Data/hora: 02/06/2024 09:22:43

Biblioteca(s): | Embrapa Café.
Data corrente: | 27/10/2011
Data da última atualização: | 07/10/2014
Autoria: | GUERRA, R. L.; ALVARENGA, S. M.; CAIXETA, E. T.; GOULART, C. de C.
Afiliação: | RAFAEL LUCIANO GUERRA, UFV; SAMUEL MAZZINGHY ALVARENGA, UFV; EVELINE TEIXEIRA CAIXETA, SAPC; CARLOS DE CASTRO GOULART, UFV.
Título: | Um software para extração de ESTs, CONTIGS e SINGLETS do CAFEST.
Ano de publicação: | 2011
Fonte/Imprenta: | In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 7., 2011, Araxá. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2011.
Idioma: | Português
Conteúdo: | Uma das dificuldades encontrada atualmente para os usuários da base de dados do Projeto Brasileiro do Genoma Café (CafEST) é a dificuldade em extrair manualmente todas as sequências armazenadas em seus projetos, no sistema Gene Projects. A partir dessa necessidade, foi desenvolvido um software para fazer a automatização do processo. Desta forma, o usuário do CafEST passa a dispor da comodidade de apenas informar ao programa quais projetos ele deseja que tenham as ESTs, contigs ou singlets extraídos. O programa consiste em dois scripts, um para fazer a extração das ESTs e outro para fazer a extração dos contigs e dos singlets. Os dois scripts retiram do CafEST apenas as ESTs, os contigs e singlets e salvam cada um desses em um arquivo do tipo FASTA. Isto facilita o uso dos mesmos em outras bases de dados e/ou ferramentas de bioinformática
Palavras-Chave: | ESTs; Genoma café; Programação Script.
Categoria do assunto: | --
URL: | http://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/44673/1/Um-software-par-extracao.pdf
Registro original: | Embrapa Café (CNPCa)
Exemplares: | CNPCa - (385-1) - UPC - AA - DD -  -  -  - DIS