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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
16/08/2021 |
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Data da última atualização: |
17/08/2021 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
BRUSCADIN, J. J.; SOUZA, M. M. de; OLIVEIRA, K. S. de; ROCHA, M. I. P.; AFONSO, J.; CARDOSO, T. F.; ZERLOTINI NETO, A.; COUTINHO, L. L.; NICIURA, S. C. M.; REGITANO, L. C. de A. |
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Afiliação: |
JENNIFER JESSICA BRUSCADIN, UFSCAR; MARCELA MARIA DE SOUZA, IOWA STATE UNIVERSITY; KARINA SANTOS DE OLIVEIRA, UFSCAR; MARINA IBELLI PEREIRA ROCHA, UFSCAR; JULIANA AFONSO, ESALQ/USP; TAINÃ FIGUEIREDO CARDOSO; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; LUIZ LEHMANN COUTINHO, ESALQ/USP; SIMONE CRISTINA MEO NICIURA, CPPSE; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
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Título: |
Muscle allele-specific expression QTLs may affect meat quality traits in Bos indicus. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
Scientific Reports, v. 11, p. 1-14, 2021. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1038/s41598-021-86782-2 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Article number: 7321. |
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Conteúdo: |
Abstract. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) located in transcript sequences showing allele-specific expression (ASE SNPs) were previously identified in the Longissimus thoracis muscle of a Nelore (Bos indicus) population consisting of 190 steers. Given that the allele-specific expression pattern may result from cis-regulatory SNPs, called allele-specific expression quantitative trait loci (aseQTLs), in this study, we searched for aseQTLs in a window of 1 Mb upstream and downstream from each ASE SNP. After this initial analysis, aiming to investigate variants with a potential regulatory role, we further screened our aseQTL data for sequence similarity with transcription factor binding sites and microRNA (miRNA) binding sites. These aseQTLs were overlapped with methylation data from reduced representation bisulfite sequencing (RRBS) obtained from 12 animals of the same population. We identified 1134 aseQTLs associated with 126 different ASE SNPs. For 215 aseQTLs, one allele potentially affected the affinity of a muscle-expressed transcription factor to its binding site. 162 aseQTLs were predicted to affect 149 miRNA binding sites, from which 114 miRNAs were expressed in muscle. Also, 16 aseQTLs were methylated in our population. Integration of aseQTL with GWAS data revealed enrichment for traits such as meat tenderness, ribeye area, and intramuscular fat . To our knowledge, this is the first report of aseQTLs identification in bovine muscle. Our findings indicate that various cis-regulatory and epigenetic mechanisms can affect multiple variants to modulate the allelic expression. Some of the potential regulatory variants described here were associated with the expression pattern of genes related to interesting phenotypes for livestock. Thus, these variants might be useful for the comprehension of the genetic control of these phenotypes. MenosAbstract. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) located in transcript sequences showing allele-specific expression (ASE SNPs) were previously identified in the Longissimus thoracis muscle of a Nelore (Bos indicus) population consisting of 190 steers. Given that the allele-specific expression pattern may result from cis-regulatory SNPs, called allele-specific expression quantitative trait loci (aseQTLs), in this study, we searched for aseQTLs in a window of 1 Mb upstream and downstream from each ASE SNP. After this initial analysis, aiming to investigate variants with a potential regulatory role, we further screened our aseQTL data for sequence similarity with transcription factor binding sites and microRNA (miRNA) binding sites. These aseQTLs were overlapped with methylation data from reduced representation bisulfite sequencing (RRBS) obtained from 12 animals of the same population. We identified 1134 aseQTLs associated with 126 different ASE SNPs. For 215 aseQTLs, one allele potentially affected the affinity of a muscle-expressed transcription factor to its binding site. 162 aseQTLs were predicted to affect 149 miRNA binding sites, from which 114 miRNAs were expressed in muscle. Also, 16 aseQTLs were methylated in our population. Integration of aseQTL with GWAS data revealed enrichment for traits such as meat tenderness, ribeye area, and intramuscular fat . To our knowledge, this is the first report of aseQTLs identification in bovine muscle. Our findings indicate that var... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Allele-specific expression; Allelic expression; Expressão alélica; Imprint genômico; Loci de característica quantitativa; Polimorfismo de nucleotídeo único. |
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Thesagro: |
Bos Indicus; Gado Nelore. |
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Thesaurus Nal: |
Genomic imprinting; Quantitative trait loci; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
--
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/225232/1/MuscleAlleleSpecific.pdf
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Marc: |
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001 2133623
005 2021-08-17
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
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| Registros recuperados : 227 | |
| 162. |  | CRAVO, M. da S.; DIAS, M. C.; XAVIER, J. J. B. N.; BARRETO, J. F.; MARTINS, G. C. Uso agrícola atual e potencial das várzeas do Estado do Amazonas. In: WORKSHOP SOBRE AS POTENCIALIDADES DE USO DO ECOSSISTEMA DE VÁRZEAS DA AMAZÔNIA, 1., 1996, Boa Vista, RR. Anais... Manaus: EMBRAPA-CPAA, 1996. p. 69-83. (EMBRAPA-CPAA. Documentos, 7).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 163. | | TEIXEIRA, W. G.; ARRUDA, W.; SHINZATO, E.; MACEDO, R. S.; MARTINS, G. C.; LIMA, H. N.; RODRIGUES, T. E. Solos. In: TEIXEIRA, W. G.; ARRUDA, W.; SHINZATO, E.; MACEDO, R. S.; MARTINS, G. C.; LIMA, H. N.; RODRIGUES, T. E. Geodiversidade do Estado do Amazonas. Manaus: CPRM, 2010. cap. 6, p. 71-86.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Solos. |
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| 167. | | CORRÊA, R. B.; BRAGA, I. G.; ALMEIDA, H.; MARTINS, G. C.; MELÉM JÚNIOR, N. J.; TEIXEIRA, W. G.; MUNIZ, A. W. Análise de componentes principais de características químicas e físicas de terra preta de índio nos municípios de Magazão e Laranjal do Jari, AP. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 31.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 15.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 13.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 10., 2014, Araxá. Fertilidade e biologia do solo: integração e tecnologias para todos: anais. Araxá: Núcleo Regional Leste da Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2014. FertBio 2014.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Solos. |
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| 168. | | ALMEIDA, H.; BRAGA, I. G.; CORRÊA, R. B.; COSTA, F. de S.; MARTINS, G. C.; TEIXEIRA, W. G.; SILVA, T. A. C.; MUNIZ, A. W. Análise de componentes principais de características químicas em geoglifos no Acre. In: FERTBIO, 2014, Araxá. Fertilidade e biologia do solo: integração e tecnologia para todos. Viçosa: SBCS, 2014.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 169. | | ALMEIDA, H.; BRAGA, I. G.; CORRÊA, R. B.; COSTA, F. de S.; MARTINS, G. C.; TEIXEIRA, W. G.; SILVA, T. A. C.; MUNIZ, A. W. Análise de componentes principais de características químicas em geoglifos no Acre. In: FERTBIO, 2014, Araxá. Fertilidade e biologia do solo: integração e tecnologia para todos. Viçosa: SBCS, 2014.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Acre; Embrapa Solos. |
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| 170. | | BRAGA, I. G.; ALMEIDA, H.; CORRÊA, R. B.; MARTINS, G. C.; OLIVEIRA JUNIOR, R. C. de O.; TEIXEIRA, W. G.; LIMA, A. B.; MUNIZ, A. W. Análise de componentes principais de características químicas de terra preta de índio no município de Santarém, PA. In: FERTBIO, 2014. Araxá. Fertilidade e biologia do solo: integração e tecnologia para todos. Viçosa: SBCS, 2014. 1 p.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 171. | | BRAGA, I. G.; ALMEIDA, H.; CORRÊA, R. B.; MARTINS, G. C.; OLIVEIRA JUNIOR, R. C. de; TEIXEIRA, W. G.; LIMA, A. B.; MUNIZ, A. W. Análise de componentes principais de características químicas de terra preta de índio no município de Santarém, PA. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 31.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 15.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 13.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 10., 2014, Araxá. Fertilidade e biologia do solo: integração e tecnologias para todos: anais. Araxá: Núcleo Regional Leste da Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2014. Fertbio 2014.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Solos. |
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| 172. | | BARRETO, J. F.; MARTINS, G. C.; XAVIER, J. J. B. N.; DIAS, M. C.; FUKUDA, W. M. G.; COSTA, I. R. S. Caracterizacao morfologica e agronomica de germoplasma de mandioca (Manihot esculenta Crantz) no Amazonas. In: SIMPOSIO DE RECURSOS GENETICOS PARA AMERICA LATINA E CARIBE, 2., 1999, Brasilia, DF. Anais... Brasilia: Embrapa Recursos Geneticos e Biotecnologia, 1999. CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 173. | | BARRETO, J. F.; MARTINS, G. C.; XAVIER, J. J. B. N.; DIAS, M. C.; FUKUDA, W. M. G.; COSTA, I. R. S. Caracterização morfológica e agronômica de germoplasma de mandioca (Manihot esculenta Crantz) no Amazonas. In: SIMPÓSIO DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA E CARIBE - SIRGEALC, 2., 1999, Brasília. Anais... Brasília: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 1999. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 174. | | MACEDO, R. S.; TEIXEIRA, W. G.; NEVES JUNIOR, A. F.; MARTINS, G. C.; CRUZ, M. E. G. da; ENCINAS, O. C.; RODRIGUES, M. do R. L. Caracterização da dinâmica de nutrientes em solos sob floresta primária e em clareiras de diferentes idades de reflorestamento na província petrolífera de Urucu - Coari, AM. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 28.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 12.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 10.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 7., 2008, Londrina. Desafios para o uso do solo com eficiência e qualidade ambiental: anais. Londrina: Embrapa Soja: SBCS: IAPAR, UEL, 2008. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 175. | | MACEDO, R. S.; TEIXEIRA, W. G.; NEVES JUNIOR, A. F.; MARTINS, G. C.; CRUZ, M. E. G. da; ENCINAS, O. C.; RODRIGUES, M. do R. L. Caracterização da dinâmica de nutrientes em solos sob floresta primária e em clareiras de diferentes idades de reflorestamento na província petrolífera de Urucu - Coari, AM. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 28.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 12.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 10.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 7., 2008, Londrina. Desafios para o uso do solo com eficiência e qualidade ambiental: anais. Londrina: Embrapa Soja: SBCS: IAPAR, UEL, 2008. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
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| 176. | | MACEDO, R. S.; TEIXEIRA, W. G.; MARTINS, G. C.; SOUZA, A. C. G. de; ENCINAS, O. C.; ROSSI, L. M. B. Distribuição da precipitação pluviométrica e erosividade da chuva em eventos de alta intensidade na Província Petrolífera de Urucu, município de Coari, AM. In: REUNIÃO CIENTÍFICA DA REDE CTPETRO AMAZÔNIA, 3., 2010, Manaus. Tecnologias para a recuperação de ecossistemas e conservação da biodiversidade na Amazônia brasileira. Manaus: Rede CTPetro Amazônia, 2010. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 177. | | BARRETO, J. F.; MARTINS, G. C.; DIAS, M. C.; XAVIER, J. J. B. N.; CASTRO, E. da M. de; MORAIS, O. P. de. Desempenho de genótipos de arroz de sequeiro em terra preta do índio. In: CONGRESSO DA CADEIA PRODUTIVA DE ARROZ, 1.; REUNIÃO NACIONAL DE PESQUISA DE ARROZ - RENAPA, 7., 2002, Florianópolis. Anais... Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2002. p. 144-146. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 134).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 178. | | BARRETO, J. F.; MARTINS, G. C.; DIAS, M. C.; XAVIER, J. J. B. N.; CASTRO, E. da M. de; MORAIS, O. P. de. Desempenho de genótipos de arroz de sequeiro em terra preto do índio. In: CONGRESSO DA CADEIA PRODUTIVA DE ARROZ, 1.; REUNIÃO NACIONAL DE PESQUISA DE ARROZ - RENAPA, 7., 2002, Florianópolis. Anais... Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2002. p. 144-146. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 134).| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 179. | | MACEDO, R. S.; TEIXEIRA, W. G.; ENCINAS, O. C.; SOUZA, A. C. G. DE; MARTINS, G. C.; ROSSI, L. M. B. Determinação do fator erodibilidade de diferentes classes de solo do Estado do Amazonas (métodos indiretos) e de um Cambissolo Háplico (método direto) na Província Petrolífera de Urucu, Coari - AM. In: REUNIÃO CIENTÍFICA DA REDE CTPETRO AMAZÔNIA, 3., 2010, Manaus. Tecnologias para a recuperação de ecossistemas e conservação da biodiversidade na Amazônia brasileira. Manaus: Rede CTPetro Amazônia, 2010. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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