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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
02/12/2010 |
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Data da última atualização: |
15/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
REIS, O.; COSTA, G. G. L.; HERAI, R. H.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G. |
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Afiliação: |
LGE/UNICAMP; LGE/UNICAMP; LGE/UNICAMP, LBA/CNPTIA; LGE, CENAPAD/UNICAMP; LGE/UNICAMP. |
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Título: |
RNA-seq: the need for biological replicates. |
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Ano de publicação: |
2010 |
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Fonte/Imprenta: |
In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 6., 2010, Ouro Preto. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2010. |
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Páginas: |
p. 194. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
AB3C X-meeting 2010. |
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Conteúdo: |
RNA-seq provides a way to analyze entire transcriptomes with deep coverage and base level resolution and it is gradually replacing microarrays for gene expression analyses. In the past few years, many statistical methods have been developed to improve the detection of differentially expressed genes from RNA-seq. However the replacing of microarrays by RNA-seq has been often accompanied by decline in experimental design quality, as many groups working with RNA-seq are not using biological replicates. For any statistical inference it is necessary replication, for example, if you ?nd a couple of genes that are upregulated in the treatment in comparison to the value in control, without replication you can not know if that is effect of random variability or an actual effect of the treatment. Furthermore, without biological replicates it is too dif?cult to estimate the sample variation. The authors of EdgeR and DESeq propose a similar method to work without replicates. They propose an approach to infer an upper limit for the sample variance that uses both treatment and control as they were biological replicates. If it is expected that the most genes are not differently regulated, the calculated sample variance should be close to real sample variance. In this work, we evaluate the effect of working with and without biological replicates on the list of differentially expressed genes obtained. We show that the use of proper biological replicates is important to get good sensitivity to detect differentially expressed genes, showing that the replacement of microarrays by RNA-seq does not justify the use of an inferior experimental design. MenosRNA-seq provides a way to analyze entire transcriptomes with deep coverage and base level resolution and it is gradually replacing microarrays for gene expression analyses. In the past few years, many statistical methods have been developed to improve the detection of differentially expressed genes from RNA-seq. However the replacing of microarrays by RNA-seq has been often accompanied by decline in experimental design quality, as many groups working with RNA-seq are not using biological replicates. For any statistical inference it is necessary replication, for example, if you ?nd a couple of genes that are upregulated in the treatment in comparison to the value in control, without replication you can not know if that is effect of random variability or an actual effect of the treatment. Furthermore, without biological replicates it is too dif?cult to estimate the sample variation. The authors of EdgeR and DESeq propose a similar method to work without replicates. They propose an approach to infer an upper limit for the sample variance that uses both treatment and control as they were biological replicates. If it is expected that the most genes are not differently regulated, the calculated sample variance should be close to real sample variance. In this work, we evaluate the effect of working with and without biological replicates on the list of differentially expressed genes obtained. We show that the use of proper biological replicates is important to get good sensitivity t... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Repetições biológicas; RNA sequences; Sequências de RNA. |
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Thesaurus Nal: |
Sequence analysis. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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| Registros recuperados : 33 | |
| 3. |  | LOCATELLI, M.; GONÇALVES, E. L.; MARTINS, E. P.; MARCANTE, P. H.; COSTA, G. G.; REIS, M. C. dos. Avaliação das características do solo em uma recuperação de mata ciliar no município de ouro preto d'oeste, Rondônia. In: REUNIÃO DE CIÊNCIA DO SOLO DA AMAZÔNIA OCIDENTAL, 2., 2014, Porto Velho. Anais... Porto Velho: Núcleo Regional Amazônia Ocidental da Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2014. p. 17-22. 5 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Rondônia. |
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| 4. | | TORRES FILHO, J.; NUNES, G. H. de S.; CAVALCANTI, J. J. V.; COSTA FILHO, J. H. da; COSTA, G. G. Caracterização morfológica de acessos de meloeiro coletados no Nordeste brasileiro. Caatinga, Mossoró, v. 22, n. 3, p. 174-181, 2009.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 4 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria Tropical. |
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| 6. | | SILVA, J. M.; NUNES, G. H. de S.; COSTA, G. G.; ARAGAO, F. A. S. de; MAIA, L. K. R. Implicações da interação genótipos x ambientes sobre ganhos com a seleção em meloeiro. Ciência Rural, Santa Maria, v. 41, n. 1, p. 51-56, 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria Tropical. |
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| 8. | | NASCIMENTO, L. C. do; COSTA, G. G. L.; BINNECK, E.; PEREIRA, G. A. G.; CARAZZOLLE, M. F. A web-based bioinformatics interface applied to the GENOSOJA Project: databases and pipelines. Genetics and Molecular Biology, Ribeirão Preto, v. 35, n. 1, suppl., p. 203-211, May 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 9. | | DI GIOVANNI, P. C.; COSTA, G. G. G.; OLIVEIRA, H. T.; PRIMAVESI, O. M. A. S. P. R.; FILHO, J. D. R. A bacia hidrográfica como unidade de estudo no desenvolvimento de um projeto de educação ambiental em uma escola pública de São Carlos, SP. In: CONGRESSO E FEIRA PARA USUÁRIOS DE GEOPROCESSAMENTO DA AMERICA LATINA-GIS BRASIL'99, 5., Salvador, BA, 1999. Anais.... Curitiba: Ed. Sagres/Fatorgis, 1999. 9 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 10. | | HERAI, R. H.; VIDAL, R. O.; CARAZZOLLE, M. F.; COSTA, G. G. L.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; FRANCHINI, K. G.; PEREIRA, G. G. A. CNBi: the new Brazilian National Consortium for Bioinformatics. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 6., 2010, Ouro Preto. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2010. p. 110. X-meeting 2010.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 11. | | ABREU, T. B.; NUNES, G. H. de S.; DANTAS, M. S. M.; COSTA FILHO, J. H. da; COSTA, G. G.; ARAGAO, F. A. S. de. Fenologia floral, viabilidade do grão de pólen e receptividade do estigma do meloeiro. Proceedings of the Interamerican Society for Tropical Horticulture, v. 52, p. 43-46, 2008.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 4 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria Tropical. |
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| 12. | | PINHEIRO, E. B.; MEDEIROS, A. C.; MOREIRA, M. A. B.; GUERRA, A. G.; NUNES, G. H. de S.; DANTS, D. J.; COSTA FILHO, J. H.; COSTA, G. G. Reação de cultivares de banaeira ao "moleque" da bananeira. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 21., 2010, Natal. Anais... Natal: SBF, 2010. Artigo em anais.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 14. | | COSTA, G. G. S. da; COSTA, E.; CARDOSO, E. D.; BINOTTI, F. F. da S.; ZUFFO, A. M.; JORGE, M. H. A.; ZOZ, T. Substrates to produce Jambolan (Syzygium cumini) seedlings. Australian Journal of Crop Science, v. 12, n. 12, p. 1997-2003, 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças. |
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| 15. | | HERAI, R. H.; COSTA, G. G. D. L.; R. JÚNIOR, O.; VIDAL, R. O.; NASCIMENTO, L. C.; PARIZZI, L. P.; PEREIRA, G. G. A.; CARAZZOLLE, M. F. TORNADO: an automated pipeline for de novo hybrid genome assembly based on free software packages for sanger and next generation sequencing technologies (NGS). In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 6., 2010, Ouro Preto. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2010. p. 119. X-meeting 2010.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 16. | | NASCIMENTO, L. C.; COSTA, G. G. L.; MEYER, L.; BINNECK, E.; RODRIGUES, F.; KULCHESKI, F. R.; MARGIS, R.; KIDO, E. A.; MARCELINO, F. C.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V.; PEREIRA, G. A. G.; CARAZZOLLE, M. F. A brazilian soybean database. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 6., 2010, Ouro Preto. Abstracts book... Ouro Preto: AB3C, 2010. p. 120. X-Meeting 2010.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 17. | | NASCIMENTO, L. C.; COSTA, G. G. L.; VIDAL, R. O.; MEYER, L.; BINNECK, E.; KIDO, E. A.; RODRIGUES, F.; KULCHESKI, F. R.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V.; PEREIRA, G. A. G.; CARAZZOLLE, M. F. Bioinformatics analysis applied to genosoja project. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book ... Rio de Janeiro: AB3C, 2009. p. 22. X-Meeting 2009.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 18. | | LIMA, A. da C.; COSTA, G. G. L.; CARDOSO, K. C.; NICOMEDES JUNIOR, J.; DOMONT, G. B.; CUNHA, M. A.; CAMPOS, F. de A. P.; SILVA, M. J. da. Expressão gênica durante a biossíntese dos ácidos graxos em sementes de R. communis L. E J. curcas L. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MAMONA, 4.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE OLEAGINOSAS ENERGÉTICAS, 1., 2010, João Pessoa. Inclusão social e energia: anais. Campina Grande: Embrapa Algodão, 2010.| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 20. | | NASCIMENTO, L. C.; VIDAL R. O.; MONDEGO, J. M. C.; COSTA, G. G. L.; JUNIOR, O. R.; RODRIGUES, F.; NEPOMUCENO, A. L.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C.; ABDELNOOR, R. V.; PEREIRA, G. A. G.; CARAZZOLLE, M. F. Genotipagem de cultivares brasileiros de soja através da detecção de SNPs. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 6., 2012, Cuiabá. Soja: integração nacional e desenvolvimento sustentável: resumos. Brasília, DF: Embrapa, 2012. p. 15, res. 8.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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