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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
14/03/2011 |
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Data da última atualização: |
14/03/2011 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
ALMEIDA, J. D. de; BARROS, L. M. G.; SANTOS, D. B. M.; COTTA, M. G.; BARBOSA, E. A.; CAÇÃO, S. B.; EIRA, M. T. S. da; ALVES, G. S. C.; VINECKY, F.; PEREIRA, L. F. P.; SILVA, F. R. da; ANDRADE, A. C.; MARRACCINI, P.; CARNEIRO, M. |
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Afiliação: |
JULIANA DANTAS DE ALMEIDA, CENARGEN; LEILA MARIA GOMES BARROS, CENARGEN; IAPAR; MIRIAN THEREZINHA SOUZA DA EIRA, SAPC; LUIZ FILIPE PROTASIO PEREIRA, SAPC; ALAN CARVALHO ANDRADE, CENARGEN; CIRAD UMR-DAP; MAURO CARNEIRO, CENARGEN. |
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Título: |
Prospection of tissue specific promoters in coffee. |
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Ano de publicação: |
2008 |
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Fonte/Imprenta: |
In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 22. 2008, Campinas, São Paulo, Brazil. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The majority of transgenic organisms reported in the literature have been made using constitutive promoters. However, there are economic, environmental and biosecurity related restrictions involving indiscriminate (constitutive) expression of heterologous genes. The usage of tissue-specific and induced promoters can resolve those issues by limiting the expression of a transgene to the necessary tissues and conditions. The promoters currently used at Embrapa are transnational properties, burdening the research and causing technological dependence. Therefore, the objective of this work was to find and characterize tissue and organ specific promoter in Coffea spp. We have used the Coffee genome database in silico tools to find genes preferentially expressed in root, leaf and fruit. In this way we found 72 organ-specific candidates: 18 apparently preferentially expressed on leaves, 14 on roots and 40 on fruits. Some of those candidates were tested in vitro using RT-PCR, semiquantitative PCR, northern blotting and qPCR assays. All four leaf-specific candidates tested (GCFo1, GCFo2, GCFo3 and GCFo4) and at least one of the two fruit-specific candidates tested (GCFr1 e GCFr2) where confirmed to be preferentially expressed on their respective organs. Temporal and spatial expression assays showed that GCFr2 has its expression peak at the endosperm, 180 days after flowering. The highest expressed genes of leaf (GCFo3 and GCFo4) and fruit (GCFr2) were used as probes to isolate its respective promoter through a BAC libraries screening or using the Genome Walker Universal Kit (Clontech). Results concerning gene expression and the molecular characterization of these genes will be presented. MenosThe majority of transgenic organisms reported in the literature have been made using constitutive promoters. However, there are economic, environmental and biosecurity related restrictions involving indiscriminate (constitutive) expression of heterologous genes. The usage of tissue-specific and induced promoters can resolve those issues by limiting the expression of a transgene to the necessary tissues and conditions. The promoters currently used at Embrapa are transnational properties, burdening the research and causing technological dependence. Therefore, the objective of this work was to find and characterize tissue and organ specific promoter in Coffea spp. We have used the Coffee genome database in silico tools to find genes preferentially expressed in root, leaf and fruit. In this way we found 72 organ-specific candidates: 18 apparently preferentially expressed on leaves, 14 on roots and 40 on fruits. Some of those candidates were tested in vitro using RT-PCR, semiquantitative PCR, northern blotting and qPCR assays. All four leaf-specific candidates tested (GCFo1, GCFo2, GCFo3 and GCFo4) and at least one of the two fruit-specific candidates tested (GCFr1 e GCFr2) where confirmed to be preferentially expressed on their respective organs. Temporal and spatial expression assays showed that GCFr2 has its expression peak at the endosperm, 180 days after flowering. The highest expressed genes of leaf (GCFo3 and GCFo4) and fruit (GCFr2) were used as probes to isolate its resp... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Coffee. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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520 $aThe majority of transgenic organisms reported in the literature have been made using constitutive promoters. However, there are economic, environmental and biosecurity related restrictions involving indiscriminate (constitutive) expression of heterologous genes. The usage of tissue-specific and induced promoters can resolve those issues by limiting the expression of a transgene to the necessary tissues and conditions. The promoters currently used at Embrapa are transnational properties, burdening the research and causing technological dependence. Therefore, the objective of this work was to find and characterize tissue and organ specific promoter in Coffea spp. We have used the Coffee genome database in silico tools to find genes preferentially expressed in root, leaf and fruit. In this way we found 72 organ-specific candidates: 18 apparently preferentially expressed on leaves, 14 on roots and 40 on fruits. Some of those candidates were tested in vitro using RT-PCR, semiquantitative PCR, northern blotting and qPCR assays. All four leaf-specific candidates tested (GCFo1, GCFo2, GCFo3 and GCFo4) and at least one of the two fruit-specific candidates tested (GCFr1 e GCFr2) where confirmed to be preferentially expressed on their respective organs. Temporal and spatial expression assays showed that GCFr2 has its expression peak at the endosperm, 180 days after flowering. The highest expressed genes of leaf (GCFo3 and GCFo4) and fruit (GCFr2) were used as probes to isolate its respective promoter through a BAC libraries screening or using the Genome Walker Universal Kit (Clontech). Results concerning gene expression and the molecular characterization of these genes will be presented.
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 49 | |
| 4. |  | SOUSA, H. R.; COTTA, M. G.; RODRIGUES, G. C.; ALMEIDA, J. D.; CARNEIRO, M.; BARROS, L. M. G. Isolamento de RNA de diferentes órgãos de Coffea arabica adequado para ensaios de expressão gênica. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 13., 2008, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2008. Resumo 045. p. 85.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 5. | | COTTA, M. G.; MARRACCINI, P.; REGO, E. C. S.; SIDIBE-BOCS, S.; CARNEIRO, F. A.; THIS, D.; ANDRADE, A. C. First step of ABA-mediated response to drought in Coffea. In: In: INTERNATIONAL CONGRESS OF PLANT MOLECULAR BIOLOGY, 11., 2015, Iguassu Falls, Brazil. Book of Abstracts... Rockville, USA: American Society of Plant Biologists, 2015. p. 0881.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 6. | | COTTA, M. G.; VERAS, H. C. T.; BARROS, L. M. G.; ABDELNOOR, R. V.; ALMEIDA, J. D.; SILVA, F. R. Finding novel tissue-specific genes using the new publically available soybean est database. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 55., 2009, Águas de Lindóia. Charles Darwin: a origem das espécies: o livro que transformou a humanidade. Resumos... Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2009. p. 86.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 7. | | COTTA, M. G.; BARROS, L. M. G.; ALMEIDA, J. D. de; ANDRADE, A. C.; CARNEIRO, M.; MARRACCINI, P. Validation of coffee seed promoter in nicotiana tabacum. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE BIOTECNOLOGIA, 3., 2010, Fortaleza. Programa e resumos. Brasília, DF: SBBiotec, 2010. p. 256.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 8. | | ANDRADE, L. R. M. de; BARROS, L. M. G.; ECHEVARRIA, G. F.; AMARAL, L. I. V. do; COTTA, M. G.; ROSSATTO, D. R.; HARIDASAN, M.; FRANCO, A. C. Al-hyperaccumulator Vochysiaceae from the Brazilian Cerrado store aluminum in their chloroplasts without apparent damage. Environmental and Experimental Botany, v. 70, p. 37-42, 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 9. | | ANDRADE, L. R. M. de; BARROS, L. M. G.; ECHEVARRIA, G. F.; AMARAL, L. I. V.; COTTA, M. G.; ROSSATO, D. R.; HARIDASAN, M.; FRANCO, A. C. Al-hyperaccumulator vochysiaceae from the Brazilian Cerrado store aluminum in their chloroplasts without apprent damage. Environmental and experimental botany, v. 70, p. 37-42, 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 10. | | ANDRADE, L. R. M. de; FRANCO, A. C.; HARIDASAN, M.; BARROS, L. M. G.; GEEST, J. J. Van D.; COTTA, M. G.; RIBEIRO, D. G. Alumínio nos ápices radiculares de espécies nativas do Cerrado. Brazilian Journal of Plant Physiology, Campinas, v. 19, 2007. Suplemento. 1 CD-ROM. Edição dos Resumos do XI Congresso Brasileiro de Fisiologia Vegetal, Gramado, set. 2007.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 11. | | ANDRADE, L. R. M. de; FRANCO, A. C.; HARIDASAN, M.; BARROS, L. M. G.; GEEST, J. J. Van Der; COTTA, M. G.; RIBEIRO, D. G. Alumínio nos ápices radiculares de espécies nativas do Cerrado. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FISIOLOGIA VEGETAL, 11., 2007, Gramado, RS. Fotossíntese: a essência da vida: [Resumos...]. Pelotas, RS: SBFV, 2007. Publicado também em: Brazilian Journal of Plant Physiology, v. 19, supl., 2007.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 13. | | BARROS, L. M. G.; ANDRADE, L. R. M. de; GEEST, J. J. Van Der; COTTA, M. G.; RIBEIRO, D. G.; FRANCO, A. C.; BECQUER, T. Acumulação de alumínio em teceidos foliares de espécies nativas do Cerrado. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FISIOLOGIA VEGETAL, 11., 2007, Gramado, RS. Fotossíntese: a essência da vida: [Resumos...]. Pelotas, RS: SBFV, 2007. Publicado também em: Brazilian Journal of Plant Physiology, v. 19, supl., 2007.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 14. | | BARROS, L. M. G.; ANDRADE, L. R. M. de; GEEST, J. J. Van D.; COTTA, M. G.; RIBEIRO, D. G.; FRANCO, A. C.; BECQUER, T. Acumulação de alumínio em tecidos foliares de espécies nativas do Cerrado. Brazilian Journal of Plant Physiology, Campinas, v. 19, 2007. Suplemento. 1 CD-ROM. Edição dos Resumos do XI Congresso Brasileiro de Fisiologia Vegetal, Gramado, set. 2007.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 15. | | COSTA, T. S.; CARNEIRO, F. A.; COTTA, M. G.; LIMA, E. A.; RÊGO, E. C. S.; MARRACCINI, P.; ANDRADE, A. C. Analysis of the expression of mannose-6-phosphate reductase gene in roots of different clones of C. canephora subbmited to water deficit. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFE SCIENCE, 26., 2016, China. The programm & abstrcets... China: Asic, 2016. p. 186.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 16. | | COTTA, M. G.; BARBOSA, E. A.; ABREU, M. S.; ANDRADE, A. C.; MARRACCINI, P.; CARNEIRO, M.; BARROS, L. M. G.; ALMEIDA, J. Isolamento de promotor preferencialmente expresso em endosperma de café. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 13., 2008, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2008. Resumo 042. p. 82.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 17. | | COSTA, T. S.; MELO, J. A. T.; CARNEIRO, F. A.; VIEIRA, N. G.; RÊGO, E. C. S.; LIMA, E. A.; COTTA, M. G.; MARRACCINI, P.; ANDRADE, A. C. Expression of candidates genes for drought tolerance related to ABA signaling in roots of C. Canephora. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE BIOTECNOLOGIA, 6., 2015, Brasília. [Resumos]. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Biotecnologia, 2015.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 18. | | COTTA, M. G.; BOCS, S.; REGO, E. C. S.; COSTA, T. S.; AQUINO, S. O. de; CARNEIRO, F. De A.; THIS, D.; MARRACCINI, P.; ANDRADE, A. C. Estudo das famílias gênicas CcPYL, CcPP2C e CcSnRK2: componentes centrais na via aba-dependente para a resposta ao déficit hídrico em Coffea Canephora. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 9., Curitiba. Brasília, DF: Embrapa Café, 2015.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 19. | | COTTA, M. G.; RÊGO, E. C. S.; BOCS, S. S.; COSTA, T. S.; DUFAYARD, J-F.; THIS, DOMINIQUE; MARRACCNINI, P.; ANDRADE, A. C. The first step of ABA perception and signal transduction in coffe: evolutionary and expressionof PYR/PYL/RCARs, PP2Cs and SnRK2s genes in C canephora under drought. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFE SCIENCE, 26., 2016, China. The programm & abstrcets... China: Asic, 2016.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 20. | | COTTA, M. G.; VERAS, H C. T.; BARROS, L. M. G.; ABDELNOOR, R. V.; ALMEIDA, J. D. D.; SILVA, F. R. de. Finding novel tissue-specific genes using the new publically available soybean est database. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 55., 2009, Águas de Lindóia, SP. Resumos... Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2009. p. 86.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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