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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
03/05/2021 |
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Data da última atualização: |
12/08/2021 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
BRUSCADIN, J. J.; SOUZA, M. M. DE; OLIVEIRA, K. S. DE; ROCHA, M. I. P.; AFONSO, J.; CARDOSO, T. F.; ZERLOTINI NETO, A.; COUTINHO, L. L.; NICIURA, S. C. M.; REGITANO, L. C. de A. |
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Afiliação: |
JENNIFER JESSICA BRUSCADIN, UFSCAR; MARCELA MARIA DE SOUZA, Iowa State University; KARINA SANTOS DE OLIVEIRA, UFSCAR; MARINA IBELLI PEREIRA ROCHA, UFSCAR; JULIANA AFONSO, USP ESALQ; TAINÃ FIGUEIREDO CARDOSO, FAPESP; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; LUIZ LEHMANN COUTINHO, USP ESALQ; SIMONE CRISTINA MEO NICIURA, CPPSE; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
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Título: |
Muscle allele-specifc expression QTLs may afect meat quality traits in Bos indicus. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
Scientific Reports, v.11, p.1-14, 2021. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1038/s41598-021-86782-2 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Article number: 7321. |
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Conteúdo: |
Single nucleotide polymorphisms (SNPs) located in transcript sequences showing allele-specifc expression (ASE SNPs) were previously identifed in the Longissimus thoracis muscle of a Nelore (Bos indicus) population consisting of 190 steers. Given that the allele-specifc expression pattern may result from cis-regulatory SNPs, called allele-specifc expression quantitative trait loci (aseQTLs), in this study, we searched for aseQTLs in a window of 1 Mb upstream and downstream from each ASE SNP. After this initial analysis, aiming to investigate variants with a potential regulatory role, we further screened our aseQTL data for sequence similarity with transcription factor binding sites and microRNA (miRNA) binding sites. These aseQTLs were overlapped with methylation data from reduced representation bisulfte sequencing (RRBS) obtained from 12 animals of the same population. We identifed 1134 aseQTLs associated with 126 diferent ASE SNPs. For 215 aseQTLs, one allele potentially afected the afnity of a muscle-expressed transcription factor to its binding site. 162 aseQTLs were predicted to afect 149 miRNA binding sites, from which 114 miRNAs were expressed in muscle. Also, 16 aseQTLs were methylated in our population. Integration of aseQTL with GWAS data revealed enrichment for traits such as meat tenderness, ribeye area, and intramuscular fat . To our knowledge, this is the frst report of aseQTLs identifcation in bovine muscle. Our fndings indicate that various cis-regulatory and epigenetic mechanisms can afect multiple variants to modulate the allelic expression. Some of the potential regulatory variants described here were associated with the expression pattern of genes related to interesting phenotypes for livestock. Thus, these variants might be useful for the comprehension of the genetic control of these phenotypes. MenosSingle nucleotide polymorphisms (SNPs) located in transcript sequences showing allele-specifc expression (ASE SNPs) were previously identifed in the Longissimus thoracis muscle of a Nelore (Bos indicus) population consisting of 190 steers. Given that the allele-specifc expression pattern may result from cis-regulatory SNPs, called allele-specifc expression quantitative trait loci (aseQTLs), in this study, we searched for aseQTLs in a window of 1 Mb upstream and downstream from each ASE SNP. After this initial analysis, aiming to investigate variants with a potential regulatory role, we further screened our aseQTL data for sequence similarity with transcription factor binding sites and microRNA (miRNA) binding sites. These aseQTLs were overlapped with methylation data from reduced representation bisulfte sequencing (RRBS) obtained from 12 animals of the same population. We identifed 1134 aseQTLs associated with 126 diferent ASE SNPs. For 215 aseQTLs, one allele potentially afected the afnity of a muscle-expressed transcription factor to its binding site. 162 aseQTLs were predicted to afect 149 miRNA binding sites, from which 114 miRNAs were expressed in muscle. Also, 16 aseQTLs were methylated in our population. Integration of aseQTL with GWAS data revealed enrichment for traits such as meat tenderness, ribeye area, and intramuscular fat . To our knowledge, this is the frst report of aseQTLs identifcation in bovine muscle. Our fndings indicate that various cis-regulatory and ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Animal biotechnology; Functional genomics; Gene regulation. |
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Thesaurus Nal: |
Animal breeding; Gene expression; Genetic markers; Genetics; Genome; Genomics; Genotype. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/225126/1/Muscle-Allele-Specifc.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
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| 23. |  | NINOV, K.; LEDUR, M. C.; NONES, K.; COLDEBELLA, A.; BERTOL, T. M.; CAETANO, A. R.; COUTINHO, L. L. Associação de poliformismos de base única (SNP) no íntron 8 gene do receptor da leptina em galinhas com rendimento de órgãos. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 44., 2007, Jaboticabal. O avanço científico e tecnológico na produção animal: anais. Jaboticabal: Sociedade Brasileira de Zootecnia: UNESP, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, 2007. 3 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 24. | | NINOV, K.; LEDUR, M. C.; NONES, K.; COLDEBELLA, A.; BERTOL, T. M.; CAETANO, A. R.; COUTINHO, L. L. Associação de polimorfismo de base única (SNP) no íntron 8 do gene do receptor da leptina em galinhas com rendimento de órgãos. In: REUNIAO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 44., 2007, Jaboticabal. Anais... Jaboticabal: SBZ, 2007. 1 CD-ROM. Projeto n. 02.03.21.600-01.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 25. | | RAMOS, S. B.; NUNES, B. N.; LEDUR, M. C.; NONES, K.; KLEIN, C. H.; COUTINHO, L. L.; MUNARI, D. P. Associações genéticas e ambientais entre peso corporal ao abate e deposição de gordura na carcaça de aves resultantes do cruzamento de linhagens de corte e postura. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 53., 2007, Águas de Lindóia. Anais. Águas de Lindóia: SGB, 2007. p. 167. Projeto n. 01.02.10.210-10.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 26. | | BOSCHIERO, C.; NONES, K.; ROSÁRIO, M. F.; LEDUR, M. C.; COUTINHO, L. L.; MOURA, A. S. M. T. Análise de meio-irmãos para o mapeamento fino de uma região associada a QTLs no cromosso 1 da galinha. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 54., 2008, Salvador. Anais. Salvador: SBG, 2008 p. 241. Projeto/Plano de Ação: 01.02.10.210-10.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 28. | | ZANELLA, R.; CANTAO, M. E.; PEIXOTO, J. de O.; PANDOLFI, J. R. C.; COUTINHO, L. L.; LEDUR, M. C. Collaborative effort to identify genes involved with bone related traits in broiler chickens. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 21., 2013, San Diego. Abstracts... Jersey City: Scherago International, 2013. P0640.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 29. | | SILVA, F. E. J.; PACKER, I. U.; SILVA, N. A.; COUTINHO, L. L.; LEDUR, M. C.; ROSÁRIO, M. F. Caracterização genotípica de populações recíprocas brasileiras da galinha usando marcadores microssatélites no cromossomo 5 In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 55, 2009, Águas de Lindóia. Anais... Águas de Lindóia:SBG, p. 152, 2009. Projeto/Plano de Ação: 01.06.106.03-05| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 30. | | TAMBASCO, D. D.; ALENCAR, M. M. de; COUTINHO, L. L.; TAMBASCO, M. D.; REGITANO, L. C. de A. Caracterização molecular de animais da raça Nelore utilizando microssatélites e genes candidatos. Revista Brasileira Zootecnia, v.29, n,4, p.1044-1049, 2000.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 31. | | FAUSTO, D. A.; FERRAZ, A. L.; DELGADO, E. F.; ANDRADE, S. C. S.; COUTINHO, L. L.; FEIJO, G. L. D. Changes muscle gene expression profile in Bos indicus cows submitted to medium and high gain rates during recovery from undernutrition In: ANNUAL MEETING BRAZILIAN SOCIETY OF ANIMAL SCIENCE, 50., 2013, Campinas. The integration of Knowledge in animal production - abstracts. Campinas: SBZ, 2013 I CD ROM| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 32. | | CONTEVILLE, L. C.; ANDRADE, B. G.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Carbohydrate active enzymes in metagenome-assembled genomes from ruminal and stool microbiomes of nelore cattle. In: BRAZILIAN CONGRESS OF GENETICS, 67., 2022, Natal. [Abstracts]. Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2022. p. 426. e-book. Na publicação: Adhemar Zerlotini, Luciana de Almeida Regitano.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 34. | | MOREIRA, G. C. M.; PÉRTILLE, F.; GODOY, T. F.; BRASSOLOTI, R.; BOSCHIERO, C.; LEDUR, M. C.; COUTINHO, L. L. Discovery of candidate genes for fatness in chickens based on genotyping with 600K SNP chip in a QTL region. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 60., 2014, Guarujá. Resumos? Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2014. p. 64| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 36. | | TREVISAN, L.; ATTILIO, D. B.; NINOV, K.; PADUAN, M.; LEDUR, M. C.; COUTINHO, L. L.; ROSÁRIO, M. F. do. Desenho e otimização de primers do gene FGF2 associado ao crescimento da galinha doméstica. In: SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO, 20., 2012, Pirassununga. [Resumos]. São Paulo: USP, 2012. SIICUSP 2012.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 37. | | PINTO, L. F. P.; PACKER, I. U.; LEDUR, M. C.; NONES, K.; ENCISO-PÉREZ, M.; COUTINHO, L. L. Efeito epistático de QTLs para peso vivo em frangos. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 44., 2007, Jaboticabal. Anais... Jaboticabal: SBZ, 2007. 1 CD-ROM. Projeto n. 16.00.30.001-16| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
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| 38. | | COUTINHO, L. L.; JORGE, E. C.; ROSÁRIO, M. F. do; MOURA, A. S. A. M. T.; LEDUR, M. C. Genômica animal. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ZOOTECNIA, 17.; CONGRESSO INTERNACIONAL DE ZOOTECNIA, 9., 2007, Londrina, PR. Anais... Londrina: UEL/ ABZ, 2007. p.429-441 Projeto n. 01.02.102.10-10.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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| 39. | | PEIXOTO, J. de O.; PERI, E.; COLDEBELLA, A.; TESSMANN, A. L.; COUTINHO, L. L.; LEDUR, M. C. Influence of the A286G polymorphism in the LEPR gene on carcass traits in a paternal broiler line. In: WORLD´S POULTRY CONGRESS, 24., 2012, Salvador. Abstract... Salvador: WSPA, 2012. 1 CD-ROM. World's Poultry Science Journal, v. 68, supl. 1, 2012. Projeto/Plano de Ação: 01.06.01.006.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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