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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Agroenergia; Embrapa Meio-Norte. |
Data corrente: |
02/09/2021 |
Data da última atualização: |
02/09/2021 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
FERREIRA, T. M. M.; LEAO, A. P.; SOUSA, C. A. F. de; SOUZA JUNIOR, M. T. |
Afiliação: |
THALITA M. M. FERREIRA, Universidade Federal de Lavras; ANDRE PEREIRA LEAO, CNPAE; CARLOS ANTONIO FERREIRA DE SOUSA, CPAMN; MANOEL TEIXEIRA SOUZA JUNIOR, CNPAE. |
Título: |
Genes highly overexpressed in salt-stressed young oil palm (Elaeis guineensis) plants. |
Ano de publicação: |
2021 |
Fonte/Imprenta: |
Revista Brasileira de Engenharia Agrícola e Ambiental, Campina Grande, v. 25, n. 12, p. 813-818, 2021. |
ISSN: |
1807-1929 |
DOI: |
http://dx.doi.org/10.1590/1807-1929/agriambi.v25n12p813-818 |
Idioma: |
Inglês |
Notas: |
Título em português: Genes altamente superexpressos em dendezeiros jovens (Elaeis guineensis) estressados por sal. |
Conteúdo: |
Abstract: RNA-seq is a technique based on the large-scale sequencing of transcript-derived cDNAs using next-generation sequencing platforms mostly used today to characterize an organism?s transcriptome. The analysis of RNA-seq data allows for identifying genes differentially expressed in a given condition, such as salt stress. This study aimed to search and characterize genes from the African oil palm (Elaeis guineensis Jacq.) highly up-regulated during salt stress, with a long-term goal of gene promoter prospection and validation. The apical leaves from the control (electrical conductivity of ~2 dS m-1) and salt-stressed (~40 dS m-1) young oil palm plants, collected at 5 and 12 days after the beginning of the stress, were subjected to extraction of total RNA, with three plants (replicates) per treatment. The complete genome of E. guineensis, available at the National Center for Biotechnology Information, was used as the reference genome - BioProject PRJNA192219. The differential expression analysis led to the selection for further characterization of seven genes, which had increased expressions of 37?84 times under salt stress. The strategy used in this study enabled the selection of seven salt-responsive genes highly up-regulated during salt stress, and some of them coded for proteins already reported as responsible for salinity tolerance in other plant species through over-expression or knockout. Resumo: O RNA-seq é uma técnica baseada no sequenciamento em larga escala de cDNAs derivados de transcritos - por meio de plataformas de sequenciamento de nova geração ? amplamente utilizada atualmente para caracterizar o transcriptoma de um organismo. A análise dos dados de RNA-seq permite identificar genes diferencialmente expressos em uma determinada condição, como o estresse salino. Este estudo teve como objetivo prospectar genes do dendê (Elaeis guineensis) responsivos ao estresse salino e realizar sua caracterização funcional e estrutural. A folha apical de plantas jovens de dendê controle (condutividade elétrica de ~2 dS m-1) e estressadas (~40 dS m-1), coletadas aos 5 e 12 dias após o início do estresse, foi submetida à extração de RNA total, com três plantas (repetições) por tratamento. O genoma completo de E. guineensis, disponível no ?National Center for Biotechnology Information?, foi utilizado como genoma de referência - BioProject PRJNA192219. A análise da expressão diferencial levou à seleção de sete genes, cujo nível de expressão aumentou entre 37 e 84 vezes sob estresse salino, para posterior caracterização. A estratégia utilizada neste estudo permitiu a seleção de sete genes responsivos ao sal suprarregulados durante o estresse, e alguns deles codificam proteínas já relatadas como responsáveis pela tolerância à salinidade em outras espécies de plantas por superexpressão ou knock-out. MenosAbstract: RNA-seq is a technique based on the large-scale sequencing of transcript-derived cDNAs using next-generation sequencing platforms mostly used today to characterize an organism?s transcriptome. The analysis of RNA-seq data allows for identifying genes differentially expressed in a given condition, such as salt stress. This study aimed to search and characterize genes from the African oil palm (Elaeis guineensis Jacq.) highly up-regulated during salt stress, with a long-term goal of gene promoter prospection and validation. The apical leaves from the control (electrical conductivity of ~2 dS m-1) and salt-stressed (~40 dS m-1) young oil palm plants, collected at 5 and 12 days after the beginning of the stress, were subjected to extraction of total RNA, with three plants (replicates) per treatment. The complete genome of E. guineensis, available at the National Center for Biotechnology Information, was used as the reference genome - BioProject PRJNA192219. The differential expression analysis led to the selection for further characterization of seven genes, which had increased expressions of 37?84 times under salt stress. The strategy used in this study enabled the selection of seven salt-responsive genes highly up-regulated during salt stress, and some of them coded for proteins already reported as responsible for salinity tolerance in other plant species through over-expression or knockout. Resumo: O RNA-seq é uma técnica baseada no sequenciamento em larga escala de... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Análise de expressão diferencial; Differential expression analysis; Estresse salino; Genes responsivos ao sal; RNAseq; Salt-responsive genes; Transcriptômica. |
Thesagro: |
Dendê; Elaeis Guineensis; Gene; RNA. |
Thesaurus Nal: |
Salt stress; Transcriptomics. |
Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/225681/1/Genes-highly-overexpressed-in-salt-stressed-2021.pdf
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Marc: |
LEADER 04093naa a2200349 a 4500 001 2134026 005 2021-09-02 008 2021 bl uuuu u00u1 u #d 022 $a1807-1929 024 7 $ahttp://dx.doi.org/10.1590/1807-1929/agriambi.v25n12p813-818$2DOI 100 1 $aFERREIRA, T. M. M. 245 $aGenes highly overexpressed in salt-stressed young oil palm (Elaeis guineensis) plants.$h[electronic resource] 260 $c2021 500 $aTítulo em português: Genes altamente superexpressos em dendezeiros jovens (Elaeis guineensis) estressados por sal. 520 $aAbstract: RNA-seq is a technique based on the large-scale sequencing of transcript-derived cDNAs using next-generation sequencing platforms mostly used today to characterize an organism?s transcriptome. The analysis of RNA-seq data allows for identifying genes differentially expressed in a given condition, such as salt stress. This study aimed to search and characterize genes from the African oil palm (Elaeis guineensis Jacq.) highly up-regulated during salt stress, with a long-term goal of gene promoter prospection and validation. The apical leaves from the control (electrical conductivity of ~2 dS m-1) and salt-stressed (~40 dS m-1) young oil palm plants, collected at 5 and 12 days after the beginning of the stress, were subjected to extraction of total RNA, with three plants (replicates) per treatment. The complete genome of E. guineensis, available at the National Center for Biotechnology Information, was used as the reference genome - BioProject PRJNA192219. The differential expression analysis led to the selection for further characterization of seven genes, which had increased expressions of 37?84 times under salt stress. The strategy used in this study enabled the selection of seven salt-responsive genes highly up-regulated during salt stress, and some of them coded for proteins already reported as responsible for salinity tolerance in other plant species through over-expression or knockout. Resumo: O RNA-seq é uma técnica baseada no sequenciamento em larga escala de cDNAs derivados de transcritos - por meio de plataformas de sequenciamento de nova geração ? amplamente utilizada atualmente para caracterizar o transcriptoma de um organismo. A análise dos dados de RNA-seq permite identificar genes diferencialmente expressos em uma determinada condição, como o estresse salino. Este estudo teve como objetivo prospectar genes do dendê (Elaeis guineensis) responsivos ao estresse salino e realizar sua caracterização funcional e estrutural. A folha apical de plantas jovens de dendê controle (condutividade elétrica de ~2 dS m-1) e estressadas (~40 dS m-1), coletadas aos 5 e 12 dias após o início do estresse, foi submetida à extração de RNA total, com três plantas (repetições) por tratamento. O genoma completo de E. guineensis, disponível no ?National Center for Biotechnology Information?, foi utilizado como genoma de referência - BioProject PRJNA192219. A análise da expressão diferencial levou à seleção de sete genes, cujo nível de expressão aumentou entre 37 e 84 vezes sob estresse salino, para posterior caracterização. A estratégia utilizada neste estudo permitiu a seleção de sete genes responsivos ao sal suprarregulados durante o estresse, e alguns deles codificam proteínas já relatadas como responsáveis pela tolerância à salinidade em outras espécies de plantas por superexpressão ou knock-out. 650 $aSalt stress 650 $aTranscriptomics 650 $aDendê 650 $aElaeis Guineensis 650 $aGene 650 $aRNA 653 $aAnálise de expressão diferencial 653 $aDifferential expression analysis 653 $aEstresse salino 653 $aGenes responsivos ao sal 653 $aRNAseq 653 $aSalt-responsive genes 653 $aTranscriptômica 700 1 $aLEAO, A. P. 700 1 $aSOUSA, C. A. F. de 700 1 $aSOUZA JUNIOR, M. T. 773 $tRevista Brasileira de Engenharia Agrícola e Ambiental, Campina Grande$gv. 25, n. 12, p. 813-818, 2021.
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Registro original: |
Embrapa Agroenergia (CNPAE) |
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Registros recuperados : 19 | |
5. | | FERREIRA, T. M. M.; SILVA, V. N. B.; SOUZA JUNIOR, M. T.; SOUSA, C. A. F. de. Análise morfofisiológica de Portulaca olerecea L. submetidos a estresse salino. In: ENCONTRO DE PESQUISA E INOVAÇÃO DA EMBRAPA AGROENERGIA, 5., 2018, Brasília, DF. Anais ... Brasília, DF: Embrapa Agroenergia, 2018. p. 18.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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8. | | FERREIRA, T. M. M.; FERREIRA FILHO, J. A.; LEAO, A. P.; SOUSA, C. A. F. de; SOUZA JUNIOR, M. T. Structural and functional analysis of stress-resonsive genes and their selected promoters from young oil palm (ELAEIS GUINEENSIS) under two abiotic stresses. In: BRAZILIAN CONGRESS OF GENETICS, 67., 2022, Natal, RN. Porto Alegre: Sociedade Brasileira de Genética, 2022. p. 320Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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10. | | SANTOS, T. T.; CASARI, R. A. das C. N.; MOLINARI, H. B. C.; KOBAYASHI, A. K.; SOUZA JUNIOR, M. T.; SILVA, V. N. B.; FERREIRA, T. M. M.; SOUSA, C. A. F. de. Discrimination of responses of corn genotypes to drought through physiological, growth, and yield traits. Pesquisa Agropecuária Brasileira, v. 56, e01948, 2021. Título em português: Discriminação das respostas de genótipos de milho à seca por meio de características fisiológicas e de crescimento e produção.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Agroenergia; Embrapa Meio-Norte; Embrapa Unidades Centrais. |
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11. | | CASARI, R. A. C. N.; SILVA, V. N. B.; FERREIRA, T. M. M.; SANTOS, T. T.; DIAS, B. B. A.; KOBAYASHI, A. K.; MOLINARI, H. B. C.; SOUZA JUNIOR, M. T.; SOUSA, C. A. F. de. Development of a protocol aiming at the estimation of pigment contents in maize leaves by hyperspectral remote sensing. In: BRAZILIAN CONGRESS OF PLANT PHYSIOLOGY, 16., 2017, São Pedro, SP. Abstract book. [S.l.]: SBFV, 2017. p. 107-108. Na publicação: Cunha BADB, Souza Jr MT.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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12. | | CASARI, R. A. das C. N.; SOUSA, C. A. F. de; SANTOS, T. T.; KOBAYASHI, A. K.; MOLINARI, H. B. C.; SOUZA JUNIOR, M. T.; DIAS, B. B. A.; FERREIRA, T. M. M.; SILVA, V. N. B. Development of a protocol aiming at the estimation of pigment contents in maize leaves by hyperspectral remote sensing. In: BRAZILIAN CONGRESS OF PLANT PHYSIOLOGY, 16., 2017, São Pedro, SP. Abstract - [S.l.]: Sociedade Brasileira de Fisiologia Vegetal, 2017. p. 107-108.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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13. | | FERREIRA, T. M. M.; SALGADO, F. F.; SOUZA, O. C. A.; SILVA, R. V.; SILVA, V. N. B.; OLIVEIRA, P. A. de; ROCHA, T. L.; SOUZA JUNIOR, M. T. Genetic engineering of purslane (Portulaca oleracea L.). In: OLIVEIRA, M. S. de; ANDRADE, E. H. de A.; KUMAR, R. Medicinal plants: chemical, biochemical, and pharmacological approaches. IntechOpen, 2023Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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14. | | SILVA, V. N. B.; FERREIRA, T. M. M.; PAIVA, D. S. de; CASARI, R. A. das C. N.; MOLINARI, H. B. C.; KOBAYASHI, A. K.; SOUZA JUNIOR, M. T.; SOUSA, C. A. F. de. Effect of drought on the gas exchange of maize genotypes with different levels of drought tolerance. In: BRAZILIAN CONGRESS OF PLANT PHYSIOLOGY, 16., 2017, São Pedro, SP. Abstract - [S.l.]: Sociedade Brasileira de Fisiologia Vegetal, 2017. p. 109.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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15. | | FERREIRA, T. M. M.; PAIVA, D. S.; CASARI, R. A. das C. N.; SILVA, V. N. B.; MOLINARI, H. B. C.; KOBAYASHI, A. K.; SOUZA JUNIOR, M. T.; SOUSA, C. A. F. de. Effect of drought on the photochemical apparatus of maize plants as evaluated by parameters derived from chlorophyll fluorescence. In: BRAZILIAN CONGRESS OF PLANT PHYSIOLOGY, 16., 2017, São Pedro, SP. Abstract ... [S.l.]: Sociedade Brasileira de Fisiologia Vegetal, 2017. p. 109-110.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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16. | | SILVA, V. N. B.; SILVA, T. L. C. da; FERREIRA, T. M. M.; RODRIGUES NETO, J. C.; LEAO, A. P.; RIBEIRO, J. A. de A.; ABDELNUR, P. V.; VALADARES, L. F.; SOUSA, C. A. F. de; SOUZA JUNIOR, M. T. Multi-omics analysis of young Portulaca Oleracea L. plants' responses to High NaCl doses reveals insights into pathways and genes responsive to salinity stress in this halophyte species. Phenomics, 2022. Published online: 15 June 2022.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: C - 0 |
Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia; Embrapa Meio-Norte. |
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17. | | CASARI, R. A. C. N.; SILVA, V. N. B.; FERREIRA, T. M. M.; KOBAYASHI, A. K.; DIAS, B. B. A.; SANTOS, T. T.; MOLINARI, H. B. C.; SOUZA JUNIOR, M. T.; SOUSA, C. A. F. de. Use of thermal imaging for discrimination of maize genotypes submitted to water deficit stress. In: LATIN-AMERICAN CONFERENCE ON PLANT PHENOTYPING AND PHENOMICS FOR PLANT BREEDING, 2., 2017, São Carlos, SP. Proceedings... São Carlos: Embrapa Instrumentação, 2017. p. 27.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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18. | | CASARI, R. A. C. N.; PAIVA, D. S.; SILVA, V. N. B.; FERREIRA, T. M. M.; SOUZA JUNIOR, M. T.; OLIVEIRA, N. G.; KOBAYASHI, A. K.; MOLINARI, H. B. C.; SANTOS, T. T.; GOMIDE, R. L.; MAGALHÃES, P. C.; SOUSA, C. A. F. de. Using thermography to confirm genotypic variation for drought response in maize. International Journal of Molecular Sciences v. 20, n. 9, 2273, May-1, 2019.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Agroenergia; Embrapa Meio-Norte. |
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19. | | CASARI, R. A.; PAIVA, D. S.; SILVA, V. N. B.; FERREIRA, T. M. M.; SOUZA JUNIOR, M. T.; OLIVEIRA, N. G.; KOBAYASHI, A. K.; MOLINARI, H. B. C.; SANTOS, T. T.; GOMIDE, R. L.; MAGALHAES, P. C.; SOUSA, C. A. F. de. Using thermography to confirm genotypic variation for drought response in maize. International Journal of Molecular Sciences, v. 20, n. 9, article 2273, 2019.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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