaluation of the genetic variability of orchid fleck virus by single-strand conformational polymorphism analysis and nucleotide sequencing of a fragment from the nucleocapsid. Archives of Virology, v. 154, n. 6, p. 1009-1014, mai. 2009.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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17. | | LOCALI-FABRIS, E. C.; MAFRA, V. S.; MARTINS, P. K.; RIBEIRO- ALVES, M.; FRANCISCO, C. S.; FREITAS ASTUA, J. de; KISHI, L. T.; MACHADO, M. A. Gene set enrichment analysis in sweet orange plants infected by Candidatus Liberibacter americanus. In: CONFERENCE INTERNATIONAL ORGANIZATION CITRUS VIROLOGISTS, 18., Campinas, SP, 2010. Proceedings... Campinas: IOCV, 2010. 1 CD-ROM. 0058 PSO
Publicado também em: Citrus Research & Technology, Cordeirópolis, v. 31, Suplemento, 2010Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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18. | | CALEGARIO, R. F.; KITAJIMA, E. W.; LOCALI-FABRIS, E. C.; SALAROLI, R. B.; FREITAS-ASTÚA, J.; STACH- MACHADO, D. R.; CASERTA, R.; MACHADO, M. A. In situ immunocytochemistry of citrus leaves infected with Citrus leprosis virus cytoplasmic type (CiLV-C). Tropical Plant Pathology, Brasilia, DF, v. 33, supl., ago. 2008.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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19. | | NOVELLI, V. M.; FREITAS-ASTUA, J.; RIBEIRO, B. M.; LOCALI-FABRIS, E. C.; NAVIA, D.; KITAJIMA, E. W.; MACHADO, M. A. Prevalence of the Cardinium symbiont and genetic variability of Brevipalpus phoenicis (Acari: Tenuipalpidae) populations from Brazil. In:INTERNATIONAL CONGRESS OF ACAROLOGY, 13., 2010, Recife. Abstracts book... Recife: CNPq: FACEPE: Banco do Nordeste: TWAS, 2010. p. 181-182. Abstract 335Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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20. | | NOVELLI, V. M.; FREITAS-ASTÚA, J.; LOCALI-FABRIS, E.; KITAJIMA, E. W.; HILF, M. E.; GOTTWALD, T. R.; MACHADO, M. A. Prevalence and genetic variability of the Cardinium symbiont of Brevipalpus phoenicis (Acari: Tenuipalpidae) populations from Brazil. In: EUROPEAN CONGRESS OF ACAROLOGY INTEGRATIVE ACAROLOGY, 6., Montpellier. Abstracts... Montpellier: EURAAC, 2008. p. 59.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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