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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Arroz e Feijão. |
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Data corrente: |
26/09/2017 |
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Data da última atualização: |
31/10/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
VALDISSER, P. A. M. R.; PEREIRA, W. J.; ALMEIDA FILHO, J. E.; MÜLLER, B. S. F.; COELHO, G. R. C.; MENEZES, I. P. P. de; VIANNA, J. P. G.; ZUCCHI, M. I.; LANNA, A. C.; COELHO, A. S. G.; OLIVEIRA, J. P. de; MORAES, A. da C.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P. |
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Afiliação: |
PAULA ARIELLE M RIBEIRO VALDISSER, CNPAF; WENDELL J. PEREIRA, UNB; JANEO E. ALMEIDA FILHO, Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro, Rio de Janeiro-; BARBARA S. F. MULLER, UNB; GESIMARIA RIBEIRO COSTA COELHO, CNPAF; IVANDILSON P. P. DE MENEZES, INSTITUTO FEDERAL GOIANO, Urutaí-GO; JOÃO P. G. VIANNA, UNICAMP; MARIA I. ZUCCHI, UNICAMP; ANNA CRISTINA LANNA, CNPAF; ALEXANDRE S. G. COELHO, UFG; JAISON PEREIRA DE OLIVEIRA, CNPAF; ALESSANDRA DA CUNHA MORAES, CNPAF; CLAUDIO BRONDANI, CNPAF; ROSANA PEREIRA VIANELLO, CNPAF. |
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Título: |
In-depth genome characterization of a Brazilian common bean core collection using DArTseq high-density SNP genotyping. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, v. 18, Article 423, 30 mai. 2017. |
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DOI: |
10.1186/s12864-017-3805-4 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Background: Common bean is a legume of social and nutritional importance as a food crop, cultivated worldwide especially in developing countries, accounting for an important source of income for small farmers. The availability of the complete sequences of the two common bean genomes has dramatically accelerated and has enabled new experimental strategies to be applied for genetic research. DArTseq has been widely used as a method of SNP genotyping allowing comprehensive genome coverage with genetic applications in common bean breeding programs. Results: Using this technology, 6286 SNPs (1 SNP/86.5 Kbp) were genotyped in genic (43.3%) and non-genic regions (56. 7%). Genetic subdivision associated to the common bean gene pools (K = 2) and related to grain types (K = 3 and K = 5) were reported. A total of 83% and 91% of all SNPs were polymorphic within the Andean and Mesoamerican gene pools, respectively, and 26% were able to differentiate the gene pools. Genetic diversity analysis revealed an average HE of 0.442 for the whole collection, 0.102 for Andean and 0.168 for Mesoamerican gene pools (FST = 0.747 between gene pools), 0. 440 for the group of cultivars and lines, and 0.448 for the group of landrace accessions (FST = 0.002 between cultivar/line and landrace groups). The SNP effects were predicted with predominance of impact on non-coding regions (77.8%). SNPs under selection were identified within gene pools comparing landrace and cultivar/line germplasm groups (Andean: 18; Mesoamerican: 69) and between the gene pools (59 SNPs), predominantly on chromosomes 1 and 9. The LD extension estimate corrected for population structure and relatedness (r2 SV) was~88 kbp, while for the Andean gene pool was~395 kbp, and for the Mesoamerican was ~ 130 kbp. Conclusions: For common bean, DArTseq provides an efficient and cost-effective strategy of generating SNPs for large-scale genome-wide studies. The DArTseq resulted in an operational panel of 560 polymorphic SNPs in linkage equilibrium, providing high genome coverage. This SNP set could be used in genotyping platforms with many applications, such as population genetics, phylogeny relation between common bean varieties and support to molecular breeding approaches. MenosBackground: Common bean is a legume of social and nutritional importance as a food crop, cultivated worldwide especially in developing countries, accounting for an important source of income for small farmers. The availability of the complete sequences of the two common bean genomes has dramatically accelerated and has enabled new experimental strategies to be applied for genetic research. DArTseq has been widely used as a method of SNP genotyping allowing comprehensive genome coverage with genetic applications in common bean breeding programs. Results: Using this technology, 6286 SNPs (1 SNP/86.5 Kbp) were genotyped in genic (43.3%) and non-genic regions (56. 7%). Genetic subdivision associated to the common bean gene pools (K = 2) and related to grain types (K = 3 and K = 5) were reported. A total of 83% and 91% of all SNPs were polymorphic within the Andean and Mesoamerican gene pools, respectively, and 26% were able to differentiate the gene pools. Genetic diversity analysis revealed an average HE of 0.442 for the whole collection, 0.102 for Andean and 0.168 for Mesoamerican gene pools (FST = 0.747 between gene pools), 0. 440 for the group of cultivars and lines, and 0.448 for the group of landrace accessions (FST = 0.002 between cultivar/line and landrace groups). The SNP effects were predicted with predominance of impact on non-coding regions (77.8%). SNPs under selection were identified within gene pools comparing landrace and cultivar/line germplasm groups (Andean: 1... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Core collection; Diversity analysis; Diversity arrays technology; Loci under selection. |
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Thesagro: |
Feijão; Genética vegetal; Phaseolus vulgaris. |
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Thesaurus Nal: |
Genotyping; Linkage disequilibrium; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
S Ciências Biológicas |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/164318/1/CNPAF-2017-bmc.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Arroz e Feijão (CNPAF) |
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| 21. |  | SOUSA, A. R. de; BASSINELLO, P. Z.; SOARES JÚNIOR, M. S.; COELHO, G. R. C.; CARVALHO, R. N.; VIANELLO, R. P. Avaliação de SNPs associados à descoloração de feijões especiais destinados à exportação e ao consumo interno. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 14., 2020, Santo Antônio de Goiás. Resumos... Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2021. p. 53.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 22. | | COELHO, G. R. C.; VALDISSER, P. A. M. R.; MENEZES, I. P. P. de; BORBA, T. C. de O.; MENDONÇA, J. A.; RODRIGUES, L. A.; BRONDANI, C. Estrutura e diversidade genética de cultivares de arroz do Banco de Germoplasma da Embrapa Arroz e Feijão lançadas entre os anos de 1983-2005. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 4., 2016, Curitiba. Recursos genéticos no Brasil: a base para o desenvolvimento sustentável: anais. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2016. p. 432.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 23. | | ARAÚJO, R. B. de; LANNA, A. C.; COELHO, G. R. C.; PEREIRA, W. J.; VALDISSER, P. A. M. R.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P. Estudo da expressão e validação de genes candidatos induzidos em condições de deficiência hídrica em feijão (Phaseolus vulgaris L.). In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 10., 2016, Santo Antônio de Goiás. Coletânea dos resumos apresentados. Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2016. p. 42. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 311).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 24. | | PRADO, G. S.; PINHEIRO, T. T.; VALDISSER, P. A. M. R.; COELHO, G. R. C.; VIANELLO, R. P.; FARIA, J. C. de. Estabelecimento e validação da edição de genoma via CRISPR/Cas em feijoeiro comum (Phaseolus vulgaris) por knockout de GUS. In: CONGRESSO NACIONAL DE PESQUISA DE FEIJÃO, 13., 2021, Goiânia. Conectividade tecnológica, intensificação sustentável: resumos. Brasília, DF: Embrapa; Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2021. p. 14. Evento online.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 25. | | MOURA, M. da C.; FERREIRA, A. L.; COELHO, G. R. C.; MATOS, L. R. de; PINHEIRO, P. V.; HOFFMANN, L. V.; FARIA, J. C. de. Silenciamento gênico por RNAi em feijoeiro-comum como estratégia para controle da mosca-branca. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 14., 2020, Santo Antônio de Goiás. Resumos... Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2021. p. 18.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 26. | | MOURA, M. da C.; FERREIRA, A. L.; COELHO, G. R. C.; MATOS, L. R. de; PINHEIRO, P. V.; HOFFMANN, L. V.; FARIA, J. C. de. Silenciamento gênico por RNAi em feijoeiro-comum como estratégia para controle da mosca-branca. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 14., 2020, Santo Antônio de Goiás. Resumos... Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2021. p. 18.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 27. | | LANNA, A. C.; COELHO, G. R. C.; MOREIRA, A. S.; TERRA, T. G. R.; BRONDANI, C.; SARAIVA, G. R.; LEMOS, F. da S.; GUIMARÃES, P. H. R.; MORAIS JÚNIOR, O. P.; VIANELLO, R. P. Upland rice: phenotypic diversity for drought tolerance. Scientia Agricola, v. 78, n. 5, e20190338, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 28. | | COELHO, G. R. C.; BRONDANI, C.; HOFFMANN, L. V.; VALDISSER, P. A. M. R.; BORBA, T. C. O.; MENDONÇA, J. A.; RODRIGUES, L. A.; MENEZES, I. P. P. de. Genetic diversity of high performance cultivars of upland and irrigated Brazilian rice. Genetics and Molecular Research, v. 16, n. 3, gmr16039793, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| 33. | | FARIA, B. M. S. de; MENEZES, I. P. P. de; PAPPAS JÚNIOR, G. J.; VALDISSER, P. A. M. R.; COELHO, G. R. C.; BORBA, T. C. de O.; ABREU, A. G. de; BRONDANI, C.; BARROS, E. G. de; VIANELLO, R. P. Análise da diversidade genética e estruturação populacional entre marcadores SSRs e SNPs em germoplasma de feijoeiro comum (Phaseolus vulgaris L.). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 7., 2013, Uberlândia. Variedade melhorada: a força da nossa agricultura: anais. Viçosa, MG: SBMP, 2013. p. 57-60.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 34. | | VALDISSER, P. A. M. R.; PEREIRA, W. J.; ALMEIDA FILHO, J. E.; MÜLLER, B. S. F.; COELHO, G. R. C.; MENEZES, I. P. P. de; VIANNA, J. P. G.; ZUCCHI, M. I.; LANNA, A. C.; COELHO, A. S. G.; OLIVEIRA, J. P. de; MORAES, A. da C.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P. In-depth genome characterization of a Brazilian common bean core collection using DArTseq high-density SNP genotyping. BMC Genomics, v. 18, Article 423, 30 mai. 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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