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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
21/08/2023 |
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Data da última atualização: |
21/08/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
CARVALHO, H. F.; FERRÃO, L. F. V.; GALLI, G.; NONATO, J. V. A.; PADILHA, L.; MALUF, M. P.; RESENDE JR., M. F. R. de; FRITSCHE-NETO, R.; GUERREIRO-FILHO, O. |
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Afiliação: |
HUMBERTO FANELLI CARVALHO, INSTITUTO AGRONÔMICO DE CAMPINAS; LUÍS FELIPE VENTORIM FERRÃO, UNIVERSITY OF FLORIDA; GIOVANNI GALLI, LOUISIANA STATE UNIVERSITY; JULIANA VIEIRA ALMEIDA NONATO, INSTITUTO AGRONÔMICO DE CAMPINAS; LILIAN PADILHA, CNPCa; MIRIAN PEREZ MALUF, CNPCa; MÁRCIO FERNANDO RIBEIRO DE RESENDE JR., UNIVERSITY OF FLORIDA; ROBERTO FRITSCHE-NETO, LOUISIANA STATE UNIVERSITY; OLIVEIRO GUERREIRO-FILHO, INSTITUTO AGRONÔMICO DE CAMPINAS. |
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Título: |
On the accuracy of threshold genomic prediction models for leaf miner and leaf rust resistance in arabica coffee. |
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Ano de publicação: |
2023 |
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Fonte/Imprenta: |
Tree Genetics & Genomes, v. 19, n. 1, 2023. |
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Páginas: |
10 p. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1007/s11295-022-01581-8 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Obtaining resistance cultivars for leaf miner and leaf rust are the main important strategy of Brazil?s national coffee breeding program. The narrow genetic basis, and founder effect consequences, lead to challenges in quantifying and detecting genetic diversity for these traits. Biotechnology tools allied with classical breeding strategies are powerful in detecting variability and deploying a precision selection. The selection based on the genetic merit of an individual obtained from thousands of single nucleotide polymorphism effects is known as genomic selection. The ordinal scale principally makes the resistance evaluation of the leaf rust and leaf miner of the score, categorizing the phenotypes following the discrete (ordinal) distribution. Hence, this distribution can be better analyzed by threshold models. Our goals were to optimize genomic prediction models for coffee resistance to leaf rust and leaf miner via threshold models and compare pedigree and genomic relationship matrices to underlying prediction models. We have observed that the genomic model with the genomic relationship matrix performed better for all scenarios. For the traits with at least five degrees of scores, the threshold models performed better, whereas for a trait with ten degrees of scores, we see no advantage to using a threshold model for genomic prediction. |
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Thesaurus Nal: |
Coffea arabica var. arabica; Genomics; Hemileia; Leaf rust; Leucoptera. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1156023/1/On-the-accuracy-of-threshold-genomic-prediction.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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Biblioteca |
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URL |
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| Registros recuperados : 54 | |
| 5. |  | EIRA, M.; FAZUOLI, L. C.; GUERREIRO FILHO, O.; SILVAROLA, M.; DANTAS, M.; REIS, R. Aumento da variabilidade genética de café no Brasil. In: SANTOS, M. G. B. dos. (Org). Artigos técnicos divulgados na mídia: coletânea 2007. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2007. (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Documentos, 244). Publicado em 16/03/2007. Disponível em: O Cafezal, ocafezal160307.| Tipo: Artigo de Divulgação na Mídia |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 6. | | BRANDALISE, M.; MALUF, M. P.; GUERREIRO FILHO, O.; GONÇALVES, W.; MAIA, I. de G. Caracterização de genes com expressão tecido-específica em raiz e folha de Coffea arabica. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 4., 2005, Londrina. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2005.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 7. | | SILVESTRINI, M.; MALUF, M. P.; RUGGIERO, L. M. de C.; GUERREIRO-FILHO, O.; COLOMBO, C. A. Caracterização de linhagens comerciais de café através de marcadores moleculares. IN: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 1., 2000, Poços de Caldas. Resumos Expandidos. Brasília, DF: Embrapa Café/MINASPLAN, 2000.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 9. | | EIRA, M. T. S.; RIBEIRO, V. S.; FAZUOLI, L. C.; GUERREIRO FILHO, O.; WALTERS, C. Coffee seed cryopreservation: current research progress. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 21., 2006, Montpellier, France. Table of contents... Montpellier, France: Association for Science and Information on Coffee, 2006.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 10. | | EIRA, M. T. S. da; RIBEIRO, V. S.; FUZUOLI, L. C.; GUERREIRO FILHO, O.; WALTERS, C. Coffee seed cryopreservation: current research progress. In:INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 21., 2006, Montpellier, France. Table of contents... Montpellier, France: Association for Science and Information on Coffee, 2007. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 15. | | MALUF, M. P.; AGUIAR, A. T. E.; GALLO, P. B.; FAZUOLI, L.; GUERREIRO FILHO, O. Caracterização agronômica e tecnológica de linhagens comerciais de café selecionadas pelo IAC. IN: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 1., 2000, Poços de Caldas. Resumos Expandidos. Brasília, DF: Embrapa Café/MINASPLAN, 2000.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 16. | | MALUF, M. P.; SILVESTRINI, M.; RUGGIERO, L. M. de C.; GUERREIRO FILHO, O.; COLOMBO, C. A. Genetic diversity of cultivated Coffea arabica inbred lines assessed by RAPD, AFLP and SSR marker systems. Scientia Agricola, v. 62, n. 4, p. 366-373, 2005. Título em português: Caracterização da diversidade genética de linhagens comerciais de Coffea arabica através de marcadores moleculares do tipo RAPD, AFLP e SSR.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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