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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
19/08/2013 |
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Data da última atualização: |
22/05/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
BOARETO, M.; YAMAGISHI, M. E. B.; CATICHA, N.; LEITE, V. B. P. |
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Afiliação: |
MARCELO BOARETO, USP; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; NESTOR CATICHA, USP; VITOR B. P. LEITE, Unesp. |
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Título: |
Relationship between global structural parameters and Enzyme Commission hierarchy: implications for function prediction. |
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Ano de publicação: |
2012 |
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Fonte/Imprenta: |
Computational Biology and Chemistry, Oxford, v. 40, p. 15-19, 2012. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1016/j.compbiolchem.2012.06.003 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
In protein databases there is a substantial number of proteins structurally determined but without function annotation. Understanding the relationship between function and structure can be useful to predict function on a large scale. We have analyzed the similarities in global physicochemical parameters for a set of enzymes which were classified according to the four Enzyme Commission (EC) hierarchical levels. Using relevance theory we introduced a distance between proteins in the space of physicochemical characteristics. This was done by minimizing a cost function of the metric tensor built to reflect the EC classification system. Using an unsupervised clustering method on a set of 1025 enzymes, we obtained no relevant clustering formation compatible with EC classification. The distance distributions between enzymes from the same EC group and from different EC groups were compared by histograms. Such analysis was also performed using sequence alignment similarity as a distance. Our results suggest that global structure parameters are not sufficient to segregate enzymes according to EC hierarchy. This indicates that features essential for function are rather local than global. Consequently, methods for predicting function based on global attributes should not obtain high accuracy in main EC classes prediction without relying on similarities between enzymes from training and validation datasets. Furthermore, these results are consistent with a substantial number of studies suggesting that function evolves fundamentally by recruitment, i.e., a same protein motif or fold can be used to perform different enzymatic functions and a few specific amino acids (AAs) are actually responsible for enzyme activity. These essential amino acids should belong to active sites and an effective method for predicting function should be able to recognize them. MenosIn protein databases there is a substantial number of proteins structurally determined but without function annotation. Understanding the relationship between function and structure can be useful to predict function on a large scale. We have analyzed the similarities in global physicochemical parameters for a set of enzymes which were classified according to the four Enzyme Commission (EC) hierarchical levels. Using relevance theory we introduced a distance between proteins in the space of physicochemical characteristics. This was done by minimizing a cost function of the metric tensor built to reflect the EC classification system. Using an unsupervised clustering method on a set of 1025 enzymes, we obtained no relevant clustering formation compatible with EC classification. The distance distributions between enzymes from the same EC group and from different EC groups were compared by histograms. Such analysis was also performed using sequence alignment similarity as a distance. Our results suggest that global structure parameters are not sufficient to segregate enzymes according to EC hierarchy. This indicates that features essential for function are rather local than global. Consequently, methods for predicting function based on global attributes should not obtain high accuracy in main EC classes prediction without relying on similarities between enzymes from training and validation datasets. Furthermore, these results are consistent with a substantial number of studies su... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Enzyme structure; Estrutura de enzimas; Function prediction; Parâmetros físico-químicos; Physicochemical parameters; Previsão de função. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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| Registros recuperados : 29 | |
| 2. |  | SANTANA, P. R. de; SILVA, W. P.; MARQUES, T.; SOUSA, S. A.; LEITE, V. M. Avaliação da produção de girassol em diferentes épocas de semeadura. CONGRESSO BRASILEIRO DE MAMONA, 5.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE OLEAGINOSAS ENERGÉTICAS, 2.; FÓRUM CAPIXABA DE PINHÃO-MANSO, 1., 2012, Guarapari. Desafios e Oportunidades: anais. Campina Grande: Embrapa Algodão, 2012. p. 264| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 4. | | SILVA, T. R. B. da; LEITE, V. E.; SILVA, A. R. B. da; VIANA, L. H. Adubação nitrogenada em cobertura na cultura da mamona em plantio direto Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 42, n. 9, p. 1357-1359, set. 2007 Notas Científicas.
Título em inglês: Nitrogen sidedressing fertilization on castor plant in no tillage system.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 5. | | DOURADO, S. B.; ROCHA, P.; SILVA, W.; SANTANA, A.; LEITE, V. M. Interferência do tempo de florescimento na massa total de aquênios. CONGRESSO BRASILEIRO DE MAMONA, 5.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE OLEAGINOSAS ENERGÉTICAS, 2.; FÓRUM CAPIXABA DE PINHÃO-MANSO, 1., 2012, Guarapari. Desafios e Oportunidades: anais. Campina Grande: Embrapa Algodão, 2012. P. 310| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 10. | | SANTANA, P. R. de; SILVA, W. P.; MARQUES, T.; DOURADO, S. B.; LEITE, V. M. Desenvolvimento vegetativo inicial de genótipos de girassol no semiárido baiano. CONGRESSO BRASILEIRO DE MAMONA, 5.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE OLEAGINOSAS ENERGÉTICAS, 2.; FÓRUM CAPIXABA DE PINHÃO-MANSO, 1., 2012, Guarapari. Desafios e Oportunidades: anais. Campina Grande: Embrapa Algodão, 2012. p. 293| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 11. | | LEITE, V. P. D.; PASSOS, A. M. A. dos; BOTELHO, F. J. E.; PEREIRA, M. Efeito do alagamento na germinação e na condutividade elétrica em sementes de soja. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SEMENTES, 18., 2013, Florianópolis, SC. A semente na produtividade agrícola e na conservação de recursos genéticos. Londrina, PR: Associação Brasileira de Tecnologia de Sementes, 2013.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Rondônia. |
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| 12. | | PASSOS, A. M. A. dos; BOTELHO, F. J. E.; LEITE, V. P. D.; PEREIRA, M. Efeito da submersão em água sobre o vigor de sementes de soja. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SEMENTES, 18., 2013, Florianópolis, SC. A semente na produtividade agrícola e na conservação de recursos genéticos. Londrina, PR: Associação Brasileira de Tecnologia de Sementes, 2013.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Rondônia. |
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| 13. | | SANTANA, P. R. de; DOURADO, S. B.; SILVA, W. P.; BARROS, T. M.; SOUSA, S. A.; LEITE, V. M. Avaliação morfométrica de componentes produtivos de diferentes cultivares de girassol no semiárido baiano. CONGRESSO BRASILEIRO DE MAMONA, 5.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE OLEAGINOSAS ENERGÉTICAS, 2.; FÓRUM CAPIXABA DE PINHÃO-MANSO, 1., 2012, Guarapari. Desafios e Oportunidades: anais. Campina Grande: Embrapa Algodão, 2012. p. 269| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 15. | | DOURADO, S. B.; SANTANA, P. R. de; SILVA, W. P.; SÁ, A. de O.; LEITE, V. M. Mamona de porte baixo em abixa altitude no reconcavo baiano. CONGRESSO BRASILEIRO DE MAMONA, 5.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE OLEAGINOSAS ENERGÉTICAS, 2.; FÓRUM CAPIXABA DE PINHÃO-MANSO, 1., 2012, Guarapari. Desafios e Oportunidades: anais. Campina Grande: Embrapa Algodão, 2012. p. 311| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 16. | | BONAGAMBA, T. J.; COLNAGO, L. A.; TANNUS, A.; PEREIRA LEITE, V. B.; SCHMIDT, M. A.; PANEPUCCI, H. Desenvolvimento de um espectrômetro de alta resolução por ressonância magnética nuclear (RMN). In: REUNIÃO ANUAL DA SBPC, 39., 1987, Brasília, DF. Ciência e Cultura, São Paulo, v.39, n.7, p.283, jul. 1987. Suplemento. Resumos. ref.91-D.1.4.| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 17. | | BONAGAMBA, T. J.; COLNAGO, L. A.; TANNUS, A.; PEREIRA LEITE, V. B.; SCHMIDT, M. A.; PANEPUCCI, H. C. Desenvolvimento de um espectrômetro de (RMN) de alta resolução. In: ENCONTRO DE USUÁRIOS DE RESSONÂNCIA MAGNÉTICA NUCLEAR, 1., set. 1987, Angra dos Reis, RJ. Resumos... Rio de Janeiro: AUREMN, 1987. p.9.| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 18. | | DOURADO, S. B.; SANTANA, P. R. de; SILVA, W. P.; SANTOS, A. C. S. dos; LEITE, V. M. Desenvolvimento de mamona porte alto em condições do semiárido nordestino. CONGRESSO BRASILEIRO DE MAMONA, 5.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE OLEAGINOSAS ENERGÉTICAS, 2.; FÓRUM CAPIXABA DE PINHÃO-MANSO, 1., 2012, Guarapari. Desafios e Oportunidades: anais. Campina Grande: Embrapa Algodão, 2012. p. 292| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 19. | | PASSOS, A. M. A. dos; LEITE, V. P. D; CIPRIANI, H. N.; BOTELHO, F. J. E.; TOWNSEND, C. R. Efeito de banho de ultrassom de baixa frequência sobre a germinação e vigor de sementes de gliricídia (Gliricidia sepium). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SEMENTES, 18., 2013, Florianópolis, SC. A semente na produtividade agrícola e na conservação de recursos genéticos. Londrina, PR: Associação Brasileira de Tecnologia de Sementes, 2013.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Rondônia. |
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| 20. | | CIPRIANI, H. N.; LEITE, V. P. D.; SOUZA, V. F. de; ROCHA, R. B.; PASSOS, A. M. A. dos. Vigor de plântulas de pupunha em função de doses de giberlina aplicadas como tratamento pré-germinativo. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SEMENTES, 18., 2013, Florianópolis, SC. A semente na produtividade agrícola e na conservação de recursos genéticos. Londrina, PR: Associação Brasileira de Tecnologia de Sementes, 2013.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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