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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
10/02/2023 |
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Data da última atualização: |
14/06/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
PERIPOLLI, E.; STAFUZZA, N. B.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; EGITO, A. A. do; BALDI, F.; SILVA, M. V. G. B. |
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Afiliação: |
ELISA PERIPOLLI, Universidade Estadual Paulista; NEDENIA BONVINO STAFUZZA, Centro de Pesquisa em Bovinos de Corte; MARCO ANTONIO MACHADO, CNPGL; JOAO CLAUDIO DO CARMO PANETTO, CNPGL; ANDREA ALVES DO EGITO, CNPGC; FERNANDO BALDI, Universidade Estadual Paulista; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL. |
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Título: |
Assessment of copy number variants in three Brazilian locally adapted cattle breeds using whole-genome re-sequencing data. |
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Ano de publicação: |
2023 |
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Fonte/Imprenta: |
Animal Genetics, v. 54, n. 3, p. 254-270, 2023. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1111/age.13298 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Further characterization of genetic structural variations should strongly focus on small and endangered local breeds given their role in unraveling genes and structural variants underlying selective pressures and phenotype variation. A comprehensive genome-wide assessment of copy number variations (CNVs) based on whole-genome re-sequencing data was performed on three Brazilian locally adapted cattle breeds (Caracu Caldeano, Crioulo Lageano, and Pantaneiro) using the ARS-UCD1.2 genome assembly. Data from 36 individuals with an average coverage depth of 14.07× per individual was used. A total of 24?945 CNVs were identified distributed among the breeds (Caracu Caldeano = 7285, Crioulo Lageano = 7297, and Pantaneiro = 10 363). Deletion events were 1.75?2.07-fold higher than duplications, and the total length of CNVs is composed mostly of a high number of segments between 10 and 30?kb. CNV regions (CNVRs) are not uniformly scattered throughout the genomes (n = 463), and 105 CNVRs were found overlapping among the studied breeds. Functional annotation of the CNVRs revealed variants with high consequence on protein sequence harboring relevant genes, in which we highlighted the BOLA-DQB, BOLA-DQA5, CD1A, ?-defensins, PRG3, and ULBP21 genes. Enrichment analysis based on the gene list retrieved from the CNVRs disclosed over-represented terms (p?MenosFurther characterization of genetic structural variations should strongly focus on small and endangered local breeds given their role in unraveling genes and structural variants underlying selective pressures and phenotype variation. A comprehensive genome-wide assessment of copy number variations (CNVs) based on whole-genome re-sequencing data was performed on three Brazilian locally adapted cattle breeds (Caracu Caldeano, Crioulo Lageano, and Pantaneiro) using the ARS-UCD1.2 genome assembly. Data from 36 individuals with an average coverage depth of 14.07× per individual was used. A total of 24?945 CNVs were identified distributed among the breeds (Caracu Caldeano = 7285, Crioulo Lageano = 7297, and Pantaneiro = 10 363). Deletion events were 1.75?2.07-fold higher than duplications, and the total length of CNVs is composed mostly of a high number of segments between 10 and 30?kb. CNV regions (CNVRs) are not uniformly scattered throughout the genomes (n = 463), and 105 CNVRs were found overlapping among the studied breeds. Functional annotation of the CNVRs revealed variants with high consequence on protein sequence harboring relevant genes, in which we highlighted the BOLA-DQB, BOLA-DQA5, CD1A, ?-defensins, PRG3, and ULBP21 genes. Enrichment analysis based on the gene list retrieved from the CNVRs disclosed over-represented terms (p?Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Variação fenotípica. |
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Thesagro: |
Bovino; Gado Crioulo; Genoma; Raça. |
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Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1151656/1/Assessment-of-copy-number-variants-in-three-Brazilian.pdf
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Marc: |
LEADER 02604naa a2200265 a 4500
001 2151656
005 2023-06-14
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520 $aFurther characterization of genetic structural variations should strongly focus on small and endangered local breeds given their role in unraveling genes and structural variants underlying selective pressures and phenotype variation. A comprehensive genome-wide assessment of copy number variations (CNVs) based on whole-genome re-sequencing data was performed on three Brazilian locally adapted cattle breeds (Caracu Caldeano, Crioulo Lageano, and Pantaneiro) using the ARS-UCD1.2 genome assembly. Data from 36 individuals with an average coverage depth of 14.07× per individual was used. A total of 24?945 CNVs were identified distributed among the breeds (Caracu Caldeano = 7285, Crioulo Lageano = 7297, and Pantaneiro = 10 363). Deletion events were 1.75?2.07-fold higher than duplications, and the total length of CNVs is composed mostly of a high number of segments between 10 and 30?kb. CNV regions (CNVRs) are not uniformly scattered throughout the genomes (n = 463), and 105 CNVRs were found overlapping among the studied breeds. Functional annotation of the CNVRs revealed variants with high consequence on protein sequence harboring relevant genes, in which we highlighted the BOLA-DQB, BOLA-DQA5, CD1A, ?-defensins, PRG3, and ULBP21 genes. Enrichment analysis based on the gene list retrieved from the CNVRs disclosed over-represented terms (p?<?0.01) strongly associated with immunity and cattle resilience to harsh environments. Additionally, QTL associated with body conformation and dairy-related traits were also unveiled within the CNVRs. These results provide better understanding of the selective forces shaping the genome of such cattle breeds and identify traces of natural selection pressures by which these populations have been exposed to challenging environmental conditions.
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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| Registros recuperados : 256 | |
| 61. |  | CRISPIM, B. A.; GRISOLIA, A. B.; SENO, L. O.; EGITO, A. A. do; VARGAS JUNIOR, F. M.; SOUZA, M. R. Genetic diversity of locally adapted sheep from Pantanal region of Mato Grosso do Sul Genetics and Molecular Research, v. 12, n. 4, p. 5458-5466, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 62. | | GRISOLIA, A. B.; SENO, L. O.; EGITO, A. A. do; VARGAS JUNIOR, FM; SOUZA, M. R.; CRISPIM, B. A. Genetic diversity and viability of microsatellite markers for paternity exclusion in locally adapted sheep from Pantanal Region of Mato Grosso do Sul. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 59., 2013, Águas de Lindóia. Resumos... Ribeirão Preto: SBG, 2013. p. 61| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 63. | | FIORAVANTI, M. C. S.; JULIANO, R. S.; PIOVEZAN, U.; RAMOS, A. F.; ALVES, F. V.; EGITO, A. A. do. Rede Pró-Centro Oeste curraleiro pé-duro e pantaneiro: uma experiência de sucesso na conservação de recursos genéticos animais. In: SIMPOSIO IBEROAMERICANO SOBRE CONSERVACIÓN Y UTILIZACIÓN DE RECURSOS ZOOGENÉTICOS, 16., 2015, Villavicencio, Colombia. Iberoamérica compartirá experiencias y logros científicos: libro de resúmenes... Villavicencio, Colombia: Asocriollanos: Red Conbiand Co-lombia: Universidad Nacional de Colombia Sede Palmira, 2015. p. 57| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 64. | | BARBOSA, B. R. P.; SANTOS, S. A.; MCMANUS, C.; EGITO, A. A. do; JULIANO, R. S.; PAIVA, S. R. Índice de tolerância ao calor em cavalos pantaneiros na região do Pantanal, Brasil. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 2., 2012, Belém, PA. Anais... [S.l.]: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2012. 4 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 65. | | BARBOSA, B. R. P.; SANTOS, S. A.; MCMANUS, C.; EGITO, A. A. do; JULIANO, R. S.; PAIVA, S. R. Índice de tolerância ao calor em cavalos pantaneiros na região do Pantanal, Brasil. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 2., 2012, Belém, PA. Anais... [S.l.]: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2012. 4 p. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 66. | | BARBOSA, B. R. P.; SANTOS, S. A.; MCMANUS, C.; EGITO, A. A. do; JULIANO, R. S.; PAIVA, S. R. Índice de tolerância ao calor em cavalos pantaneiros na região do Pantanal, Brasil. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 2., 2012, Belém, PA. Anais... [S.l.]: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2012. 1 CD-ROM. 4 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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| 68. | | BARRETO, C. F.; WALKER, C. C.; JULIANO, R. S.; RAMOS, A. F.; BARBOSA, E. A.; EGITO, A. A. do. Polimorfismo de base única (snp) no gene da tireoglobulina relacionado ao marmoreio cárneo em bovinos da raça pantaneira. In: SIMPOSIO IBEROAMERICANO SOBRE CONSERVACIÓN Y UTILIZACIÓN DE RECURSOS ZOOGENÉTICOS, 13., 2012, San Lorenzo, PY. Memorias. Asuncion : CEMIT, 2012. p. 118| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 69. | | OLIVEIRA, F. da S.; BARROS, A. T. M. de; CANCADO, P. H. D.; EGITO, A. A. do. Sequenciamento e prospecção de SNPs na região do gene dos canais de sódio associada à resistência a piretroides em Stomoxys calcitrans. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA GADO DE CORTE, 14., 2018, Campo Grande - MS. [Resumos dos trabalhos]. Brasília, DF, Embrapa, 2018 115 p. (Embrapa Gado de Corte. Documentos, 258). p. 48-49| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 70. | | FERNANDES, A. F.; OLIVEIRA, F. S.; WALKER, C.; AGIOVA, J. A.; FEIJO, G. L. D.; EGITO, A. A. do. Transferabilidade de SNPs em genes candidatos relacionados à termotolerância em bovinos para a espécie ovina-resultados preliminares In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA GADO DE CORTE, 15., 2019, Campo Grande, MS. [Resumos dos trabalhos...]. Brasília, DF: Embrapa, 2019 80 p. (Embrapa Gado de Corte. Documentos, 264). Comitê Organizador: Marlene de Barros Coelho; Lenita Ramires dos Santos; Rodrigo Carvalho Alva; Lucimara Chiari; Thais Basso Amaral. p. 10-11| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 71. | | CASTRO, D.; PIRES, H.; LIMA, F.; COSTA, G.; EGITO, A. A. do; PIMENTEL, C.; COSTA, M.; FIORAVANTI, M. C. Ultrasound evaluation of Gluteus medius and Biceps femoris muscles of Curraleiro, Pantaneiro and Nellore bovine in feedlot. In: WORLD BUIATRICS CONGRESS, 26., 2010, Santiago. Proceedings... Santiago: Buatrics, 2010. 1 p.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 72. | | NASCIMENTO, M. E. M.; MAZETO, C. M.; FERREIRA, A. B. R.; SOUSA, I. I.; MARTINI, E. A.; EGITO, A. A. do; FEIJO, G. L. D.; SIQUEIRA, F. Banco de DNA para prospecção e validação de marcadores moleculares associados a características de interesse econômico em bovinos de corte. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA GADO DE CORTE, 14., 2018, Campo Grande - MS. [Resumos dos trabalhos]. Brasília, DF, Embrapa, 2018 115 p. (Embrapa Gado de Corte. Documentos, 258). p. 74-75| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos; Embrapa Gado de Corte. |
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| 73. | | ALBUQUERQUE, M. do S. M.; EGITO, A. A. do; ALMEIDA, L. D.; FERNANDES, A. F. de A.; MARQUES, J. R. F.; MARIANTE, A. da S. Análise filogenética em búfalos de rio (Bubalus Bubalis Bubalis ) e de pântanos (Bubalus Bubalis kerebau) no Brasil. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS; WORKSHOP EM BIOPROSPECÇÃO E CONSERVAÇÃO DE PLANTAS NATIVAS DO SEMI-ÁRIDO, 3.; WORKSHOP INTERNACIONAL SOBRE BIOENERGIA E MEIO AMBIENTE, 2010, Salvador. Bancos de germoplasma: descobrir a riqueza, garantir o futuro: anais. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2010. 1 CD-ROM (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Documentos, 304). CD-ROM| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 74. | | ALBUQUERQUE, M. do S. M.; EGITO, A. A. do; ALMEIDA, L. D.; FERNANDES, A. F. de A.; MARQUES, J. R. F.; MARIANTE, A. da S. Análise filogenética em búfalos de rio (BUBALUS BUBALIS BUBALIS ) e de pântanos (BUBALUS BUBALIS KEREBAU) no Brasil. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS; WORKSHOP EM BIOPROSPECÇÃO E CONSERVAÇÃO DE PLANTAS NATIVAS DO SEMI-ÁRIDO, 3.; WORKSHOP INTERNACIONAL SOBRE BIOENERGIA E MEIO AMBIENTE, 2010, Salvador. Bancos de germoplasma: descobrir a riqueza, garantir o futuro: anais. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2010. 550 p. (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Documentos, 304). Editora técnica Clara Oliveira Goedert. p. 10| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 75. | | PÉREZ, E. L.; WALTER, B. M. T.; SARDINHA, L.; EGITO, A. A. do; SILVA, J. B. T. da; AZEVEDO, V. C. R.; ALBUQUERQUE, M. do S. M. Árvore do conhecimento de recursos genéticos. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 2., 2008, Brasília, DF. Anais... Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia: Fundação de Apoio à Pesquisa Científica e Tecnológica - FUNCREDI, 2008. p.285.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 76. | | ALMEIDA, L. D.; MARIANTE, A. da S.; CAETANO, A. R.; ALBUQUERQUE, M. do S. M.; OLIVEIRA, J. V.; EGITO, A. A. do. Análise genética do núcleo de conservação da raça jumento brasileiro. In: SIMPOSIO IBEROAMERICANO SOBRE CONSERVACIÓN Y UTILIZACIÓN DE RECURSOS ZOOGENÉTICOS, 11., 2010, João Pessoa. Memorias... João Pessoa: Ed. da UFPB: Instituto Nacional do Semiárido, 2010. p. 110-112.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 77. | | PERIPOLLI, E.; STAFUZZA, N. B.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; EGITO, A. A. do; BALDI, F.; SILVA, M. V. G. B. Assessment of copy number variants in three Brazilian locally adapted cattle breeds using whole-genome re-sequencing data. Animal Genetics, v. 54, n. 3, p. 254-270, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 78. | | EGITO, A. A. do; McMANUS, C.; ALBUQUERQUE, M. do S. M.; SERENO, F. T. P. de S.; SANTOS, S. A.; PAIVA, S. R.; MARIANTE, A. da S. Caracterização genética. In: SANTOS, S. A.; SALIS, S. M. de; COMASTRI FILHO, J. A. (Ed.). Cavalo pantaneiro: rústico por natureza. Brasília, DF: Embrapa, 2016. 603 p. p. 231-257| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte; Embrapa Pantanal; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 79. | | COSTA, M. R.; MARQUES, J. R. F.; SILVA, C. S.; SILVA, F. K. S. da; EGITO, A. A. do; ALBUQUERQUE, M. do S. M. Caracterização genética do muçuã (Kinosternon scorpioides) por marcadores moleculares. In: SIMPÓSIO DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA Y EL CARIBE, 7., 2009, Pucón. Proceeding... Pucón: INIA, 2009. p. 169-170. VII SIRGEALC.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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| 80. | | ALBUQUERQUE, M. do S. M.; EGITO, A. A. do; PAIVA, S. R.; MARIANTE, A. da S.; CASTRO, S. T. R.; BIAZIO, G. R. de; RAMOS, A. F. Bancos de ADN como herramienta para programas de gestión y conservación ex situ e in situ de recursos zoogenéticos. In: SIMPOSIO INTERNACIONAL DE RECURSOS GENETICOS PARA AMERICA LATINA Y EL CARIBE, 9., 2013, El Salvador. Memoria resúmenes. El Salvador, Centa, 2013.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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