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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sul. |
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Data corrente: |
02/01/2014 |
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Data da última atualização: |
22/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
GIACHETTO, P. F.; PEREIRA, F. C. P.; MOKRY, F. B.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. A.; SILVA, M. V.; NICIURA, S. C. M.; CARDOSO, F. F.; ALENCAR, M. M.; MEIRELLES, S. L. C.; LIMA, A. O.; REGITANO, L. C. A. |
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Afiliação: |
POLIANA FERNANDA GIACHETTO, CNPTIA; FERNANDA C. P. PEREIRA; FABIANA B. MOKRY; ROBERTO HIROSHI HIGA, CNPTIA; MAURICIO DE ALVARENGA MUDADU, CPPSE; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; SIMONE CRISTINA MEO NICIURA, CPPSE; FERNANDO FLORES CARDOSO, CPPSUL; MAURICIO MELLO DE ALENCAR, CPPSE; SARAH L. C. MEIRELLES, UFV; ANDRESSA O. LIMA, UFSCar; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
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Título: |
Initial analysis of copy number variations in canchim beef cattle with extreme phenotypes for ribeye area. |
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Ano de publicação: |
2013 |
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Fonte/Imprenta: |
In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 21., 2013, San Diego. [Abstracts...]. [S.l.: s.n.], 2013. |
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Páginas: |
Não paginado. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Pôster P0572. |
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Conteúdo: |
Genomic structural variation, in the form of large-scale insertions and deletions, as well as inversions and translocations, are referred to as copy number variations (CNVs). Compared to single nucleotide polymorphisms (SNPs), CNVs have potentially greater effects on gene structure, dosage and regulation, being an important source of phenotypic variation. In humans, CNVs are widespread in the genome and have been shown to be associated with complex traits. In livestock species, the characterization of this genetic variation is an important step toward linking genes or genomic regions with phenotypic traits of economic importance. Studies in cattle have revealed some CNVs associated with differences in host parasite resistance and breed-specific differences in adaptation, health, and production traits. We report initial data from an analysis of CNVs in Canchim, a synthetic cattle (5/8 Charolais + 3/8 Zebu) that has been selected for meat production in Brazil. Using the PennCNV software and data from 192 Canchim DNA samples with extreme phenotypes for ribeye area, genotyped with Illumina BovineHD BeadChip, a total of 6,985 CNVs were detected. The regions ranged from 20,012bp to 4,157,122bp, with mean and median of 140,484bp and 81,303bp, respectively. Copy number gains (62.09%) were found to be more common than deletions. Gene content of discovered CNVs and functional enrichment analysis are being assessed using Ensembl genes and cattle RefSeq databases, and PANTHER classification system, respectively. We expect to use these findings in genome wide association studies to better understand the genetic variation underlying meat quality in beef cattle. MenosGenomic structural variation, in the form of large-scale insertions and deletions, as well as inversions and translocations, are referred to as copy number variations (CNVs). Compared to single nucleotide polymorphisms (SNPs), CNVs have potentially greater effects on gene structure, dosage and regulation, being an important source of phenotypic variation. In humans, CNVs are widespread in the genome and have been shown to be associated with complex traits. In livestock species, the characterization of this genetic variation is an important step toward linking genes or genomic regions with phenotypic traits of economic importance. Studies in cattle have revealed some CNVs associated with differences in host parasite resistance and breed-specific differences in adaptation, health, and production traits. We report initial data from an analysis of CNVs in Canchim, a synthetic cattle (5/8 Charolais + 3/8 Zebu) that has been selected for meat production in Brazil. Using the PennCNV software and data from 192 Canchim DNA samples with extreme phenotypes for ribeye area, genotyped with Illumina BovineHD BeadChip, a total of 6,985 CNVs were detected. The regions ranged from 20,012bp to 4,157,122bp, with mean and median of 140,484bp and 81,303bp, respectively. Copy number gains (62.09%) were found to be more common than deletions. Gene content of discovered CNVs and functional enrichment analysis are being assessed using Ensembl genes and cattle RefSeq databases, and PANTHER classifica... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Copy number variations; Polimorfismo de nucleotídeo único; Single nucleotide polymorphisms. |
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Thesagro: |
Variação Genética. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; Genetic variation; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/94588/1/P0572.odt
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/97848/1/P0572.odt
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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| Registros recuperados : 125 | |
| 101. |  | CAETANO, A. R.; ALVES, A. L.; VARELA, E. S.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; HIGA, R. H.; PAIVA, S. R. Desenvolvimento de ferramentas genômicas para manejo e melhoramento genético de peixes nativos do Brasil. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 3., 2014, Santos. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2014.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 102. | | CAETANO, A. R.; ALVES, A. L.; VARELA, E. S.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; HIGA, R. H.; PAIVA, S. R. Desenvolvimento de ferramentas genômicas para manejo e melhoramento genético de peixes nativos do Brasil. In. CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 3., 2014, Santos. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2014. Resumo. 367. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 103. | | HUL, L. M.; IBELLI, A. M. G.; SAVOLDI, I. R.; MARCELINO, D. E. P.; FERNANDES, L. T.; PEIXOTO, J. O.; CANTAO, M. E.; HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; COUTINHO, L. L.; LEDUR, M. C. Differentially expressed genes in the femur cartilage transcriptome clarify the understanding of femoral head separation in chickens. Scientific Reports, v. 11, n. 1, p. 1-13. 2021. Article number: 17965.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Suínos e Aves. |
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| 104. | | IBELLI, A. M. G.; CARDOSO, F. F.; GIACHETTO, P. F.; HIGA, R. H.; OLIVEIRA, M. C. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; RIBEIRO, A. R. B; ALENCAR, M. M.; GIGLIOTI, R.; REGITANO, L. C. A. Expressão gênica diferencial em bovinos nelore, angus x nelore e senepol x nelore infestados com carrapato rhipicephalus (boophilus) microplus. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PARASITOLOGIA VETERINÁRIA, 16., Campo Grande. Anais... Campo Grande: CBPV, 2010. Não paginado.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste; Embrapa Pecuária Sul. |
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| 105. | | PEIXOTO, J. de O.; IBELLI, A. M. G.; CANTAO, M. E.; ZANELLA, R.; JAENISCH, F. R. F.; GIACHETTO, P. F.; SETTLES, M. L.; PANDOLFI, J. R. C.; COUTINHO, L. L.; LEDUR, M. C. Expressão gênica diferencial envolvida com condronecrose bacteriana com osteomielite em frangos de corte com 35 dias de idade. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 52., 2015, Belo Horizonte. Zootecnia: otimizando recursos e potencialidades: anais. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Zootecnia, 2015.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Suínos e Aves. |
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| 106. | | TORRES, T. Z.; VISOLI, M. C.; FALCAO, P. R. K.; SOUZA, M. I. F.; GIACHETTO, P. F.; NHANI JUNIOR, A.; CINTRA, L. C.; CUNHA, L. M. S.; BARBOSA, L. A. F. Gestão de dados de pesquisa no Laboratório Multiusuário de Bioinformática da Embrapa. Ponta Grossa: Athena, 2022. 57 p.| Tipo: Autoria/Organização/Edição de Livros |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 107. | | BERG, A. S.; DITA, M.; NAN, T.; SHEA, T.; ZHOU, S.; JONKERS, W.; ZHENG, Q.; YOUNG, S.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; HERAI, R.; SOUZA, M.; WAALWIJK, C.; KEMA, G. H. J.; KLISTLER, H.; MA, L. Genome sequencing of Fusarium oxysporum f. sp. cubense tropical race 4 strain II5. Phytopathology, v. 102, n. 7, 2012. Supplement 4. Abstracts of presentations of the APS Annual meeting, Providence, RI, 2012.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 108. | | FONSECA, I.; CARDOSO, F. F.; HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; BRANDAO, H. de M.; BRITO, M. A. V. P. e; FERREIRA, M. B. D.; GUIMARÃES, S. E. F.; MARTINS, M. F. Gene expression profile in zebu dairy cows (Bos taurus indicus) with mastitis caused by Streptococcus agalactiae. Livestock Science, v. 180, p. 47-57, Oct. 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Leite; Embrapa Pecuária Sul. |
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| 109. | | GIACHETTO, P. F.; PEREIRA, F. C. P.; MOKRY, F. B.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. A.; SILVA, M. V.; NICIURA, S. C. M.; CARDOSO, F. F.; ALENCAR, M. M.; MEIRELLES, S. L. C.; LIMA, A. O.; REGITANO, L. C. A. Initial analysis of copy number variations in canchim beef cattle with extreme phenotypes for ribeye area. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 21., 2013, San Diego. [Abstracts...]. [S.l.: s.n.], 2013. Não paginado. Pôster P0572.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sul. |
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| 110. | | IBELLI, A. M. G.; GIACHETTO, P. F.; CARDOSO, F. F.; HIGA, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, M. C. de S.; RIBEIRO, A. R. B.; TIZIOTO, P. C.; REGITANO, L. C. de A. Identification of new genes in cattle of different genetic groups activated in response to tick Rhipicephalus (Boophilus) microplus. In: REUNIÓN DE LA ASOCIACIÓN LATINOAMERICANA DE PRODUCCIÓN ANIMAL, 22., 2011, Montevideo, Uruguay. Memorias... Montevideo: Asociación Uruguaya de Producción Animal, 2011. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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| 111. | | IBELLI, A. M. G.; GIACHETTO, P. F.; CARDOSO, F. F.; HIGA, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, M. C. de S.; RIBEIRO, A. R. B.; TIZIOTO, P. C.; REGITANO, L. C. de A. Identification of new genes in cattle of different genetic groups activated in response to tick Rhipicephalus (Boophilus) microplus. Archivos Latinoamericano de Producion Animal, v. 19, (supl. 1), p. 221, 2011| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 112. | | SOUZA, M. I. F.; VISOLI, M. C.; TORRES, T. Z.; FALCAO, P. R. K.; NHANI JUNIOR, A.; GIACHETTO, P. F.; SILVA, F. R. da; CINTRA, L. C.; OSAWA, C. C.; SILVA, A. R. da; BARBOSA, L. A. F. Planos de gestão de dados acionáveis por máquina alinhados aos princípios FAIR para o Laboratório Multiusuário de Bioinformática da Embrapa. Campinas: Embrapa Agricultura Digital, 2022. 68 p. il. color. (Embrapa Agricultura Digital. Documentos, 183).| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 113. | | BELESINI, A. A.; TELLES, B. R.; CASTRO, G. M. de; GIACHETTO, P. F.; VANTINI, J. da S.; CARVALHO, F. M. de S.; CARLIN, S. R.; CAZETTA, J. O.; FERRO, M. I. T.; PINHEIRO, D. G. de novo assembly and transcriptome analysis of sugarcane leaves from contrasting varieties submited to prolonged water stress. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2016. Não paginado. PAG 2016. Pôster P0792.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 114. | | BELESINI, A. A.; CARVALHO, F. M. S.; TELLES, B. R.; CASTRO, G. M. de; GIACHETTO, P. F.; VANTINI, J. S.; CARLIN, S. D.; CAZETTA, J. O.; PINHEIRO, D. G.; FERRO, M. I. T. De novo transcriptome assembly of sugarcane leaves submitted to prolonged water-deficit stress. Genetics and Molecular Research, Ribeirão Preto, v. 16, n. 2, p. 1-20, 2017. Article gmr16028845.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 115. | | LEMOS, M. P. L.; SARAIVA, M. M. S.; LEITE, E. L.; SILVA, N. M. V.; VASCONCELOS, P. C.; GIACHETTO, P. F.; FREITAS NETO, O. C.; GIVISIEZ, P. E. N.; GEBREYES, W. A.; OLIVEIRA, C. J. B. The posthatch prophylactic use of ceftiofur affects the cecalmicrobiota similar to the dietary sanguinarine supplementationin broilers. Poultry Science, v. 99, n. 11, p. 6013-6021, Nov. 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 116. | | TELLES, B. R.; CARVALHO, F. M. de S.; VANTINI, J. da S.; BELESINI, A. A.; CASTRO, G. M. de; GIACHETTO, P. F.; CARLIN, S. D.; SILVA, T. R. da; PINHEIRO, D. G.; CAZETTA, J. O.; FERRO, M. I. T. Prolonged water deficit reveals new profile of sugarcane gene expression and metabolic pathway related to tolerance. Sugar Tech, v. 21, n. 3, p. 451-461, May-June 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 117. | | PEIXOTO, J. de O.; SAVOLDI, I. R.; IBELLI, A. M. G.; CANTAO, M. E.; JAENISCH, F. R. F.; GIACHETTO, P. F.; SETTLES, M. L.; ZANELLA, R.; MARCHESI, J. A. P.; PANDOLFI, J. R. C.; COUTINHO, L. L.; LEDUR, M. C. Proximal femoral head transcriptome reveals novel candidate genes related to epiphysiolysis in broiler chickens. BMC Genomics, v. 20, p. 1-17, 2019. Na publicação: José Rodrigo Pandolfi. Article number: 1031.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Suínos e Aves. |
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| 118. | | LYRA, M. do C. C. P. de; TAKETANI, R. G.; FREITAS, A. D. S. de; SILVA, C. E. R. S. e; MERGULHÃO, A. C. do E. S.; SILVA, M. L. R. B. da; ANTUNES, J. E. L. S.; ARAÚJO, A. S. F. de; GIACHETTO, P. F. Structure and diversity of bacterial community in semiarid soils cultivated with prickly-pear cactus (Opuntia ficus-indica (L.) Mill.). Anais da Academia Brasileira de Ciências, v. 93, n. 3, e20190183, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 119. | | CINTRA, L. C.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; SILVA, F. R. da; GIACHETTO, P. F.; FALCAO, P. R. K.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; SIQUEIRA, F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R. Sequencing and de novo genome assembley of a Nelore (Bos indicus) bull. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 21., 2013, San Diego. Abstracts... Jersey City: Scherago International, 2013. P0522.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 120. | | CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; SILVA, F. R. da; GIACHETTO, P. F.; KUSER-FALCÃO, P. R.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; SIQUEIRA, F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R. Sequencing and de novo genome assembly of a nelore (Bos indicus) bull. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 21., 2013, San Diego. [Abstracts...]. [S.l.: s.n.], 2013. Não paginado. Pôster 0522.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Corte. |
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