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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
05/09/2005 |
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Data da última atualização: |
18/05/2022 |
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Autoria: |
NESHIC, G.; BORRO, L. C.; HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E.; FRANCO, E. H.; KRAUCHENCO, J. N.; FILETO, R.; RIBEIRO, A. A.; BEZERRA, G. B.; VELLUDO, T. M.; JIMENEZ, T. S.; FURUKAWA, N.; TESHIMA, H.; KITAJIMA, K.; BAVA, A.; SARAI, A. TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L. |
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Título: |
The Diamond STING Server. |
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Ano de publicação: |
2005 |
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Fonte/Imprenta: |
Nucleic Acids Research, v. 33, n. 2, p. W29-W35, July 2005. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Supplement. |
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Conteúdo: |
Diamond STING is a new version of the STING suite of programs for a comprehensive analysis of a relationship between protein sequence, structure, function and stability. We have added a number of new functionalities by both providing more structure parameters to the STING Database and by improving/expanding the interface for enhanced data handling. The integration among the STING components has also been improved. A new key feature is the ability of the STING server to handle local files containing protein structures (either modeled or not yet deposited to the Protein Data Bank) so that they can be used by the principal STING components: JavaProtein Dossier (JPD) and STING Report. The current capabilities of the new STING version and a couple of biologically relevant applications are described here. We have provided an example where Diamond STING identifies the active site amino acids and folding essential amino acids (both previously determined by experiments) by filtering out all but those residues by selecting the numerical values/ranges for a set of corresponding parameters. This is the fundamental step toward a more interesting endeavor?the prediction of such residues. Diamond STING is freely accessible at http://sms.cbi.cnptia.embrapa.br and http://trantor.bioc.columbia.edu/SMS. |
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Palavras-Chave: |
Diamond STING; JavaProtein Dossier; Protein structures; STING. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/178422/1/ID-25540.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN) |
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| Registros recuperados : 13 | |
| 2. |  | REBOUÇAS, P. L. O.; KIILL, L. H. P.; RIBEIRO, M. de F.; SILVA, E. S.; FRANCO, E. L.; MARTINS, H. O.; FERREIRA, V. S.; CARNEIRO NETO, T. F. Ações do grupo de pesquisa Ecologia, Conservação e Manejo da Entomofauna do Semiárido nordestino (ECOMENTS) relacionados à palinologia. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE PALEOBOTÂNICA E PALINOLOGIA, 15.; WORKSHOP DA REDE DE CATÁLOGOS POLÍNICOS ONLINE, 3., 2019, Cuiabá. Perspectivas no tempo. Cuiabá: UFMT: Asociación Latinoamericana de Paleobotánica y Palinología, 2019. p. 132.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 3. | | CRISPIM, S. M. A.; FERNANDES, F. A.; FERNANDES, A. H. B. M.; SOARES, M. T. S.; LISITA, F. O.; DOMINGOS BRANCO, O.; FRANCO, E. Aplicação de dejetos suínos na produção de Tifton 85 em assentamento rural, São Gabriel do Oeste, MS. Corumbá: Embrapa Pantanal, 2010. 4 p. (Embrapa Pantanal. Comunicado Técnico, 84)| Tipo: Comunicado Técnico/Recomendações Técnicas |
| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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| 4. | | XAVIER, J. de F.; ANDRADE, A. R. S. de; AZEVEDO, C. A. V. de; BELTRÃO, N. E. de M.; BASTITA, R. C.; FRANCO, E. S. Growth analysis of castor oil plant, cultivar BRS 149 Northeastern, under the effect irrigation treated wastewater. In: ASABE Annual International Meeting, 2007, Minneapolis, Minnesota p. 2-10| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 5. | | CRISPIM, S. M. A.; SOARES, M. T. S.; FERNANDES, A. H. B. M.; LISITA, F. O.; FRANCO, E.; LIMA, I. B. T. de. Produção de fitomassa de pastagem de Tifton 85 com aplicação de dejetos de suínos em área de assentamento rural, São Gabriel do Oeste, MS. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA. 47., 2010. Salvador. Empreendedorismo e progresso científicos na zootecnia brasileira de vanguarda. Salvador: SBZ: UFBA, 2010. Não paginado| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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| 7. | | SOARES, M. T. S.; GALVANI, F.; FERNANDES, A. H. B. M.; FERNANDES, F. A.; LISITA, F. O.; LIMA, I. B. T. de; CRISPIM, S. M. A.; FRANCO, E.; RIEGER, K. L. Caracterização físico-química de efluentes líquidos de granjas suínas tratados em biodigestor. SIMPÓSIO SOBRE RECURSOS NATURAIS E SOCIOECONÔMICOS DO PANTANAL, 5., 2010, Corumbá, MS. Anais... Corumbá: Embrapa Pantanal: UFMS; Campinas: ICS do Brasil, 2010. 1 CD-ROM SIMPAN 2010. Não Paginado.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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| 8. | | MARTÍNEZ-MARTÍNEZ, C. A.; CORDEIRO, G. D.; MARTINS, H. O. J.; KOBAL, R. O. A. C.; MILET-PINHEIRO, P.; STANTON, M. A.; FRANCO, E. L.; KRUG, C.; MATEUS, S.; SCHLINDWEIN, C.; DÖTTERL, S.; ALVES-DOS-SANTOS, I. Floral volatiles: a promising method to access the rare nocturnal and crepuscular bees. Frontiers in Ecology and Evolution, v. 9, art. 676743, July 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 9. | | NESHIC, G.; BORRO, L. C.; HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E.; FRANCO, E. H.; KRAUCHENCO, J. N.; FILETO, R.; RIBEIRO, A. A.; BEZERRA, G. B.; VELLUDO, T. M.; JIMENEZ, T. S.; FURUKAWA, N.; TESHIMA, H.; KITAJIMA, K.; BAVA, A.; SARAI, A. TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L. The Diamond STING Server. Nucleic Acids Research, v. 33, n. 2, p. W29-W35, July 2005. Supplement.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 10. | | NESHICH, G.; BORRO, L. C.; HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; FRANCO, E. H.; KRAUCHENCO, J. N.; FILETO, R.; RIBEIRO, A. A.; BEZERRA, G. B. P.; VELLUDO, T. M.; JIMENEZ, T. S.; FURUKAWA, N.; TESHIMA, H.; KITAJIMA, K.; BAVA, A.; SARAI, A.; TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L. The Diamond Sting server. Nucleic Acids Research, v. 33, W29-W35, 2005.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 11. | | BERGIER, I.; GOULART, T.; FRANCO, E.; RECH, R.; SILVA, D. S. da; OLIVEIRA, G. S. de; ALVES, L. F.; MORAES, A.; KOSOSKI, A. R.; SANTOS, K.; BULLER, L. S.; ORTEGA, H.; FERNANDES, C.; SILVA, R.; SILVA, P.; GABAS, S. G.; LASTORIA, G.; MORAES, O.; RAMOS, F. M.; TOMICH, T. R. Fertirrigação e agricultura de baixa emissão de carbono: resultados do projeto CNPq/REPENSA em São Gabriel do Oeste. Corumbá: Embrapa Pantanal, 2012. 30 p. il. (Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento, 116).| Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento |
| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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| 12. | | FILETO, R.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; RIBEIRO, A. A.; QUINALIA, T. G.; FRANCO, E. H.; MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; OLIVEIRA, S. R. M.; SANTOS, E. H.; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; CRUZ, S. A. B.; NESHICH, G. PDB-Metrics: a web tool for exploring the PDB contents. Genetics and Molecular Research, v. 5, n. 2, p. 333-341, 2006.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos; Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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