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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
20/01/2022 |
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Data da última atualização: |
20/01/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
RIOS, E. F.; ANDRADE, M. H. M. L.; RESENDE JR, M. F. R.; KIRST, M.; RESENDE, M. D. V. de; ALMEIDA FILHO, J. O. E. de; GEZAN, S. A.; MUNOZ, P. |
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Afiliação: |
ESTEBAN FERNANDO RIOS, UNIVERSITY OF FLORIDA; MARIO H M L ANDRADE, UNIVERSITY OF FLORIDA; MARCIO F R RESENDE JR, UNIVERSITY OF FLORIDA; MATIAS KIRST, UNIVERSITY OF FLORIDA; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPCa; JANEO E DE ALMEIDA FILHO, BAYER CROP SCIENCE; SALVADOR A GEZAN, VSN INTERNATIONAL; PATRICIO MUNOZ, UNIVERSITY OF FLORIDA. |
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Título: |
Genomic prediction in family bulks using different traits and cross-validations in pine. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
G3: Genes, Genomes, Genetics, v. 11, n. 9, p. 1-12, 2021. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1093/g3journal/jkab249 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Genomic prediction integrates statistical, genomic, and computational tools to improve the estimation of breeding values and increase genetic gain. Due to the broad diversity in mating systems, breeding schemes, propagation methods, and unit of selection, no universal genomic prediction approach can be applied in all crops. In a genome-wide family prediction (GWFP) approach, the family is the basic unit of selection. We tested GWFP in two loblolly pine (Pinus taeda L.) datasets: a breeding population composed of 63 full-sib families (5?20 individuals per family), and a simulated population with the same pedigree structure. In both populations, phenotypic and genomic data was pooled at the family level in silico. Marker effects were estimated to compute genomic estimated breeding values (GEBV) at the individual and family (GWFP) levels. Less than six individuals per family produced inaccurate estimates of family phenotypic performance and allele frequency. Tested across different scenarios, GWFP predictive ability was higher than those for GEBV in both populations. Validation sets composed of families with similar phenotypic mean and variance as the training population yielded predictions consistently higher and more accurate than other validation sets. Results revealed potential for applying GWFP in breeding programs whose selection unit are family, and for systems where family can serve as training sets. The GWFP approach is well suited for crops that are routinely genotyped and phenotyped at the plot-level, but it can be extended to other breeding programs. Higher predictive ability obtained with GWFP would motivate the application of genomic prediction in these situations. MenosGenomic prediction integrates statistical, genomic, and computational tools to improve the estimation of breeding values and increase genetic gain. Due to the broad diversity in mating systems, breeding schemes, propagation methods, and unit of selection, no universal genomic prediction approach can be applied in all crops. In a genome-wide family prediction (GWFP) approach, the family is the basic unit of selection. We tested GWFP in two loblolly pine (Pinus taeda L.) datasets: a breeding population composed of 63 full-sib families (5?20 individuals per family), and a simulated population with the same pedigree structure. In both populations, phenotypic and genomic data was pooled at the family level in silico. Marker effects were estimated to compute genomic estimated breeding values (GEBV) at the individual and family (GWFP) levels. Less than six individuals per family produced inaccurate estimates of family phenotypic performance and allele frequency. Tested across different scenarios, GWFP predictive ability was higher than those for GEBV in both populations. Validation sets composed of families with similar phenotypic mean and variance as the training population yielded predictions consistently higher and more accurate than other validation sets. Results revealed potential for applying GWFP in breeding programs whose selection unit are family, and for systems where family can serve as training sets. The GWFP approach is well suited for crops that are routinely genotype... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Melhoramento Genético Vegetal; Reprodução Vegetal. |
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Thesaurus Nal: |
Genomics; Pineus; Statistical models. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/230418/1/Genomic-prediction-in-family-bulks.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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| Registros recuperados : 180 | |
| 81. |  | PAULA, S. C. DE; SILVA, G. B. S. da; VICENTE, L. E.; LOEBMANN, D. G. dos S. W.; NOGUEIRA, S. F.; ANDRADE, R. G. Avaliação de índices espectrais aplicados a série multitemporal TM/Landsat-5 para o mapeamento de fitofisionomias e pastagem em ambiente de cerrado. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE SENSORIAMENTO REMOTO, 16., 2013, Foz do Iguaçú. Anais... São José dos Campos: INPE, 2013. p. 1790-1792. 1 CD-ROM| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Territorial. |
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| 82. | | NOGUEIRA, S. F.; SILVA, G. B. S. da; MATEUS, G. P.; VICTORIA, D. de C.; ANDRADE, R. G.; DEMARCHI, J. J. A. DE A. Avaliação do modelo de mistura espectral com múltiplos componentes (MESMA) na discriminação de diferentes condições de cobertura em pastagens. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE SENSORIAMENTO REMOTO, 17., 2015, João Pessoa. Anais... São José dos Campos: INPE, 2015. p. 2544-2551.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Territorial. |
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| 84. | | SILVA, G. B. S. da; ARAUJO, L. S. de; NOGUEIRA, S. F.; LEIVAS, J. F.; SHIMABUKURO, Y. E.; MARTORANO, L. G. Caracterização das unidades da paisagem em ambiente de floresta tropical por meio de imagens-fração MESMA. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE SENSORIAMENTO REMOTO, 17., 2015,João Pessoa. Anais... São José dos Campos: INPE, 2015. p. 1216-1223.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Territorial. |
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| 85. | | LORENSINI, C. L.; LOEBMANN, D. G. dos S. W.; SILVA, G. B. S. da; VICENTE, L. E.; VICTORIA, D. de C. Alterações do uso da terra em municípios com expansão de área plantada com cana-de-açúcar. In: CONGRESSO INTERINSTITUCIONAL DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 7., 2013, Campinas, SP. Anais... Campinas: IAC, 2013. 8 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Territorial. |
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| 86. | | SANO, E. E.; RIZZOLI, P.; KOYAMA, C. N.; WATANABE, M.; ADAMI, M.; SHIMABUKURO, Y. E.; SILVA, G. B. S. da; FREITAS, D. M. de. Comparative analysis of the global forest/non-forest maps derived from SAR and optical sensors: case studies from brazilian Amazon and Cerrado biomes. Remote Sensing, v. 13, n. 3, article 367, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados; Embrapa Meio Ambiente. |
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| 89. | | TEIXEIRA, A. H. de C.; REIS, J. B. R. DA S.; LEIVAS, J. F.; SILVA, G. B. S. da; STRUIVING, T. B. Componentes da produtividade da água modelados por sensoriamento remoto em limoeiros irrigados de Minas Gerais. Agrometeoros, Passo Fundo, v. 25, n. 1, p. 237-247, ago. 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: C - 0 |
| Biblioteca(s): Embrapa Territorial. |
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| 90. | | GREGO, C. R.; GALDINO, S.; BOLFE, E. L.; NOGUEIRA, S. F.; SILVA, G. B. S. da; ARAUJO, L. S. de; POCCARD-CHAPUIS, R.; THALÊS, M. C. Distribuição espacial das classes de degradação de pastagem em Marabá, PA e sua correlação com as classes de solo e relevo. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE SENSORIAMENTO REMOTO, 17., 2015, João Pessoa. Anais... São José dos Campos: INPE, 2015. p. 6196-6202.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Territorial. |
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| 91. | | SILVA, G. B. S. da; ROSA, C. M.; VICENTE, L. E.; NOGUEIRA, S. F.; VICTORIA, D. de C.; LOEBMANN, D. G. dos S. W.; ANDRADE, R. G. Discriminação de áreas de pastagens plantadas por meio de séries temporais EVI-2. In: SIMPÓSIO DE GEOTECNOLOGIAS NO PANTANAL, 5., 2014, Campo Grande, MS. Anais... São José dos Campos: INPE, 2014. p. 739-747. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Territorial. |
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| 92. | | ROSA, C. M.; SILVA, G. B. S. da; VICENTE, L. E.; NOGUEIRA, S. F.; VICTORIA, D. de C.; ANDRADE, R. G.; LOEBMANN, D. G. dos S. W. Discriminação de pastagem plantada por meio da classificação supervisionada das séries multitemporais de EVI-2 na transição Pantanal-Cerrado. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE SENSORIAMENTO REMOTO, 17., 2015, João Pessoa. Anais... São José dos Campos: INPE, 2015. p. 3463-3469.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Territorial. |
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| 93. | | ALVARENGA, S. V. R.; NOGUEIRA, S. F.; SILVA, G. B. S. da; VICENTE, L. E.; GREGO, C. R.; FRANCHINI, J. C. Discriminação de sistemas de preparo do solo para plantio de soja por meio de EVI-2 aplicados a dados do sensor Worldview-2. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE SENSORIAMENTO REMOTO, 17., 2015, João Pessoa. Anais... São José dos Campos: INPE, 2015. p. 2701-2707.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Territorial. |
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| 94. | | AGUSTINHO, D. M.; NOGUEIRA, S. F.; GREGO, C. R.; SILVA, G. B. S. da; ALMEIDA, R. G. de; MACEDO, M. C. M. Discriminação de sistemas de produção da pecuária por meio de séries temporais de EVI. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE SENSORIAMENTO REMOTO, 18., 2017, Santos. Anais... Santos: Inpe, 2017. p. 6936-6942.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 95. | | AGUSTINHO, D. M.; NOGUEIRA, S. F.; GREGO, C. R.; SILVA, G. B. S. da; ALMEIDA, R. G. de; MACEDO, M. C. M. Discriminação de sistemas de produção da pecuária por meio de séries temporais de EVI. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE SENSORIAMENTO REMOTO, 18., 2017, Santos. Anais... Santos: Inpe, 2017. p. 6936-6942.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Territorial. |
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| 96. | | SILVA, G. B. S. da; CONCEIÇÃO, M. P. C.; NOGUEIRA, S. F.; GREGO, C. R.; OLIVEIRA, P. P. A.; PEDROSO, A. de F. Discrimination of Pastures in Beef Cattle Production Systems with Remote Sensing-Based Vegetation Index. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON GREENHOUSE GASES IN AGRICULTURE, 2., 2016, Campo Grande, MS. Proceedings... Brasília, DF: Embrapa, 2016. p. 145-148. (Embrapa Gado de Corte. Documentos, 216).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 97. | | SILVA, G. B. S. da; CONCEIÇÃO, M. P. C.; NOGUEIRA, S. F.; GREGO, C. R.; OLIVEIRA, P. P. A.; PEDROSO, A. de F. Discrimination of Pastures in Beef Cattle Production Systems with Remote Sensing-Based Vegetation Index In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON GREENHOUSE GASES IN AGRICULTURE, 2., 2016, Campo Grande, MS. Proceedings... Brasília, DF: Embrapa, 2016. p. 145-148. (Embrapa Gado de Corte. Documentos, 216).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Territorial. |
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| 98. | | SILVA, G. B. S. da; VICENTE, L. E.; ARAUJO, L. S. de; VICTORIA, D. de C.; LOEBMANN, D. G. dos S. W.; TORRESAN, F. E. Dinâmica do uso e cobertura da terra na mesorregião Sul Maranhense. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE SENSORIAMENTO REMOTO, 17., 2015, João Pessoa. Anais... São José dos Campos: INPE, 2015. p. 0438-0445.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Territorial. |
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| 99. | | MANJOLIN, R. C.; GREGO, C. R.; NOGUEIRA, S. F.; BARIONI, L. G.; SILVA, G. B. S. da; SANTOS, P. M.; PEZZOPANE, J. R. M. Variabilidade espacial da disponibilidade de forragem em sistemas de pastejo nas estações chuvosa e seca. In: MOSTRA DE ESTAGIÁRIOS E BOLSISTAS DA EMBRAPA INFORMÁTICA AGROPECUÁRIA, 14., 2018, Campinas. Resumos expandidos... Brasília, DF: Embrapa, 2018. p. 88-93. (Embrapa Informática Agropecuária. Eventos técnicos & científicos, 1). Editores técnicos: Carla Geovana do Nascimento Macário, Carla Cristiane Osawa, Flávia Bussaglia Fiorini, Maria Fernanda Moura, Poliana Fernanda Giachetto.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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