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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Hortaliças. |
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Data corrente: |
11/01/2022 |
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Data da última atualização: |
11/01/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
CUNHA, C. P. da; RESENDE, F. V.; ZUCCHI, M. I.; PINHEIRO, J. B. |
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Afiliação: |
CAMILA PINTO DA CUNHA, UNICAMP; FRANCISCO VILELA RESENDE, CNPH; MARIA IMACULADA ZUCCHI, UNICAMP; JOSE BALDIN PINHEIRO, APTA. |
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Título: |
SSR-based genetic diversity and structure of garlic accessions from Brazil. |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
Genetica, v. 142, n. 5, p. 419-431, 2014. |
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DOI: |
10.1007/s10709-014-9786-1 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Garlic is a spice and a medicinal plant; hence, there is an increasing interest in ?developing? new varieties with different culinary properties or with high content of nutraceutical compounds. Phenotypic traits and dominant molecular markers are predominantly used to evaluate the genetic diversity of garlic clones. However, 24 SSR markers (codominant) specific for garlic are available in the literature, fostering germplasm researches. In this study, we genotyped 130 garlic accessions from Brazil and abroad using 17 polymorphic SSR markers to assess the genetic diversity and structure. This is the first attempt to evaluate a large set of accessions maintained by Brazilian institutions. A high level of edundancy was detected in the collection (50 % of the accessions represented eight haplotypes). However, non-redundant accessions presented high genetic diversity. We detected on average five alleles per locus, Shannon index of 1.2, HO of 0.5, and HE of 0.6. A core collection was set with 17 accessions, covering 100 % of the alleles with minimum redundancy. Overall FST and D values indicate a strong genetic structure within accessions. Two major groups identified by both model-based (Bayesian approach) and hierarchical clustering (UPGMA dendrogram) techniques were coherent with the classification of accessions according to maturity time (growth cycle): early-late and midseason accessions. Assessing genetic diversity and structure of garlic collections is the first step towards an efficient management and conservation of accessions in genebanks, as well as to advance future genetic studies and improvement of garlic worldwide. MenosGarlic is a spice and a medicinal plant; hence, there is an increasing interest in ?developing? new varieties with different culinary properties or with high content of nutraceutical compounds. Phenotypic traits and dominant molecular markers are predominantly used to evaluate the genetic diversity of garlic clones. However, 24 SSR markers (codominant) specific for garlic are available in the literature, fostering germplasm researches. In this study, we genotyped 130 garlic accessions from Brazil and abroad using 17 polymorphic SSR markers to assess the genetic diversity and structure. This is the first attempt to evaluate a large set of accessions maintained by Brazilian institutions. A high level of edundancy was detected in the collection (50 % of the accessions represented eight haplotypes). However, non-redundant accessions presented high genetic diversity. We detected on average five alleles per locus, Shannon index of 1.2, HO of 0.5, and HE of 0.6. A core collection was set with 17 accessions, covering 100 % of the alleles with minimum redundancy. Overall FST and D values indicate a strong genetic structure within accessions. Two major groups identified by both model-based (Bayesian approach) and hierarchical clustering (UPGMA dendrogram) techniques were coherent with the classification of accessions according to maturity time (growth cycle): early-late and midseason accessions. Assessing genetic diversity and structure of garlic collections is the first step towards ... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Alho; Allium Sativum; Germoplasma; Marcador Molecular. |
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Thesaurus Nal: |
Cluster analysis; Genetic resources; Microsatellite repeats. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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520 $aGarlic is a spice and a medicinal plant; hence, there is an increasing interest in ?developing? new varieties with different culinary properties or with high content of nutraceutical compounds. Phenotypic traits and dominant molecular markers are predominantly used to evaluate the genetic diversity of garlic clones. However, 24 SSR markers (codominant) specific for garlic are available in the literature, fostering germplasm researches. In this study, we genotyped 130 garlic accessions from Brazil and abroad using 17 polymorphic SSR markers to assess the genetic diversity and structure. This is the first attempt to evaluate a large set of accessions maintained by Brazilian institutions. A high level of edundancy was detected in the collection (50 % of the accessions represented eight haplotypes). However, non-redundant accessions presented high genetic diversity. We detected on average five alleles per locus, Shannon index of 1.2, HO of 0.5, and HE of 0.6. A core collection was set with 17 accessions, covering 100 % of the alleles with minimum redundancy. Overall FST and D values indicate a strong genetic structure within accessions. Two major groups identified by both model-based (Bayesian approach) and hierarchical clustering (UPGMA dendrogram) techniques were coherent with the classification of accessions according to maturity time (growth cycle): early-late and midseason accessions. Assessing genetic diversity and structure of garlic collections is the first step towards an efficient management and conservation of accessions in genebanks, as well as to advance future genetic studies and improvement of garlic worldwide.
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Registro original: |
Embrapa Hortaliças (CNPH) |
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Biblioteca |
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| 2. |  | LIMA, E. M. B.; SILVA, M. J. da; ARAUJO, M. de; CUNHA, C. P. da. Balanced Scorecard (BSC): uma visão metodológica para o acompanhamento de sua implementação. REVISTA DO SERVIÇO PÚBLICO, Brasília, DF, v.54, n.3, p.45-64, jul-set. 2003.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Nacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 4. | | HUNGRIA, L. C. da; BRASIL, E. C.; CUNHA, C. P. da S.; DANTAS, R. C. R. Influência da inoculação com Azospirillum brasilense e Herbaspirillum Seropedicae e doses de nitrogênio na cultura do milho. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 36., 2017, Belém, PA. Amazônia e seus solos: peculiaridades e potencialidades. Belém, PA: SBCS, 2017.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 11. | | PACHECO, S.; OIANO-NETO, J.; GODOY, R. L. de O.; ARAUJO, M. C. P. de; ROSA, J.; CUNHA, C. P. da. Avaliação do perfil de carotenóides da polpa dos frutos de Cycas revoluta [Thunb.] e seu uso potencial como fonte de padrão cromatográfico. In: CONGRESSO INTERNACIONAL DE BIOPROCESSOS NA INDÚSTRIA DE ALIMENTOS, 4.; ENCONTRO REGIONAL SUL DE CIÊNCIA E TECNOLOGIA DE ALIMENTOS, 10., 2010, Curitiba. [Resumo...]. Curitiba: UFPR, 2010. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
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| 12. | | PACHECO, S.; GODOY, R. L. de O.; NASCIMENTO, L. da S. de M. do; CUNHA, C. P. da; SANTIAGO, M. C. P. de A.; ROSA, J. S. da. Adaptação do método de extração de carotenoides para escala de micro-extração. In: REUNIÃO DE BIOFORTIFICAÇÃO NO BRASIL, 4., 2011, Teresina. Palestras e resumos... Rio de Janeiro: Embrapa Agroindústria de Alimentos; Teresina: Embrapa Meio-Norte, 2011. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
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| 13. | | CUNHA, C. P. da; BRAZ FILHO, R.; GODOY, R. L. de O.; FELBERG, I.; PACHECO, S.; OLIVEIRA, D. R. de; PEREIRA, J. de N. Avaliação de diferentes colunas cromatográficas na separação de isoflavonas de extrato de soja. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE QUÍMICA, 35., 2012, Águas de Lindóia. Responsabilidade, ética e progresso social: trabalhos. São Paulo: SBQ, 2012. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
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| 14. | | CUNHA, C. P. da; BRAZ FILHO, R.; GODOY, R. L. de O.; FELBERG, I.; PACHECO, S.; OLIVEIRA, D. R. de; PEREIRA, J. de N. Isolamento de isoflavonas da soja por CLAE e identificação por ressonância magnética nuclear e espectrometria de massas. In: CONGRESSO LATINO AMERICANO DE CROMATOGRAFIA E TÉCNICAS RELACIONADAS, 14., 2012, Florianópolis. Livro de resumos. [S.l.: s.n.], 2012. p. 319.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
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| 15. | | NASCIMENTO, M. G. F. do; CUNHA, C. P. da; JESUS, V. L. T. de; LIGNON, G. B.; NASCIMENTO, E. R. do. Levantamento de Brucella abortus em queijos minas frescal comercializados no Estado do Rio de Janeiro. Higiene Alimentar, São Paulo, v. 16, n. 101, p. 63-66, 2002.| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
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| 16. | | MARTINS, V. DE C.; GODOY, R. L. de O.; GOUVÊA, A. C. M. S.; SANTIAGO, M. C. P. de A.; BORGUINI, R. G.; CUNHA, C. P. DA. Study of oligosaccharides by tandem mass spectrometry to detect fraud in commercial coffee: fragmentation proposal. In: IBERO-AMERICAN, 1.; BrMASS CONFERENCE ON MASS SPECTROMETRY, 6., 2016, Rio de Janeiro. Resumos Eletrônicos... São Paulo: Sociedade Brasileira de Espectrometria de Massas, 2016. p. 84| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
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| 17. | | FELBERG, I.; PEREIRA, J. N.; CARRÃO-PANIZZI, M. C.; OLIVEIRA, D. R. de; GODOY, R. L. O.; FREITAS, S. C. de; PACHECO, S.; CUNHA, C. P. da; BORGES, E. Avaliação da composição centesimal e dos teores de isoflavonas de cultivares de soja (Glycine max (L.) Merrill) especiais para alimentação humana. In: AMERICAS: INTERNATIONAL CONFERENCE ON SOYBEAN UTILIZATION, 2013, Bento Gonçalves. Proceedings... Brasília, DF: Embrapa, 2013. 5 p. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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| 18. | | FELBERG, I.; PEREIRA, J. N.; CARRÃO-PANIZZI, M. C.; OLIVEIRA, D. R. de; GODOY, R. L. O.; FREITAS, S. C. de; PACHECO, S.; CUNHA, C. P. da; BORGES, E. Avaliação da composição centesimal e dos teores de isoflavonas de cultivares de soja (Glycine max (L.) Merrill) especiais para alimentação humana. In: AMERICAS: INTERNATIONAL CONFERENCE ON SOYBEAN UTILIZATION, 2013, Bento Gonçalves. Proceedings... Brasília, DF: Embrapa, 2013. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 19. | | BANDEIRA, R. D. da C. C.; UEKANE, T. M.; CUNHA, C. P. da; COSTA, D. A.; DE LA CRUZ, M. H. C.; GODOY, R. L. de O.; CUNHA, V. S.; RODRIGUES, J. M. Development of method for Ochratoxin A analysis in coffee by liquid chromatography/electrospray tandem mass spectrometry. In: SIMPOSIO DE METROLOGÍA, 2008, Santiago de Querétaro, México. Diseminando la cultura de la medición en México: sesiones murales. Santiago de Querétaro, México: Centro Nacional de Metrología, 2008. Sesión SM1.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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| 20. | | BANDEIRA, R. D. C. C.; UEKANE, T. M.; CUNHA, C. P. da; GEAQUINTO, L. R. O.; CUNHA, V. S.; CAIXEIRO, J. M. R.; GODOY, R. L. O.; CRUZ, M. H. C. de la. Development and validation of a method for the analysis of Ochratoxin A in roasted coffee by liquid chromatography/electrospray-mass spectrometry in Tandem (LC/ESI-MS/MS). Química Nova, São Paulo, v. 35, n. 1, p. 66-71, 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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