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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Amapá; Embrapa Amazônia Oriental. |
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Data corrente: |
14/04/2003 |
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Data da última atualização: |
12/12/2016 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
FARIAS NETO, J. T. de; YOKOMIZO, G.; BIANCHETTI, A. |
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Afiliação: |
JOAO TOME DE FARIAS NETO, CPATU; GILBERTO KEN ITI YOKOMIZO, CPAF-AP; ARNALDO BIANCHETTI, CPAF-AP. |
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Título: |
Coeficientes de repetibilidade genética de caracteres em pupunheira. |
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Ano de publicação: |
2002 |
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Fonte/Imprenta: |
Revista Brasileira de Fruticultura, Jaboticabal, v. 24, n. 3, p. 731-733, dez. 2002. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
No Brasil, a pupunheira e uma planta muito util na alimentação, seja como fonte de frutos seja para palmito. O interesse pela pupuheira como produtora de palmito deve-se a características de precocidade de produção, rusticidade, perfilhamento, palatabilidade. Estimativas de parâmetros genéticos, como a repetibilidade em pupunheira, são importantes por constituir ferramentas fundamentais no direcionamento de um programa de melhoramento genético. O objetivo do trabalho foi estimar os coeficientes de repetibilidade dos caracteres altura da planta, diâmetro da planta a altura do colo e peso de palmito em tres avaliações, em pupunheira, por meio dos seguintes procedimentos estatísticos: análise de variância, componentes principais e análise estrutural. Foram também determinados os números de repetições necessarias para proporcionar niveis de certeza da predicão do valor real do individuo. Os coeficientes de repetibilidade dos caracteres diametro a altura do colo e peso de palmito liquido são de baixa magnitude (inferiores a 0,4), indicando irregularidade de comportamento de uma avaliação para outra. Para o carater altura da planta, três avaliações são necessarias para ter-se predições com confiabilidade de 80%. Para o mesmo percentual de confiabilidade, são necessarias seis avaliações para os caracteres diametro a altura do colo e peso de palmito líquido. |
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Palavras-Chave: |
Característica agronômica; Caracteristicas de crescimento. |
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Thesagro: |
Bactris Gasipaes; Melhoramento; Melhoramento Vegetal; Palmito; Pupunha; Seleção. |
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Categoria do assunto: |
F Plantas e Produtos de Origem Vegetal
K Ciência Florestal e Produtos de Origem Vegetal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/38250/1/RevistaBrasileiraFruticultura-5.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Amazônia Oriental (CPATU) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
06/03/2017 |
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Data da última atualização: |
29/03/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
ANDRADE, A. C.; SILVA JUNIOR, O. B. da; CARNEIRO, F.; MARRACCINI, P.; GRATTAPAGLIA, D. |
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Afiliação: |
ALAN CARVALHO ANDRADE, SAPC; ORZENIL BONFIM DA SILVA JUNIOR, Cenargen; UFLA; CIRAD; DARIO GRATTAPAGLIA, Cenargen. |
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Título: |
Towards GWAS and Genomic Prediction in Coffee: Development and Validation of a 26K SNP Chip for Coffea Canephora. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
In: PLANT & ANIMAL GENOME, 25., 2017, San Diego. Final program & exhibite guide... San Diego: USDA, 2017. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Genome-wide SNP genotyping platforms aiming at high-throughput and high-precision genotyping constitute an essential tool to advance breeding by genomic prediction and gene discovery by GWAS. Recent advances in coffee genomics with the sequencing of the Coffea canephora reference genome, has provided the coffee scientific community the necessary resource to develop a SNPs toolbox for genome-wide genotyping. C. canephora, an allogamous diploid species, and one of the parents of the allotetraploid C. arabica, has been an important source of genetic variability for breeding programs of both cultivated species. Highly heterozygous genomes such as C. canephora require a much higher sequence depth to reach acceptable marker call rates and genotype accuracy, when using sequence-based genotyping methods such that their cost effectiveness may not be realized. Here we describe the development and validation of a 26K Axiom SNP array (Affymetrix) whose genome- wide distributed SNP content was discovered from pooled whole-genome resequencing of C. canephora accessions covering most of its known genetic diversity. Besides facilitating low cost, high marker density, polymorphism and speed of data generation, the platform displays high genotype call accuracy and reproducibility. Genotyping validation resulted in 24,073 SNPs (94.6%) successfully converted out of the 25,456 SNPs on the array. 20,982 markers(87.1%) were scored as providing high-resolution genotypic data in a set of 800 individuals of a breeding population in which 19,586 (81.4%) were polymorphic and 1,396 (5.8%) were monomorphic. The remaining set of 3,091 (12.8%) successfully converted markers were of lower accuracy in the studied sample and may require additional cluster analysis to proper biological interpretation, i.e. targeting CNVs. This large validated SNP collection provides a powerful tool for molecular breeding and population genetics investigation within coffee species. Some preliminary results of a GWAS using this genotyping platform will be presented. MenosGenome-wide SNP genotyping platforms aiming at high-throughput and high-precision genotyping constitute an essential tool to advance breeding by genomic prediction and gene discovery by GWAS. Recent advances in coffee genomics with the sequencing of the Coffea canephora reference genome, has provided the coffee scientific community the necessary resource to develop a SNPs toolbox for genome-wide genotyping. C. canephora, an allogamous diploid species, and one of the parents of the allotetraploid C. arabica, has been an important source of genetic variability for breeding programs of both cultivated species. Highly heterozygous genomes such as C. canephora require a much higher sequence depth to reach acceptable marker call rates and genotype accuracy, when using sequence-based genotyping methods such that their cost effectiveness may not be realized. Here we describe the development and validation of a 26K Axiom SNP array (Affymetrix) whose genome- wide distributed SNP content was discovered from pooled whole-genome resequencing of C. canephora accessions covering most of its known genetic diversity. Besides facilitating low cost, high marker density, polymorphism and speed of data generation, the platform displays high genotype call accuracy and reproducibility. Genotyping validation resulted in 24,073 SNPs (94.6%) successfully converted out of the 25,456 SNPs on the array. 20,982 markers(87.1%) were scored as providing high-resolution genotypic data in a set of 800 individ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Coffee Berry Borer; Coffee canephora. |
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Thesagro: |
Coffea Canephora. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/157203/1/Coffe-genomics.pdf
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Marc: |
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260 $aIn: PLANT & ANIMAL GENOME, 25., 2017, San Diego. Final program & exhibite guide... San Diego: USDA$c2017
520 $aGenome-wide SNP genotyping platforms aiming at high-throughput and high-precision genotyping constitute an essential tool to advance breeding by genomic prediction and gene discovery by GWAS. Recent advances in coffee genomics with the sequencing of the Coffea canephora reference genome, has provided the coffee scientific community the necessary resource to develop a SNPs toolbox for genome-wide genotyping. C. canephora, an allogamous diploid species, and one of the parents of the allotetraploid C. arabica, has been an important source of genetic variability for breeding programs of both cultivated species. Highly heterozygous genomes such as C. canephora require a much higher sequence depth to reach acceptable marker call rates and genotype accuracy, when using sequence-based genotyping methods such that their cost effectiveness may not be realized. Here we describe the development and validation of a 26K Axiom SNP array (Affymetrix) whose genome- wide distributed SNP content was discovered from pooled whole-genome resequencing of C. canephora accessions covering most of its known genetic diversity. Besides facilitating low cost, high marker density, polymorphism and speed of data generation, the platform displays high genotype call accuracy and reproducibility. Genotyping validation resulted in 24,073 SNPs (94.6%) successfully converted out of the 25,456 SNPs on the array. 20,982 markers(87.1%) were scored as providing high-resolution genotypic data in a set of 800 individuals of a breeding population in which 19,586 (81.4%) were polymorphic and 1,396 (5.8%) were monomorphic. The remaining set of 3,091 (12.8%) successfully converted markers were of lower accuracy in the studied sample and may require additional cluster analysis to proper biological interpretation, i.e. targeting CNVs. This large validated SNP collection provides a powerful tool for molecular breeding and population genetics investigation within coffee species. Some preliminary results of a GWAS using this genotyping platform will be presented.
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Embrapa Café (CNPCa) |
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