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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
08/09/2020 |
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Data da última atualização: |
10/09/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
AFONSO, J.; FORTES, M. R. S.; REVERTER, A.; DINIZ, W. J. da S.; CESAR, A. S. M.; LIMA, A. O. de; PETRINI, J.; SOUZA, M. de S.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; GROMBONI, C. F.; NOGUEIRA, A. R. A.; REGITANO, L. C. de A. |
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Afiliação: |
JULIANA AFONSO, UFSCar; MARINA RUFINO SALINAS FORTES, The University of Queensland; ANTONIO REVERTER, Agriculture and Food, Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation, Brisbane; WELLISON JARLES DA SILVA DINIZ, UFSCar; ALINE SILVA MELLO CESAR, Esalq/USP; ANDRESSA OLIVEIRA DE LIMA, UFSCar; JULIANA PETRINI, UNIFAL; MARCELA M. DE SOUZA, Iowa State University; LUIZ LEHMANN COUTINHO, Esalq/USP; GERSON BARRETO MOURÃO, Esalq/USP; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; CAIO FERNANDO GROMBONI, Bahia Federal Institute of Education, Science and Technology, Ilhéus; ANA RITA ARAÚJO NOGUEIRA; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
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Título: |
Genetic regulators of mineral amount in Nelore cattle muscle predicted by a new co-expression and regulatory impact factor approach. |
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Ano de publicação: |
2020 |
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Fonte/Imprenta: |
Scientific Reports, v. 10, n. 1, p. 1-16, 2020 |
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DOI: |
https://doi.org/10.1038/s41598-020-65454-7 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Article: 8436. |
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Conteúdo: |
Mineral contents in bovine muscle can affect meat quality, growth, health, and reproductive traits. To better understand the genetic basis of this phenotype in Nelore (Bos indicus) cattle, we analysed genome-wide mRNA and miRNA expression data from 114 muscle samples. The analysis implemented a new application for two complementary algorithms: the partial correlation and information theory (PCIT) and the regulatory impact factor (RIF), in which we included the estimated genomic breeding values (GEBVs) for the phenotypes additionally to the expression levels, originally proposed for these methods. We used PCIT to determine putative regulatory relationships based on significant associations between gene expression and GEBVs for each mineral amount. Then, RIF was adopted to determine the regulatory impact of genes and miRNAs expression over the GEBVs for the mineral amounts. We also investigated over-represented pathways, as well as pieces of evidences from previous studies carried in the same population and in the literature, to determine regulatory genes for the mineral amounts. For example, NOX1 expression level was positively correlated to Zinc and has been described as Zinc-regulated in humans. Based on our approach, we were able to identify genes, miRNAs and pathways not yet described as underlying mineral amount. The results support the hypothesis that extracellular matrix interactions are the core regulator of mineral amount in muscle cells. Putative regulators described here add information to this hypothesis, expanding the knowledge on molecular relationships between gene expression and minerals. MenosMineral contents in bovine muscle can affect meat quality, growth, health, and reproductive traits. To better understand the genetic basis of this phenotype in Nelore (Bos indicus) cattle, we analysed genome-wide mRNA and miRNA expression data from 114 muscle samples. The analysis implemented a new application for two complementary algorithms: the partial correlation and information theory (PCIT) and the regulatory impact factor (RIF), in which we included the estimated genomic breeding values (GEBVs) for the phenotypes additionally to the expression levels, originally proposed for these methods. We used PCIT to determine putative regulatory relationships based on significant associations between gene expression and GEBVs for each mineral amount. Then, RIF was adopted to determine the regulatory impact of genes and miRNAs expression over the GEBVs for the mineral amounts. We also investigated over-represented pathways, as well as pieces of evidences from previous studies carried in the same population and in the literature, to determine regulatory genes for the mineral amounts. For example, NOX1 expression level was positively correlated to Zinc and has been described as Zinc-regulated in humans. Based on our approach, we were able to identify genes, miRNAs and pathways not yet described as underlying mineral amount. The results support the hypothesis that extracellular matrix interactions are the core regulator of mineral amount in muscle cells. Putative regulators describe... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Expressão gênica. |
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Thesagro: |
Bos Indicus; Gado Nelore. |
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Thesaurus Nal: |
Cattle; Gene expression. |
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Categoria do assunto: |
--
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/215819/1/AP-Genetic-regulators-2020.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 46 | |
| 2. |  | DINIZ, W. J. da S.; SILVA, T. G. F. da; BARBOSA, M. L.; MORAIS, J. E. F. de; MOURA, M. S. B. de; FERREIRA, J. M. da S. Avaliação de diferentes métodos de estimativa da radiação solar com base na temperatura do ar para o município de Serra Talhada - PE. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROMETEOROLOGIA, 19., 2015, Lavras. Agrometeorologia no século 21: o desafio do uso sustentável dos biomas brasileiros: anais. Lavras: UFLA, 2015. p. 696-699.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 3. | | DINIZ, W. J. da S.; TIZIOTO, P. C.; MOKRY, F. B.; MUDADU, M. de A.; SOUZA, M. M. de; REGITANO, L. C. de A. Análise de haplótipos em QTL associado ao conteúdo de ferro no músculo de bovinos Nelore. In: JORNADA CIENTÍFICA - EMBRAPA SÃO CARLOS, 6., 2014, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Instrumentação: Embrapa Pecuária Sudeste, 2014. p. 28. (Embrapa Instrumentação. Documentos, 57) Editores técnicos: João de Mendonça Naime, Caue Ribeiro, Maria Alice Martins, Elaine Cristina Paris, Paulino Ribeiro Villas Boas, Ladislau Marcelino Rabello.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 4. | | DINIZ, W. J. da S.; SILVA, T. G. F. da; MORAIS, J. E. F. de; BARBOSA, M. L.; MOURA, M. S. B. de; LIMA, L. R. Calibração do modelo de Hargreaves para a estimativa da evapotranspiração de referência em Campina Grande, PB. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROMETEOROLOGIA, 19., 2015, Lavras. Agrometeorologia no século 21: o desafio do uso sustentável dos biomas brasileiros: anais. Lavras: UFLA, 2015. p. 644-649.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 5. | | DINIZ, W. J. DA S.; TIZIOTO, P. C.; COUTINHO, L. L.; CESAR, A. S. M.; GROMBONI, C. F.; NOGUEIRA, A. R. de A.; REGITANO, L. C. de A. Transcriptomic analysis identifies differentially expressed genes related to lipid metabolism in extreme animals for GEBV for iron content in the muscle Nelore steers. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 52., Belo Horizonte, 2015. Anais... Belo Horizonte: SBZ, 2015.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 6. | | PINHEIRO, K. M.; SILVA, T. G. F. da; DINIZ, W. J. da S.; CARVALHO, H. F. de S.; MOURA, M. S. B. de. Indirect methods for determining the area index of forage cactus cladodes. Pesquisa Agropecuária Tropical, Goiânia, v. 45, n. 2, p. 163-171, abr./jun. 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 7. | | MORAIS, J. E. F. de; SILVA, T. G. F. da; SOUZA, L. S. B. de; MOURA, M. S. B. de; DINIZ, W. J. da S.; SOUZA, C. A. A. de. Avaliação do método de Penman Monteith FAO 56 com dados faltosos e de métodos alternativos na estimativa da evapotranspiração de referência no Submédio Vale do São Francisco. Revista Brasileira de Geografia Física, Recife, v. 8, n. 6, p. 1644-1660, 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 8. | | DINIZ, W. J. da S.; CESAR, A. S. M.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; AFONSO, J.; ROCHA, M. I. P.; LIMA, A. O. de; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Co-expression network analysis identifies genes associated with iron content in bovine muscle. In: WORKSHOP ON OMICS STRATEGIES APPLIED TO LIVESTOCK SCIENCE, 1., 2017, Piracicaba, SP. Proceedings... São Carlos, SP: Embrapa Pecuária Sudeste, 2017. p. 19. (Embrapa Pecuária Sudeste. Documentos, 125) Editores: Luiz Lehmann Coutinho, ESALQ/USP; Luciana Correia de Almeida Regitano, Embrapa Pecuária Sudeste; Gerson Barreto Mourão, ESALQ/USP; Aline Silva Mello Cesar, ESALQ/USP; Bárbara Silva Vignato, FZEA/USP; Mirele Daiana Poleti,...| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 9. | | DINIZ, W. J. da S.; CESAR, A. S. M.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; AFONSO, J.; ROCHA, M. I. P.; LIMA, A. O. de; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Co-expression network analysis identifies genes associated with meat tenderness. In: INTERNATIONAL SOCIETY FOR ANIMAL GENETICS CONFERENCE, 36., 2017, Dublin. Proceedings... Dublin: University College Dublin, 2017. p. 144.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 10. | | OLIVEIRA, P. S. N. de; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, G. B.; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. da S.; LIMA, A. O. de; REECY, J. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Differentially expressed miRNAs in skeletal muscle related to feed efficiency in Nellore cattle. Journal of Animal Science, v. 94, e-suppl. 5; Journal of Dairy Science, v. 99, e-suppl. 1, p. 159, jul. 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 11. | | SILVA, T. G. F. da; MORAIS, J. E. F. de; DINIZ, W. J. da S.; SANTOS, J. E. O.; SOUZA, L. S. B. de; MOURA, M. S. B. de. Efeito das variáveis meteorológicas na evapotranspiração de referência do Submédio do Vale São Francisco. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE METEOROLOGIA, 17.; ENCONTRO DE METEOROLOGIA DOS PAÍSES DO MERCOSUL E ASSOCIADOS, 1.; ENCONTRO SUL AMERICANO DE APLICAÇÕES DO SISTEMA EUMETCast PARA O MONITORAMENTO METEOROLÓGICO E AMBIENTAL, 4.; ENCONTRO DE METEOROLOGIA OPERACIONAL, 2., 2012, Gramado. Anais... Gramado: UFRGS, 2012. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 12. | | QUEIROZ, M. G. de; PEREIRA, P. de C.; SILVA, T. G. F. da; SOUZA, L. S. B. de; DINIZ, W. J. da S.; MIRANDA, K. R.; MOURA, M. S. B. de. Desempenho do método de Penman-Monteith FAO 56 na estimativa da evapotranspiração de referencia usando dados de temperatura do ar no Semiárido. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROMETEOROLOGIA, 17., 2011, Guarapari. Riscos climáticos e cenários agrícolas futuros: anais. Guarapari: Incaper, 2011. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 13. | | BEZERRA, S. A. de F.; SILVA, T. G. F. da; SOUZA, L. S. B. de; MOURA, M. S. B. de; MORAIS, J. E. F. de; DINIZ, W. J. da S.; QUEIROZ, M. G. de. Demanda hídrica bruta da Palma Forrageira em cenários futuros de mudanças climáticas no Estado de Pernambuco. Revista Brasileira de Geografia Física, Recife, v. 8, n. 6, p. 1628-1643, 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 14. | | DINIZ, W. J. da S.; COUTINHO, L. L.; TIZIOTO, P. C.; CESAR, A. S. M.; GROMBONI, C. F.; NOGUEIRA, A. R. de A.; OLIVEIRA, P. S. N. de; SOUZA, M. M. de; REGITANO, L. C. de A. Iron content affects lipogenic gene expression in the muscle of nelore beef cattle. Plos One, aug. 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 15. | | CARVALHO, H. F. de S.; SILVA, T. G. F. da; SOUSA, C. A. A. de; DINIZ, W. J. da S.; RODRIGUES, C. T. A.; MOURA, M. S. B. de. Modelos matemáticos do coeficiente de cultura em função da evolução do crescimento da palma forrageira irrigada e sob diferentes sistemas de plantio. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROMETEOROLOGIA, 19., 2015, Lavras. Agrometeorologia no século 21: o desafio do uso sustentável dos biomas brasileiros: anais. Lavras: UFLA, 2015. p. 1081-1085.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 16. | | OLIVEIRA, P. S. N. de; CESAR, A. S. M.; OLIVEIRA, G. B. de; TIZIOTO, P. C.; POLETI, M. D.; DINIZ, W. J. da S.; LIMA, A. O. de; REECY, J. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. miRNAs related to fatty acids composition in Nellore cattle. Journal of Animal Science, v. 94, e-suppl. 5; Journal of Dairy Science, v. 99, e-suppl. 1, p. 159, jul. 2016. p. 160.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 17. | | DINIZ, W. J. da S.; BANERJEE, P.; MAZZONI, G.; COUTINHO, L. L.; CESAR, A. S. M.; AFONSO, J.; GROMBONI, C. F.; NOGUEIRA, A. R. de A.; KADARMIDEEN, H. N.; REGITANO, L. C. de A. Interplay among miR-29 family, mineral metabolism, and gene regulation in Bos indicus muscle. Molecular Genetics and Genomics, v. 295, p. 1113-1127, may. 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 18. | | DINIZ, W. J. da S.; SILVA, T. G. F. da; FERREIRA, J. M. da S.; SANTOS, D. C. dos; MOURA, M. S. B. de; ARAUJO, G. G. L. de; ZOLNIER, S. Forage cactus-sorghum intercropping at different irrigation water depths in the Brazilian Semiarid Region. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 52, n. 9, p. 724-733, ago. 2017. Título em português: Consórcio palma-sorgo irrigado com diferentes lâminas de água no Semiárido brasileiro.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 19. | | LIMA, A. O. de; OLIVEIRA, P. S. N. de; TIZIOTO, P. C.; AFONSO, J.; SOMAVILLA, A. L.; DINIZ, W. J. da S.; SILVA, J. V. da; ROCHA, M. I. P.; MUDADU, M. de A.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Association analyses pointed the TIPARP as a potential candidate gene influencing residual feed intake variation in Nelore cattle. INTERNATIONAL MEETING OF ADVANCES IN ANIMAL SCIENCE, 1., 2016, Jaboticabal. Resumos... Jaboticabal: PPGZ Unesp, 2016. ref. 45135.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 20. | | BUSS, C. E.; AFONSO, J.; OLIVEIRA, P. S. N. DE; PETRINI, J.; TIZIOTO, P. C.; CESAR, A. S. M.; GUSTANI-BUSS, E. C.; CARDOSO, T. F.; ROVADOSKI, G. A.; DINIZ, W. J. DA S.; LIMA, A. O. DE; ROCHA, M. I. P.; ANDRADE, B. G. N.; WOLF, J. B.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A. Bivariate GWAS reveals pleiotropic regions among feed efficiency and beef quality-related traits in Nelore cattle. Mammalian Genome, v. 34, p. 90-103, dec. 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 4 |
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