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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Amazônia Oriental. |
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Data corrente: |
26/09/2017 |
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Data da última atualização: |
28/09/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
COSTA, K. J. A.; LAMEIRA, O. A.; SOUZA, I. N. G.; MAVÃO, L. dos S. |
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Afiliação: |
Keila Jamille Alves Costa, GRADUANDA UFRA; OSMAR ALVES LAMEIRA, CPATU; Isis Naryelle Góes Souza, GRADUANDA UFRA; Luan dos Santos Mavão, GRADUANDO UFRA. |
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Título: |
Aspectos fenológicos do açoita-cavalo - Luehea speciosa Willd. (Malvaceae). |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 21., 2017, Belém, PA. Anais. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2017. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Luehea speciosa Willd (açoita-cavalo) tem ocorrência desde o sul da Bahia até o Rio Grande do Sul. Suas propriedades medicinais consistem em serem depurativos e adstringentes indicados para casos de leucorreia, e reumatismo. Os estudos fenológicos é a relação dos eventos biológicos com o meio abiótico e biótico e com sua ocorrência temporal ao longo do ano. O objetivo do estudo foi de avaliar o período de floração e frutificação da L. speciosa e sua interação com a pluviosidade, com o intuito de determinar a época mais indicada para coleta de folhas e propagação da espécie. Para as observações fenológicas foram selecionados 10 indivíduos de L. speciosa. As avaliações foram realizadas diariamente pela manhã durante o período de janeiro de 2012 a dezembro de 2016. Ocorreram as fenofases em todos os meses do ano. A maior média de número de dias de floração e frutificação ocorreu no mês de outubro com 16,4 dias, coincidindo com o menor valor médio de pluviosidade (50 mm), e as menores médias ocorreram no mês de julho, respectivamente, com 5,4 e 4,5 dias quando foi registrado uma média de 190 mm de precipitação pluviométrica. Os meses indicados para coleta das folhas visando o uso medicinal são os que apresentam as menores médias de dias das fenofases e para propagação da espécie o ano todo. A precipitação pluviométrica influencia as fenofases. |
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Palavras-Chave: |
Precipitação pluviométrica. |
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Thesagro: |
Floração; Frutificação. |
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Categoria do assunto: |
F Plantas e Produtos de Origem Vegetal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/164338/1/Anais-Pibic-2017-On-line-33.pdf
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Marc: |
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700 1 $aSOUZA, I. N. G.
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Registro original: |
Embrapa Amazônia Oriental (CPATU) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Gado de Leite. Para informações adicionais entre em contato com cnpgl.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
07/12/2016 |
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Data da última atualização: |
06/02/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
A - 1 |
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Autoria: |
UTSUNOMIYA, A. T. H.; SANTOS, D. J. A.; BOISON, S. A.; UTSUNOMIYA, Y. T.; MILANESI, M.; BICKHART, D. M.; AJMONE-MARSAN, P.; SOLKNER, J.; GARCIA, J. F.; FONSECA, R. da; SILVA, M. V. G. B. |
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Afiliação: |
Adam T. H. Utsunomiya, UNESP; Daniel J. A. Santos, UNESP; Solomon A. Boison, Nofima, Ås, Norway; Yuri T. Utsunomiya, UNESP; Marco Milanesi, UNESP; Derek M. Bickhart, ARS, USDA, Beltsville; Paolo Ajmone-Marsan, Università Cattolica del Sacro Cuore, Piacenza, Italy; Johann Sölkner, BOKU - University of Natural Resources and Life Sciences, Vienna, Austria; José F. Garcia, UNESP / IAEA; Ricardo da Fonseca, UNESP; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL. |
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Título: |
Revealing misassembled segments in the bovine reference genome by high resolution linkage disequilibrium scan. |
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Ano de publicação: |
2016 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, v. 17, article 705, 2016. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1186/s12864-016-3049-8 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Background- Misassembly signatures, created by shuffling the order of sequences while assembling a genome, can be detected by the unexpected behavior of marker linkage disequilibrium (LD) decay. We developed a heuristic process to identify misassembly signatures, applied it to the bovine reference genome assembly (UMDv3.1) and presented the consequences of misassemblies in two case studies. Results -We identified 2,906 single nucleotide polymorphism (SNP) markers presenting unexpected LD decay behavior in 626 putative misassembled contigs, which comprised less than 1 % of the whole genome. Although this represents a small fraction of the reference sequence, these poorly assembled segments can lead to severe implications to local genome context. For instance, we showed that one of the misassembled regions mapped to the POLL locus, which affected the annotation of positional candidate genes in a GWAS case study for polledness in Nellore (Bos indicus beef cattle). Additionally, we found that poorly performing markers in imputation mapped to putative misassembled regions, and that correction of marker positions based on LD was capable to recover imputation accuracy. Conclusions - This heuristic approach can be useful to cross validate reference assemblies and to filter out markers located at low confidence genomic regions before conducting downstream analyses. |
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Palavras-Chave: |
GWAS; Imputation; Misassembly. |
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Thesagro: |
Bos Indicus; Bos Taurus. |
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Thesaurus NAL: |
Genome; linkage disequilibrium. |
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Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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Marc: |
LEADER 02353naa a2200337 a 4500
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520 $aBackground- Misassembly signatures, created by shuffling the order of sequences while assembling a genome, can be detected by the unexpected behavior of marker linkage disequilibrium (LD) decay. We developed a heuristic process to identify misassembly signatures, applied it to the bovine reference genome assembly (UMDv3.1) and presented the consequences of misassemblies in two case studies. Results -We identified 2,906 single nucleotide polymorphism (SNP) markers presenting unexpected LD decay behavior in 626 putative misassembled contigs, which comprised less than 1 % of the whole genome. Although this represents a small fraction of the reference sequence, these poorly assembled segments can lead to severe implications to local genome context. For instance, we showed that one of the misassembled regions mapped to the POLL locus, which affected the annotation of positional candidate genes in a GWAS case study for polledness in Nellore (Bos indicus beef cattle). Additionally, we found that poorly performing markers in imputation mapped to putative misassembled regions, and that correction of marker positions based on LD was capable to recover imputation accuracy. Conclusions - This heuristic approach can be useful to cross validate reference assemblies and to filter out markers located at low confidence genomic regions before conducting downstream analyses.
650 $aGenome
650 $alinkage disequilibrium
650 $aBos Indicus
650 $aBos Taurus
653 $aGWAS
653 $aImputation
653 $aMisassembly
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700 1 $aBOISON, S. A.
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700 1 $aGARCIA, J. F.
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773 $tBMC Genomics$gv. 17, article 705, 2016.
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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