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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
27/10/2011 |
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Data da última atualização: |
07/10/2014 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
GUERRA, R. L.; ALVARENGA, S. M.; CAIXETA, E. T.; GOULART, C. de C. |
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Afiliação: |
RAFAEL LUCIANO GUERRA, UFV; SAMUEL MAZZINGHY ALVARENGA, UFV; EVELINE TEIXEIRA CAIXETA, SAPC; CARLOS DE CASTRO GOULART, UFV. |
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Título: |
Um software para extração de ESTs, CONTIGS e SINGLETS do CAFEST. |
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Ano de publicação: |
2011 |
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Fonte/Imprenta: |
In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 7., 2011, Araxá. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2011. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Uma das dificuldades encontrada atualmente para os usuários da base de dados do Projeto Brasileiro do Genoma Café (CafEST) é a dificuldade em extrair manualmente todas as sequências armazenadas em seus projetos, no sistema Gene Projects. A partir dessa necessidade, foi desenvolvido um software para fazer a automatização do processo. Desta forma, o usuário do CafEST passa a dispor da comodidade de apenas informar ao programa quais projetos ele deseja que tenham as ESTs, contigs ou singlets extraídos. O programa consiste em dois scripts, um para fazer a extração das ESTs e outro para fazer a extração dos contigs e dos singlets. Os dois scripts retiram do CafEST apenas as ESTs, os contigs e singlets e salvam cada um desses em um arquivo do tipo FASTA. Isto facilita o uso dos mesmos em outras bases de dados e/ou ferramentas de bioinformática |
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Palavras-Chave: |
ESTs; Genoma café; Programação Script. |
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Categoria do assunto: |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/44673/1/Um-software-par-extracao.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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