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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
09/01/2020 |
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Data da última atualização: |
09/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
CAETANO, A. R.; IANELLA, P.; VARELA, E. S.; PAIVA, S. R.; LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; ZERLOTINI NETO, A.; YAMAGISHI, M. E. B. |
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Afiliação: |
ALEXANDRE RODRIGUES CAETANO, Cenargen; PATRICIA IANELLA, Cenargen; EDUARDO SOUSA VARELA, CNPASA; SAMUEL REZENDE PAIVA, Cenargen; FRANCISCO PEREIRA LOBO; LEANDRO CARRIJO CINTRA, CNPTIA; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA. |
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Título: |
Genome sequencing and de novo assembly of tambaqui (Colossoma macropomum). |
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Ano de publicação: |
2019 |
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Fonte/Imprenta: |
In: AQUACULTURE, 2019, New Orleans. Aquaculture: the big choice! abstracts. [S.l.: s.n.], 2019. |
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Páginas: |
p. 182. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The South American freshwater fish Tambaqui (Colossoma macropomum) is the most important native aquaculture species in Brazil. Current production levels are above 150,000 mt per year. Recent efforts to domesticate, breed and raise the species in aquaculture systems has led to significant increases in production (>10-fold) over the last decade, and development of new technologies based on genomic tools and information could help further increase productivity and production growth rates. A Tambaqui genome assembly was generated with data produced from shotgun libraries from two different insert sizes and matepair libraries with four different sizes sequenced (2x150bps) with a HiSeq2000 platform. A total of 124.8Gbp quality-filtered nucleotides were sequenced which amount to 85x mean genome coverage, considering previously published information (C-value = 1.5pg = 1.467Gbp). Initial sequence assembly was performed with SOAPdenovo and generated 8.920 scaffolds spanning 1.54 Gbps (N50 scaffold length: 2,041kb, L50 scaffold count: 162). Gene model predictions with MAKER2 using as extrinsic evidence protein and EST data from phylogenetically related taxa found 23,632 genes, ~20,000 shared with A. mexicanus. CEGMA analysis (prior to gap filling) detected 85% core genes completely assembled and 9% partially assembled. Tambaqui assembly scaffolds ordering and orientation was carried out using ALLMAPS software based on the available linkage map (LM) (Nunes et al. 2017). A total of 1440 scaffolds were placed in the map with 27 linkage groups (n=x=27), totaling 1,508,696,562bp and 94% (6,788) of all mapped markers, with an average of 4.7 markers per megabase. Of the 6,788 mapped markers, ~93% were anchored, 84.9% in concordance with marker orientation, and 7.1% markers were unplaced. Obtained results reveal a high-quality NGS de novo Tambaqui genome assemble, providing a valuable tool for future genomic studies and the use of genomic tools for broodstock management and assisted genetic evaluations and breeding. MenosThe South American freshwater fish Tambaqui (Colossoma macropomum) is the most important native aquaculture species in Brazil. Current production levels are above 150,000 mt per year. Recent efforts to domesticate, breed and raise the species in aquaculture systems has led to significant increases in production (>10-fold) over the last decade, and development of new technologies based on genomic tools and information could help further increase productivity and production growth rates. A Tambaqui genome assembly was generated with data produced from shotgun libraries from two different insert sizes and matepair libraries with four different sizes sequenced (2x150bps) with a HiSeq2000 platform. A total of 124.8Gbp quality-filtered nucleotides were sequenced which amount to 85x mean genome coverage, considering previously published information (C-value = 1.5pg = 1.467Gbp). Initial sequence assembly was performed with SOAPdenovo and generated 8.920 scaffolds spanning 1.54 Gbps (N50 scaffold length: 2,041kb, L50 scaffold count: 162). Gene model predictions with MAKER2 using as extrinsic evidence protein and EST data from phylogenetically related taxa found 23,632 genes, ~20,000 shared with A. mexicanus. CEGMA analysis (prior to gap filling) detected 85% core genes completely assembled and 9% partially assembled. Tambaqui assembly scaffolds ordering and orientation was carried out using ALLMAPS software based on the available linkage map (LM) (Nunes et al. 2017). A total of 1440 ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática. |
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Thesagro: |
Colossoma Macropomum; Tambaqui. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; Genome assembly. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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| 41. |  | SILVA, N. M. L.; IANELLA, P.; YAMAGISHI, M. E. B.; PAIVA, S. R.; ROCHA, J. L.; TEIXEIRA, A. K.; FARIAS, F. G.; GUERRELHAS, A. C.; CAETANO, A. R. Development and validation of a low-density SNP panel for parentage control and evaluation of genetic diversity of pacific white shrimp (Litopenaeus vannamei). In: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 27., 2019, San Diego. Plant and animal genome abstracts. Livingston, NJ: Scherago, 2019. PE0274.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 42. | | SILVA, N. M. L.; IANELLA, P.; YAMAGISHI, M. E. B.; ROCHA, J. L.; TEIXEIRA, A. K.; FARIAS, F. G.; GUERRELHAS, A. C.; CAETANO, A. R. Development and validation of a low-density SNP panel for paternity and kinship analysis and evaluation of genetic variability and structure of commercial Pacific white shrimp (Litopenaeus vannamei) populations from Brazil. Aquaculture, v. 560, 738540, Nov. 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 43. | | IANELLA, P.; ALBUQUERQUE, M. do S. M.; CAETANO, A. R.; BIAZIO, G. R. de; PAIVA, S. R.; NEPOMUCENO, A. R.; CARVALHO, L. F. R.; MCMANUS, C. M. Genetic diversity and Population Structure of locally adapted horse breeds in Brazil. In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 11., 2018, Auckland, New Zealand. Proceedings... Massey University, 2018. Na publicação: M. S. A. Maués; G. R. Biazio.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 44. | | SILVA, N. M. L.; ALBUQUERQUE, M. do S. M.; CAETANO, A. R.; BIAZIO, G. R. DE; PAIVA, S. R.; MCMANUS, C.; IANELLA, P. Genetic variability of Santa Inês samples stored in the Brazilian Animal Germplasm Biobank (BBGA). In: SIMPOSIO INTERNACIONAL DE RECURSOS GENÉTICOS PARA LAS AMÉRICAS Y EL CARIBE, 11., 2017, Guadalajara. Resúmenes... Guadalajara: [s. n.], 2017. p. 207| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 45. | | LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; SILVA, N. M. A. da; IANELLA, P.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. Genome Sequencing and de novo assembly of the South American Tiger Catfish (Pseudoplatystoma punctifer). In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s. n.], 2016. Não paginado. PAG 2016. Pôster P0481.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 46. | | LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; SILVA, N. M. A. da; IANELLA, P.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. Genome sequencing and de novo assembly of the South American Tiger Catfish (Pseudoplatystoma punctifer). In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s. n.], 2016. Não paginado. PAG 2016. Pôster P0481.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 47. | | LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; SILVA, N. M. A. da; IANELLA, P.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. Genome Sequencing and de novo assembly of the South American Tiger Catfish (Pseudoplatystoma punctifer). In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2016. Não paginado. PAG 2016. Pôster P0481.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 48. | | ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; VARELA, E. S.; PAIVA, S. R.; IANELLA, P.; CAETANO, A. R. Genome sequencing and de novo assembly of the South American tiger catfish (Pseudoplatystoma Punctifer) using 10X sequencing data. In: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 27., 2019, San Diego. Plant and animal genome abstracts. Livingston, NJ: Scherago, 2019. PO0249| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 49. | | ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; VARELA, E. S.; PAIVA, S. R.; IANELLA, P.; CAETANO, A. R. Genome sequencing and de novo assembly of the South American tiger catfish (Pseudoplatystoma Punctifer) using 10X sequencing data. In: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 27., 2019, San Diego. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2019. Na publicação: Adhemar Zerlotini. PAG 2019. PO0249.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 50. | | CAETANO, A. R.; IANELLA, P.; VARELA, E. S.; PAIVA, S. R.; LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; ZERLOTINI NETO, A.; YAMAGISHI, M. E. B. Genome sequencing and de novo assembly of tambaqui (Colossoma macropomum). In: AQUACULTURE, 2019, New Orleans. Aquaculture: the big choice! abstracts. [S.l.: s.n.], 2019. p. 182.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 51. | | CAETANO, A. R.; IANELLA, P.; VARELA, E. S.; PAIVA, S. R.; LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; ZERLOTINI NETO, A.; YAMAGISHI, M. E. B. Genome sequencing and de novo assembly of tambaqui (Colossoma macropomum). In: AQUACULTURE, 2019, New Orleans. Abstracts. [S.l.]: Word Aquaculture Society, 2019.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 54. | | IANELLA, P.; VARELA, E. S.; VILLELA, L. C. V.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, F. S. de; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. SNP discovery in three South American freshwater characiformes species by deep sequencing of Reduced Representation Libraries (RRL). In: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 27., 2019, San Diego. Plant and animal genome abstracts. Livingston, NJ: Scherago, 2019. PE0268| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 55. | | FACO, O.; PAIVA, S. R.; LOBO, R. N. B.; VILLELA, L. C. V.; IANELLA, P.; CAETANO, A. R.; CAETANO, A. R.; PIMENTEL, C. M. Núcleo de consercação e melhoramento genético da raça Morada Nova: resultados preliminares. In: XIMENES, L. J. F.; MARTINS, G. A.; MORAIS, O. R. de; COSTA, L. S. de A.; NASCIMENTO, J. L. S. do (Coord.). Ciência e tecnologia na pecuária de caprinos e ovinos. Fortaleza: Banco do Nordeste do Brasil, 2010. Cap. 12. p. 311-337. (Série BNB. Ciência e Tecnologia, 5).| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 57. | | IANELLA, P.; CAMPOS, T. A. de; PAIVA, S. R.; GUIMARAES, M. F. M.; SILVA, M. V. G. B.; CAETANO, A. R. Prospecção de Polimorfismos de Base Única (SNPs) no gene k-caseina (KCN) na raça Girolando. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 47., 2010, Salvador. Empreendedorismo e progresso científico na zootecnia brasileira: anais. Viçosa, MG: Sociedade Brasileira de Zootecnia, 2010. 3 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 58. | | BIAZIO, G. R. de; ALBUQUERQUE, M. do S. M.; RAMOS, A. F.; CASTRO, S. T. R.; EGITO, A. A. do; PAIVA, S. R.; IANELLA, P.; MARIANTE, A. da S. Banco de DNA e Tecidos Animal: quantitativo do material estocado até julho de 2015. In: SIMPÓSIO DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA E O CARIBE, 10., 2015, Bento Gonçalves. Anais... Bento Gonçalves: Aptor Software, 2015. p. 197.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 59. | | BIAZIO, G. R. de; ALBUQUERQUE, M. do S. M.; RAMOS, A. F.; CASTRO, S. T. R.; EGITO, A. A. do; PAIVA, S. R.; IANELLA, P.; MARIANTE, A. da S. Banco de DNA e Tecidos Animal: quantitativo do material estocado até julho de 2015. In: SIMPÓSIO DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA E O CARIBE, 10., 2015, Bento Gonçalves. Anais... Bento Gonçalves: Aptor Software, 2015. p. 197| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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