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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
23/01/2023 |
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Data da última atualização: |
23/01/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
BRUSCADIN, J. J.; CARDOSO, T. F.; DINIZ, W. J. da S.; SOUZA, M. M. de; AFONSO, J.; VIEIRA, D.; MALHEIROS, J. M.; ANDRADE, B. G. N.; PETRINI, J.; FERRAZ, J. B. S.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. |
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Afiliação: |
JENNIFER JESSICA BRUSCADIN, UNIVERSIDADE FEDERAL DE SÃO CARLOS; TAINÃ FIGUEIREDO CARDOSO; WELLISON JARLES DA SILVA DINIZ, AUBURN UNIVERSITY; MARCELA MARIA DE SOUZA, IOWA STATE UNIVERSITY; JULIANA AFONSO; DIELSON VIEIRA, YALE UNIVERSITY SCHOOL OF MEDICINE; JESSICA MORAES MALHEIROS, UNIVERSIDADE FEDERAL DA INTEGRAÇÃO LATINO-AMERICANA; BRUNO GABRIEL NASCIMENTO ANDRADE, MUNSTER TECHNOLOGICAL UNIVERSITY; JULIANA PETRINI, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; JOSÉ BENTO STERMAN FERRAZ, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; GERSON BARRETO MOURÃO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; LUIZ LEHMANN COUTINHO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
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Título: |
Differential allele-specific expression revealed functional variants and candidate genes related to meat quality traits in B. indicus muscle. |
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Ano de publicação: |
2022 |
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Fonte/Imprenta: |
Genes, v. 13, n. 12, 2336, 2022. |
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DOI: |
https://doi.org/10.3390/ genes13122336 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Abstract: Traditional transcriptomics approaches have been used to identify candidate genes affecting economically important livestock traits. Regulatory variants affecting these traits, however, remain under covered. Genomic regions showing allele-specific expression (ASE) are under the effect of cis-regulatory variants, being useful for improving the accuracy of genomic selection models. Taking advantage of the better of these two methods, we investigated single nucleotide polymorphisms (SNPs) in regions showing differential ASE (DASE SNPs) between contrasting groups for beef quality traits. For these analyses, we used RNA sequencing data, imputed genotypes and genomic estimated breeding values of muscle-related traits from 190 Nelore (Bos indicus) steers. We selected 40 contrasting unrelated samples for the analysis (N = 20 animals per contrasting group) and used a beta-binomial model to identify ASE SNPs in only one group (i.e., DASE SNPs). We found 1479 DASE SNPs (FDR 0.05) associated with 55 beef-quality traits. Most DASE genes were involved with tenderness and muscle homeostasis, presenting a co-expression module enriched for the protein ubiquitination process. The results overlapped with epigenetics and phenotype-associated data, suggesting that DASE SNPs are potentially linked to cis-regulatory variants affecting simultaneously the transcription and phenotype through chromatin state modulation. |
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Palavras-Chave: |
Allele-specific expression; ASE; Cis-regulation; Expressão alelo específica; Expressão gênica; Polimorfismos de nucleotídeo único. |
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Thesagro: |
Fenótipo. |
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Thesaurus Nal: |
Beef; Gene expression; Phenotype; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
--
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1151168/1/DifferentialAlleleSpecific.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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| Registros recuperados : 46 | |
| 2. |  | DINIZ, W. J. da S.; SILVA, T. G. F. da; BARBOSA, M. L.; MORAIS, J. E. F. de; MOURA, M. S. B. de; FERREIRA, J. M. da S. Avaliação de diferentes métodos de estimativa da radiação solar com base na temperatura do ar para o município de Serra Talhada - PE. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROMETEOROLOGIA, 19., 2015, Lavras. Agrometeorologia no século 21: o desafio do uso sustentável dos biomas brasileiros: anais. Lavras: UFLA, 2015. p. 696-699.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 3. | | DINIZ, W. J. da S.; TIZIOTO, P. C.; MOKRY, F. B.; MUDADU, M. de A.; SOUZA, M. M. de; REGITANO, L. C. de A. Análise de haplótipos em QTL associado ao conteúdo de ferro no músculo de bovinos Nelore. In: JORNADA CIENTÍFICA - EMBRAPA SÃO CARLOS, 6., 2014, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Instrumentação: Embrapa Pecuária Sudeste, 2014. p. 28. (Embrapa Instrumentação. Documentos, 57) Editores técnicos: João de Mendonça Naime, Caue Ribeiro, Maria Alice Martins, Elaine Cristina Paris, Paulino Ribeiro Villas Boas, Ladislau Marcelino Rabello.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 4. | | DINIZ, W. J. da S.; SILVA, T. G. F. da; MORAIS, J. E. F. de; BARBOSA, M. L.; MOURA, M. S. B. de; LIMA, L. R. Calibração do modelo de Hargreaves para a estimativa da evapotranspiração de referência em Campina Grande, PB. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROMETEOROLOGIA, 19., 2015, Lavras. Agrometeorologia no século 21: o desafio do uso sustentável dos biomas brasileiros: anais. Lavras: UFLA, 2015. p. 644-649.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 5. | | DINIZ, W. J. DA S.; TIZIOTO, P. C.; COUTINHO, L. L.; CESAR, A. S. M.; GROMBONI, C. F.; NOGUEIRA, A. R. de A.; REGITANO, L. C. de A. Transcriptomic analysis identifies differentially expressed genes related to lipid metabolism in extreme animals for GEBV for iron content in the muscle Nelore steers. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 52., Belo Horizonte, 2015. Anais... Belo Horizonte: SBZ, 2015.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 6. | | PINHEIRO, K. M.; SILVA, T. G. F. da; DINIZ, W. J. da S.; CARVALHO, H. F. de S.; MOURA, M. S. B. de. Indirect methods for determining the area index of forage cactus cladodes. Pesquisa Agropecuária Tropical, Goiânia, v. 45, n. 2, p. 163-171, abr./jun. 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 7. | | MORAIS, J. E. F. de; SILVA, T. G. F. da; SOUZA, L. S. B. de; MOURA, M. S. B. de; DINIZ, W. J. da S.; SOUZA, C. A. A. de. Avaliação do método de Penman Monteith FAO 56 com dados faltosos e de métodos alternativos na estimativa da evapotranspiração de referência no Submédio Vale do São Francisco. Revista Brasileira de Geografia Física, Recife, v. 8, n. 6, p. 1644-1660, 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 8. | | DINIZ, W. J. da S.; CESAR, A. S. M.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; AFONSO, J.; ROCHA, M. I. P.; LIMA, A. O. de; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Co-expression network analysis identifies genes associated with iron content in bovine muscle. In: WORKSHOP ON OMICS STRATEGIES APPLIED TO LIVESTOCK SCIENCE, 1., 2017, Piracicaba, SP. Proceedings... São Carlos, SP: Embrapa Pecuária Sudeste, 2017. p. 19. (Embrapa Pecuária Sudeste. Documentos, 125) Editores: Luiz Lehmann Coutinho, ESALQ/USP; Luciana Correia de Almeida Regitano, Embrapa Pecuária Sudeste; Gerson Barreto Mourão, ESALQ/USP; Aline Silva Mello Cesar, ESALQ/USP; Bárbara Silva Vignato, FZEA/USP; Mirele Daiana Poleti,...| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 9. | | DINIZ, W. J. da S.; CESAR, A. S. M.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; AFONSO, J.; ROCHA, M. I. P.; LIMA, A. O. de; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Co-expression network analysis identifies genes associated with meat tenderness. In: INTERNATIONAL SOCIETY FOR ANIMAL GENETICS CONFERENCE, 36., 2017, Dublin. Proceedings... Dublin: University College Dublin, 2017. p. 144.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 10. | | OLIVEIRA, P. S. N. de; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, G. B.; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. da S.; LIMA, A. O. de; REECY, J. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Differentially expressed miRNAs in skeletal muscle related to feed efficiency in Nellore cattle. Journal of Animal Science, v. 94, e-suppl. 5; Journal of Dairy Science, v. 99, e-suppl. 1, p. 159, jul. 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 11. | | SILVA, T. G. F. da; MORAIS, J. E. F. de; DINIZ, W. J. da S.; SANTOS, J. E. O.; SOUZA, L. S. B. de; MOURA, M. S. B. de. Efeito das variáveis meteorológicas na evapotranspiração de referência do Submédio do Vale São Francisco. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE METEOROLOGIA, 17.; ENCONTRO DE METEOROLOGIA DOS PAÍSES DO MERCOSUL E ASSOCIADOS, 1.; ENCONTRO SUL AMERICANO DE APLICAÇÕES DO SISTEMA EUMETCast PARA O MONITORAMENTO METEOROLÓGICO E AMBIENTAL, 4.; ENCONTRO DE METEOROLOGIA OPERACIONAL, 2., 2012, Gramado. Anais... Gramado: UFRGS, 2012. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 12. | | QUEIROZ, M. G. de; PEREIRA, P. de C.; SILVA, T. G. F. da; SOUZA, L. S. B. de; DINIZ, W. J. da S.; MIRANDA, K. R.; MOURA, M. S. B. de. Desempenho do método de Penman-Monteith FAO 56 na estimativa da evapotranspiração de referencia usando dados de temperatura do ar no Semiárido. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROMETEOROLOGIA, 17., 2011, Guarapari. Riscos climáticos e cenários agrícolas futuros: anais. Guarapari: Incaper, 2011. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 13. | | BEZERRA, S. A. de F.; SILVA, T. G. F. da; SOUZA, L. S. B. de; MOURA, M. S. B. de; MORAIS, J. E. F. de; DINIZ, W. J. da S.; QUEIROZ, M. G. de. Demanda hídrica bruta da Palma Forrageira em cenários futuros de mudanças climáticas no Estado de Pernambuco. Revista Brasileira de Geografia Física, Recife, v. 8, n. 6, p. 1628-1643, 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 14. | | DINIZ, W. J. da S.; COUTINHO, L. L.; TIZIOTO, P. C.; CESAR, A. S. M.; GROMBONI, C. F.; NOGUEIRA, A. R. de A.; OLIVEIRA, P. S. N. de; SOUZA, M. M. de; REGITANO, L. C. de A. Iron content affects lipogenic gene expression in the muscle of nelore beef cattle. Plos One, aug. 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 15. | | CARVALHO, H. F. de S.; SILVA, T. G. F. da; SOUSA, C. A. A. de; DINIZ, W. J. da S.; RODRIGUES, C. T. A.; MOURA, M. S. B. de. Modelos matemáticos do coeficiente de cultura em função da evolução do crescimento da palma forrageira irrigada e sob diferentes sistemas de plantio. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROMETEOROLOGIA, 19., 2015, Lavras. Agrometeorologia no século 21: o desafio do uso sustentável dos biomas brasileiros: anais. Lavras: UFLA, 2015. p. 1081-1085.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 16. | | OLIVEIRA, P. S. N. de; CESAR, A. S. M.; OLIVEIRA, G. B. de; TIZIOTO, P. C.; POLETI, M. D.; DINIZ, W. J. da S.; LIMA, A. O. de; REECY, J. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. miRNAs related to fatty acids composition in Nellore cattle. Journal of Animal Science, v. 94, e-suppl. 5; Journal of Dairy Science, v. 99, e-suppl. 1, p. 159, jul. 2016. p. 160.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 17. | | DINIZ, W. J. da S.; BANERJEE, P.; MAZZONI, G.; COUTINHO, L. L.; CESAR, A. S. M.; AFONSO, J.; GROMBONI, C. F.; NOGUEIRA, A. R. de A.; KADARMIDEEN, H. N.; REGITANO, L. C. de A. Interplay among miR-29 family, mineral metabolism, and gene regulation in Bos indicus muscle. Molecular Genetics and Genomics, v. 295, p. 1113-1127, may. 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 18. | | DINIZ, W. J. da S.; SILVA, T. G. F. da; FERREIRA, J. M. da S.; SANTOS, D. C. dos; MOURA, M. S. B. de; ARAUJO, G. G. L. de; ZOLNIER, S. Forage cactus-sorghum intercropping at different irrigation water depths in the Brazilian Semiarid Region. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 52, n. 9, p. 724-733, ago. 2017. Título em português: Consórcio palma-sorgo irrigado com diferentes lâminas de água no Semiárido brasileiro.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 19. | | LIMA, A. O. de; OLIVEIRA, P. S. N. de; TIZIOTO, P. C.; AFONSO, J.; SOMAVILLA, A. L.; DINIZ, W. J. da S.; SILVA, J. V. da; ROCHA, M. I. P.; MUDADU, M. de A.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Association analyses pointed the TIPARP as a potential candidate gene influencing residual feed intake variation in Nelore cattle. INTERNATIONAL MEETING OF ADVANCES IN ANIMAL SCIENCE, 1., 2016, Jaboticabal. Resumos... Jaboticabal: PPGZ Unesp, 2016. ref. 45135.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 20. | | BUSS, C. E.; AFONSO, J.; OLIVEIRA, P. S. N. DE; PETRINI, J.; TIZIOTO, P. C.; CESAR, A. S. M.; GUSTANI-BUSS, E. C.; CARDOSO, T. F.; ROVADOSKI, G. A.; DINIZ, W. J. DA S.; LIMA, A. O. DE; ROCHA, M. I. P.; ANDRADE, B. G. N.; WOLF, J. B.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A. Bivariate GWAS reveals pleiotropic regions among feed efficiency and beef quality-related traits in Nelore cattle. Mammalian Genome, v. 34, p. 90-103, dec. 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 4 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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