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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
09/02/2023 |
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Data da última atualização: |
10/02/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
AFONSO, J.; SHIM, W. J.; BODEN, M.; FORTES, M. R. S.; DINIZ, W. J. da S.; LIMA, A. O. de; ROCHA, M. I. P.; CARDOSO, T. F.; BRUSCADIN, J. J.; GROMBONI, C. F.; NOGUEIRA, A. R. A.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. |
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Afiliação: |
JULIANA AFONSO; WOO JUN SHIM, THE UNIVERSITY OF QUEENSLAND; MIKAEL BODEN, THE UNIVERSITY OF QUEENSLAND; MARINA RUFINO SALINAS FORTES, THE UNIVERSITY OF QUEENSLAND; WELLISON JARLES DA SILVA DINIZ, AUBURN UNIVERSITY; ANDRESSA OLIVEIRA DE LIMA, UNIVERSITY OF WASHINGTON; MARINA IBELLI PEREIRA ROCHA, UNIVERSIDADE FEDERAL DE SÃO CARLOS; TAINÃ FIGUEIREDO CARDOSO; JENNIFER JESSICA BRUSCADIN, UNIVERSIDADE FEDERAL DE SÃO CARLOS; CAIO FERNANDO GROMBONI, INSTITUTO FEDERAL DE EDUCAÇÃO, CIÊNCIA E TECNOLOGIA DA BAHIA; ANA RITA ARAUJO NOGUEIRA; GERSON BARRETO MOURÃO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; LUIZ LEHMANN COUTINHO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
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Título: |
Repressive epigenetic mechanisms, such as the H3K27me3 histone modification, were predicted to affect muscle gene expression and its mineral content in Nelore cattle. |
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Ano de publicação: |
2023 |
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Fonte/Imprenta: |
Biochemistry and Biophysics Reports, v. 33, 101420, Mar. 2023. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1016/j.bbrep.2023.101420 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Abstract. Epigenetic repression has been linked to the regulation of different cell states. In this study, we focus on the influence of this repression, mainly by H3K27me3, over gene expression in muscle cells, which may affect mineral content, a phenotype that is relevant to muscle function and beef quality. Based on the inverse relationship between H3K27me3 and gene expression (i.e., epigenetic repression) and on contrasting sample groups, we computationally predicted regulatory genes that affect muscle mineral content. To this end, we applied the TRIAGE predictive method followed by a rank product analysis. This methodology can predict regulatory genes that might be affected by repressive epigenetic regulation related to mineral concentration. Annotation of orthologous genes, between human and bovine, enabled our investigation of gene expression in the Longissimus thoracis muscle of Bos indicus cattle. The animals under study had a contrasting mineral content in their muscle cells. We identified candidate regulatory genes influenced by repressive epigenetic mechanisms, linking histone modification to mineral content in beef samples. The discovered candidate genes take part in multiple biological pathways, i.e., impulse transmission, cell signalling, immunological, and developmental pathways. Some of these genes were previously associated with mineral content or regulatory mechanisms. Our findings indicate that epigenetic repression can partially explain the gene expression profiles observed in muscle samples with contrasting mineral content through the candidate regulators here identified. MenosAbstract. Epigenetic repression has been linked to the regulation of different cell states. In this study, we focus on the influence of this repression, mainly by H3K27me3, over gene expression in muscle cells, which may affect mineral content, a phenotype that is relevant to muscle function and beef quality. Based on the inverse relationship between H3K27me3 and gene expression (i.e., epigenetic repression) and on contrasting sample groups, we computationally predicted regulatory genes that affect muscle mineral content. To this end, we applied the TRIAGE predictive method followed by a rank product analysis. This methodology can predict regulatory genes that might be affected by repressive epigenetic regulation related to mineral concentration. Annotation of orthologous genes, between human and bovine, enabled our investigation of gene expression in the Longissimus thoracis muscle of Bos indicus cattle. The animals under study had a contrasting mineral content in their muscle cells. We identified candidate regulatory genes influenced by repressive epigenetic mechanisms, linking histone modification to mineral content in beef samples. The discovered candidate genes take part in multiple biological pathways, i.e., impulse transmission, cell signalling, immunological, and developmental pathways. Some of these genes were previously associated with mineral content or regulatory mechanisms. Our findings indicate that epigenetic repression can partially explain the gene expressio... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Epigenetic regulation; Expressão gênica; Gene repression; H3K27me3. |
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Thesagro: |
Bos Indicus; Gado de Corte; Gado Nelore; Mineral. |
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Thesaurus Nal: |
Epigenetics; Gene expression; Minerals. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1151623/1/AP-Repressive-epigenetic-2023.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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| 2. |  | LIMA, A. O. de S.; SCHWARTZ, G.; SILVA, A. R.; LUNZ, A. M.; MELLO, A. H. de; ALBINO, U. B. Adaptabilidade de clones de eucalipto à inoculação de fungos micorrízicos em solo arenoso em São Domingos do Araguaia - PA. Colloquium Agrariae, v. 15, n. 6, p. 1-10, nov./dez. 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 3. | | LIMA, A. O. de S.; SCHWARTZ, G.; SILVA, A. R.; LUNZ, A. M.; MELLO, A. H. de; ALBINO, U. B. Efeito de microrganismos indutores de crescimento e adubação química em paricá em solo arenoso. Brazilian Journal of Development, v. 6, n. 11, p. 91670-91683, nov. 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 4. | | OLIVEIRA, K. S. de; LIMA, A. O. de; AFONSO, J.; MELO, A. L. de; REGITANO, L. C. de A. Variantes da região promotora do gene KCNJ11 em bovinos da raça Nelore. In: JORNADA CIENTÍFICA DA EMBRAPA SÃO CARLOS, 10., 2018, São Carlos, SP. Anais... São Carlos, SP: Embrapa Instrumentação; Embrapa Pecuária Sudeste, 2018. p. 26. (Embrapa Instrumentação. Documentos, 68). Editores técnicos: Daniel Souza Corrêa, Elaine Cristina Paris, Maria Alice Martins, Paulino Ribeiro Villas Boas, Wilson Tadeu Lopes da Silva.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 5. | | OLIVEIRA, K. S. de; LIMA, A. O. de; AFONSO, J.; CARDOSO, T. F.; BRUSCADIN, J. J.; REGITANO, L. C. de A. Associação entre variantes cis regulatórias do gene KCNJ11e características econômicas em bovinos Nelore. In: JORNADA CIENTÍFICA DA EMBRAPA SÃO CARLOS, 11., 2019, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Pecuária Sudeste: Embrapa Instrumentação, 2019. p.23| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 6. | | MOKRY, F. B.; LIMA, A. O. de; URBINATI, I.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; HIGA, R. H.; REGITANO, L. C. de A. Associação de SNPs com características de carcaça em uma população da raça Canchim. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 9., 2012, João Pessoa. Anais... João Pessoa: SBMA, 2012. Não paginado. SBMA 2012.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Corte; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 7. | | SERRA, V.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O. de; GASPARIN, G.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A. Análise de qualidade de RNA para estudo do perfil transcriptômico de animais extremos para eficiência alimentar da raça Nelore. In: JORNADA CIENTÍFICA - EMBRAPA SÃO CARLOS, 5., 2013, São Carlos, SP. Anais... São Carlos, SP: Embrapa Pecuária Sudeste: Embrapa Instrumentação , 2013. p. 12 (Embrapa Pecuária Sudeste. Documentos, 110). Editado por Ana Rita de Araújo nogueira, simone Cristina Méo Nicura| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 8. | | MOKRY, F. B.; LIMA, A. O. de; MUDADU, M. A.; HIGA, R. H.; MEIRELLES, S. L. C.; REGITANO, L. C. de A. An insight into the linkage disequilibrium map of the Canchim beef cattle breed. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 8., 2012, Campinas. Abstract book... Ribeirão Preto: AB3C, 2012. Não paginado. X-MEETING 2012.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 9. | | LIMA, A. O. de; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; MUDADU, M. de A.; HIGA, R. H.; MEIRELLES, S. L. C.; REGITANO, L. C. de A. Preliminary studies for identification of SNPs associated with ribeye area in Canchim cattle. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON ANIMAL FUNCTIONAL GENOMICS, 5., 2013, Guarujá. Programme and abstract book... [S.l.: s.n.], 2013. p. 43. ISAFG 2013. AB.36.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 10. | | LIMA, A. O. de; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; MUDADU, M. de A.; HIGA, R. H.; MEIRELLES, S. L.; REGITANO, L. C. de A. Preliminary studies for identification of SNPs associated with ribeye area in Canchim cattle. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON ANIMAL FUNCTIONAL GENOMICS, 5., 2013, Guarujá. Abstract... Guarujá:[ s.n.], 2013. AB.36.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 12. | | LIMA, B. L.; LIMA, A. O. de; MOKRY, F. B.; BRESSANI, F.; MALAGO JUNIOR, W.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; REGITANO, L. C. de A. Validação de um SNP associado à área de olho de lombo em uma população de animais Canchim. In: JORNADA CIENTÍFICA - EMBRAPA SÃO CARLOS, 4., 2012, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Instrumentação: Embrapa Pecuária Sudeste, 2012. p. 43. (Embrapa Instrumentação. Documentos, 56).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 13. | | ROCHA, M. I. P.; SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O. de; AFONSO, J.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A.; NICIURA, S. C. M. Allele-specific gene expression in liver of Nelore cattle extremes for feed efficiency. In: INTERNATIONAL SOCIETY FOR ANIMAL GENETICS CONFERENCE, 36., 2017, Dublin. Proceedings... Dublin: University College Dublin, 2017. p. 156 - 157.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 19. | | OLIVEIRA, P. S. N. de; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, G. B.; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. da S.; LIMA, A. O. de; REECY, J. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Differentially expressed miRNAs in skeletal muscle related to feed efficiency in Nellore cattle. Journal of Animal Science, v. 94, e-suppl. 5; Journal of Dairy Science, v. 99, e-suppl. 1, p. 159, jul. 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 20. | | LIMA, A. O. de; OLIVEIRA, P. S. N. de; TIZIOTO, P. C.; AFONSO, J.; SOMAVILLA, A. L.; DINIZ, W. J. da S.; SILVA, J. V. da; ROCHA, M. I. P.; MUDADU, M. de A.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Association analyses pointed the TIPARP as a potential candidate gene influencing residual feed intake variation in Nelore cattle. INTERNATIONAL MEETING OF ADVANCES IN ANIMAL SCIENCE, 1., 2016, Jaboticabal. Resumos... Jaboticabal: PPGZ Unesp, 2016. ref. 45135.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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