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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
23/01/2023 |
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Data da última atualização: |
23/01/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
BRUSCADIN, J. J.; CARDOSO, T. F.; DINIZ, W. J. da S.; SOUZA, M. M. de; AFONSO, J.; VIEIRA, D.; MALHEIROS, J. M.; ANDRADE, B. G. N.; PETRINI, J.; FERRAZ, J. B. S.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. |
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Afiliação: |
JENNIFER JESSICA BRUSCADIN, UNIVERSIDADE FEDERAL DE SÃO CARLOS; TAINÃ FIGUEIREDO CARDOSO; WELLISON JARLES DA SILVA DINIZ, AUBURN UNIVERSITY; MARCELA MARIA DE SOUZA, IOWA STATE UNIVERSITY; JULIANA AFONSO; DIELSON VIEIRA, YALE UNIVERSITY SCHOOL OF MEDICINE; JESSICA MORAES MALHEIROS, UNIVERSIDADE FEDERAL DA INTEGRAÇÃO LATINO-AMERICANA; BRUNO GABRIEL NASCIMENTO ANDRADE, MUNSTER TECHNOLOGICAL UNIVERSITY; JULIANA PETRINI, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; JOSÉ BENTO STERMAN FERRAZ, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; GERSON BARRETO MOURÃO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; LUIZ LEHMANN COUTINHO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
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Título: |
Differential allele-specific expression revealed functional variants and candidate genes related to meat quality traits in B. indicus muscle. |
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Ano de publicação: |
2022 |
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Fonte/Imprenta: |
Genes, v. 13, n. 12, 2336, 2022. |
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DOI: |
https://doi.org/10.3390/ genes13122336 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Abstract: Traditional transcriptomics approaches have been used to identify candidate genes affecting economically important livestock traits. Regulatory variants affecting these traits, however, remain under covered. Genomic regions showing allele-specific expression (ASE) are under the effect of cis-regulatory variants, being useful for improving the accuracy of genomic selection models. Taking advantage of the better of these two methods, we investigated single nucleotide polymorphisms (SNPs) in regions showing differential ASE (DASE SNPs) between contrasting groups for beef quality traits. For these analyses, we used RNA sequencing data, imputed genotypes and genomic estimated breeding values of muscle-related traits from 190 Nelore (Bos indicus) steers. We selected 40 contrasting unrelated samples for the analysis (N = 20 animals per contrasting group) and used a beta-binomial model to identify ASE SNPs in only one group (i.e., DASE SNPs). We found 1479 DASE SNPs (FDR 0.05) associated with 55 beef-quality traits. Most DASE genes were involved with tenderness and muscle homeostasis, presenting a co-expression module enriched for the protein ubiquitination process. The results overlapped with epigenetics and phenotype-associated data, suggesting that DASE SNPs are potentially linked to cis-regulatory variants affecting simultaneously the transcription and phenotype through chromatin state modulation. |
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Palavras-Chave: |
Allele-specific expression; ASE; Cis-regulation; Expressão alelo específica; Expressão gênica; Polimorfismos de nucleotídeo único. |
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Thesagro: |
Fenótipo. |
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Thesaurus Nal: |
Beef; Gene expression; Phenotype; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
--
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1151168/1/DifferentialAlleleSpecific.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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| Registros recuperados : 37 | |
| 4. |  | SOUZA, K. C. de; ANDRIOLI, A.; SANTOS, D. O. Efeitos de diferentes liberadores de progesterona utilizados num programa de sincronização de estro para inseminação (IATF) em cabras SRD. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ZOOTECNIA, 19.; CONGRESSO INTERNACIONAL DE ZOOTECNIA, 11; FÓRUM DE COORDENADORES DE CURSOS DE ZOOTECNIA DAS UNIVERSIDADES BRASILEIRAS, 5.; FÓRUM DE ESTUDANTES DE CURSOS DE ZOOTECNIA DAS UNIVERSIDADES BRASILEIRAS, 5.; REUNIÃO NACIONAL DE ENSINO DE ZOOTECNIA, 15.; FÓRUM DE ENTIDADES DE ZOOTECNISTAS, 22. 2009, Águas de Lindóia. Visão estratégica de cadeias do agronegócio: anais. Pirassununga: Faculdade de Zootecnia e Engenharia de Alimentos: Associação Brasileira de Zootecnistas, 2009. Zootec 2009. 3 f. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 8. | | ANDRIOLI, A.; PINHEIRO, R. R.; SOUZA, K. C. de; SOUSA, F. M. L. Avaliação da possibilidade de transmissão do vírus da artrite encefalite caprina (CAEV) pela monta natural controlada. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MEDICINA VETERINÁRIA, 36.; ENCONTRO BRASILEIRO DE MÉDICOS VETERINÁRIOS DAS FORÇAS ARMADAS, 1.; ENCONTRO DO COLÉGIO BRASILEIRO DE AQUICULTURA, 6.; ENCONTRO DE MEDICINA DE ANIMAIS AQUÁTICOS, 1.; ENCONTRO DOS MÉDICOS VETERINÁRIOS DA BAHIA, 68., 2009, Porto Seguro. Inovação e responsabilidade social: anais. Porto Seguro: SBMV, 2009. 3 f. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 11. | | ANDRIOLI, A.; PINHEIRO, R. R.; SOUZA, K. C. de; SANTOS, D. O.; SOUSA, F. M. L. Estudo sobre a transmissão do Vírus da Artrite Encefalite Caprina (CAEV) através da inseminação artificial utilizando sêmen de animal infectado. In: SIMPÓSIO INTERNACIONAL SOBRE CAPRINOS E OVINOS DE CORTE, 4.; FEIRA NACIONAL DO AGRONEGÓCIO DA CAPRINO-OVINOCULTURA DE CORTE, 3., 2009, João Pessoa. Anais... João Pessoa: EMEPA-PB, 2009. 3 f. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 13. | | SOUZA, K. C. de; ANDRIOLI, A.; PINHEIRO, R. R.; BRITO, R. L. L. de; RODRIGU, A. de S. Métodos indiretos de diagnóstico do lentivírus caprino. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ZOOTECNIA, 19.; CONGRESSO INTERNACIONAL DE ZOOTECNIA, 11; FÓRUM DE COORDENADORES DE CURSOS DE ZOOTECNIA DAS UNIVERSIDADES BRASILEIRAS, 5.; FÓRUM DE ESTUDANTES DE CURSOS DE ZOOTECNIA DAS UNIVERSIDADES BRASILEIRAS, 5.; REUNIÃO NACIONAL DE ENSINO DE ZOOTECNIA, 15.; FÓRUM DE ENTIDADES DE ZOOTECNISTAS, 22. 2009, Águas de Lindóia. Visão estratégica de cadeias do agronegócio: anais. Pirassununga: Faculdade de Zootecnia e Engenharia de Alimentos: Associação Brasileira de Zootecnistas, 2009. Zootec 2009. 3 p. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 14. | | AZEVEDO, D. A. A.; ALVES, S. M.; SOUZA, K. C. de; SOUSA, T. B. C.; ANDRIOLI, A.; PINHEIRO, R. R. Isolamento do Lentivírus Caprino pela técnica de cultivo de macrófagos e confirmação por PCR Nested. In: SIMPÓSIO INTERNACIONAL SOBRE CAPRINOS E OVINOS DE CORTE, 5.; FEIRA NACIONAL DO AGRONEGÓCIO DA CAPRINO-OVINOCULTURA DE CORTE, 3., 2011, João Pessoa. [Anais...]. João Pessoa: [SEBRAE-PB]; EMEPA-PB, 2011. 3 f. 1 CD ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 15. | | ABREU, D. A. de; ANDRIOLI, A.; BRITO, R. L. L. de; ÁVILA, A. A.; PINHEIRO, R. R.; SOUZA, K. C. de. Avaliação da massa corporal e do índice articular clínico em caprinos portadores do vírus da Artrite-Encefalite Caprina (CAEV). In: CONGRESSO NORDESTINO DE PRODUÇÃO ANIMAL, 6.; SIMPÓSIO NORDESTINO DE ALIMENTAÇÃO DE RUMINANTES, 7.; FÓRUM DE COORDENADORES DE PÓS GRADUAÇÃO EM PRODUÇÃO ANIMAL DO NORDESTE, 1.; FÓRUM DE AGROECOLOGIA RO RIO GRANDE DO NORTE, 1., 2010, Mossoró. Anais... Mossoró: Sociedade Nordestina de Producao Animal; UFERSA, 2010. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 16. | | SOUZA, K. C. de; PINHEIRO, R. R.; SANTOS, D. O.; BRITO, I. F. de; ÁVILA, A. A.; ABREU, D. A. de; ANDRIOLI, A. Dispositivos intravaginais x implantes subcutâneos e a probabilidade de influência na transmissão sexual co CAEV. In: SIMPÓSIO INTERNACIONAL SOBRE CAPRINOS E OVINOS DE CORTE, 4.; FEIRA NACIONAL DO AGRONEGÓCIO DA CAPRINO-OVINOCULTURA DE CORTE, 3., 2009, João Pessoa. Anais... João Pessoa: EMEPA-PB, 2009. 3 f. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 17. | | PAULA, N. R. de O.; ANDRIOLI, A.; CARDOSO, J. de F. S.; PINHEIRO, R. R.; SOUZA, K. C. de; ALVES, F. S. F. Detection of the Small Ruminants Lentivirus (SRLV) in blood, semen from bucks naturally and experimentally infected in the semi-arid region of Brazil. Ciência Animal, Fortaleza, v. 22, n. 1, p. 342-344, 2012. suplemento. Trabalho apresentado no 6o. Congresso Norte Nordeste de Reprodução animal, 2012, Fortaleza.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 18. | | SOUZA, K. C. de; ANDRIOLI, A.; SIDER, L. H.; PINHEIRO, R. R.; BEZERRA JUNIOR, R. Q.; PEIXOTO, R. M.; TEIXEIRA, M. F. da S. Detecção de sequências do DNA proviral do vírus da Artrite Encefalite Caprina em saliva. Acta Scientiae Veterinariae, v. 43, n. 1266, p. 1-6, 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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| 19. | | CAVALCANTE, F. R. A.; ANDRIOLI, A.; PINHEIRO, R. R.; SOUZA, K. C. de; VERAS, A. K. A.; LOPES, T. A.; SOUSA, S. D.; SILVA, P. A. F. da. Detecção do vírus da Artrite Encefalite Caprina por nested PCR e nested RT-PCR em ovócitos e fluido uterino. Arquivos do Instituto Biológico, São Paulo, v. 80, n. 4, p. 381-386, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 20. | | SOUSA, S. D.; SILVA, P. A. F. da; SOUZA, K. C. de; VERAS, A. K. A.; LOPES, T. de A.; ANDRIOLI, A. Avaliação de técnicas biomoleculares em amostras de sangue e ovócitos de fêmeas infectadas com vírus da Artrite Encefalite Caprina. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UNIVERSIDADE ESTADUAL VALE DO ACARAÚ, 13., 2011, Sobral. [Resumos...]. Sobral: Universidade Estadual Vale do Acaraú, 2011.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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