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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Amazônia Oriental. |
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Data corrente: |
28/09/2022 |
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Data da última atualização: |
28/09/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
ABREU, V. A. C. de; ALVES, R. M.; SILVA, S. R.; FERRO, J. A.; DOMINGUES, D. S.; MIRANDA, V. F. O.; VARANI, A. M. |
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Afiliação: |
VINICIUS A. C. DE ABREU, UNIVERSIDADE FEDERAL DO PARÁ; RAFAEL MOYSES ALVES, CPATU; SAURA R. SILVA, UNIVERSIDADE ESTADUAL PAULISTA; JESUS A. FERRO, UNIVERSIDADE ESTADUAL PAULISTA; DOUGLAS S. DOMINGUES, ESCOLA SUPERIOR DE AGRICULTURA LUIZ DE QUEIROZ; VITOR F.O. MIRANDA, UNIVERSIDADE ESTADUAL PAULISTA; ALESSANDRO M. VARANI, UNIVERSIDADE ESTADUAL PAULISTA. |
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Título: |
Comparative analyses of Theobroma cacao and T. grandiflorum mitogenomes reveal conserved gene content embedded within complex and plastic structures. |
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Ano de publicação: |
2023 |
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Fonte/Imprenta: |
Gene, v. 849, 146904, 2023. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1016/j.gene.2022.146904 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Unlike the chloroplast genomes (ptDNA), the plant mitochondrial genomes (mtDNA) are much more plastic in structure and size but maintain a conserved and essential gene set related to oxidative phosphorylation. Moreover, the plant mitochondrial genes and mtDNA are good markers for phylogenetic, evolutive, and comparative analyses. The two most known species in Theobroma L. (Malvaceae s.l.) genus are T. cacao, and T. grandiflorum. Besides the economic value, both species also show considerable biotechnology potential due to their other derived products, thus, aggregating additional economic value for the agroindustry. Here, we assembled and compared the mtDNA of Theobroma cacao and T. grandiflorum to generate a new genomics resource and unravel evolutionary trends. Graph-based analyses revealed that both mtDNA exhibit multiple alternative arrangements, confirming the dynamism commonly observed in plant mtDNA. The disentangled assembly graph revealed potential predominant circular molecules. The master circle molecules span 543,794 bp for T. cacao and 501,598 bp for T. grandiflorum, showing 98.9% of average sequence identity. Both mtDNA contains the same set of 39 plant mitochondrial genes, commonly found in other rosid mitogenomes. The main features are a duplicated copy of atp4, the absence of rpl6, rps2, rps8, and rps11, and the presence of two chimeric open-reading frames. Moreover, we detected few ptDNA integrations mainly represented by tRNAs, and no viral sequences were detected. Phylogenomics analyses indicate Theobroma spp. are nested in Malvaceae family. The main mtDNA differences are related to distinct structural rearrangements and exclusive regions associated with relics of Transposable Elements, supporting the hypothesis of dynamic mitochondrial genome maintenance and divergent evolutionary paths and pressures after species differentiation. MenosUnlike the chloroplast genomes (ptDNA), the plant mitochondrial genomes (mtDNA) are much more plastic in structure and size but maintain a conserved and essential gene set related to oxidative phosphorylation. Moreover, the plant mitochondrial genes and mtDNA are good markers for phylogenetic, evolutive, and comparative analyses. The two most known species in Theobroma L. (Malvaceae s.l.) genus are T. cacao, and T. grandiflorum. Besides the economic value, both species also show considerable biotechnology potential due to their other derived products, thus, aggregating additional economic value for the agroindustry. Here, we assembled and compared the mtDNA of Theobroma cacao and T. grandiflorum to generate a new genomics resource and unravel evolutionary trends. Graph-based analyses revealed that both mtDNA exhibit multiple alternative arrangements, confirming the dynamism commonly observed in plant mtDNA. The disentangled assembly graph revealed potential predominant circular molecules. The master circle molecules span 543,794 bp for T. cacao and 501,598 bp for T. grandiflorum, showing 98.9% of average sequence identity. Both mtDNA contains the same set of 39 plant mitochondrial genes, commonly found in other rosid mitogenomes. The main features are a duplicated copy of atp4, the absence of rpl6, rps2, rps8, and rps11, and the presence of two chimeric open-reading frames. Moreover, we detected few ptDNA integrations mainly represented by tRNAs, and no viral sequences were ... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Genoma; Horticultura; Malvaceae; Theobroma Cacao; Theobroma Grandiflorum. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Amazônia Oriental (CPATU) |
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| Registros recuperados : 15 | |
| 2. |  | GIACHETTO, P. F.; GUERREIRO, E. N.; FERRO, J. A.; FERRO, M. I. T.; FURLAN, R. L.; MACARI, M. Performance and hormonal profile in broiler chickens fed with different energy levels during post restriction period. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 38, n. 6, p. 697-702, jun. 2003 Título em português: Desempenho e perfil hormonal de frangos alimentados com diferentes níveis energéticos após restrição alimentar.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 3. | | DABBAS, K. M.; LAIA, M. L. de; JOVINO, D. F. R.; GIACHETTO, P. F.; MORAES, F. E. de; FERRO, J. A.; FERRO, M. I. T. Avaliação do perfil de expressão gênica em cana-de-açúcar após inoculação com Xanthomonas albilineans utilizando a técnica de macroarranjos de cDNA. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA, 25., 2009, Porto de Galinhas. Resumos... São Paulo: Sociedade Brasileira de Microbiologia, 2009. Não paginado. CBM 2009.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 4. | | ABREU, V. A. C. de; ALVES, R. M.; SILVA, S. R.; FERRO, J. A.; DOMINGUES, D. S.; MIRANDA, V. F. O.; VARANI, A. M. Comparative analyses of Theobroma cacao and T. grandiflorum mitogenomes reveal conserved gene content embedded within complex and plastic structures. Gene, v. 849, 146904, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 5. | | JOVINO, D. F. R.; DABBAS, K. M.; LAIA, M. L. de; GIACHETTO, P. F.; MORAES, F. E. de; GUIMARÃES, A. R.; FERRO, M. I. T.; FERRO, J. A. Genes induzidos em plântulas de cana-de-açúcar (Saccharum ssp) exclusivamente após 6 horas de inoculação com Xanthomonas albilineans. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA, 25., 2009, Porto de Galinhas. Resumos... São Paulo: Sociedade Brasileira de Microbiologia, 2009. Não paginado. CBM 2009.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 6. | | MIRETTI, M. M.; POLI, M.; MARTINEZ, G.; NAVES, M.; REYNOSO, G.; WORNACK, J.; CARVALHO, J. H. de; FERRO, J. A.; CONTEL, E. P. B. Origin and distribution of Mitochondrial Haplotypes in american native cattle breeds (Bos taurus): phylogenetic network analysis. In: CONGRESSO NACIONAL DE GENETICA, 48., 2002, Águas de Lindóia. resumos... Águas de Lindóia: SBG, 2002.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 7. | | ALVES, M. N.; LAUDECIR L.; GIRARDI, E. A.; MIRANDA, M.; WULFF, N. A.; CARVALHO, E. V.; LOPES, SÍLVIO A.; FERRO, J. A.; OLLITRAUL, P.; PEÑA, L. Insight into resistance to 'Candidatus Liberibacter asiaticus,' associated with Huanglongbing, in Oceanian citrus genotypes. Frontiers in Plant Science, September 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 8. | | RODRIGUES, F. A.; GRAÇA, J. P. da; LAIA, M. L. de; NHANI JUNIOR, A.; GALBIATI, J. A.; FERRO, M. I. T.; FERRO, J. A.; ZINGARETTI, S. M. Sugarcane genes differentially expressed during water deficit. Biologia Plantarum, Praha, v. 55, n. 1, p. 43-53, 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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| 9. | | FERRO, M. I. T.; DABBAS, K. M.; LAIA, M. L. de; JOVINO, D. F. R.; GIACHETTO, P. F.; FERRAZ, A. L. J.; MORAES, F. E. de; GUIMARÃES, A. R.; FERRO, J. A. Avaliação por RT-qPCR de ESTS de cana-de-açúcar; envolvidas nos mecanismos de defesa contra a infecção por Xanthomonas albilineans. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA, 25., 2009, Porto de Galinhas. Resumos... São Paulo: Sociedade Brasileira de Microbiologia, 2009. Não paginado. CBM 2009.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 10. | | FITZPATRICK, J.; CHEAVEGATTI-GIANOTTO, A.; FERRO, J. A.; SA, M. F. G. de; KEESE. P.; LAYTON, R.; LIMA, D.; NICKSON, T.; RAYBOULD, A.; PINTO, E. R. de C.; ROMEIS, J.; ULIAN, E.; BEREZOVSKY, M. Formulação de problema em análise de risco ambiental de cultivos geneticamente modificados: workshop no Brasil. Bioassay, v. 4, n. 5, 2009. 11 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 11. | | FITZPATRICK, J.; CHEAVEGATTI GIANOTTO, A.; FERRO, J. A.; SA, M. F. G. de; KEESE, P.; LAYTON, R.; LIMA, D.; NICKSON, T.; RAYBOULD, A.; PINTO, E. R. de C.; ROMEIS, J.; ULIAN, E.; BEREZOVSKY, M. Problem formulation in environmental risk assessment of genetically modified crops: a Brazilian Workshop. BioAssay, v. 4, 2009.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 12. | | CHEAVEGATTI VIANOTTO, A.; ABREU, H. M. C. de; ARRUDA, P.; BESPALHOK FILHO, J. C.; BURNQUIST, W. L.; CRESTE, S.; CIERO, L. di; FERRO, J. A.; FIGUEIRA, A. V. de O.; FIULGUEIRAS, T. de S.; GROSSI de SA, M. de F.; GUZZO, E. C.; HOFFMANN, H. P.; LANDELL, M. G. de A.; MACEDO, N.; MATSUOKA, S.; REINACH, F. de C.; ROMANO, E.; SILVA, W. J. da; SILVA FILHO, M. de C.; ULIAN, E. C. Sugarcane (Saccharum X officinarum): a reference study for the regulation of genetically modified cultivars in Brazil. Tropical Plant Biology, v. 4, p. 62-89, 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 13. | | CHEAVEGATTI VIANOTTO, A.; ABREU, H. M. C. de; ARRUDA, P.; BESPALHOK FILHO, J. C.; BURNQUIST, W. L.; CRESTE, S.; CIERO, L. di; FERRO, J. A.; FIGUEIRA, A. V. de O.; FIULGUEIRAS, T. de S.; SA, M. F. G. de; GUZZO, E. C.; HOFFMANN, H. P.; LANDELL, M. G. de A.; MACEDO, N.; MATSUOKA, S.; REINACH, F. de C.; PINTO, E. R. de C.; SILVA, W. J. da; SILVA FILHO, M. de C.; ULIAN, E. C. Sugarcane (Saccharum X officinarum): a reference study for the regulation of genetically modified cultivars in Brazil. Tropical Plant Biology, v. 4, p. 62-89, 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 14. | | MARINOTTI, O.; CERQUEIRA, G. C.; ALMEIDA, L. G. P. de; FERRO, M. I. T.; LORETO, E. L. da S.; ZAHA, A.; TEIXEIRA, S. M. R.; WESPISER, A. R.; SILVA, A. A.; SCHLINDWEIN, A. D.; PACHECO, A. C. L.; SILVA, A. L. da C.; GRAVELEY, B. R.; WALENZ, B. P.; LIMA, B. de A.; RIBEIRAO, C. A. G.; NUNES-SILVA, C. G.; CARVALHO, C. R. de; SOARES, C. M. de A.; MENEZES, C. B. A. de; MATIOLLI, C.; CAFFREY, D.; ARAÚJO, D. A. M.; OLIVEIRA, D. M. de; GOLENBOCK, D.; GRISARD, E. C.; FANTINATTI-GARBOGGINI, F.; CARVALHO, F. M. de; BARCELLOS, F. G.; PROSDOCIMI, F.; MAY, G.; AZEVEDO JUNIOR, G. M. de; GUIMARÃES, G. M.; OLDMAN, G. H.; PADILHA, I. Q. M.; BATISTA, J. da S.; FERRO, J. A.; RIBEIRO, J. M. C.; FIETTO, J. L. R.; DABBAS, K. M.; CERDEIRA, L.; AGNEZ-LIMA, L. F.; BROCCHI, M.; CARVALHO, M. O. de; TEIXEIRA, M. de M.; MAIA, M. de M. D.; GOLDMAN, M. H. S.; SCHNEIDER, M. P. C.; FELIPE, M. S. S.; HUNGRIA, M.; NICOLÁS, M. F.; PEREIRA, M.; MONTES, A. M.; CANTAO, M. E.; VINCENTZ, M.; RAFAEL, M. S.; SILVERMAN, N.; STOCO, P. H.; SOUZA, R. C.; VICENTINI, R.; GAZZINELLI, R. T. G.; NEVES, R. de O.; SILVA, R.; ASTOLFI-FILHO, S.; MACIEL, T. E. F.; ÜRMÉNYI, T. P.; TADEI, W. P.; CAMARGO, E. P.; VASCONCELOS, A. T. R. de. The Genome of Anopheles darlingi, the main neotropical malaria vector. Nucleic Acid Research, v. 41, n. 15, p. 7387-7400, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja; Embrapa Suínos e Aves. |
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| 15. | | RUIZ, J. C.; D'AFONSECA, V.; SILVA, A.; ALI, A.; PINTO, A. C.; SANTOS, A. R.; ROCHA, A. A. M. C.; LOPES, D. O.; DORELLA, F. A.; PACHECO, L. G. C.; COSTA, M. P.; TURK, M. Z.; SEYFFERT, N.; MORAES, P. M. R. O.; SOARES, S. C.; ALMEIDA, S. S.; CASTRO, T. L. P.; ABREU, V. A. C.; TROST, E.; BAUMBACH, J.; TAUCH, A.; SCHNEIDER, M. P. C.; McCULLOCH, J.; CERDEIRA, L. T.; RAMOS, R. T. J.; ZERLOTINI, A.; DOMINITINI, A.; RESENDE, D. M.; COSER, E. M.; OLIVEIRA, L. M.; PEDROSA, A. L.; VIEIRA, C. U.; GUIMARAES, C. T.; BARTHOLOMEU, D. C.; OLIVEIRA, D. M.; SANTOS, F. R.; RABELO, E. M.; LOBO, F. P.; FRANCO, G. R.; COSTA, A. F.; CASTRO, I. M.; DIAS, S. R. C.; FERRO, J. A.; ORTEGA, J. M.; PAIVA, L. V.; ALMEIDA, J. F.; GOULART, L. R.; FERRO, M. I. T.; CARNEIRO, N. P.; FALCÃO, P. R. K.; GRYNBERG, P.; TEIXEIRA, S. M. R.; BROMMONSCHENKEL, S.; OLIVEIRA, S. C.; MEYER, R.; MOORE, R. J.; MIYOSHI, A.; OLIVEIRA, G. C.; AZEVEDO, V. Evidence for reductive genome evolution and lateral acquisition of virulence functions in two Corynebacterium pseudotuberculosis strains. Plos One, San Francisco, v. 6, n. 4, p. 1-16, 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Milho e Sorgo. |
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