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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
28/11/2014 |
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Data da última atualização: |
05/02/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
O'BRIEN, A. M. P.; MÉSZÁROS, G.; UTSUNOMIYA, Y. T.; SONSTEGARD, T. S.; GARCIA, J. F.; TASSEL, C. P. V.; CARVALHEIRO, R.; SILVA, M. V. G. B.; SÖLKNER, J. |
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Afiliação: |
ANA M. PÉREZ O'BRIEN, University of Natural Resources and Life Sciences, Vienna; GÁBOR MÉSZÁROS, University of Natural Resources and Life Sciences, Vienna; YURI T. UTSUNOMIYA, UNESP; TAD S. SONSTEGARD, ARS-USDA, USA; JOSÉ F. GARCIA, UNESP; CURTIS P. VAN TASSEL, ARS-USDA, USA; ROBERTO CARVALHEIRO, GenSys Consultores Associados; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; JOHANN SÖLKNER, University of Natural Resources and Life Sciences, Vienna. |
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Título: |
Linkage disequilibrium levels in Bos indicus and Bos taurus cattle using medium and high density SNP chip data and different minor allele frequency distributions. |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
Livestock Science, v. 166, p. 121-132, 2014. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Linkage disequilibrium (LD), the observed correlation between alleles at different loci in the genome, is a determinant parameter in many applications of molecular genetics. With the wider use of genomic technologies in animal breeding and animal genetics, it is worthwhile revising and improving the current knowledge and understanding of cattle LD. This study analyzes levels of LD assessed through the r2 measurement in seven breeds of cattle from both indicine (Bos indicus) and taurine (Bos taurus) (sub)species, genotyped with a high density panel (HD) of over 777,000 single nucleotide polymorphism (SNP) markers. Average levels of LD were assessed for inter-marker distances from 0 kb up to 10 Mb. Two more SNP panels were built in silico from the original genotypes to represent a lower density SNP chip including approximately 50,000 SNPs (50K) and a panel of 249,000 SNPs chosen to comply with specific minor allele frequency (MAF) distributions. The results show higher levels of LD than previously reported, especially at short inter-marker distances of less than 20 kb, assessed through the use of the higher density panel. Negligible impact of MAF changes in the estimation of r2 was observed, supporting the use of the HD panel for LD-based methodologies even when ascertainment bias in the choice of SNPs is suspected. The 50K SNP panel indicated lower levels of LD in the first 100 kb and highly unreliable LD estimates for distances shorter than 50 kb. Overall, lower levels of LD were observed for all indicine breeds as compared to taurine breeds, with larger differences assessed in the first 100 kb, suggesting the need for use of higher SNP densities in this (sub)species when applying LD-dependent methods, as compared to most taurine breeds. MenosLinkage disequilibrium (LD), the observed correlation between alleles at different loci in the genome, is a determinant parameter in many applications of molecular genetics. With the wider use of genomic technologies in animal breeding and animal genetics, it is worthwhile revising and improving the current knowledge and understanding of cattle LD. This study analyzes levels of LD assessed through the r2 measurement in seven breeds of cattle from both indicine (Bos indicus) and taurine (Bos taurus) (sub)species, genotyped with a high density panel (HD) of over 777,000 single nucleotide polymorphism (SNP) markers. Average levels of LD were assessed for inter-marker distances from 0 kb up to 10 Mb. Two more SNP panels were built in silico from the original genotypes to represent a lower density SNP chip including approximately 50,000 SNPs (50K) and a panel of 249,000 SNPs chosen to comply with specific minor allele frequency (MAF) distributions. The results show higher levels of LD than previously reported, especially at short inter-marker distances of less than 20 kb, assessed through the use of the higher density panel. Negligible impact of MAF changes in the estimation of r2 was observed, supporting the use of the HD panel for LD-based methodologies even when ascertainment bias in the choice of SNPs is suspected. The 50K SNP panel indicated lower levels of LD in the first 100 kb and highly unreliable LD estimates for distances shorter than 50 kb. Overall, lower levels of LD... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Indicine; Minor allele frequency. |
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Thesaurus Nal: |
cattle; linkage disequilibrium; taurine. |
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Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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Biblioteca |
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| 21. |  | SUNIGA, P. A. P.; SANTIAGO, G. G.; MENEZES, G. R. de O.; MILANESI, M.; GONDO, A.; SILVA, M. V. G. B.; GARCIA, J. F.; SILVA, L. O. C. da; NOBRE, P. R. C.; SIQUEIRA, F.; EGITO, A. A. do. Acurácia em diferentes modelos para predição de valores genéticos em bovinos da raça Senepol. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA GADO DE CORTE, 14., 2018, Campo Grande - MS. [Resumos dos trabalhos]. Brasília, DF, Embrapa, 2018 115 p. (Embrapa Gado de Corte. Documentos, 258). P. 94-95| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 22. | | BOISON, S. A.; UTSUNOMIYA, A. T. H.; SANTOS, D. J. A.; NEVES, H. H. R.; MÉSZÁROS, G.; CARVALHEIRO, R.; GARCIA, J. F.; SILVA, M. V. G. B.; SÖLKNER, J. Accuracy of genomic predictions for dairy traits in Gyr cattle (Bos indicus) Warsaw: EAAP, 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 23. | | O'BRIEN, A. M. P.; UTSUNOMIYA, Y. T.; MÉSZÁROS, G.; BICKHART, D. M.; LIU, G. E.; TASSEL, C. P. V.; SONSTEGARD, T. S.; SILVA, M. V. G. B.; GARCIA, J. F.; SÖLKNER, J. Assessing signatures of selection through variation in linkage disequilibrium between taurine and indicine cattle. Genetics Selection Evolution, v. 46, n. 19, 2014. 14 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 4 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 24. | | PORTO-NETO, L. R.; SONSTEGARD, T. S.; LIU, G. E.; BICKHART, D. M.; SILVA, M. V. G. B.; MACHADO, M. A.; UTSUNOMIYA, Y. T.; GARCIA, J. F.; GONDRO, C.; VAN TASSELL, C. P. Genomic divergence of zebu and taurine cattle identified through high-density SNP genotyping. BMC Genomics, v. 14, article 876, 2013. Disponível em: http://www.biomedcentral.com/1471-2164/14/876| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 25. | | MACHADO, M. A.; UTSUNOMIYA, A. T. H.; BOISON, S. A.; SANTOS, D. J. A. dos; UTSUNOMIYA, Y. T.; FONSECA, R. da; SÖLKNER, J.; GARCIA, J. F.; VERNEQUE, R. da S.; SILVA, M. V. G. B. Genome Wide Association Study for Calving Interval in Gyr Dairy Cattle. In: WORLD CONGRESS OF GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10., 2014, Vancouver. Proceedings... Champaign: American Society of Animal Science, 2014. 3 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte; Embrapa Pecuária Sul. |
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| 27. | | SANTIAGO, G. G.; SIQUEIRA, F.; REGITANO, L. C. de A.; CARDOSO, F. F.; SOUZA JÚNIOR, M. D.; GARCIA, J. F.; FERREIRA, A. B. R.; BLECHA, I. M. Z.; TORRES JUNIOR, R. A. de A. Genome wide association study for production traits in canchim breed. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON ANIMAL FUNCTIONAL GENOMICS, 5., 2013, Guarujá. Abstract... Guarujá:[ s.n.], 2013. AB.04.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 28. | | UTSUNOMIYA, A. T. H.; BOISON, S. A.; SANTOS, D. J. A. dos; UTSUNOMIYA, Y. T.; MACHADO, M. A.; VERNEQUE, R. da S.; SÖLKNER, J.; GARCIA, J. F.; FONSECA, R. da; SILVA, M. V. G. B. Genome Wide Scan for Age at First Calving in Gyr Dairy Cattle. In: WORLD CONGRESS OF GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10., 2014, Vancouver. Proceedings... Champaign: American Society of Animal Science, 2014. 3 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 29. | | SANTIAGO, G. G.; SIQUEIRA, F.; REGITANO, L. C. de A.; CARDOSO, F. F.; SOUZA JUNIOR, M. D.; GARCIA, J. F.; FERREIRA, A. B. R.; BLECHA, I. M. Z.; TORRES JUNIOR, R. A. de A. Identificação de regiões cromossômicas e de genes associados com características de produção e qualidade de carne em bovinos de corte. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA GADO DE CORTE, 9., 2013, Campo Grande, MS. [Anais da..]. Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte, 2013. (Embrapa Gado de Corte. Documentos, 204). Comissão organizadora: Denise Baptaglin Montagner, Grácia Maria Soares Rosinha, Rodrigo Carvalho Alva.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 31. | | UTSUNOMIYA, A. T. H.; SANTOS, D. J. A.; BOISON, S. A.; UTSUNOMIYA, Y. T.; MILANESI, M.; BICKHART, D. M.; AJMONE-MARSAN, P.; SOLKNER, J.; GARCIA, J. F.; FONSECA, R. da; SILVA, M. V. G. B. Revealing misassembled segments in the bovine reference genome by high resolution linkage disequilibrium scan. BMC Genomics, v. 17, article 705, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 34. | | BOISON, S. A.; UTSUNOMIYA, A. T. H.; SANTOS, D. J. A.; NEVES, H. H. R.; CARVALHEIRO, R.; MÉSZÁROS, G.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S. do; VERNEQUE, R. da S.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; GARCIA, J. F.; SÖLKNER, J.; SILVA, M. V. G. B. Accuracy of genomic predictions in Gyr (Bos indicus) dairy cattle. Journal of Dairy Science, v. 100, n. 7, p. 5479-5490, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 37. | | UTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S.; NEVES, H. H. R.; CARVALHEIRO, R.; MATOS, M. C.; ZAVAREZ, L. B.; ITO, P. K. R. K.; O'BRIEN, A. M. P.; SOLKNER, J.; PORTO-NETO, L. R.; SCHENKEL, F. S.; McEWAN, J.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B.; VAN TASSELL, C. P.; SONSTEGARD, T. S.; GARCIA, J. F. Genome-wide mapping of loci explaining variance in scrotal circumference in Nellore Cattle. Plos One v. 9, n. 2, p. 1-9, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 38. | | SILVA, M. V. G. B.; SOSTENGARD, T. S.; HANOTTE, O.; MUGAMBI, J. M.; GARCIA, J. F.; NAGDA, S.; GIBSON, J. P.; IRAQI, F. A.; McCLINTOCK, A. E.; KEMP, S. J.; BOETTCHER, P. J.; MALEK, M.; TASSELL, C. P. Van; BAKER, R. L. Identification of quantitative trait loci affecting resistance to gastrointestinal parasites in a double backcross population of Red Maasai and Dorper sheep. Animal Genetics, v. 43, n. 1, p. 63-71, 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 39. | | O'BRIEN, A. M. P.; HÖLLER, D.; BOISON, S. A.; MILANESI, M.; BOMBA, L.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARVALHEIRO, R.; NEVES, H. H. R.; SILVA, M. V. G. B.; VAN TASSEL, C. P.; SOSTENGARD, T. S.; MÉSZÁROS, G.; AJMONE-MARSAN, P.; GARCIA, J. F.; SÖLKNER, J. Low levels of taurine introgression in the current Brazilian Nelore and Gir indicine cattle populations. Genetics Selection Evolution, v. 47, article 31, 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 40. | | SÖLKNER, J.; PEREZ O'BRIEN, A. M.; HÖLLER, D.; BOISON, S. A.; MILANESI, M.; BOMBA, L.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARVALHEIRO, R.; NEVES, H. H. R.; SILVA, M. V. G. B.; VAN TASSEL, C. P.; SOSTENGARD, T. S.; MÉSZÁROS, G.; AJMONE-MARSAN, P.; GARCIA, J. F. Zebuines kerngenom und taurine Mitochondrien: admixtur von Nelore, der größten brasilianischen rinderrasse. Nova Acta Leopoldina, NF 119, n. 404, p. 69-75, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
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