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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Unidades Centrais. |
Data corrente: |
20/06/2022 |
Data da última atualização: |
27/06/2022 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
SOUZA, M. I. F.; VISOLI, M. C.; TORRES, T. Z.; OSAWA, C. C.; SILVA, A. R. da; GIACHETTO, P. F.; NHANI JUNIOR, A.; FALCAO, P. R. K. |
Afiliação: |
MARCIA IZABEL FUGISAWA SOUZA, CNPTIA; MARCOS CEZAR VISOLI, CNPTIA; TERCIA ZAVAGLIA TORRES, CNPTIA; CARLA CRISTIANE OSAWA, CNPTIA; ALESSANDRA RODRIGUES DA SILVA, SGE; POLIANA FERNANDA GIACHETTO, CNPTIA; ANTONIO NHANI JUNIOR, CNPTIA; PAULA REGINA KUSER FALCAO, CNPTIA. |
Título: |
Catalogação de datasets ômicos no Repositório de Dados de Pesquisa da Embrapa. |
Ano de publicação: |
2022 |
Fonte/Imprenta: |
Revista Brasileira de Biblioteconomia e Documentação, v. 18, p. 1-28, 2022. |
Idioma: |
Português |
Conteúdo: |
RESUMO. O estudo teve o objetivo de definir e estabelecer regras mínimas para a catalogação de datasets ômicos, oriundos do Laboratório Multiusuário de Bioinformática da Embrapa (LMB), no Repositório de Dados de Pesquisa da Embrapa (Redape). Foram adotados os seguintes procedimentos metodológicos: i) revisão bibliográfica; ii) construção do estado do conhecimento sobre catalogação; iii) identificação de regras mínimas para descrição de datasets; iv) exploração dos elementos metadados do software Dataverse; v) identificação de atributos para descrever elementos metadados; vi) estabelecimento de regras para orientar a descrição de elementos, campos e subcampos dos esquemas Metadados de Citação e Metadados Ciência da Vida. Como resultados foram definidas e estabelecidas: i) regras mínimas de catalogação e descrição de metadados, contemplando aspectos da representação descritiva e temática; ii) instruções para o preenchimento do formulário de catalogação no Redape, uma instância do software Dataverse; iii) orientações para o uso de vocabulários controlados FAIR; iv) recomendações para revisão na catalogação de datasets. O artigo relata a experiência de catalogação de datasets ômicos no Redape, descrevendo as orientações estabelecidas para a geração de metadados qualificados, descritos de acordo com padrões internacionais de representação descritiva, e em aderência aos princípios FAIR. A aderência aos princípios FAIR assegura a interoperabilidade e o compartilhamento, bem como o uso e o reúso dos dados de pesquisa, aspectos preconizados nas diretrizes e estratégias da Política de Governança de Dados, Informação e Conhecimento da Embrapa. MenosRESUMO. O estudo teve o objetivo de definir e estabelecer regras mínimas para a catalogação de datasets ômicos, oriundos do Laboratório Multiusuário de Bioinformática da Embrapa (LMB), no Repositório de Dados de Pesquisa da Embrapa (Redape). Foram adotados os seguintes procedimentos metodológicos: i) revisão bibliográfica; ii) construção do estado do conhecimento sobre catalogação; iii) identificação de regras mínimas para descrição de datasets; iv) exploração dos elementos metadados do software Dataverse; v) identificação de atributos para descrever elementos metadados; vi) estabelecimento de regras para orientar a descrição de elementos, campos e subcampos dos esquemas Metadados de Citação e Metadados Ciência da Vida. Como resultados foram definidas e estabelecidas: i) regras mínimas de catalogação e descrição de metadados, contemplando aspectos da representação descritiva e temática; ii) instruções para o preenchimento do formulário de catalogação no Redape, uma instância do software Dataverse; iii) orientações para o uso de vocabulários controlados FAIR; iv) recomendações para revisão na catalogação de datasets. O artigo relata a experiência de catalogação de datasets ômicos no Redape, descrevendo as orientações estabelecidas para a geração de metadados qualificados, descritos de acordo com padrões internacionais de representação descritiva, e em aderência aos princípios FAIR. A aderência aos princípios FAIR assegura a interoperabilidade e o compartilhamento, bem como o ... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Biological data; Catalogação; Dados biológicos; Datasets; Datasets ômicos; Descriptive representation; Gestão de dados de pesquisa; Representação descritiva; Representação temática; Research data management; Thematic representation. |
Categoria do assunto: |
-- |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/236568/1/AP-Catalogacao-datasets-omicos-2022.pdf
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Marc: |
LEADER 02768naa a2200337 a 4500 001 2144143 005 2022-06-27 008 2022 bl uuuu u00u1 u #d 100 1 $aSOUZA, M. I. F. 245 $aCatalogação de datasets ômicos no Repositório de Dados de Pesquisa da Embrapa.$h[electronic resource] 260 $c2022 520 $aRESUMO. O estudo teve o objetivo de definir e estabelecer regras mínimas para a catalogação de datasets ômicos, oriundos do Laboratório Multiusuário de Bioinformática da Embrapa (LMB), no Repositório de Dados de Pesquisa da Embrapa (Redape). Foram adotados os seguintes procedimentos metodológicos: i) revisão bibliográfica; ii) construção do estado do conhecimento sobre catalogação; iii) identificação de regras mínimas para descrição de datasets; iv) exploração dos elementos metadados do software Dataverse; v) identificação de atributos para descrever elementos metadados; vi) estabelecimento de regras para orientar a descrição de elementos, campos e subcampos dos esquemas Metadados de Citação e Metadados Ciência da Vida. Como resultados foram definidas e estabelecidas: i) regras mínimas de catalogação e descrição de metadados, contemplando aspectos da representação descritiva e temática; ii) instruções para o preenchimento do formulário de catalogação no Redape, uma instância do software Dataverse; iii) orientações para o uso de vocabulários controlados FAIR; iv) recomendações para revisão na catalogação de datasets. O artigo relata a experiência de catalogação de datasets ômicos no Redape, descrevendo as orientações estabelecidas para a geração de metadados qualificados, descritos de acordo com padrões internacionais de representação descritiva, e em aderência aos princípios FAIR. A aderência aos princípios FAIR assegura a interoperabilidade e o compartilhamento, bem como o uso e o reúso dos dados de pesquisa, aspectos preconizados nas diretrizes e estratégias da Política de Governança de Dados, Informação e Conhecimento da Embrapa. 653 $aBiological data 653 $aCatalogação 653 $aDados biológicos 653 $aDatasets 653 $aDatasets ômicos 653 $aDescriptive representation 653 $aGestão de dados de pesquisa 653 $aRepresentação descritiva 653 $aRepresentação temática 653 $aResearch data management 653 $aThematic representation 700 1 $aVISOLI, M. C. 700 1 $aTORRES, T. Z. 700 1 $aOSAWA, C. C. 700 1 $aSILVA, A. R. da 700 1 $aGIACHETTO, P. F. 700 1 $aNHANI JUNIOR, A. 700 1 $aFALCAO, P. R. K. 773 $tRevista Brasileira de Biblioteconomia e Documentação$gv. 18, p. 1-28, 2022.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Registros recuperados : 131 | |
81. | | GUIMARÃES, P. S.; SCHENK, J. C. M.; CINTRA, L. C.; GIACHETTO, P. F.; SILVAROLLA, M. B.; PADILHA, L.; MALUF, M. P. Large-scale prospection of genes on caffeine-free Coffea arabica plants - discovery of novel markers associated with development and secondary metabolism. Plant Gene, v. 27, p. 1-9, Sept. 2021. Article 100314.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Café. |
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82. | | CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; SILVA, F. R. da; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCÃO, P. R. K.; GIACHETTO, P. F. Embrapa Bioinformatic Multi-user laboratory. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 21., 2013, San Diego. [Abstracts...]. [S.l.: s.n.], 2013. Não paginado. Pôster 1017.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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83. | | KUSER-FALCÃO, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; SILVA, F. R.; LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; HIGA, R.; VIEIRA, F. Embrapa Bioinformatics Multi-Users Laboratory - LMB. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 8., 2012, Campinas. Abstract book... Ribeirão Preto: AB3C, 2012. Não paginado. X-MEETING 2012.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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84. | | GIACHETTO, P. F.; NHANI JUNIOR, A.; CASTRO, G. M. de; RODRIGUES, V. da S.; GARCIA, M. V.; BARROS, J. C.; ANDREOTTI, R. Differential gene expression in the cattle tick Rhipicephalus microplus fed on resistant and susceptible cattle. In: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 27., 2019, San Diego. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2019. Na publicação: Jacqueline Cavalcanti Barros, Renato Andreotti. PAG 2019. PE0246.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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85. | | HERAI, R. H.; GIACHETTO, P. F.; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H. dos; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCÃO, P. R. Detecção de erros de montagens em regiões gênicas. In: SIMPÓSIO SOBRE INOVAÇÃO E CRIATIVIDADE CIENTÍFICA NA EMBRAPA, 2., Brasília, DF, 2010. Resumos... Brasília, DF: Embrapa, 2010. Não paginado.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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86. | | SILVA, J. M. da; GIACHETTO, P. F.; SILVA, L. O. C. da; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.; YAMAGISHI, M. E. B. Detection of copy number variations in nelore beef cattle with high-density SNP genotyping data. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 22., 2014, San Diego, CA. [Abstracts]. San Diego: [s.n.], 2014. Não paginado. P553.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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87. | | SILVA, J. M. da; GIACHETTO, P. F.; SILVA, L. O. C. da; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.; YAMAGISHI, M. E. B. Detection of copy number variations in nelore beef cattle with high-density SNP genotyping data. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 22., 2014, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2014. Não paginado. P553.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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88. | | SILVA, M. V. G. B.; OLIVEIRA JUNIOR, G.; REY, F. S. B.; GIACHETTO, P. F.; MACHADO, M. A.; VERNEQUE, R. da S.; FERRAZ, J. B. S. Descriptive analysis of copy number variation regions in a population of dairy Gyr cattle. In: WORLD CONGRESS OF GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10., 2014, Vancouver. Proceedings... Champaign: American Society of Animal Science, 2014. 3 p.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Leite. |
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89. | | BAMBINI, M. D.; OSAWA, C. C.; SANTOS, A. D. dos; BARBEDO, J. G. A.; VAZ, G. J.; GIACHETTO, P. F.; SPERANZA, E. A.; TELLES, G. A. de S. Contribuição da Embrapa Informática Agropecuária para um Brasil Inovador e competitivo: proteção da propriedade intelectual dos resultados de pesquisa e geração de inovações. In: CONGRESSO DA ASSOCIAÇÃO BRASILEIRA DAS INSTITUIÇÕES DE PESQUISA TECNOLÓGICA E INOVAÇÃO, 7., 2012, Brasília, DF. Tecnologia para um Brasil inovador e competitvo: trabalhos selecionados para apresentação no congresso. Brasília, DF: ABIPTI, 2012. p. 168-178. 1 CD-ROM. ABIPTI 2012.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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91. | | SILVA, J. M. da; GIACHETTO, P. F.; SILVA, L. O. C. da; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.; YAMAGISHI, M. E. B. Looking for the "missing" Nelore genotypes. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 51., 2014, Barras dos Coqueiros. A produção animal frente às mudanças climáticas e tecnológicas. Barra dos Coqueiros: Sociedade brasileira de Zootecnia, 2014. 1 p.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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92. | | GERHARDT, I. R.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; LOBO, F.; PENCHEL, R. M.; MISSIAGGIA, A. A.; ZERLOTINI, A.; SILVA, F. R. da. RNA-seq analysis of Eucalyptus genotypes that differ in carbon allocation. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY; STRUCTURAL BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOPHYSICS CONFERENCE MEETING, 8., 2012, Long Beach, California. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2012. Não paginado. 1 Poster. ISMB 2012. Poster G19. Também publicado em: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 21.; EUROPEAN CONFERENCE ON COMPUTATIONAL BIOLOGY, 12., 2013, Berlin. Posters... Berlin: ISCB, 2013. Não paginado....Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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93. | | GERHARDT, I. R.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; LOBO, F. P.; PENCHEL, R. M.; MISSIAGGIA, A. A.; ZERLOTINI, A.; SILVA, F. R. da. RNA-seq analysis of Eucalyptus genotypes that differ in carbon allocation. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY; STRUCTURAL BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOPHYSICS CONFERENCE MEETING, 8., 2012, Long Beach, California. Abstracts. 1 Pôster. Poster G19.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Florestas. |
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94. | | GERHARDT, I. R.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; LOBO, F. P.; PENCHEL, R. M.; MISSIAGGIA, A. A.; ZERTOLINI, A.; SILVA, F. R. da. RNA-Seq Analysis of Eucalyptus Genotypes that Differ in Carbon Allocation. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 8., 2012, Campinas. Abstract book. [S.l.: s.n.], 2012.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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95. | | VILLELA, L. C. V.; ALVES, A.; VARELA, E. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. Sequenciamento, montagem de novo e anotação do mitogenoma de Pseudoplatystoma reticulatum (Eigenmman & Eigenmman). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 4., 2016, Curitiba. Recursos genéticos no Brasil: a base para o desenvolvimento sustentável: anais. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2016. p. 104.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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96. | | VILLELA, L. C. V.; ALVES, A.; VARELA, E. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. Sequenciamento, montagem de novo e anotação do mitogenoma de Pseudoplatystoma reticulatum (Eigenmman & Eigenmman). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 4., 2016, Curitiba. Recursos genéticos no Brasil: a base para o desenvolvimento sustentável: anais. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2016. p. 104.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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97. | | SUÁREZ, W. A. B.; VANTINI, J. da S.; DUDA, R. M.; GIACHETTO, P. F.; CINTRA, L. C.; FERRO, M. I. T.; OLIVEIRA, R. A. de. Predominance of syntrophic bacteria, Methanosaeta and Methanoculleus in a two-stage up-flow anaerobic sludge blanket reactor treating coffee processing wastewater at high organic loading rate. Bioresource Technology, v. 268, p. 158-168, Nov. 2018.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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98. | | GERHARDT, I. R.; ZERLOTINI, A.; GIACHETTO, P. F.; SILVA, F. R. da; LOBO, F.; PENCHEL, R. M.; MISSIAGGIA, A. A.; ARICETTI, J. A.; GIANOTTO, A. C.; CALDANA, C. Understanding molecular mechanisms of carbon allocation in Eucalyptus. In: INTERNATIONAL CONGRESS OF PLANT MOLECULAR BIOLOGY, 11., 2015, Iguassu Falls. Papers... [S.l.: s.n.], 2015. p. 514. p. 0551. IPMB 2015.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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