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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
07/12/2017 |
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Data da última atualização: |
07/12/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
FERRÃO, L. F. V.; FERRÃO, R. G.; FERRAO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da; GARCIA, A. A. F. |
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Afiliação: |
LUIS FELIPE VENTORIM FERRÃO, DG/ESALQ; ROMÁRIO GAVA FERRÃO, INCAPER; MARIA AMELIA GAVA FERRAO, SAPC; AYMBIRE FRANCISCO A DA FONSECA, SAPC; ANTONIO AUGUSTO FRANCO GARCIA, DG/ESALQ. |
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Título: |
A mixed model to multiple harvest-location trials applied to genomic prediction in Coffea canephora. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
Tree Genetics & Genomes, v. 13, n. 95, 2017. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Genomic selection (GS) has been studied in several crops to increase the rates of genetic gain and reduce the length of breeding cycles. Despite its relevance, there are only a modest number of reports applied to the genus Coffea. Effective implementation depends on the ability to consider genomic models, which correctly represent breeding scenario in which the species are inserted. Coffee experimentation, in general, is represented by evaluations in multiple locations and harvests to understand the interaction and predict the performance of untested genotypes. Therefore, the main objective of this study was to investigate GS models suitable for use in Coffea canephora. An expansion of traditional GBLUP was considered and genomic analysis was performed using a genotyping-by-sequencing (GBS) approach, showed good potential to be used in coffee breeding programs. Interactions were modeled using the multiplicative mixed model theory, which is commonly used in multi-environment trials (MET) analysis in perennial crops. The effectiveness of the method used was compared with other genetic models in terms of goodness-of-fit statistics and prediction accuracy. Different scenarios that mimic coffee breeding were used in the cross-validation process. The method used had the lowest AIC and BIC values and, consequently, the best fit. In terms of predictive ability, the incorporation of the MET modeling showed higher accuracy (on average 10–17% higher) and lower prediction errors than traditional GBLUP. The results may be used as basis for additional studies into the genus Coffea and can be expanded for similar perennial crops. MenosGenomic selection (GS) has been studied in several crops to increase the rates of genetic gain and reduce the length of breeding cycles. Despite its relevance, there are only a modest number of reports applied to the genus Coffea. Effective implementation depends on the ability to consider genomic models, which correctly represent breeding scenario in which the species are inserted. Coffee experimentation, in general, is represented by evaluations in multiple locations and harvests to understand the interaction and predict the performance of untested genotypes. Therefore, the main objective of this study was to investigate GS models suitable for use in Coffea canephora. An expansion of traditional GBLUP was considered and genomic analysis was performed using a genotyping-by-sequencing (GBS) approach, showed good potential to be used in coffee breeding programs. Interactions were modeled using the multiplicative mixed model theory, which is commonly used in multi-environment trials (MET) analysis in perennial crops. The effectiveness of the method used was compared with other genetic models in terms of goodness-of-fit statistics and prediction accuracy. Different scenarios that mimic coffee breeding were used in the cross-validation process. The method used had the lowest AIC and BIC values and, consequently, the best fit. In terms of predictive ability, the incorporation of the MET modeling showed higher accuracy (on average 10–17% higher) and lower prediction errors than tr... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
GBLUP; Genotyping-by-sequencing; Multi-environment trials; Perennial crops. |
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Thesaurus Nal: |
Marker-assisted selection. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/168435/1/A-mixed-model-to-multiple-harvest-location.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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| Registros recuperados : 223 | |
| 81. |  | FONSECA, A. F. A. da; SEDIYAMA, T.; CRUZ, C. D.; SAKAYAMA, N. S.; FERRÃO, R. G.; FERRAO, M. A. G.; BRAGANÇA, S. M. Análise discriminante multivariada para classificação e agrupamento de genótipos de café conilon. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 3., 2003, Porto Seguro. Resumos... Brasília, DF: Embrapa Café, 2003.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 82. | | FONSECA, A. F. A. da; SEDIYAMA, T.; CRUZ, C. D.; SAKAYAMA, N. S.; FERRÃO, R. G.; FERRAO, M. A. G.; BRAGANÇA, S. M. Análise de repetibilidade em café conilon. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 3., 2003, Porto Seguro. Resumos... Brasília, DF: Embrapa Café, 2003.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 83. | | OLIVEIRA, C. M. de; TOMAZ, M. A.; FERRAO, M. A. G.; FERRÃO, R. G.; FONSECA, A. F. A. da; BREGONCI, I. dos S. Avaliação da severidade de cercosporiose e ferrugem em clones de café conilon. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 7., 2011, Araxá. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2011.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 84. | | FERRÃO, R. G.; FERRAO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da; CRUZ, C. D.; CECON, P. R.; CARNEIRO, P. C. S.; FERREIRA, A.; SILVA, M. F. da. Correlações entre características de clones de café conilon. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 5., 2007, Águas de Lindóia. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2007.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 85. | | GUARÇONI, R. C.; FERRAO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da; FERRÃO, R. G.; VERDIN FILHO, A. C.; VOLPI, P. S.; MORELI, A. P. Classificação por tipo do café conilon em função do tempo entre a colheita e o início da secagem e do armazenamento. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Inovação científica, competitividade e mudanças climáticas: anais... Vitória: Consórcio Pesquisa Café, 2009. Não paginado.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 86. | | SOUZA, C. A. de; ROCHA, R. B.; ALVES, E. A.; TEIXEIRA, A. L.; DALAZEN, J. R.; FONSECA, A. F. A. da. Characterization of beverage quality in Coffea canephora Pierre ex A. Froehner. Coffee Science, Lavras, v. 13, n. 2, p. 210-218, apr./jun. 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Rondônia. |
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| 87. | | FERRAO, M. A. G.; FERRÃO, R. G.; FONSECA, A. F. A. da; VOLPI, P. S.; VERDIN FILHO, A. C.; MIGUEL, G. S. Caracterização morfo agronômica de café conilon In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 7., 2011, Araxá. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2011.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 88. | | GUARÇONI, R. C.; FONSECA, A. F. A. da; FERRAO, M. A. G.; VOLPI, P. S.; VERDIN FILHO, A. C.; MORELI, A. P.; FERRÃO, R. G. Características de grãos de café conilon "da roça", "cereja descascado" e "bóia" em função do tempo decorrido entre a colheita e o início da secagem. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PESQUISAS CAFEEIRAS, 33., 2007, Lavras. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2009.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 89. | | FERRÃO, R. G.; FERRAO, M. A. G.; VOLPI, P. S.; VERDIN FILHO, A. C.; FONSECA, A. F. A. da; MARCONE, C.; SENRAS, J. F. de B. Comportamento e a variabilidade genética entre clones de café conilon em ambientes representativos e não irrigados do Espírito Santo. Multi-Science Research, v. 5, n. 2, p. 6-21, 2022. Título em inglês: Behavior and genetic variability among conilon coffee clones in representative and non-irrigated environments of Espírito Santo.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 90. | | FONSECA, A. F. A. da; SALVA, T. de J. G.; FERRAO, M. A. G.; FERRÃO, R. G.; VOLPI, P. S.; VERDIN FILHO, A. C.; GUARÇONI, R. Composição química de café conilon (Coffea canephora). In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 7., 2011, Araxá. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2011.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 91. | | MARQUES, E. M. G.; FERRÃO, R. G.; FERRAO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da; BRAGANÇA, S. M.; ARLEU, R. J. Competição de variedades de café conilon (Coffea canephora) para Região Sul do Estado do Espírito Santo. IN: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 1., 2000, Poços de Caldas. Resumos Expandidos. Brasília, DF: Embrapa Café/MINASPLAN, 2000.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 92. | | FERRAO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da; FERRÃO, R. G.; LEITE, M. do S. R. da S. F.; CALIMAN, L. F.; FIALHO, G. S. Comportamento de genótipo de café arábica em condição de baixa altitude no Estado do Espírito Santo. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 5., 2007, Águas de Lindóia, SP. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2007.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 93. | | FERRAO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da; FERRÃO, R. G.; MORELI, A. P.; SOUZA, E. M. R.; GUARÇONI, R. C.; CALIMAN, L. F. Comportamento do café arábica em diferentes densidades de plantio no Espírito Santo. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Inovação científica, competitividade e mudanças climáticas: anais... Vitória: Consórcio Pesquisa Café, 2009.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 94. | | FERRÃO, R. G.; FONSECA, A. F. A. da; FERRAO, M. A. G.; CRUZ, C. D.; CECON, P. R.; CARNEIRO, P. C. S.; FERREIRA, A.; SILVA, M. F. da. Comportamento de clones de café conilon em dois maroambientes da Região Norte do Estado do Espírito Santo. In: Simpósio de Pesquisa dos Cafés do Brasil, 5., 2007, Águas de Lindóia. Anais. Brasília, D.F. : Embrapa Café, 2007.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 95. | | FERRAO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da; FERRÃO, R. G.; VERDIN FILHO, A. C.; VOLPI, P. S.; DA MATTA, F. M.; GUARÇONI, R. C. Comportamento de clones promissores de café conilon em condição de déficit hídrico e irrigação. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Inovação científica, competitividade e mudanças climáticas: anais... Vitória: Consórcio Pesquisa Café, 2009.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 96. | | VICENTINI, V. B.; FERRAO, M. A. G.; BORÉM, A.; FONSECA, A. F. A. da; FERRÃO, R. G.; VERDIN FILHO, A. C.; VOLPI, P. C. Estimativas de ganhos de seleção entre e dentro de famílias de meios-irmãos de Coffea canephora. IN: SIMPÓSIO DE PESQUISA DE CAFÉS DO BRASIL, 9., 2015, Curitiba. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2015.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 97. | | GOMES, A. BN. S.; CARIAS, C. M. de O. M.; FERRAO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da; FERRÃO, R. G.; GRAVINA, G. de A. Estimativas de parâmetros genéticos visando o melhoramento cafeeiro. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 8., 2015, Goiânia. O melhoramento de plantas, o futuro da agricultura e a soberania nacional: anais. Goiânia: UFG: SBMP, 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 98. | | FERRÃO, R. G.; FORNAZIER, M. J.; FERRAO, M. A. G.; PREZOTTI, L. C.; FONSECA, A. F. A. da; ALIXANDRE, F. T.; FERRÃO, L. F. V. Estado da arte da cafeicultura no Espírito Santo. In: SEMINÁRIO PARA A SUSTENTABILIDADE DA CAFEICULTURA, 2008, Alegre, ES. 29-47| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 99. | | GOMES, A. B. S.; CARIAS, C. M. de O. M.; FERRAO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da; FERRÃO, R. G.; GRAVINA, G. de A. Estimativa de parâmetros genéticos visando o melhoramento cafeeiro. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 8., 2015, Goiânia. O melhoramento de plantas, o futuro da agricultura e a soberania nacional: anais. Goiânia: UFG: SBMP, 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 100. | | FERÃO, R. G.; FONSECA, A. F. A. da; FERRAO, M. A. G.; SILVEIRA, J. S. M. da; BRAGANÇA, S. M.; FERRÃO, L. M. V. EMCAPA 8141 - robustão capixaba: primeira variedade clonal de café conilon tolerante à seca. IN: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 1., 2000, Poços de Caldas. Resumos Expandidos. Brasília, DF: Embrapa Café/MINASPLAN, 2000.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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