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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Cerrados. |
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Data corrente: |
28/09/2004 |
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Data da última atualização: |
28/09/2004 |
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Autoria: |
FARIAS NETO, A. L. de; MIRANDA FILHO, J. B. de. |
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Título: |
Inbreeding in two maize subpopulations selected for tassel size. |
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Ano de publicação: |
2000 |
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Fonte/Imprenta: |
Scientia Agricola, Piracicaba, v. 57, n. 3, p. 487-490, jul./set. 2000. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
O presente trabalho foi baseado na avaliacao de progenies de irmaos germanos e S1 da populacao de milho (Zea mays L. ) ESALQ-PB1 depois de seis ciclos de seleçao divergente para tamanho do pendao. Os seguintes caracteres foram analisados: altura da planta, altura da espiga, numero de ramificaçoes do pendao comprimento do pendao e peso do pendao. Para todos os caracteres, as unidades experimentais foram medias de tres plantas por parcela. As progenies foram avaliadas em onze experimentos (blocos complemente casualizados) com tres repetiçoes em piracicaba - SP, Brasil. As medias das progenies endogamicas (m) e nao endogamicas (m0) foram usadas para estimar a depressao por endogamia (I=m1-m0) e a contribuiçao de homozigotos(u0+a*) e hetrozigotos (d*) para a media populacional. Considerando os cinco carateres sob estudo, a depressao por endogamia variou de 1,9 to 15,9% mas somente para altura da planta foi detectada significancia para aquele efeito. Os carcteres da planta exibiram maior depressao do que os caracteres do pendao; e o numero de ramificacoes do pendao parece ser mais sensivel a endogamia do que os outros caracteres do pendao. com excecao de altura da planta, foi evidente que a depressao por endogamia foi maior na subpopulacao selecionada para tamanho do pendao(T-). As estimativas de A= u0+a* e d* indicam um menor efeito dos devios de dominancia para todos os caracteres, quando comparados com a contribuiçao dos homozigotos. Foi detectada variabilidade significativa entre progenis na maioria dos casos. MenosO presente trabalho foi baseado na avaliacao de progenies de irmaos germanos e S1 da populacao de milho (Zea mays L. ) ESALQ-PB1 depois de seis ciclos de seleçao divergente para tamanho do pendao. Os seguintes caracteres foram analisados: altura da planta, altura da espiga, numero de ramificaçoes do pendao comprimento do pendao e peso do pendao. Para todos os caracteres, as unidades experimentais foram medias de tres plantas por parcela. As progenies foram avaliadas em onze experimentos (blocos complemente casualizados) com tres repetiçoes em piracicaba - SP, Brasil. As medias das progenies endogamicas (m) e nao endogamicas (m0) foram usadas para estimar a depressao por endogamia (I=m1-m0) e a contribuiçao de homozigotos(u0+a*) e hetrozigotos (d*) para a media populacional. Considerando os cinco carateres sob estudo, a depressao por endogamia variou de 1,9 to 15,9% mas somente para altura da planta foi detectada significancia para aquele efeito. Os carcteres da planta exibiram maior depressao do que os caracteres do pendao; e o numero de ramificacoes do pendao parece ser mais sensivel a endogamia do que os outros caracteres do pendao. com excecao de altura da planta, foi evidente que a depressao por endogamia foi maior na subpopulacao selecionada para tamanho do pendao(T-). As estimativas de A= u0+a* e d* indicam um menor efeito dos devios de dominancia para todos os caracteres, quando comparados com a contribuiçao dos homozigotos. Foi detectada variabilidade significativa ... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Cerrado; Endogamia; Milho; Pendão; Progênie; Zea Mays. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Registro original: |
Embrapa Cerrados (CPAC) |
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Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
26/12/2018 |
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Data da última atualização: |
24/01/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
B - 3 |
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Autoria: |
ALMEIDA, A. L.; SCHETTINO, V. J.; BARBOSA, T. J. R.; FREITAS, P. F.; GUIMARÃES, P. G. S.; ARBEX, W. A. |
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Afiliação: |
WAGNER ANTONIO ARBEX, CNPGL. |
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Título: |
Relative scalability of NoSQL databases for genotype data manipulation. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
Revista de Informática Teórica e Aplicada, v. 25, n. 2, p. 93-100, 2018. |
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DOI: |
10.22456/2175-2745.79334 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Abstract Genotype data manipulation is one of the greatest challenges in bioinformatics and genomics mainly because of high dimensionality and unbalancing characteristics. These peculiarities explains why Relational Database Management Systems (RDBMSs), the "de facto" standard storage solution, have not been presented as the best tools for this kind of data. However, Big Data has been pushing the development of modern database systems that might be able to overcome RDBMSs deficiencies. In this context, we extended our previous works on the evaluation of relative performance among NoSQLs engines from different families, adapting the schema design in order to achieve better performance based on its conclusions, thus being able to store more SNP markers for each individual. Using Yahoo! Cloud Serving Benchmark (YCSB) benchmark framework, we assessed each database system over hypothetical SNP sequences. Results indicate that although Tarantool has the best overall throughput, MongoDB is less impacted by the increase of SNP markers per individual. |
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Palavras-Chave: |
Data Science; Database; NoSQL; SNP. |
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Thesaurus NAL: |
Bioinformatics; Genotype. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/189325/1/Artigo-RevInfTeorApl-Arbex-Relative.pdf
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Marc: |
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520 $aAbstract Genotype data manipulation is one of the greatest challenges in bioinformatics and genomics mainly because of high dimensionality and unbalancing characteristics. These peculiarities explains why Relational Database Management Systems (RDBMSs), the "de facto" standard storage solution, have not been presented as the best tools for this kind of data. However, Big Data has been pushing the development of modern database systems that might be able to overcome RDBMSs deficiencies. In this context, we extended our previous works on the evaluation of relative performance among NoSQLs engines from different families, adapting the schema design in order to achieve better performance based on its conclusions, thus being able to store more SNP markers for each individual. Using Yahoo! Cloud Serving Benchmark (YCSB) benchmark framework, we assessed each database system over hypothetical SNP sequences. Results indicate that although Tarantool has the best overall throughput, MongoDB is less impacted by the increase of SNP markers per individual.
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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