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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
15/07/2020 |
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Data da última atualização: |
15/07/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
FERRÃO, L. F. V.; FERRÃO, R. G.; FERRAO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da; CARBONETTO, P.; SLEPHENS, M.; FRANCO, A. A. |
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Afiliação: |
LUÍS FELIPE VENTORIM FERRÃO, ESALQ; ROMÁRIO GAVA FERRÃO, INCAPER; MARIA AMELIA GAVA FERRAO, CNPCa; AYMBIRÉ FRANCISCO ALMEIDA DA FONSECA, CNPCa; PETER CARBONETTO, UNIVERSIDADE DE CHICAGO; MATTHEW SLEPHENS, UNIVERSIDADE DE CHICAGO; ANTONIO AUGUSTO FRANCO, ESALQ. |
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Título: |
Accurate genomic prediction of Coffea canephora in multiple environments using whole-genome statistical models. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
Heredity, v. 122, p. 261-275, 2018. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1038/s41437-018-0105-y |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Genomic selection has been proposed as the standard method to predict breeding values in animal and plant breeding. Although some crops have benefited from this methodology, studies in Coffea are still emerging. To date, there have been no studies describing how well genomic prediction models work across populations and environments for different complex traits in coffee. Considering that predictive models are based on biological and statistical assumptions, it is expected that their performance vary depending on how well these assumptions align with the true genetic architecture of the phenotype. To investigate this, we used data from two recurrent selection populations of Coffea canephora, evaluated in two locations, and single nucleotide polymorphisms identified by Genotyping-by-Sequencing. In particular, we evaluated the performance of 13 statistical approaches to predict three important traits in the coffee?production of coffee beans, leaf rust incidence and yield of green beans. Analyses were performed for predictions within-environment, across locations and across populations to assess the reliability of genomic selection. Overall, differences in the prediction accuracy of the competing models were small, although the Bayesian methods showed a modest improvement over other methods, at the cost of more computation time. As expected, predictive accuracy for within-environment analysis, on average, were higher than predictions across locations and across populations. Our results support the potential of genomic selection to reshape traditional plant breeding schemes. In practice, we expect to increase the genetic gain per unit of time by reducing the length cycle of recurrent selection in coffee. MenosGenomic selection has been proposed as the standard method to predict breeding values in animal and plant breeding. Although some crops have benefited from this methodology, studies in Coffea are still emerging. To date, there have been no studies describing how well genomic prediction models work across populations and environments for different complex traits in coffee. Considering that predictive models are based on biological and statistical assumptions, it is expected that their performance vary depending on how well these assumptions align with the true genetic architecture of the phenotype. To investigate this, we used data from two recurrent selection populations of Coffea canephora, evaluated in two locations, and single nucleotide polymorphisms identified by Genotyping-by-Sequencing. In particular, we evaluated the performance of 13 statistical approaches to predict three important traits in the coffee?production of coffee beans, leaf rust incidence and yield of green beans. Analyses were performed for predictions within-environment, across locations and across populations to assess the reliability of genomic selection. Overall, differences in the prediction accuracy of the competing models were small, although the Bayesian methods showed a modest improvement over other methods, at the cost of more computation time. As expected, predictive accuracy for within-environment analysis, on average, were higher than predictions across locations and across populations. Our... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Coffea Canephora; Seleção Genética; Seleção Genótipa. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/214636/1/Accurate-genomic-prediction-of-Coffea-canephora-Incaper.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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| Registros recuperados : 216 | |
| 101. |  | FERRÃO, R. G.; FERRAO, M. A. G.; VOLPI, P. S.; FONSECA, A. F. A. da; VERDIN FILHO, A. C.; COMÉRIO, M. Cultivares de cafés Conilon e Robusta. Informe Agropecuário, v.41, n.309, p.17-25, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 4 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 102. | | FERRÃO, R. G.; FERRAO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da; MISTRO, J. C.; VOLPI, P. S.; VERDIN FILHO, A. C.; LANI, J. A. Cultivares. In: FONSECA, A. F. A. da; SAKIYAMA, N. S.; BORÉM, A. (Ed.). Café conilon: do plantio à colheita. Viçosa: Ed. UFV, 2015. p. 29-49| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 103. | | FERRAO, R. G.; GALVEAS, P. A. O.; SANTOS, J. A. C; FERRAO, M. A. G.; GAMA, E. E. G. e; DESSAUNE FILHO, N. Cultivares de milho para o Estado do Espírito Santo. Revista Ceres, Viçosa, v. 43, n. 246, p. 186-199, 1996.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 104. | | FERRAO, R. G.; GAMA, E. E. G.; SANTOS, J. A. C.; COSTA, A. F. S.; PACHECO, C. A. P.; FERRAO, M. A. G. Dois ciclos de seleção entre e dentro de famílias de meio irmãos na população de milho EEL 2. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 19.; REUNIAO TECNICA ANUAL DE MILHO, 37.; REUNIAO TECNICA ANUAL DO SORGO, 21., 1992, Porto Alegre. Resumos. Porto Alegre: SAA, 1992. p. 21. p.21| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 105. | | FERRAO, M. A. G.; FERRÃO, R. G.; FONSECA, A. F. A. da; SOUZA, E. M. R.; VERDIN FILHO, A. C.; VOLPI, P. S. Cruzamentos dialélicos em café conilon. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Inovação científica, competitividade e mudanças climáticas: anais... Vitória: Consórcio Pesquisa Café, 2009.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 106. | | FERRAO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da; FERRÃO, R. G.; RIVA-SOUZA, E. M.; POLONINI, A. M.; SALDINO, F. A. Desempenho de genótipos de Café Arábica avaliados na Região do Caparaó capixaba. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 8., 2013, Salvador. Sustentabilidade e inclusão Social. Brasília, DF: Embrapa Café, 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 107. | | FERRAO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da; FERRÃO, R. G.; ROCHA, A. C.; ANDRADE NETO, A. P. M.; FORNAZIER, M. J. Desempenho de progênies de café arábica na região de montanhas do Estado do Espírito Santo. IN: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 1., 2000, Poços de Caldas. Resumos Expandidos. Brasília, DF: Embrapa Café/MINASPLAN, 2000.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 108. | | MORI, A. L. B.; KALSCHNE, D. L.; FERRAO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da; FERRÃO, R. G.; BENASSI, M. de T. Diterpenes in Coffea canephora. Journal of Food Composition and Analysis, v. , n. 52, p. 52-57, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 109. | | FONSECA, A. F. A. da; SEDIYAMA, T.; CRUZ, C. D.; SAKIYAMA, N. S.; FERRAO, M. A. G.; FERRÃO, R. G.; BRAGANÇA, S. M. Divergência genética em café Conilon. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 3., 2003, Porto Seguro. Resumos... Brasília, DF: Embrapa Café, 2003.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 110. | | VERDIN, A. C.; VOLPI, P. S.; MAURI, A. L.; FERRÃO, R. G.; FERRAO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da; TRISTÃO, F. A. Densidade de hastes ortotrópicas em café arábica conduzidos por meio da poda programada de ciclo - PPCA. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PESQUISAS CAFEEIRAS, 42., 2016, Serra Negra, SP. Produzir mais café, com economia, só com boa tecnologia: trabalhos apresentados. Varginha: Fundação Procafé, 2016. 466 p.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 111. | | FERRÃO, R G.; FERRAO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da; VOLPI, P. S.; VERDIN FILHO, A. C.; MAURI, L. A.; LANI, J. A. 'Diamante ES 8112', 'ES 8122 - Jequitibá' e 'Centenária ES 8132': novas cultivares clonais de café conilon com qualidade de bebida para o Espírito Santo. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 9., 2015, Curitiba. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2015.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 113. | | CONTARATO, C. C.; TOMAZ, M. A.; SOBREIRA, F. M.; ALVES, F. R.; JESUS JUNIOR, W. C. de; RODRIGUES, A. de A.; FERRAO, M. A. G.; FERRÃO, R. G. Resistência da variedade 'vitória Incaper 8142' de café conilon A Meloidogyne exigua. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Inovação científica, competitividade e mudanças climáticas : anais. Vitória: Consórcio Pesquisa Café, 2009.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 114. | | CAPUCHO, A. S.; ZAMBOLIM, L.; ROSADO, A. W. C.; FERRÃO, R. G.; FERRAO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da; ZAMBOLIM, E. M.; CAIXETA, E. T. Resistência do conilon Vitória 8142 à raça I de Hemileia vastatrix. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 7., 2011, Araxá. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2011.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 115. | | FERRAO, R. G.; GAMA, E. E. G; SANTOS, J. A. C.; COSTA, A. F. S.; GALVES, P. A. O.; PACHECO, A. C.; FERRAO, M. A. G. Quatro ciclos de seleção entre e dentro de famílias de meios irmãos na variedade de milho EMCAPA 201. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 19.; REUNIAO TECNICA ANUAL DO MILHO, 37.; REUNIAO TECNICA ANUAL DO SORGO, 21., 1992, Porto Alegre. Resumos... Porto Alegre: SSA, 1992. p. 32.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 116. | | GAMA, E. E. G. e.; SANTOS, M. X. dos; FERRAO, R. G.; MEIRELLES, W. F.; PACHECO, C. A. P.; PARENTONI, S. N.; GUIMARAES, P. E. O. Potencial genético de um sintético de milho de grãos duros para formação de híbridos. Ciência Rural, Santa Maria, v. 33, n. 4, p. 615-619, jul./ago. 2003.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 117. | | GAMA, E. E. G.; FERRAO, R. G.; PARENTONI, S. N.; PACHECO, C. A. P.; SANTOS, M. X. dos; MEIRELLES, W. F.; LOPES, M. A. Potencial da interpopulação de milho CMS 53 e CMS 61 para melhoramento. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 22., 1998, Recife. Globalização e segurança alimentar: anais. Recife: IPA, 1998. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 118. | | FERRAO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da; FERRÃO, R. G.; GUARÇONI, R. C.; MORELI, A. P.; FILETI, D. S.; CALIMAN, L. F. Qualidade do café arábica em diferentes altitudes no Espírito Santo. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Inovação científica, competitividade e mudanças climáticas: anais... Vitória: Consórcio Pesquisa Café, 2009.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 119. | | GUARÇONI, R. C.; MAURI, A. L.; FERRAO, M. A. G.; VOLPI, P. S.; FONSECA, A. F. A. da; FERRÃO, R. G.; PEREIRA, L. L.; VERDIN FILHO, A. C. Qualidade do café conilon em função da época de maturação do fruto In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PESQUISAS CAFEEIRAS, 37., 2011, Poços de Caldas. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2011.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 120. | | GUARÇONI, R. C.; FERRAO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da; VOLPI, P. S.; FERRÃO, R. G.; MAURI, A. L.; A JÚNIOR, S.; MARQUES, R. Qualidade do café conilon em função da secagem sob alta temperarura. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PESQUISA CAFEEIROAS, 36., 2010, Guarapari. Anais...Brasília, DF: Embrapa Café, 2010.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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