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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Corte. |
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Data corrente: |
02/01/2014 |
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Data da última atualização: |
22/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; SILVA, F. R. da; GIACHETTO, P. F.; KUSER-FALCÃO, P. R.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; SIQUEIRA, F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R. |
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Afiliação: |
LEANDRO CARRIJO CINTRA, CNPTIA; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; FRANCISCO PEREIRA LOBO, CNPTIA; FELIPE RODRIGUES DA SILVA, CNPTIA; POLIANA FERNANDA GIACHETTO, CNPTIA; PAULA REGINA KUSER FALCAO, CNPTIA; LUIZ OTAVIO CAMPOS DA SILVA, CNPGC; ANDREA ALVES DO EGITO, CNPGC; FABIANE SIQUEIRA, CNPGC; NAIARA MILAGRES AUGUSTO DA SILVA, CENARGEN; SAMUEL REZENDE PAIVA, Cenargen; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; ALEXANDRE RODRIGUES CAETANO, CENARGEN. |
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Título: |
Sequencing and de novo genome assembly of a nelore (Bos indicus) bull. |
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Ano de publicação: |
2013 |
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Fonte/Imprenta: |
In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 21., 2013, San Diego. [Abstracts...]. [S.l.: s.n.], 2013. |
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Páginas: |
Não paginado. |
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Idioma: |
Inglês
Português |
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Notas: |
Pôster 0522. |
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Conteúdo: |
Bos indicus cattle breeds have been extensively used for dairy and beef production in tropical climates and present several natural adaptations to biotic and abiotic stresses found in these regions of the world. As breeder associations stride towards incorporating genomic tools into ongoing genetic evaluations and breeding programs to improve productivity and beef and milk quality traits, a (B. indicus) genome assembly represents an essential tool which will be vital to help identify and understand the underlying genetic variations that distinguish taurine and indicine cattle, which have diverged >250,000 years ago. DNA obtained from semen from a Nelore bull born in 1987, with an estimated cumulative inbreeding coefficient of 29.4%, and that can be traced to animals imported from India, was used to produce 100bp paired-end sequences from short (300 and 700bp) and long insert (3, 5 and 10 kbp) libraries, with an Illumina HiSeq platform. A total of 120Gbp were sequenced, corresponding to 45x raw coverage of the genome. The SOAP de novo assembler was used to build contigs and scaffolding. Several parameters sets were evaluated to obtain the best assembly based on the number of scaffolds, number of bases in scaffolds, N50, and total gap length. The best assembly obtained so far contains 2.7Gbp, 15,103 scaffolds with N50 of 649Kbp, and 756Mbp of gaps. Current results are being used to target additional sequencing of specific libraries to improve scaffold assembly. In addition, different sequencing technologies are also under evaluation for generating additional data to improve sequence assembly quality before comparisons with the reference (B. taurus) sequence are performed. MenosBos indicus cattle breeds have been extensively used for dairy and beef production in tropical climates and present several natural adaptations to biotic and abiotic stresses found in these regions of the world. As breeder associations stride towards incorporating genomic tools into ongoing genetic evaluations and breeding programs to improve productivity and beef and milk quality traits, a (B. indicus) genome assembly represents an essential tool which will be vital to help identify and understand the underlying genetic variations that distinguish taurine and indicine cattle, which have diverged >250,000 years ago. DNA obtained from semen from a Nelore bull born in 1987, with an estimated cumulative inbreeding coefficient of 29.4%, and that can be traced to animals imported from India, was used to produce 100bp paired-end sequences from short (300 and 700bp) and long insert (3, 5 and 10 kbp) libraries, with an Illumina HiSeq platform. A total of 120Gbp were sequenced, corresponding to 45x raw coverage of the genome. The SOAP de novo assembler was used to build contigs and scaffolding. Several parameters sets were evaluated to obtain the best assembly based on the number of scaffolds, number of bases in scaffolds, N50, and total gap length. The best assembly obtained so far contains 2.7Gbp, 15,103 scaffolds with N50 of 649Kbp, and 756Mbp of gaps. Current results are being used to target additional sequencing of specific libraries to improve scaffold assembly. In addition, di... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Sequenciamento de genoma. |
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Thesagro: |
Bos indicus. |
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Thesaurus Nal: |
bioinformatics; genome assembly; Nellore. |
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Categoria do assunto: |
--
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/94595/1/P0522.odt
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 256 | |
| 241. |  | CINTRA, L. C.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; SILVA, F. R. da; GIACHETTO, P. F.; FALCAO, P. R. K.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; SIQUEIRA, F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R. Sequencing and de novo genome assembley of a Nelore (Bos indicus) bull. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 21., 2013, San Diego. Abstracts... Jersey City: Scherago International, 2013. P0522.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 242. | | CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; SILVA, F. R. da; GIACHETTO, P. F.; KUSER-FALCÃO, P. R.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; SIQUEIRA, F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R. Sequencing and de novo genome assembly of a nelore (Bos indicus) bull. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 21., 2013, San Diego. [Abstracts...]. [S.l.: s.n.], 2013. Não paginado. Pôster 0522.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Corte. |
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| 243. | | FIORAVANTI, M. C. S.; JULIANO, R. S.; CASTANHEIRA, M.; PIOVEZAN, U.; RAMOS, A. F.; REZENDE, C. S. M.; OLIVEIRA, M. V. M. de; CUNHA, P. H. J. da; MORAES, A. S.; ALVES, F. V.; MOURA, M. I.; EGITO, A. A. do; HATAMOTO-ZERVOUDAKIS, L. K.; LANDI, V.; MARTINEZ, A. M.; BERMEJO, J. V. D. Rede Pró-Centro Oeste Curraleiro Pé-Duro e Pantaneiro: uma experiência de sucesso no conservação de recursos genéticos animais. In: SIMPOSIO IBEROAMERICANO SOBRE CONSERVACIÓN Y UTILIZACIÓN DE RECURSOS ZOOGENÉTICOS, 16., 2015, Villavicencio, Colombia. Iberoamérica compartirá experiencias y logros científicos: libro de resúmenes. Villavicencio, Colombia: Asocriollanos: Red Conbiand Colombia: Universidad Nacional de Colombia Sede Palmira, 2015. p. 57.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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| 244. | | CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; SILVA, F. R. da; GIACHETTO, P. F.; KUSER-FALCÃO, P. R. K.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; SIQUEIRA, F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R. De novo assembly of a Nelore (Bos indicus) bull genome based on short read sequences. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 22., 2014, San Diego, CA. [Abstracts]. San Diego: [s.n.], 2014. Não paginado. P554.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 245. | | CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; SILVA, F. R. da; GIACHETTO, P. F.; KUSER-FALCÃO, P. R. K.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; SIQUEIRA, F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R. De novo assembly of a Nelore (Bos indicus) bull genome based on short read sequences. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 22., 2014, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2014. Não paginado. P554.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 246. | | COSTA, J. A. A. da; EGITO, A. A. do; BARBOSA-FERREIRA, M.; REIS, F. A.; VARGAS JUNIOR, F. M.; SANTOS, S. A.; CATTO, J. B.; JULIANO, R. S.; FEIJO, G. L. D.; ÍTAVO, C. C. B. F.; OLIVEIRA, A. R. de; SENO, L. O. Ovelha pantaneira, um grupamento genético naturalizado do Estado de Mato Grosso do SUL, Brasil. In: CONGRESO LATINOAMERICANO DE ESPECIALISTAS EN PEQUEÑOS RUMIANTES Y CAMÉLIDOS SUDAMERICANOS, 8., 2013, Campo Grande, MS. Palestras... Campo Grande, MS: UCDB/ALEPRYC´s, 2013. 20 f. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos; Embrapa Gado de Corte; Embrapa Pantanal. |
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| 247. | | BARBOSA, M. de C. P.; FIORAVANTI, M. C. S.; PERIPOLLI, V.; EGITO, A. A. do; JULIANO, R. S.; RAMOS, A. F.; CARDOSO, D.; LAUDARES, K. M.; FEIJO, G. L. D.; PRADO, C. S.; VAZ JÚNIOR, R. G.; OLIVEIRA, N. A. de; REZENDE, P. L. de P.; RESTLE, J.; COSTA, G. L.; COSTA, M. F. O. e; MCMANUS, C. Performance, carcass, and meat traits of locally adapted Brazilian cattle breeds under feedlot conditions. Tropical Animal Health and Production, v. 55, n. 243, jun. 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados; Embrapa Gado de Corte; Embrapa Pantanal; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 248. | | CINTRA, L. C.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; GIACHETTO, P. F.; FALCAO, P. R. K.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; SIQUEIRA, F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R. Next generation sequencing and de novo assembly of a Nelore (Bos indicus) bull genome. In: ANNUAL MEETING OF THE EUROPEAN FEDERATION OF ANIMAL SCIENCE, 64., 2013, Nantes. Abstracts... Session 25, Poster 34| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 251. | | ALBUQUERQUE, M. S. M.; RAMOS, A. F.; PAIVA, S. R.; MARQUES, J. R. F.; FACO, O.; CARNEIRO, P. C. F.; EGITO, A. A. do; VILLELA, L. C. V.; CASTRO, S. T. R.; MOREIRA, J. R. A.; COSTA, H.; COSTA, M. R. T.; JULIANO, R. S.; SANTOS, S. A.; ARAUJO, A. M.; CARVALHO, G. M. C.; PEREIRA, F. M.; ALMEIDA, M. J. O.; LEAL, T. M.; SOUZA, C. J. H.; SERENO, J. R. B.; MATOS, P. S. R.; LEDUR, M. C.; MARIANTE, A. S. Red Brasileña de Recursos Genéticos Animales. In: SIMPOSIO INTERNACIONAL DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA Y EL CARIBE, 8., 2011, Quito. [Proceedings...] Quito: INIAP, 2011. SIRGEALC| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 252. | | ALBUQUERQUE, M. do S. M.; RAMOS, A. F.; PAIVA, S. R.; MARQUES, J. R. F.; FACO, O.; CARNEIRO, P. C. F.; EGITO, A. A. do; VILLELA, L. C. V.; CASTRO, S. T. R.; MOREIRA, J. R. de A.; AZEVEDO, H. C.; COSTA, M. R. T. da R.; JULIANO, R. S.; SANTOS, S. A.; ARAUJO, A. M. de; CARVALHO, G. M. C.; PEREIRA, F. de M.; ALMEIDA, M. J. de O.; LEAL, T. M.; SOUZA, C. J. H. de; SERENO, J. R. B.; MATOS, P. S. R.; MARIANTE, A. da S. Red Brasileña de recursos genéticos animales. In: SIMPOSIO INTERNACIONAL DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA Y EL CARIBE, 8., 2011, Quito. [Proceedings...] Quito: INIAP, 2011. 1-2 SIRGEALC| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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| 253. | | ALBUQUERQUE, M. do S. M.; RAMOS, A. F.; PAIVA, S. R.; MARQUES, J. R. F.; FACO, O.; CARNEIRO, P. C. F.; EGITO, A. A. do; VILLELA, L. C. V.; CASTRO, S. T. R.; MOREIRA, J. R. de A.; AZEVEDO, H. C.; COSTA, M. R. T. da R.; JULIANO, R. S.; SANTOS, S. A.; ARAUJO, A. M. de; CARVALHO, G. M. C.; PEREIRA, F. de M.; ALMEIDA, M. J. de O.; LEAL, T. M.; SOUZA, C. J. H. de; SERENO, J. R. B.; MATOS, P. S. R.; MARIANTE, A. da S. Red Brasileña de recursos genéticos animales. In: SIMPOSIO INTERNACIONAL DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA Y EL CARIBE, 8., 2011, Quito. [Proceedings...] Quito: INIAP, 2011. 1-2 SIRGEALC| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte; Embrapa Meio-Norte. |
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| 254. | | ALBUQUERQUE, M. do S. M.; RAMOS, A. F.; PAIVA, S. R.; MARQUES, J. R. F.; FACO, O.; CARNEIRO, P. C. F.; EGITO, A. A. do; VILLELA, L. C. V.; CASTRO, S. T. R.; MOREIRA, J. R. de A.; COSTA, H.; COSTA, M. R. T. da R.; JULIANO, R. S.; SANTOS, S. A.; ARAUJO, A. M. de; CARVALHO, G. M. C.; PEREIRA, F. de M.; ALMEIDA, M. J. de O.; LEAL, T. M.; SOUZA, C. J. H. de; SERENO, J. R. B.; MATOS, P. S. R.; LEDUR, M. C.; MARIANTE, A. da S. Red Brasileña de recursos genéticos animales. In: SIMPOSIO INTERNACIONAL DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA Y EL CARIBE, 8., 2011, Quito. [Proceedings...] Quito: INIAP, 2011. SIRGEALC| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 255. | | ALBUQUERQUE, M. do S. M.; RAMOS, A. F.; PAIVA, S. R.; MARQUES, J. R. F.; FACO, O.; CARNEIRO, P. C. F.; EGITO, A. A. do; VILLELA, L. C. V.; CASTRO, S. T. R.; MOREIRA, J. R. A.; COSTA, H.; COSTA, M. R. T. da R.; JULIANO, R. S.; SANTOS, S. A.; ARAUJO, A. M. de; CARVALHO, G. M. C.; PEREIRA, F. de M.; ALMEIDA, M. J. de O.; LEAL, T. M.; SOUZA, C. J. H. de; SERENO, J. R. B.; MATTOS, P. S. R. de; LEDUR, M. C.; MARIANTE, A. da S. Red Brasileña de Recursos Genéticos Animales. In: SIMPOSIO INTERNACIONAL DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA Y EL CARIBE, 8., 2011, Quito. [Proceedings...] Quito: INIAP, 2011. SIRGEALC.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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