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BDPA - Bases de Dados da Pesquisa Agropecuária Embrapa
 






Registro Completo
Biblioteca(s):  Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste.
Data corrente:  23/01/2023
Data da última atualização:  23/01/2023
Tipo da produção científica:  Artigo em Periódico Indexado
Autoria:  BRUSCADIN, J. J.; CARDOSO, T. F.; DINIZ, W. J. da S.; SOUZA, M. M. de; AFONSO, J.; VIEIRA, D.; MALHEIROS, J. M.; ANDRADE, B. G. N.; PETRINI, J.; FERRAZ, J. B. S.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A.
Afiliação:  JENNIFER JESSICA BRUSCADIN, UNIVERSIDADE FEDERAL DE SÃO CARLOS; TAINÃ FIGUEIREDO CARDOSO; WELLISON JARLES DA SILVA DINIZ, AUBURN UNIVERSITY; MARCELA MARIA DE SOUZA, IOWA STATE UNIVERSITY; JULIANA AFONSO; DIELSON VIEIRA, YALE UNIVERSITY SCHOOL OF MEDICINE; JESSICA MORAES MALHEIROS, UNIVERSIDADE FEDERAL DA INTEGRAÇÃO LATINO-AMERICANA; BRUNO GABRIEL NASCIMENTO ANDRADE, MUNSTER TECHNOLOGICAL UNIVERSITY; JULIANA PETRINI, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; JOSÉ BENTO STERMAN FERRAZ, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; GERSON BARRETO MOURÃO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; LUIZ LEHMANN COUTINHO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE.
Título:  Differential allele-specific expression revealed functional variants and candidate genes related to meat quality traits in B. indicus muscle.
Ano de publicação:  2022
Fonte/Imprenta:  Genes, v. 13, n. 12, 2336, 2022.
DOI:  https://doi.org/10.3390/ genes13122336
Idioma:  Inglês
Conteúdo:  Abstract: Traditional transcriptomics approaches have been used to identify candidate genes affecting economically important livestock traits. Regulatory variants affecting these traits, however, remain under covered. Genomic regions showing allele-specific expression (ASE) are under the effect of cis-regulatory variants, being useful for improving the accuracy of genomic selection models. Taking advantage of the better of these two methods, we investigated single nucleotide polymorphisms (SNPs) in regions showing differential ASE (DASE SNPs) between contrasting groups for beef quality traits. For these analyses, we used RNA sequencing data, imputed genotypes and genomic estimated breeding values of muscle-related traits from 190 Nelore (Bos indicus) steers. We selected 40 contrasting unrelated samples for the analysis (N = 20 animals per contrasting group) and used a beta-binomial model to identify ASE SNPs in only one group (i.e., DASE SNPs). We found 1479 DASE SNPs (FDR 0.05) associated with 55 beef-quality traits. Most DASE genes were involved with tenderness and muscle homeostasis, presenting a co-expression module enriched for the protein ubiquitination process. The results overlapped with epigenetics and phenotype-associated data, suggesting that DASE SNPs are potentially linked to cis-regulatory variants affecting simultaneously the transcription and phenotype through chromatin state modulation.
Palavras-Chave:  Allele-specific expression; ASE; Cis-regulation; Expressão alelo específica; Expressão gênica; Polimorfismos de nucleotídeo único.
Thesagro:  Fenótipo.
Thesaurus Nal:  Beef; Gene expression; Phenotype; Single nucleotide polymorphism.
Categoria do assunto:  --
G Melhoramento Genético
URL:  https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1151168/1/DifferentialAlleleSpecific.pdf
Marc:  Mostrar Marc Completo
Registro original:  Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA)
Biblioteca ID Origem Tipo/Formato Classificação Cutter Registro Volume Status URL
CNPTIA21550 - 1UPCAP - DD
CPPSE25895 - 1UPCAP - DDPROCI-2023.00002BRU2022.00002
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1.Imagem marcado/desmarcadoKATO, A. K.; FERRAZ, J. B. S. Decomposição de liteira em plantio de castanheira-do-brasil (Bertholletia excelsa, Humb. & Bonpl.) em ecossistemas de pastagem degradada e de floresta primária da Amazônia Central. In: CONGRESSO DE ECOLOGIA DO BRASIL, 4., 1998, Belém, PA. Ecossistemas: com enfoque em seus componentes básicos: resumos. Belém, PA: FCAP: Sociedade de Ecologia do Brasil, 1998. p. 343.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental.
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2.Imagem marcado/desmarcadoKATO, A. K.; FERRAZ, J. B. S. Produção de liteira em plantios de castanheira-do-brasil (Bertholletia excelsa, HUMB. & BONPL.) em ecossistemas de pastagem degradada e de floresta primária da Amazônia Central In: CONGRESSO DE ECOLOGIA DO BRASIL, 4., 1998, Belém, PA. Ecossistemas: com enfoque em seus componentes básicos: resumos. Belém, PA: FCAP: Sociedade de Ecologia do Brasil, 1998. p. 340-341.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental.
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3.Imagem marcado/desmarcadoPEREIRA, E.; ELER, J. P.; FERRAZ, J. B. S. Análise genética de características reprodutivas na raça Nelore. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 37, n. 5, p. 703-708, maio 2002 Título em inglês: Genetic analysis of reproductive traits in Nelore cattle.
Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais.
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4.Imagem marcado/desmarcadoFERRAZ, J. B. S.; DUARTE, F. A. de M. Índices de Seleção Aplicados à Produtividade de Porcas Large White. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, V.26, n.10, p.1777-1786, out. 1991
Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais.
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5.Imagem marcado/desmarcadoFERRAZ, J. B. S.; DUARTE, F. A. de M. Influência de fatores ambientais no desempenho de suínos em fase de aleitamento. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, v.17, n.3, p.489-496, mar. 1982. Título em inglês: Environmetal factors influence on preweaning swine performance.
Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais.
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6.Imagem marcado/desmarcadoFERRAZ, J. B. S.; DUARTE, F. A. de M. Influencia de Fatores Nao-Geneticos sobre a Produtividade de Porcas Large White. Pesquisa Agropecuaria Brasileira, Brasilia, v.26, n.4, p.535-548, abr.1991
Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais.
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7.Imagem marcado/desmarcadoFERRAZ, J. B. S.; DUARTE, F. A. de M. Repetibilidade de Caracteristicas de Leitegada do Nascimento ao Desmame na Raca Large White. Pesquisa Agropecuaria Brasileira, Brasilia, v.26, n.4, p.575-583, abr.1991
Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais.
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8.Imagem marcado/desmarcadoGREEN, M.; FERRAZ, J. B. S.; TEIXEIRA, P. C.; TEIXEIRA, W. G. Caracterização física do solo em um plantio de pau-de-balsa consorciado com andiroba em área degradada na Amazônia Central. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 32., 2009, Fortaleza. O solo e a produção de bioenergia: perspectivas e desafios. [Viçosa, MG]: SBCS; Fortaleza: UFC, 2009. 1 CD-ROM.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental.
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9.Imagem marcado/desmarcadoGREEN, M.; FERRAZ, J. B. S.; TEIXEIRA, P. C.; TEIXEIRA, W. G. Caracterização física do solo em um plantio de pau-de-balsa consorciado com andiroba em área degradada na Amazônia Central. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 32., 2009, Fortaleza. O solo e a produção de bioenergia: perspectivas e desafios : resumos. [Viçosa, MG]: SBCS; Fortaleza: UFC, 2009. p. 34. PT125.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental.
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10.Imagem marcado/desmarcadoGREEN, M.; FERRAZ, J. B. S.; TEIXEIRA, P. C.; TEIXEIRA, W. G. Caracterização química do solo de um plantio de pau-de-balsa (Ochroma pyramidale Cav. ex Lamb., Urb.) consorciado com andiroba (Carapa guianensis Aubl.) em área degradada na Amazônia Central. In: REUNIÃO ANUAL DA SBPC, 61., 2009, Manaus. Anais / resumos... Manaus: SBPC, 2009.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental.
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11.Imagem marcado/desmarcadoSANTANA JÚNIOR, M. L.; ELER, J. P.; CARDOSO, F. F.; FERRAZ, J. B. S. Caracterização ambiental e importância da interação genótipo x ambiente para a avaliação genética da musculosidade de bovinos de corte compostos. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 8., 2010, Maringá. Melhoramento animal no Brasil: uma visão crítica. Maringá: SBMA, 2010. 1 CD-ROM.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul.
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12.Imagem marcado/desmarcadoALEXANDRE, P.; SANTANA, M. H. A.; GOMES, R. da C.; FERRAZ, J. B. S.; FUKUMASU, H. Molecular characterization of constitutive androstane receptor (CAR) and its association with feed efficiency of Nellore (Bos indicus) cattle. Journal of Animal Science v.90, (Supplement 3/J); Journal of Dairy Science, v.95, (Supplement 2), p.524, 2012. Edição dos trabalhos do: ADSA-PSA-AMPA-ASAS-CSAS-WSASAS JOINT ANNUAL MEETING, 2012, Phoenix-AR. Breeding and Genetics: Molecular Biology and Genomics. W68.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte.
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13.Imagem marcado/desmarcadoSANTANA JÚNIOR, M. L.; ELER, J. P.; CARDOSO, F. F.; FERRAZ, J. B. S. Interação genótipo x ambiente para perímetro escrotal de bovinos de corte compostos. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 8., 2010, Maringá. Melhoramento animal no Brasil: uma visão crítica. Maringá: SBMA, 2010. 1 CD-ROM .
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul.
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14.Imagem marcado/desmarcadoSANTANA, M. H. de A.; GOMES, R. da C.; FERRAZ, J. B. S.; ROSSI JUNIOR, P. Medidas de eficiência alimentar para avaliação de bovinos de corte. Scientia Agraria Paranaensis, v.13, n.2, p.95-107, 2014
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 5
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte.
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15.Imagem marcado/desmarcadoMENDONÇA, A. P.; FERRAZ, J. B. S.; LIMA, R.; MELO, R. M. S. de; GUIMARÃES, G. P. Avaliação do estado nutricional das duas espécies de andiroba em plantio sobre áreas degradadas na Amazônia Central. In: SIMPÓSIO NACIONAL [SOBRE] RECUPERAÇÃO DE ÁREAS DEGRADADAS, 7., 2008, Curitiba. Anais... Curitiba: FUPEF, 2008. p. 99-113.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental.
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16.Imagem marcado/desmarcadoSOUZA, A. S. de; SCHÖNGART, J.; LIMA, R. M. B. de; FERRAZ, J. B. S.; FERREIRA, M. J. Understanding the effects of topoedaphic characteristics on site quality in a Bertholletia excelsa Bonpl. plantation in Amazonas. New Forests, v. 54, p. 439-465, 2023.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 2
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental.
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17.Imagem marcado/desmarcadoSANTANA JUNIOR, M. L.; ELER, J. P.; CARDOSO, F. F.; ALBUQUERQUE, L. G.; BIGNARDI, A. B.; FERRAZ, J. B. S. Genotype by environment interaction for birth and weaning weights of composite beef cattle in different regions of Brazil Livestock Production Science, Amsterdam, v. 149, n. 3, p. 242-249, Nov. 2012.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 1
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul.
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18.Imagem marcado/desmarcadoSANTANA JUNIOR, M. L.; BIGNARDI, A. B.; ELER, J. P.; CARDOSO, F. F.; FERRAZ, J. B. S. Genotype by environment interaction and model comparison for growth traits of Santa Ines sheep. Journal of Animal Breeding and Genetics, Berlin, DE, v. 130, n. 5, p. 394-403, Oct. 2013. Publicado online em 24 jan. 2013.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 2
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul.
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19.Imagem marcado/desmarcadoSANTANA JÚNIOR, M. L.; PEDROSA, V. B.; GROENEVELD, E.; FERRAZ, J. B. S.; CARDOSO, F. F.; ELER, J. P. Genotype x environment interaction for growth and reproduction traits of composite beef cattle in Brazil. In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 9., 2010, Leipzig. Proceedings... Leipzig: German Society of Animal Science, 2010. 1 CD-ROM.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul.
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20.Imagem marcado/desmarcadoPETRINI, J.; DIAS, R. A. P.; PERTILE, S. F. N.; ELER, J. P.; FERRAZ, J. B. S.; MOURÃO, G. B. Degree of multicollinearity and variables involved in linear dependence in additive-dominant models. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 47, n. 12, p. 1743-1750, dez. 2012. Título em português: Grau de multicolinearidade e variáveis envolvidas na dependência linear em modelos aditivo-dominantes.
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