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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Corte; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
26/11/2015 |
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Data da última atualização: |
29/03/2016 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SILVA, J. M. da; GIACHETTO, P. F.; SILVA, L. O. C. da; CINTRA, L. C.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.; YAMAGISHI, M. E. B. |
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Afiliação: |
JOAQUIM MANOEL DA SILVA, Faculdade de Ciências Agrárias, Biológicas e Sociais Aplicadas, Universidade do Estado de Mato Grosso (UNEMAT), Nova Xavantina, Mato Grosso, Bra; POLIANA FERNANDA GIACHETTO, CNPTIA; LUIZ OTAVIO CAMPOS DA SILVA, CNPGC; LEANDRO CARRIJO CINTRA, CNPTIA; SAMUEL REZENDE PAIVA, SRI; ALEXANDRE RODRIGUES CAETANO, CENARGEN; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA. |
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Título: |
Genomic Variants Revealed by Invariably Missing Genotypes in Nelore Cattle. |
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Ano de publicação: |
2015 |
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Fonte/Imprenta: |
PLoS ONE, v. 10, n. 8, p. 1-18, 2015 |
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Idioma: |
Inglês
Português |
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Conteúdo: |
High density genotyping panels have been used in a wide range of applications. From population genetics to genome-wide association studies, this technology still offers the lowest cost and the most consistent solution for generating SNP data. However, in spite of the application, part of the generated data is always discarded from final datasets based on quality control criteria used to remove unreliable markers. Some discarded data consists of markers that failed to generate genotypes, labeled as missing genotypes. A subset of missing genotypes that occur in the whole population under study may be caused by technical issues but can also be explained by the presence of genomic variations that are in the vicinity of the assayed SNP and that prevent genotyping probes from annealing. The latter case may contain relevant information because these missing genotypes might be used to identify population-specific genomic variants. In order to assess which case is more prevalent, we used Illumina HD Bovine chip genotypes from 1,709 Nelore (Bos indicus) samples. We found 3,200 missing genotypes among the whole population. NGS re-sequencing data from 8 sires were used to verify the presence of genomic variations within their flanking regions in 81.56% of these missing genotypes. Furthermore, we discovered 3,300 novel SNPs/Indels, 31% of which are located in genes that may affect traits of importance for the genetic improvement of cattle production. |
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Palavras-Chave: |
Genotypes; Nelore; Polimorfismo de nucleotídeo único; Sequenciamento de DNA. |
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Thesagro: |
Bos Indicus; Gado de corte. |
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Thesaurus Nal: |
Cattle; Sequence analysis; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/134042/1/journal.pone.0136035.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/137040/1/Genomic-variants-Silva.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Gado de Corte (CNPGC) |
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Biblioteca |
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Registro |
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Status |
URL |
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| Registros recuperados : 350 | |
| 61. |  | ALMEIDA, L. A.; KIIHL, R. A. S.; MIRANDA, L. C.; KASTER, M.; HARADA, A.; KAMIKOGA, M. K.; BOYE, R. Avaliacao intermediaria 95/96 de cultivares e linhagens de soja para o Estado do Parana. In: REUNIAO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIAO SUL, 24., 1996, Pelotas. Ata e resumos. Pelotas: EMBRAPA-CPACT, 1997. p.179. (EMBRAPA-CPACT. Documentos, 30).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 62. | | BERTAGNOLLI, P. F.; COSTAMILAN, L. M.; EICHELBERGER, L.; KASTER, M.; ALMEIDA, A. M. R.; DIAS, W. P. BRS Taura RR, cultivar de soja indicada para o Rio Grande do Sul, Santa Catarina, Paraná e São Paulo. In: REUNIÃO DE PESQUISA DA SOJA DA REGIÃO SUL, 37., Porto Alegre, 2009. Programa e resumos. Porto Alegre : UFRGS, 2009. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 63. | | BERTAGNOLLI, P. F.; COSTAMILAN, L. M.; EICHELBERGER, L.; KASTER, M.; ALMEIDA, A. M. R.; DIAS, W. P. BRS Taura RR, cultivar de soja indicada para o Rio Grande do Sul, Santa Catarina, Paraná e São Paulo. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO SUL, 37., 2009, Porto Alegre. Programa e resumos... Porto Alegre: UFRGS, 2009. p. 51. 1 CD-ROM. RPS020.pdf| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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| 64. | | BERTAGNOLLI, P. F.; COSTAMILAN, L. M.; EICHELBERGER, L.; KASTER, M.; DIAS, W. P.; ALMEIDA, A. M. R. BRS Taura RR: cultivar de soja indicada para o Rio Grande do Sul, Santa Catarina, Paraná e São Paulo. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 31., 2010, Brasília, DF. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2010. p. 350-351. Resumo 117. Editores técnicos: Adilson de Oliveira Junior, Odilon Ferreira Saraiva, Regina Maria Villas Bôas de Campo Leite, César de Castro, Jussara Flores de Oliveira Arbues, Wellington Cavalcanti.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja; Embrapa Trigo. |
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| 65. | | MOREIRA, J. U. V.; ARIAS, C. A. A.; OLIVEIRA, M. F. de; CARNEIRO, G. E. de S.; KASTER, M. Em busca da cultivar inatingível. A Granja, Porto Alegre, v. 65, n. 731, p. 48-50, nov. 2009.| Tipo: Artigo de Divulgação na Mídia |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 66. | | KRZYZANOWSKI, F. C.; COSTA, N. P.; MIRANDA, Z. F. S.; KIIHL, R. A. S.; KASTER, M.; SOUZA, P. I. M. Caracterizacao de genotipos de soja de ciclos precoce e medio quanto a qualidade fisiologica e suas inter-relacoes com aspectos morfologicos. In: EMBRAPA. Centro Nacional de Pesquisa de Soja (Londrina, PR). Resultados de pesquisa de soja 1988/89. Londrina, 1989. p.315,319-324. (EMBRAPA-CNPSo. Documentos, 43).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 69. | | ALMEIDA, L. A.; KIIHL, R. A. S.; MIRANDA, L. C.; PÍPOLO, A. E.; DOMIT, L.; VIEIRA, O. V.; KASTER, M. Desenvolvimento de cultivares e linhagens de soja para a região centro-sul do Brasil (04.0.94.321-06). In: EMBRAPA SOJA. Resultados de pesquisa da Embrapa Soja, 1999. Londrina, 2000. p. 145-148. (Embrapa Soja. Documentos, 142).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 70. | | ALMEIDA, L. A.; KIIHL, R. A. S.; PÍPOLO, A. E.; DOMIT, L.; VIEIRA, O. V.; KASTER, M.; ARIAS, C. A. Desenvolvimento de cultivares e linhagens de soja para a região centro-sul do Brasil (04.2000.321-02). In: HOFFMANN-CAMPO, C.B.; SARAIVA, O.F. (Org.). Resultados de pesquisa da Embrapa Soja - 2000: melhoramento. Londrina: Embrapa Soja, 2001. p. 9-12. (Embrapa Soja. Documentos, 156).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 72. | | CAMPELO, G. J. de A.; MIRANDA, M. A. C.; KASTER, M.; ALMEIDA, L. A.; KIIHL, R. A.; KLEPKER, D. BRS MA Tracajá: nova cultivar de soja precoce para os agroecossistemas dos cerrados do Meio-Norte. In: ENCONTRO DE GENÉTICA DO NORDESTE, 15., 2000, Fortaleza. A genética no desenvolvimento do Nordeste: anais. Fortaleza: SBG, 2000. p. 108| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 73. | | VELLOSO, J. A. R. de O.; QUEIROZ, E. F. de; NEUMAIER, N.; PORTO, M.; KASTER, M.; BAYS, I. A. Ensaio nacional de grupos de maturacao na cultura da soja em Passo Fundo-RS. In: REUNIAO CONJUNTA DE PESQUISA DE SOJA DA REGIAO SUL, 5., 1977, Pelotas. Resultados de pesquisa em soja obtidos no Centro Nacional de Pesquisa de Trigo em 1976/77. Passo Fundo: EMBRAPA-CNPT, 1977. p.54-60.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 77. | | KIIHL, R. A. S.; ALMEIDA, L. A.; MIRANDA, L. C.; YORINORI, J. T.; KASTER, M.; MENOSSO, O. G. Cultivar de soja Embrapa 1(IAS 5 RC). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 1999, Londrina. Anais... Londrina: Embrapa Soja, 1999. p.513. (Embrapa Soja. Documentos, 124).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 78. | | ALMEIDA, L. A.; KIIHL, R. A. S.; MIRANDA, L. C.; DOMIT, L. A.; PIPOLO, A. E.; KASTER, M. Cultivar de soja Embrapa 58. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 1999, Londrina. Anais... Londrina: Embrapa Soja, 1999. p.485. (Embrapa Soja. Documentos, 124).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 79. | | KIIHL, R. A. S.; ALMEIDA, L. A.; MIRANDA, L. C.; PIPOLO, A. E.; DOMIT, L. A.; KASTER, M. Cultivar de soja Embrapa 59. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 1999, Londrina. Anais... Londrina: Embrapa Soja, 1999. p.513. (Embrapa Soja. Documentos, 124).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 80. | | KRZYZANOWSKI, F. C.; FRANÇA NETO, J. de B.; MANDARINO, J. M. G.; KASTER, M.; HENNING, A. A.; COSTA, N. P. Laboratório de lignina como instrumentos para assistir os programas de melhoramento genético da soja visando a seleção de genótipos para alta qualidade da semente e do grão relacionados ao dano mecânico. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 2.; MERCOSOJA 2002, 2002, Foz do Iguaçu. Perspectivas do agronegócio da soja: resumos. Londrina: Embrapa Soja, 2002. p. 356. (Embrapa Soja. Documentos, 181). Organizado por Odilon Ferreira Saraiva, Clara Beatriz Hoffmann-Campo.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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