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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Leite; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
17/12/2014 |
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Data da última atualização: |
05/02/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
MOKRY, F. B.; BUZANSKAS, M. E.; MUDADU, M. de A.; GROSSI, D. do A.; HIGA, R. H.; VENTURA, R. V.; LIMA, A. O. de; SARGOLZAEI, M.; MEIRELLES, S. L. C.; SCHENKEL, F. S.; SILVA, M. V. G. B.; NICIURA, S. C. M.; ALENCAR, M. M. de; MINARI, D. P.; REGITANO, L. C. de A. |
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Afiliação: |
MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL. |
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Título: |
Linkage disequilibrium and haplotype block structure in a composite beef cattle breed. |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, London v. 15, S6, p. 1-9, 2014. |
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DOI: |
10.1186/1471-2164-15-S7-S6 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Suppl 7. |
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Conteúdo: |
Abstract. Background: The development of linkage disequilibrium (LD) maps and the characterization of haplotype block structure at the population level are useful parameters for guiding genome wide association (GWA) studies, and for understanding the nature of non-linear association between phenotypes and genes. The elucidation of haplotype block structure can reduce the information of several single nucleotide polymorphisms (SNP) into the information of a haplotype block, reducing the number of SNPs in a coherent way for consideration in GWA and genomic selection studies. Results: The maximum average LD, measured by r2 varied between 0.33 to 0.40 at a distance of < 2.5 kb, and the minimum average values of r2 varied between 0.05 to 0.07 at distances ranging from 400 to 500 kb, clearly showing that the average r2 reduced with the increase in SNP pair distances. The persistence of LD phase showed higher values at shorter genomic distances, decreasing with the increase in physical distance, varying from 0.96 at a distance of < 2.5 kb to 0.66 at a distance from 400 to 500 kb. A total of 78% of all SNPs were clustered into haplotype blocks, covering 1,57 Mb of the total autosomal genome size. Conclusions: This study presented the first high density linkage disequilibrium map and haplotype block structure for a composite beef cattle population, and indicates that the high density SNP panel over 700 k can be used for genomic selection implementation and GWA studies for Canchim beef cattle. MenosAbstract. Background: The development of linkage disequilibrium (LD) maps and the characterization of haplotype block structure at the population level are useful parameters for guiding genome wide association (GWA) studies, and for understanding the nature of non-linear association between phenotypes and genes. The elucidation of haplotype block structure can reduce the information of several single nucleotide polymorphisms (SNP) into the information of a haplotype block, reducing the number of SNPs in a coherent way for consideration in GWA and genomic selection studies. Results: The maximum average LD, measured by r2 varied between 0.33 to 0.40 at a distance of < 2.5 kb, and the minimum average values of r2 varied between 0.05 to 0.07 at distances ranging from 400 to 500 kb, clearly showing that the average r2 reduced with the increase in SNP pair distances. The persistence of LD phase showed higher values at shorter genomic distances, decreasing with the increase in physical distance, varying from 0.96 at a distance of < 2.5 kb to 0.66 at a distance from 400 to 500 kb. A total of 78% of all SNPs were clustered into haplotype blocks, covering 1,57 Mb of the total autosomal genome size. Conclusions: This study presented the first high density linkage disequilibrium map and haplotype block structure for a composite beef cattle population, and indicates that the high density SNP panel over 700 k can be used for genomic selection implementation and GWA studies for Canchim bee... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Composite; Desequilíbrio de ligação; Genome wide association studies; Halplotype block; Linjage disequilibirium; Polimorfismo de nucleotídeo único. |
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Thesagro: |
Gado de corte. |
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Thesaurus Nal: |
Beef cattle; Linkage disequilibrium; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/119863/1/MOKRY.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/114007/1/PROCI-2104.00140.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/114252/1/1471-2164-15-S7-S6.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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Biblioteca |
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Cutter |
Registro |
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URL |
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Pantanal. Para informações adicionais entre em contato com cpap.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Pantanal. |
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Data corrente: |
04/12/2008 |
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Data da última atualização: |
25/05/2010 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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Autoria: |
FARIAS, C. A. P de; MIZOTE, F.; PADOVAN, M. P.; FEIDEN, A.; KOMORI, O. M.; CATTO, J. B.; SANTOS, M. L. dos; SKOWRONSKI, L. T.; SILVA, A. de A.; SILVA, V. C. da. |
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Afiliação: |
CÉSAR AUGUSTO PESSOA DE FARIAS, SFA-MAPA; FÁBIO MIZOTE, SFA-MAPA; MILTON PARRON PADOVAN, CPAO; ALBERTO FEIDEN, CPAP; OLÁCIO MAMORU KOMORI, APOMS; JOAO BATISTA CATTO, CNPGC; MARTIN LOPES DOS SANTOS, AGRAER; LINO TADEU SKOWRONSKI, ASPARGO; AROLDO DE ALMEIDA SILVA, SEBRAE; VANESSA C. DA SILVA, MDA. |
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Título: |
Comissão estadual de produção orgânica em Mato Grosso do Sul - CPOrg-MS. |
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Ano de publicação: |
2008 |
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Fonte/Imprenta: |
In: SEMINÁRIO DE AGROECOLOGIA, 2.; 2008, Dourados, MS. A construção participativa da agroecologia em Mato Grosso do Sul. Anais... Dourados: Embrapa Agropecuária Oeste, 2008. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
A Comissão Estadual da Produção Orgânica em Mato Grosso do Sul -
CEPOrg-MS é um fórum de articulações e deliberações no Estado que visa apoiar o
desenvolvimento da produção orgânica. Constituída no ano de 2005, sob a coordenação
da Superintendência Federal de Agricultura de Mato Grosso do Sul - SFA/MS, unidade
estadual do Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento - MAPA, com a
participação de entidades governamentais e não-governamentais envolvidas de
diferentes formas com a cadeia da produção orgânica. A CPOrg-MS pautou suas
atividades principalmente na promoção e fomento à produção e comercialização de
produtos orgânicos, procurando formar uma ?rede? de parceiros interessados no
desenvolvimento da produção, comercialização e consumo de produtos agropecuários
produzidos a partir de bases agroecológicas. |
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Palavras-Chave: |
APOMS; conjugação de esforços; CPOrg-MS; Rede Agroecologia MS. |
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Thesagro: |
Agricultura Orgânica. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
LEADER 01786naa a2200289 a 4500
001 1812914
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008 2008 bl --- 0-- u #d
100 1 $aFARIAS, C. A. P de
245 $aComissão estadual de produção orgânica em Mato Grosso do Sul - CPOrg-MS.
260 $c2008
520 $aA Comissão Estadual da Produção Orgânica em Mato Grosso do Sul - CEPOrg-MS é um fórum de articulações e deliberações no Estado que visa apoiar o desenvolvimento da produção orgânica. Constituída no ano de 2005, sob a coordenação da Superintendência Federal de Agricultura de Mato Grosso do Sul - SFA/MS, unidade estadual do Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento - MAPA, com a participação de entidades governamentais e não-governamentais envolvidas de diferentes formas com a cadeia da produção orgânica. A CPOrg-MS pautou suas atividades principalmente na promoção e fomento à produção e comercialização de produtos orgânicos, procurando formar uma ?rede? de parceiros interessados no desenvolvimento da produção, comercialização e consumo de produtos agropecuários produzidos a partir de bases agroecológicas.
650 $aAgricultura Orgânica
653 $aAPOMS
653 $aconjugação de esforços
653 $aCPOrg-MS
653 $aRede Agroecologia MS
700 1 $aMIZOTE, F.
700 1 $aPADOVAN, M. P.
700 1 $aFEIDEN, A.
700 1 $aKOMORI, O. M.
700 1 $aCATTO, J. B.
700 1 $aSANTOS, M. L. dos
700 1 $aSKOWRONSKI, L. T.
700 1 $aSILVA, A. de A.
700 1 $aSILVA, V. C. da
773 $tIn: SEMINÁRIO DE AGROECOLOGIA, 2.; 2008, Dourados, MS. A construção participativa da agroecologia em Mato Grosso do Sul. Anais... Dourados: Embrapa Agropecuária Oeste, 2008.
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Registro original: |
Embrapa Pantanal (CPAP) |
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