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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sul. |
Data corrente: |
23/01/2019 |
Data da última atualização: |
23/01/2019 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
NICIURA, S. C. M.; CRUVINEL, G. G.; MORAES, C. V.; DONATONI, F. A. B.; MALAGO JUNIOR, W.; BENAVIDES, M. V.; CHAGAS, A. C. de S. |
Afiliação: |
SIMONE CRISTINA MEO NICIURA, CPPSE; Giovanna Gabrielle Cruvinel, UNICEP; Caroline Valério Moraes, UFSCar; FLAVIA ALINE BRESSANI DONATONI, CPPSE; WILSON MALAGO JUNIOR, CPPSE; MAGDA VIEIRA BENAVIDES, CPPSUL; ANA CAROLINA DE SOUZA CHAGAS, CPPSE. |
Título: |
PCR-based genotyping of SNP markers in sheep. |
Ano de publicação: |
2018 |
Fonte/Imprenta: |
Molecular Biology Reports, v. 45, n. 4, p. 651-654, Aug. 2018. |
DOI: |
https://doi.org/10.1007/s11033-018-4206-8 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
Single nucleotide polymorphisms (SNPs) are the main type of variation in genome, enabling them to be associated with traits of economic importance in livestock. Genome-wide association studies (GWAS) have led to the discovery of SNPs associated with desirable traits in sheep. However, in these studies, SNPs are genotyped by high-throughput methods in genome scale, which are expensive and require sophisticated equipment and analysis methods. Therefore, the goal of this study was to develop a reliable, rapid, and inexpensive polymerase chain reaction (PCR)-based method to genotype a medium number of animals for a few candidate SNPs previously associated with desirable phenotypes in sheep by GWAS, using markers associated with gastrointestinal nematode resistance as a model. DNA extracted from white-blood cells of 150 sheep was submitted to PCR amplification followed by agarose gel electrophoresis and determination of banding pattern. Tetra-primer ARMS-PCR was successfully optimized after changes in annealing temperature; annealing and extension times; concentration of MgCl2 and DNA; ratios of inner, outer, forward and reverse primer; and addition of adjuvants, for genotyping the OAR2_14765360, OAR6_81718546, OAR11_62887032, and OAR12_69606944 SNPs in sheep. An extensive optimization of tetra-primer ARMS-PCR resulted in a suitable, simple, cost-effective PCR-based method of genotyping four SNP markers previously detected by chip arrays. |
Palavras-Chave: |
PCR RFLP; Resistência nematódeo gastrintestinal; Tetra primer ARMS PCR. |
Thesagro: |
Marcador Molecular; Ovino. |
Thesaurus Nal: |
Genome. |
Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
Marc: |
LEADER 02277naa a2200277 a 4500 001 2104694 005 2019-01-23 008 2018 bl --- 0-- u #d 024 7 $ahttps://doi.org/10.1007/s11033-018-4206-8$2DOI 100 1 $aNICIURA, S. C. M. 245 $aPCR-based genotyping of SNP markers in sheep.$h[electronic resource] 260 $c2018 520 $aSingle nucleotide polymorphisms (SNPs) are the main type of variation in genome, enabling them to be associated with traits of economic importance in livestock. Genome-wide association studies (GWAS) have led to the discovery of SNPs associated with desirable traits in sheep. However, in these studies, SNPs are genotyped by high-throughput methods in genome scale, which are expensive and require sophisticated equipment and analysis methods. Therefore, the goal of this study was to develop a reliable, rapid, and inexpensive polymerase chain reaction (PCR)-based method to genotype a medium number of animals for a few candidate SNPs previously associated with desirable phenotypes in sheep by GWAS, using markers associated with gastrointestinal nematode resistance as a model. DNA extracted from white-blood cells of 150 sheep was submitted to PCR amplification followed by agarose gel electrophoresis and determination of banding pattern. Tetra-primer ARMS-PCR was successfully optimized after changes in annealing temperature; annealing and extension times; concentration of MgCl2 and DNA; ratios of inner, outer, forward and reverse primer; and addition of adjuvants, for genotyping the OAR2_14765360, OAR6_81718546, OAR11_62887032, and OAR12_69606944 SNPs in sheep. An extensive optimization of tetra-primer ARMS-PCR resulted in a suitable, simple, cost-effective PCR-based method of genotyping four SNP markers previously detected by chip arrays. 650 $aGenome 650 $aMarcador Molecular 650 $aOvino 653 $aPCR RFLP 653 $aResistência nematódeo gastrintestinal 653 $aTetra primer ARMS PCR 700 1 $aCRUVINEL, G. G. 700 1 $aMORAES, C. V. 700 1 $aDONATONI, F. A. B. 700 1 $aMALAGO JUNIOR, W. 700 1 $aBENAVIDES, M. V. 700 1 $aCHAGAS, A. C. de S. 773 $tMolecular Biology Reports$gv. 45, n. 4, p. 651-654, Aug. 2018.
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Embrapa Pecuária Sul (CPPSUL) |
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2. | | SILVERIO, M. S.; DONATONI, F. A. B.; RUSCITO, M. M.; JUNGMANN, L.; VIGNA, B. B. Z. Microsatellite transferability from Brachiaria ruziziensis to B. humidicola and genetic similarity among evaluated genotypes. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM OF FORAGE BREEDING, 5., 2015, Buenos Aires, Argentina. Proceedings... Buenos Aires, Argentina: Facultad de Agronomía, 2015.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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3. | | ARAUJO, M. C.; DONATONI, F. A. B.; PEZZOPANE, C. de G.; PROENÇA, T. M.; SANTOS, P. M. Atividade enzimática da guaiacol peroxidase de Urochloa brizantha cv. BRS Paiaguás em condições de estresse hídrico. In: JORNADA CIENTÍFICA DA EMBRAPA SÃO CARLOS, 9., 2017, São Carlos, SP. Anais... São Carlos, SP: Embrapa Pecuária Sudeste; Embrapa Instrumentação, 2017. p. 54. (Embrapa Pecuária Sudeste. Documentos, 126). Editores técnicos: Alexandre Berndt, Ana Rita Araujo Nogueira, Bianca Baccili Zanotto Vigna, Juliana Gonçalves Costa, Lea Chapaval, Manuel Antonio Chagas Jacinto, Patricia Menezes Santos.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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4. | | PEREIRA, G. L.; CURI, R. A.; REGITANO, L. C. de A.; DONATONI, F. A. B.; SILVA, J. A. II V.; MOTA, M. D. S. da. Polimorfismo 38973231G>A do gene PDK4 em equinos Quarto de Milha. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 10., 2013, Uberaba. Anais... Belo Horizonte: SBMA, 2013. 3 p.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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5. | | DONATONI, F. A. B.; TIZIOTO, P. C.; VIEIRA, L. da S.; ZAROS, L. G.; MEIRELLES, S. L.; REGITANO, L. C. de A. Prospecção de SNPs no gene TNFa e sua possível associação à verminose gastrintestinal em caprinos. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 9., 2012, João Pessoa. Anais... João Pessoa: SBMA, 2012. 3 f. 1 CD-ROM.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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6. | | NICIURA, S. C. M.; CRUVINEL, G. G.; MORAES, C. V.; DONATONI, F. A. B.; MALAGO JUNIOR, W.; BENAVIDES, M. V.; CHAGAS, A. C. de S. PCR-based genotyping of SNP markers in sheep. Molecular Biology Reports, v.45, n.4, p.651-654, aug. 2018.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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7. | | NICIURA, S. C. M.; CRUVINEL, G. G.; MORAES, C. V.; DONATONI, F. A. B.; MALAGO JUNIOR, W.; BENAVIDES, M. V.; CHAGAS, A. C. de S. PCR-based genotyping of SNP markers in sheep. Molecular Biology Reports, v. 45, n. 4, p. 651-654, Aug. 2018.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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8. | | TIZIOTO P. C.; MUDADO, M. de A.; DONATONI, F. A. B.; MALAGO JUNIOR, W.; SIQUEIRA, F.; ROSA, A. do N.; REGITANO, L. C. de A. Haplotype tree of MYOD1 gene in Bos indicus beef cattle. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF BRAZIL ASSOCIATION AND COMPUTER BIOLOGY 7.; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE IBEROAMERICAN SOCIETY FOR BIOINFORMATICS, 3., 2011, Florianópolis. X-Meeting - proceeding. Florianóplis : ABC3C: SolBio, 2011. ID 127.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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9. | | PEREIRA, G. L.; CURI, R. A.; REGITANO, L. C. de A.; DONATONI, F. A. B.; SILVA, J. A. II V.; MOTA, M. D. S. SNP 22684390C>T do gene COX4I2 (citrocome c oxidase, subunit 4, isoform 2) nas linhagens de corrida e trabalho da raça Quarto de Milha. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 10., 2013, Uberaba. Anais... Belo Horizonte: SBMA, 2013. 3 p.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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10. | | BELLO, H. J. S.; SANTOS, J. DE C.; KAPRITCHKOFF, R. T. I.; FIORENTINO, M. I. M.; MELITO, G. R.; DONATONI, F. A. B.; NICIURA, S. C. M.; ESTEVES, S. N.; MATOS, R. S.; CHAGAS, A. C. de S. Avaliação do OPG e frequência de tratamentos com anti-helmínticos em cordeiros submetidos à substituição parasitária de Haemonchus contortus. In: CONGRESSO PAULISTA DE PARASITOLOGIA, 10., Jaboticabal, 2023. Jaboticabal: Sociedade Paulista de Parasitologia, 2023.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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11. | | BARICHELLO, F.; DONATONI, F. A. B.; TIZIOTO, P. C.; MEIRELLES, S. L.; MALAGO JUNIOR, W.; GIGLIOTI, R.; IBELLI, A. M. G.; GROMBONI, J. G. G.; CARRILHO, E.; ZAROS, L. G.; VIEIRA, L. S.; REGITANO, L. C. de A. Association of SNPs in the IL2 gene with resistance against gastrointestinal infection in a F2 goat population. In: SÃO PAULO ADVANCED SCHOOL OF SCIENCE, 2011, São Carlos, SP. Advance in the knowledge of parasite resistance of ruminant hosts and parasites. Proceedings... São Carlos, SP: Embrapa Pecuária Sudeste, 2011. p. 42.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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12. | | KAPRITCHKOFF, R. T. I.; OKINO, C. H.; NICIURA, S. C. M.; BELLO, H. J. S.; MATOS, R. S.; MELITO, G. R.; DONATONI, F. A. B.; ESTEVES, S. N.; CHAGAS, A. C. de S. Association of β-globin polymorphisms and tolerance to haemonchosis in ewes and lambs of different sheep breeds. Veterinary Parasitology, v. 328, June 2024, 110163. 8 p.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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15. | | NÉO, T. A.; GIGLIOTI, R.; OBREGÓN, D.; BILHASSI, T. B.; OLIVEIRA, H. N.; MACHADO, R. Z.; ANÍBAL, F. de F.; BRITO, L. G.; MALAGO JUNIOR, W.; DONATONI, F. A. B.; OLIVEIRA, M. C. de S. Detection ofBabesia bovisandBabesiabigeminain Water Buffaloes (Bubalusbubalis) in Endemic Areasof São Paulo State,Brazil. Open Journal of Veterinary Medicine, v. 6, p. 75 - 78, 2016.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
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16. | | BELLO, H. J. S.; KAPRITCHKOFF, R. T. I.; MELITO, G. R.; FIORENTINO, M. I. M.; SANTOS, J. de C.; DONATONI, F. A. B.; MATOS, R. S.; ESTEVES, S. N.; CHAGAS, A. C. de S. Eficácia do tratamento anti-helmíntico em ovinos após substituição parasitária com isolado suscetível Haemonchus contortus. In: JORNADA CIENTÍFICA DA EMBRAPA SÃO CARLOS, 15., 2023, São Carlos, SP. Anais [...]. São Carlos, SP: Embrapa Pecuária Sudeste; Embrapa Instrumentação, 2023. p. 27. (Embrapa Pecuária Sudeste. Eventos Técnicos & Científicos, 1)Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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17. | | DONATONI, F. A. B.; TIZIOTO, P. C.; MEIRELLES, S. L.; MALAGÓ JUNIOR, W.; GIGLIOTI, R.; IBELLI, A. M. G.; GROMBONI, J. G. G.; CARRILHO, E.; ZAROS, L. G.; VIEIRA, L. da S.; REGITANO, L. C. de A. Identification of a SNP in the gene IL2 and its association with resistance against gastrointestinal infection by nematodes in goat. Journal of Animal Science, v. 89, e-suppl.; Journal of Dairy Science, v. 94, e-suppl. 1, p. 280, 2011. Abstract T45. Abstracts of ADSA-ASAS Joint Annual Meeting, Jul., 2011, New Orleans.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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18. | | DONATONI, F. A. B.; TIZIOTO, P. C.; MEIRELLES, S. L.; MALAGÓ JUNIOR, W.; GIGLIOTI, R.; IBELLI, A. M. G.; GROMBONI, J. G. G.; CARRILHO, E.; ZAROS, L. G.; VIEIRA, L. da S.; REGITANO, L. C. de A. Identification of a SNP in the gene IL2 and its association with resistance against gastrointestinal infection by nematodes in goat. Journal of Animal Science, v. 89, e-suppl.; Journal of Dairy Science, v. 94, e-suppl. 1, p. 280, 2011. Abstract T45. Abstracts of ADSA-ASAS Joint Annual Meeting, Jul., 2011, New Orleans.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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19. | | KAPRITCHKOFF, R. T. I.; OKINO, C. H.; MATOS, R. S.; BELLO, H. J. S.; MELITO, G. R.; DONATONI, F. A. B.; NICIURA, S. C. M.; CHAGAS, A. C. de S. Efeito do polimorfismo da β-globina na anemia por Hemoncose em ovinos de diferentes raças. In: CONGRESSO PAULISTA DE PARASITOLOGIA, 10., Jaboticabal, 2023. Jaboticabal: Sociedade Paulista de Parasitologia, 2023.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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20. | | KAPRITCHKOFF, R. T. I.; OKINO, C. H.; BELLO, H. J. S.; MELITO, G. R.; FIORENTINO, M. I. M.; SANTOS, J. DE C.; DONATONI, F. A. B.; BARIONI JUNIOR, W.; ESTEVES, S. N.; CHAGAS, A. C. de S. Ovine B-globin polymorphisms and resistance to haemonchosis in different breeds. In: BRAZILIAN CONGRESS OF GENETICS, 68., 2023, Ouro Preto. Abstracts. Ribeirão Preto: SBG, 2023. p. 364.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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