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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Café. |
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Data corrente: |
22/06/2021 |
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Data da última atualização: |
23/06/2021 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
GUIMARÃES, P. S.; SCHENK, J. C. M.; CINTRA, L. C.; GIACHETTO, P. F.; SILVAROLLA, M. B.; PADILHA, L.; MALUF, M. P. |
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Afiliação: |
PAULA SOUZA GUIMARÃES, IAC; JULIANA CAMARGO MARTINATI SCHENK, IAC; LEANDRO CARRIJO CINTRA, CNPTIA; POLIANA FERNANDA GIACHETTO, CNPTIA; MARIA BERNADETE SILVAROLLA, IAC; LILIAN PADILHA, CNPCa; MIRIAN PEREZ MALUF, CNPCa. |
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Título: |
Large-scale prospection of genes on caffeine-free Coffea arabica plants - discovery of novel markers associated with development and secondary metabolism. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
Plant Gene, v. 27, p. 1-9, Sept. 2021. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1016/j.plgene.2021.100314 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Article 100314. |
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Conteúdo: |
Abstract. Differential gene expression profiles and metabolic networks are valuable tools for the genetic characterization of agronomic traits. In this study, we used large-scale expression analyses to identify modified biological processes in caffeine-free coffee plants. The first step was the large-scale sequencing of RNA from young and developing tissues of caffeine-free plants (AC1) and plants with normal concentrations of the compound (MN). The resulting 65,000 sequences were analyzed in silico for identification of 171 genes with differential expression between treatments, and establishment of metabolic networks associated with levels of caffeine. Few genes were mapped onto metabolic pathways, indicating that low caffeine has no major effects on physiological processes. The differential expression observed in silico was validated for 12 selected genes in field experiments using qPCR. The expression profile of 5 genes differed on the analyses, and the rest confirmed the in silico profile. Among the validated genes two of them, FIG and LSM-l, may control other agronomic traits associated with low caffeine content in coffee tissues. These genes are potential markers for use in association with other current markers for assisted selection of low-caffeine coffee. Therefore, they may improve the efficiency and effectiveness of coffee breeding programs. |
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Palavras-Chave: |
Assisted-selection; Caffeine-free plants; Coffee; Differential expression; Expressão gênica; RNAseq; Seleção assistida. |
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Thesagro: |
Café Descafeinado; Cafeína; Coffea Arábica. |
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Thesaurus Nal: |
Caffeine; Gene expression. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
LEADER 02480naa a2200361 a 4500
001 2132519
005 2021-06-23
008 2021 bl uuuu u00u1 u #d
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700 1 $aMALUF, M. P.
773 $tPlant Gene$gv. 27, p. 1-9, Sept. 2021.
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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| 61. |  | BAMBINI, M. D.; OSAWA, C. C.; SANTOS, A. D. dos; BARBEDO, J. G. A.; VAZ, G. J.; GIACHETTO, P. F.; SPERANZA, E. A.; TELLES, G. A. de S. Contribuição da Embrapa Informática Agropecuária para um Brasil Inovador e competitivo: proteção da propriedade intelectual dos resultados de pesquisa e geração de inovações. In: CONGRESSO DA ASSOCIAÇÃO BRASILEIRA DAS INSTITUIÇÕES DE PESQUISA TECNOLÓGICA E INOVAÇÃO, 7., 2012, Brasília, DF. Tecnologia para um Brasil inovador e competitvo: trabalhos selecionados para apresentação no congresso. Brasília, DF: ABIPTI, 2012. p. 168-178. 1 CD-ROM. ABIPTI 2012.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 62. | | DITA, M.; HERAI, R.; YAMAGISHI, M. E. B.; SILVA, G. F. da; SOUZA JUNIOR, M. T.; GIACHETTO, P. F.; WAALWIJK, C.; KEMA, G. Comparative transcriptome analyses of Fusarium oysporum f. sp. cubense. Phytopathology, v. 101, n. 6, Supplement, p. S43, 2011. Trabalhos apresentados no: APS-IPPC 2011 Joint Meeting in Honolulu, Hawaii, August 6–10, 2011.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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| 63. | | RODRIGUEZ, M. A. D.; HERAI, R.; WAALWIJK, C.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; FERREIRA, G. B.; SOUZA, M.; KEMA, G. H. J. Comparative transcriptome analyses and genome assembly of fusarium oxysporum f. sp. cubense. Acta Horticulturae, n. 986, p. 165-168, 2013. 4p. Trabalho apresentado no ISHS - ProMusa Symposium on Bananas and Plantains: Towards Sustainable Global Production and Improved Uses.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
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| 64. | | RODRIGUEZ, M. A. D.; HERAI, R.; WAALWIJK, C.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; FERREIRA, G.; SOUZA JUNIOR, M. T.; KEMA, G. H. J. Comparative transcriptome analysis and genome assembly of Fusarium oxysporum f. sp. cubense. In: ISHS / PROMUSA SYMPOSIUM, 2011, Salvador, BH. Bananas and plantains: toward sustainable global production and improved uses: program and abstracts. Leuven: ISHS, 2011. p. 58| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 65. | | GIACHETTO, P. F.; NHANI JUNIOR, A.; CASTRO, G. M. de; RODRIGUES, V. da S.; GARCIA, M. V.; BARROS, J. C.; ANDREOTTI, R. Differential gene expression in the cattle tick Rhipicephalus microplus fed on resistant and susceptible cattle. In: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 27., 2019, San Diego. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2019. Na publicação: Jacqueline Cavalcanti Barros, Renato Andreotti. PAG 2019. PE0246.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 66. | | HERAI, R. H.; GIACHETTO, P. F.; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H. dos; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCÃO, P. R. Detecção de erros de montagens em regiões gênicas. In: SIMPÓSIO SOBRE INOVAÇÃO E CRIATIVIDADE CIENTÍFICA NA EMBRAPA, 2., Brasília, DF, 2010. Resumos... Brasília, DF: Embrapa, 2010. Não paginado.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 67. | | SILVA, J. M. da; GIACHETTO, P. F.; SILVA, L. O. C. da; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.; YAMAGISHI, M. E. B. Detection of copy number variations in nelore beef cattle with high-density SNP genotyping data. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 22., 2014, San Diego, CA. [Abstracts]. San Diego: [s.n.], 2014. Não paginado. P553.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 68. | | SILVA, J. M. da; GIACHETTO, P. F.; SILVA, L. O. C. da; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.; YAMAGISHI, M. E. B. Detection of copy number variations in nelore beef cattle with high-density SNP genotyping data. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 22., 2014, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2014. Não paginado. P553.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 69. | | CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; SILVA, F. R. da; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCÃO, P. R. K.; GIACHETTO, P. F. Embrapa Bioinformatic Multi-user laboratory. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 21., 2013, San Diego. [Abstracts...]. [S.l.: s.n.], 2013. Não paginado. Pôster 1017.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 70. | | KUSER-FALCÃO, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; SILVA, F. R.; LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; HIGA, R.; VIEIRA, F. Embrapa Bioinformatics Multi-Users Laboratory - LMB. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 8., 2012, Campinas. Abstract book... Ribeirão Preto: AB3C, 2012. Não paginado. X-MEETING 2012.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 71. | | GERHARDT, I. R.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; LOBO, F.; PENCHEL, R. M.; MISSIAGGIA, A. A.; ZERLOTINI, A.; SILVA, F. R. da. RNA-seq analysis of Eucalyptus genotypes that differ in carbon allocation. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY; STRUCTURAL BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOPHYSICS CONFERENCE MEETING, 8., 2012, Long Beach, California. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2012. Não paginado. 1 Poster. ISMB 2012. Poster G19. Também publicado em: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 21.; EUROPEAN CONFERENCE ON COMPUTATIONAL BIOLOGY, 12., 2013, Berlin. Posters... Berlin: ISCB, 2013. Não paginado....| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 72. | | GERHARDT, I. R.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; LOBO, F. P.; PENCHEL, R. M.; MISSIAGGIA, A. A.; ZERLOTINI, A.; SILVA, F. R. da. RNA-seq analysis of Eucalyptus genotypes that differ in carbon allocation. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY; STRUCTURAL BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOPHYSICS CONFERENCE MEETING, 8., 2012, Long Beach, California. Abstracts. 1 Pôster. Poster G19.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 73. | | GERHARDT, I. R.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; LOBO, F. P.; PENCHEL, R. M.; MISSIAGGIA, A. A.; ZERTOLINI, A.; SILVA, F. R. da. RNA-Seq Analysis of Eucalyptus Genotypes that Differ in Carbon Allocation. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 8., 2012, Campinas. Abstract book. [S.l.: s.n.], 2012.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 74. | | GIACHETTO, P. F.; HERAI, R. H.; NICIURA, S. C. M.; DODE, M. A. N.; REGITANO, L. C. de A.; YAMAGISHI, M. E. B. Transcritos quiméricos em bovinos. In: SIMPÓSIO SOBRE INOVAÇÃO E CRIATIVIDADE CIENTÍFICA NA EMBRAPA, 2., 2010, Brasília. Anais... Brasília: Embrapa, 2010. Não paginado. Pôster 77.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 75. | | GIACHETTO, P. F.; HERAI, R. H.; NICIURA, S. C. M.; DODE, M. A. N.; REGITANO, L. C. A.; YAMAGISHI, M. E. B. Transcritos quiméricos em bovinos. In: SIMPÓSIO SOBRE INOVAÇÃO E CRIATIVIDADE CIENTÍFICA NA EMBRAPA, 2., 2010, Brasília, DF. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2010. Não paginado. Pôster 77.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 76. | | GERHARDT, I. R.; ZERLOTINI, A.; GIACHETTO, P. F.; SILVA, F. R. da; LOBO, F.; PENCHEL, R. M.; MISSIAGGIA, A. A.; ARICETTI, J. A.; GIANOTTO, A. C.; CALDANA, C. Understanding molecular mechanisms of carbon allocation in Eucalyptus. In: INTERNATIONAL CONGRESS OF PLANT MOLECULAR BIOLOGY, 11., 2015, Iguassu Falls. Papers... [S.l.: s.n.], 2015. p. 514. p. 0551. IPMB 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 77. | | BELLI, A. M. G; GIACHETTO, P. F.; OLIVEIRA, M. C. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; VENERONI, G. B.; TIZIOTO, P. C.; REGITANO, L. C. A. Vias regulatórias envolvidas na resistência e susceptibilidade de bovinos infestados com carrapato Rhipicephalus (Boophilus) microplus. In: WORKSHOP EM GENÔMICA ANIMAL, 1., 2009, Ceará. Resumos... Ceará: UECE, 2009. Não paginado. WSRGA 2009.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 78. | | IBELLI, A. M. G.; GIACHETTO, P. F.; OLIVEIRA, M. C. de S.; YAMAGISHI, M. E. B.; VENERONI, G. B.; TIZIOTO, P. C.; REGITANO, L. C. de A. Vias regulatórias envolvidas na resistência e susceptibilidade de bovinos infestados com carrapato Rhipicephalus (Boophilus) microplus. In: WORKSHOP DA REDE GENÔMICA ANIMAL, 1., 2009, Fortaleza. Anais... Fortaleza, Rede Genômica Animal, 2009| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 79. | | SANTOS, E. H. dos; GIACHETTO, P. F.; IBELLI, A. M. G.; OLIVEIRA, M. C. de S.; REGITANO, L. C. de A.; YAMAGISHI, M. E. B. Implementação de um pipeline de análises aplicado a experimentos de expressão em larga escala, para a identificação de redes de co-expressão gênica. In: WORKSHOP EM GENÔMICA ANIMAL, 1., 2009, Fortaleza. Resumos... Fortaleza: UECE, 2009. Não paginado.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 80. | | GIACHETTO, P. F.; SILVA, J. M. da; SILVA, L. O. C. da; CINTRA, L. C.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.; YAMAGISHI, M. E. B. Genomic variant hotspots in nelore cattle revealed by missing genotypes. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 23., 2015, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2015. Não paginado. PAG 2015. Pôster P0289.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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