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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
07/12/2016 |
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Data da última atualização: |
06/02/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
UTSUNOMIYA, A. T. H.; SANTOS, D. J. A.; BOISON, S. A.; UTSUNOMIYA, Y. T.; MILANESI, M.; BICKHART, D. M.; AJMONE-MARSAN, P.; SOLKNER, J.; GARCIA, J. F.; FONSECA, R. da; SILVA, M. V. G. B. |
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Afiliação: |
Adam T. H. Utsunomiya, UNESP; Daniel J. A. Santos, UNESP; Solomon A. Boison, Nofima, Ås, Norway; Yuri T. Utsunomiya, UNESP; Marco Milanesi, UNESP; Derek M. Bickhart, ARS, USDA, Beltsville; Paolo Ajmone-Marsan, Università Cattolica del Sacro Cuore, Piacenza, Italy; Johann Sölkner, BOKU - University of Natural Resources and Life Sciences, Vienna, Austria; José F. Garcia, UNESP / IAEA; Ricardo da Fonseca, UNESP; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL. |
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Título: |
Revealing misassembled segments in the bovine reference genome by high resolution linkage disequilibrium scan. |
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Ano de publicação: |
2016 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, v. 17, article 705, 2016. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1186/s12864-016-3049-8 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Background- Misassembly signatures, created by shuffling the order of sequences while assembling a genome, can be detected by the unexpected behavior of marker linkage disequilibrium (LD) decay. We developed a heuristic process to identify misassembly signatures, applied it to the bovine reference genome assembly (UMDv3.1) and presented the consequences of misassemblies in two case studies. Results -We identified 2,906 single nucleotide polymorphism (SNP) markers presenting unexpected LD decay behavior in 626 putative misassembled contigs, which comprised less than 1 % of the whole genome. Although this represents a small fraction of the reference sequence, these poorly assembled segments can lead to severe implications to local genome context. For instance, we showed that one of the misassembled regions mapped to the POLL locus, which affected the annotation of positional candidate genes in a GWAS case study for polledness in Nellore (Bos indicus beef cattle). Additionally, we found that poorly performing markers in imputation mapped to putative misassembled regions, and that correction of marker positions based on LD was capable to recover imputation accuracy. Conclusions - This heuristic approach can be useful to cross validate reference assemblies and to filter out markers located at low confidence genomic regions before conducting downstream analyses. |
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Palavras-Chave: |
GWAS; Imputation; Misassembly. |
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Thesagro: |
Bos Indicus; Bos Taurus. |
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Thesaurus Nal: |
Genome; linkage disequilibrium. |
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Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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| Registros recuperados : 11 | |
| 2. |  | FARAH, M. M.; FORTES, M. R. S.; KELLY, M.; POTO-NETO, L. R.; MEIRA, C. T.; CARREÑO, L. O. D.; FONSECA, R. da; MOORE, S. S. Accuracy of genomic selection predictions for hip height in Brahman cattle using different relationship matrices. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 53, n. 6, p. 717-726, June, 2018. Título em português: Acurácia da predição genômica para altura do quadril em bovinos Brahman com uso de diferentes matrizes de parentesco.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 3. | | FONSECA, R. da S.; SANTOS, L. G. dos; SOBREIRA, R. R.; MELLO, B. L. B. de; CASTRO, T. F. de; SILVA, W. C. da. Análise da participação e percepção do público em relação ao sistema de Integração Lavoura-Pecuária-Floresta (ILPF) em um evento de capacitação técnica. In: SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE BOVINOCULTURA LEITEIRA, 9., 2023, Viçosa, MG. Anais... Viçosa, MG: Universidade Federal de Viçosa, 2023. p. 531-533.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 4. | | FREITAS, A. W. de P.; ROCHA, F. C.; ZONTA, A.; FAGUNDES, J. L.; FONSECA, R. da; ZONTA, M. C. de M.; MACEDO, F. L. Consumo de nutrientes e desempenho de ovinos alimentados com dietas à base de cana-de-açúcar hidrolisada. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 43, n. 11, p. 1569-1574, nov. 2008. Título em inglês: Nutrient consumption and performance by sheep fed with diets based on hydrolyzed sugarcane.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 5. | | CAVANI, L.; SILVA, R. M. de O.; CARREÑO, L. O. D.; ONO, R. K.; BERTIPAGLIA, T. S.; FARAH, M. M.; MILLEN, D. D.; FONSECA, R. da. Genetic diversity of Brazilian Brahman cattle by pedigree analysis. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 53, n. 1, p. 74-79, jan. 2018. Título em inglês: Diversidade genética de bovinos Brahman no Brasil por meio da análise de pedigree.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 6. | | FONSECA, R. da S.; RODRIGUES, J. A.; SANTOS, L. G. dos; RAIMUNDO, E. G.; PRAVATO, L. G. M.; BRIGHENTI, A. M. Supressão da braquiária em sistema de Integração Lavoura-Pecuária (ILP) com diferentes doses de herbicidas. In: ENCONTRO LATINO AMERICANO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 27; ENCONTRO LATINO AMERICANO DE PÓS GRADUAÇÃO, 23; ENCONTRO LATINO AMERICANO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA JÚNIOR, 17.; ENCONTRO LATINO AMERICANO DE EXTENSÃO UNIVERSITÁRIA, 3., ENCONTRO LATINO AMERICANO DE INICIAÇÃO A LIVRE DOCÊNCIA, 13., 2023, São José dos Campos. A era digital digital e suas implicações digitais: desafios e contribuições: anais. São José dos Campos: Universidade do Vale do Paraíba, 2023.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 7. | | MACHADO, M. A.; UTSUNOMIYA, A. T. H.; BOISON, S. A.; SANTOS, D. J. A. dos; UTSUNOMIYA, Y. T.; FONSECA, R. da; SÖLKNER, J.; GARCIA, J. F.; VERNEQUE, R. da S.; SILVA, M. V. G. B. Genome Wide Association Study for Calving Interval in Gyr Dairy Cattle. In: WORLD CONGRESS OF GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10., 2014, Vancouver. Proceedings... Champaign: American Society of Animal Science, 2014. 3 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 8. | | UTSUNOMIYA, A. T. H.; BOISON, S. A.; SANTOS, D. J. A. dos; UTSUNOMIYA, Y. T.; MACHADO, M. A.; VERNEQUE, R. da S.; SÖLKNER, J.; GARCIA, J. F.; FONSECA, R. da; SILVA, M. V. G. B. Genome Wide Scan for Age at First Calving in Gyr Dairy Cattle. In: WORLD CONGRESS OF GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10., 2014, Vancouver. Proceedings... Champaign: American Society of Animal Science, 2014. 3 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 9. | | TOBIAS, R. J.; FORATTO, I. A.; VALLE, J. R. do; DOMINGUES, M. S.; FIDELIS, D. dos S.; HEINRICHS, R.; FIGUEIREDO, P. A. M. de; FONSECA, R. da; LUPATINI, G. C.; OLIVEIRA, P. P. A. Produtividade de forragem na fase de estabelecimento. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 42., 2005, Goiânia. A Produção animal e o foco no agronegócio: anais. Goiânia: SBZ, 2005. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 10. | | FONSECA, R. da S.; SANTOS, L. G. dos; MULLER, M. D.; SOBREIRA, R. R.; BARROS, I. de; CASTRO, T. F. de; MELLO, B. L. B. de; MARION, W. H. S. Potencial de neutralização de metano entérico em sistema de Integração Pecuária-Floresta no sul do Espírito Santo. In: SIMPÓSIO MATO-GROSSENSE DE BOVINOCULTURA DE CORTE, 6., 2023, Cuiabá. Sustentabilidade na produção de carne bovina: anais. Cuiabá: Universidade Federal de Mato Grosso, 2023.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 11. | | UTSUNOMIYA, A. T. H.; SANTOS, D. J. A.; BOISON, S. A.; UTSUNOMIYA, Y. T.; MILANESI, M.; BICKHART, D. M.; AJMONE-MARSAN, P.; SOLKNER, J.; GARCIA, J. F.; FONSECA, R. da; SILVA, M. V. G. B. Revealing misassembled segments in the bovine reference genome by high resolution linkage disequilibrium scan. BMC Genomics, v. 17, article 705, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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