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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
08/09/2020 |
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Data da última atualização: |
10/09/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
AFONSO, J.; FORTES, M. R. S.; REVERTER, A.; DINIZ, W. J. da S.; CESAR, A. S. M.; LIMA, A. O. de; PETRINI, J.; SOUZA, M. de S.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; GROMBONI, C. F.; NOGUEIRA, A. R. A.; REGITANO, L. C. de A. |
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Afiliação: |
JULIANA AFONSO, UFSCar; MARINA RUFINO SALINAS FORTES, The University of Queensland; ANTONIO REVERTER, Agriculture and Food, Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation, Brisbane; WELLISON JARLES DA SILVA DINIZ, UFSCar; ALINE SILVA MELLO CESAR, Esalq/USP; ANDRESSA OLIVEIRA DE LIMA, UFSCar; JULIANA PETRINI, UNIFAL; MARCELA M. DE SOUZA, Iowa State University; LUIZ LEHMANN COUTINHO, Esalq/USP; GERSON BARRETO MOURÃO, Esalq/USP; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; CAIO FERNANDO GROMBONI, Bahia Federal Institute of Education, Science and Technology, Ilhéus; ANA RITA ARAÚJO NOGUEIRA; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
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Título: |
Genetic regulators of mineral amount in Nelore cattle muscle predicted by a new co-expression and regulatory impact factor approach. |
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Ano de publicação: |
2020 |
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Fonte/Imprenta: |
Scientific Reports, v. 10, n. 1, p. 1-16, 2020 |
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DOI: |
https://doi.org/10.1038/s41598-020-65454-7 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Article: 8436. |
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Conteúdo: |
Mineral contents in bovine muscle can affect meat quality, growth, health, and reproductive traits. To better understand the genetic basis of this phenotype in Nelore (Bos indicus) cattle, we analysed genome-wide mRNA and miRNA expression data from 114 muscle samples. The analysis implemented a new application for two complementary algorithms: the partial correlation and information theory (PCIT) and the regulatory impact factor (RIF), in which we included the estimated genomic breeding values (GEBVs) for the phenotypes additionally to the expression levels, originally proposed for these methods. We used PCIT to determine putative regulatory relationships based on significant associations between gene expression and GEBVs for each mineral amount. Then, RIF was adopted to determine the regulatory impact of genes and miRNAs expression over the GEBVs for the mineral amounts. We also investigated over-represented pathways, as well as pieces of evidences from previous studies carried in the same population and in the literature, to determine regulatory genes for the mineral amounts. For example, NOX1 expression level was positively correlated to Zinc and has been described as Zinc-regulated in humans. Based on our approach, we were able to identify genes, miRNAs and pathways not yet described as underlying mineral amount. The results support the hypothesis that extracellular matrix interactions are the core regulator of mineral amount in muscle cells. Putative regulators described here add information to this hypothesis, expanding the knowledge on molecular relationships between gene expression and minerals. MenosMineral contents in bovine muscle can affect meat quality, growth, health, and reproductive traits. To better understand the genetic basis of this phenotype in Nelore (Bos indicus) cattle, we analysed genome-wide mRNA and miRNA expression data from 114 muscle samples. The analysis implemented a new application for two complementary algorithms: the partial correlation and information theory (PCIT) and the regulatory impact factor (RIF), in which we included the estimated genomic breeding values (GEBVs) for the phenotypes additionally to the expression levels, originally proposed for these methods. We used PCIT to determine putative regulatory relationships based on significant associations between gene expression and GEBVs for each mineral amount. Then, RIF was adopted to determine the regulatory impact of genes and miRNAs expression over the GEBVs for the mineral amounts. We also investigated over-represented pathways, as well as pieces of evidences from previous studies carried in the same population and in the literature, to determine regulatory genes for the mineral amounts. For example, NOX1 expression level was positively correlated to Zinc and has been described as Zinc-regulated in humans. Based on our approach, we were able to identify genes, miRNAs and pathways not yet described as underlying mineral amount. The results support the hypothesis that extracellular matrix interactions are the core regulator of mineral amount in muscle cells. Putative regulators describe... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Expressão gênica. |
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Thesagro: |
Bos Indicus; Gado Nelore. |
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Thesaurus Nal: |
Cattle; Gene expression. |
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Categoria do assunto: |
--
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/215819/1/AP-Genetic-regulators-2020.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Amazônia Oriental. |
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Data corrente: |
25/09/2017 |
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Data da última atualização: |
06/12/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
OLIVEIRA, B. C. S. de; ARAUJO, A. C. de; PINTO, C. A. D.; SOUZA, C. M. de A. |
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Afiliação: |
Bárbara Cristina Santos de Oliveira, BOLSISTA PIBIC/EMBRAPA; ALESSANDRO CARIOCA DE ARAUJO, CPATU; Carlos Alberto Dias Pinto, BOLSISTA DTI; CLEO MARCELO DE ARAUJO SOUZA, CPATU. |
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Título: |
Caracterização da variação sazonal do CO2 atmosférico em sistema ILPF no leste da Amazônia. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 21., 2017, Belém, PA. Anais. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2017. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Diante dos impactos causados pelas atividades humanas, principalmente após a Revolução Industrial, com a queima de combustíveis fósseis, desmatamento e o preparo intensivo do solo, tem ocorrido o aumento da emissão de gases de efeito estufa (GEE). Dentre as formas de mitigação de GEE, há aquelas que se utilizam da agropecuária, através do manejo adequado do solo e a remoção de CO2 pelas plantas por meio dos sistemas de consórcio. Estudos têm comprovado que uma alternativa viável é o sistema de integração lavoura-pecuária floresta (iLPF), que é composto por espécies arbóreas e forrageiras. A medição da concentração do CO2 atmosférico ([CO2]) em iLPF pode indicar respostas que servirão como base ao monitoramento deste ecossistema na região amazônica. Medidas do perfil vertical da [CO2] foram obtidas em campanhas intensivas durante os períodos menos chuvoso de 2016, e mais chuvoso e menos chuvoso de 2017, no município de Terra Alta, PA. Houve maior amplitude nas [CO2] medidas no período menos chuvoso de 2017 e maiores concentrações diurnas em relação aos outros períodos. A sazonalidade é um fator que influencia na [CO2] atmosférico no sistema iLPF. A [CO2] só começa a aumentar e acumular abaixo do dossel a partir de 20:00 horas, quando a atmosfera está mais estável. |
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Palavras-Chave: |
Perfil vertical. |
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Thesagro: |
Dióxido de Carbono; Mogno; Teca. |
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Categoria do assunto: |
P Recursos Naturais, Ciências Ambientais e da Terra |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/164274/1/Anais-Pibic-2017-On-line-07.pdf
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Marc: |
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520 $aDiante dos impactos causados pelas atividades humanas, principalmente após a Revolução Industrial, com a queima de combustíveis fósseis, desmatamento e o preparo intensivo do solo, tem ocorrido o aumento da emissão de gases de efeito estufa (GEE). Dentre as formas de mitigação de GEE, há aquelas que se utilizam da agropecuária, através do manejo adequado do solo e a remoção de CO2 pelas plantas por meio dos sistemas de consórcio. Estudos têm comprovado que uma alternativa viável é o sistema de integração lavoura-pecuária floresta (iLPF), que é composto por espécies arbóreas e forrageiras. A medição da concentração do CO2 atmosférico ([CO2]) em iLPF pode indicar respostas que servirão como base ao monitoramento deste ecossistema na região amazônica. Medidas do perfil vertical da [CO2] foram obtidas em campanhas intensivas durante os períodos menos chuvoso de 2016, e mais chuvoso e menos chuvoso de 2017, no município de Terra Alta, PA. Houve maior amplitude nas [CO2] medidas no período menos chuvoso de 2017 e maiores concentrações diurnas em relação aos outros períodos. A sazonalidade é um fator que influencia na [CO2] atmosférico no sistema iLPF. A [CO2] só começa a aumentar e acumular abaixo do dossel a partir de 20:00 horas, quando a atmosfera está mais estável.
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Registro original: |
Embrapa Amazônia Oriental (CPATU) |
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