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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Semiárido. |
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Data corrente: |
28/01/2021 |
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Data da última atualização: |
10/06/2021 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
ARAÚJO, F. C. B. das; CUNHA, E. F. M.; RODRIGUES, S. de M.; BONFIM, K.; TAVARES, E. J. M.; MOURA, M. F.; SILVA, G. F. da. |
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Afiliação: |
Francisca Chagas Bezerra das Araújo, UFRA; ELISA FERREIRA MOURA CUNHA, CPATU; SIMONE DE MIRANDA RODRIGUES, CPATU; KENNY BONFIM DE ARRUDA CARVALHO, Cenargen; ERALDO JOSE MADUREIRA TAVARES, CPATSA; Mônika Fecury Moura, CPATU; GILVAN FERREIRA DA SILVA, CPAA. |
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Título: |
Identification and validation of SNPs in the phytoene synthase 2 (psy2) gene associated with yellow color of the root in cassava (Manihot esculenta Crantz) accessions of the Brazilian Amazon. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
Genetic Resources and Crop Evolution, v. 68, p. 1809-1824, 2021. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1007/s10722-020-01097-x |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The biofortification of cassava (Manihot esculenta Crantz) roots is one of the actual goals of genetic breeding, with the development of roots richer in carotenoids. In order to evaluate the natural genetic variation of cassava, this study analyzed 78 accessions from the Brazilian Amazon to verify the presence of single nucleotide polymorphism (SNP) molecular markers in the phytoene synthase 2 (psy2) gene associated with root color. From the sequencing of 294 bp containing part of the intron 2 and the exon 3 of the psy2 gene, three SNPs located in the coding region and the existence of eight haplotypes were identified. The c.1434G > C (SNP1) and c.1485C > A (SNP3) variations were found in yellow and cream root accessions and nucleotide polymorphism resulted in amino acid substitution. SNP2 (c.1462T > C) was identified in accessions with white roots and its allelic variation did not result in amino acid substitution. Four haplotypes that presented SNP3 were widely distributed in the states of Pará, Amapá, Rondônia and Amazonas. All accessions of yellow or cream root that presented the SNP3 were in heterozygosity, confirming the dominance of the SNP, except for one accession, that could be used in genetic breeding. The effect of mutations on the structure and function of PSY2 was in silico evaluated by molecular dynamics and it was indicated that the aminoacid substitutions affected the active site of the protein depending on the distance. The results were compatible with the phenotype detected experimentally. MenosThe biofortification of cassava (Manihot esculenta Crantz) roots is one of the actual goals of genetic breeding, with the development of roots richer in carotenoids. In order to evaluate the natural genetic variation of cassava, this study analyzed 78 accessions from the Brazilian Amazon to verify the presence of single nucleotide polymorphism (SNP) molecular markers in the phytoene synthase 2 (psy2) gene associated with root color. From the sequencing of 294 bp containing part of the intron 2 and the exon 3 of the psy2 gene, three SNPs located in the coding region and the existence of eight haplotypes were identified. The c.1434G > C (SNP1) and c.1485C > A (SNP3) variations were found in yellow and cream root accessions and nucleotide polymorphism resulted in amino acid substitution. SNP2 (c.1462T > C) was identified in accessions with white roots and its allelic variation did not result in amino acid substitution. Four haplotypes that presented SNP3 were widely distributed in the states of Pará, Amapá, Rondônia and Amazonas. All accessions of yellow or cream root that presented the SNP3 were in heterozygosity, confirming the dominance of the SNP, except for one accession, that could be used in genetic breeding. The effect of mutations on the structure and function of PSY2 was in silico evaluated by molecular dynamics and it was indicated that the aminoacid substitutions affected the active site of the protein depending on the distance. T... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Biofortificação; Raíz rica em carotenoide. |
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Thesagro: |
Carotenóide; Mandioca; Manihot Esculenta; Polimorfismo; Proteína; Raiz Alimentícia; Variação Genética. |
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Thesaurus Nal: |
Carotenoids; Cassava; Haplotypes; Polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
--
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
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520 $aThe biofortification of cassava (Manihot esculenta Crantz) roots is one of the actual goals of genetic breeding, with the development of roots richer in carotenoids. In order to evaluate the natural genetic variation of cassava, this study analyzed 78 accessions from the Brazilian Amazon to verify the presence of single nucleotide polymorphism (SNP) molecular markers in the phytoene synthase 2 (psy2) gene associated with root color. From the sequencing of 294 bp containing part of the intron 2 and the exon 3 of the psy2 gene, three SNPs located in the coding region and the existence of eight haplotypes were identified. The c.1434G > C (SNP1) and c.1485C > A (SNP3) variations were found in yellow and cream root accessions and nucleotide polymorphism resulted in amino acid substitution. SNP2 (c.1462T > C) was identified in accessions with white roots and its allelic variation did not result in amino acid substitution. Four haplotypes that presented SNP3 were widely distributed in the states of Pará, Amapá, Rondônia and Amazonas. All accessions of yellow or cream root that presented the SNP3 were in heterozygosity, confirming the dominance of the SNP, except for one accession, that could be used in genetic breeding. The effect of mutations on the structure and function of PSY2 was in silico evaluated by molecular dynamics and it was indicated that the aminoacid substitutions affected the active site of the protein depending on the distance. The results were compatible with the phenotype detected experimentally.
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Registro original: |
Embrapa Amazônia Oriental (CPATU) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
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Registro |
Volume |
Status |
URL |
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| Registros recuperados : 97 | |
| 2. |  | CUNHA, E. F. M.; FARIAS NETO, J. T. de. Melhoramento genético da mandioca para o estado do Pará. In: MODESTO JUNIOR, M. de S.; ALVES, R. N. B. (Ed.). Cultura da mandioca: aspectos socioeconômicos, melhoramento genético, sistemas de cultivo, manejo de pragas e doenças e agroindústria. Brasília, DF: Embrapa, 2016. Cap. 3, p. 67-77.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
|    |
| 3. | | DUARTE, L. S.; VIEIRA, R. da C.; CUNHA, E. F. M.; NORONHA, A. C. da S. Avaliação para ácaro-verde, mosca-das-galhas e tripes em variedades de mandioca. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 25., 2022, Belém, PA. Anais... Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2023. p. 18-19. (Embrapa Amazônia Oriental. Eventos técnicos & científicos, 1).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 8. | | CHAVES, R.; CUNHA, R. L.; MAGALHAES, M. M.; CUNHA, E. F. M. Caracterização físico-química de genótipos de mandioca açucarada (Manihot esculenta Crantz). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MANDIOCA, 17.; CONGRESSO LATINO-AMERICANO E CARIBENHO DE MANDIOCA, 2., 2018, Belém, PA. Anais... Cruz das Almas: Sociedade Brasileira de Mandioca: Secretaria de Desenvolvimento Agropecuário e da Pesca, 2021. p. 507-510.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 9. | | FERREIRA, B. R. C.; MARTINS, M. M.; ROCHA, L. A. L. da; CUNHA, E. F. M. Caracterização morfoagronômica de cruzamentos naturais de acessos de mandioca do banco de germoplasma da Embrapa Amazônia Oriental. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 25., 2022, Belém, PA. Anais... Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2023. p. 28-29. (Embrapa Amazônia Oriental. Eventos técnicos & científicos, 1).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 10. | | AGUIAR, R.; CUNHA, R. L.; CUNHA, E. F. M.; REGO, J. Y. N. Caracterização física química de raízes de mandiocaba. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 18.; SEMINÁRIO DE PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 2., 2014, Belém, PA. Anais. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2014. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 11. | | CARRÉRA, A. G. P.; CUNHA, R. L.; CUNHA, E. F. M.; SOUSA, S. C. P. Características físico-químicas de raízes de mandioca brava (Manihot esculenta Crantz). In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 18.; SEMINÁRIO DE PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 2., 2014, Belém, PA. Anais. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2014. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 12. | | CARRÉRA, A. G. P.; CUNHA, R. L.; CUNHA, E. F. M.; REGO, J. Y. N. Características físico-químicas de raízes de mandioca mansa (Manihot esculenta Crantz). In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 18.; SEMINÁRIO DE PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 2., 2014, Belém, PA. Anais. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2014. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 13. | | ARAÚJO, F. das C. B. de; CUNHA, R. L.; CUNHA, E. F. M. Concentração de carboidratos e umidade em raízes de mandioca açucarada (Manihot esculenta Crantz) Pará. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 17.; SEMINÁRIO DE PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 1., 2013, Belém, PA. Anais. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2013. 1 CD-ROM. PIBIC 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 14. | | CARRÉRA, A. G. P.; CUNHA, R. L.; CUNHA, E. F. M.; AGUIAR, R. O. Avaliação da morfologia dos grânulos de amido de mandioca mansa e brava (Manihot esculenta Crantz). In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 19.; SEMINÁRIO DE PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 3., 2015, Belém, PA. Anais. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2015. p. 360-363.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 16. | | JESUS, D. R. S. de; NAKASONE, A. K.; REGINALDO, N. L. N.; CUNHA, E. F. M. Comportamento de acessos de mandioca aos patógenos causadores das podridões radiculares. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 25., 2022, Belém, PA. Anais... Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2023. p. 14-15. (Embrapa Amazônia Oriental. Eventos técnicos & científicos, 1).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 20. | | SANCHES, J. P.; CUNHA, E. F. M.; CARVALHO, J. E. U. de; MOURA, M. F. Divergência genética entre acessos do BAG de bacurizeiro da Embrapa Amazônia Oriental por meio de marcadores ISSR. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 19.; SEMINÁRIO DE PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 3., 2015, Belém, PA. Anais. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2015. p. 246-250.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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