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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
Data corrente: |
28/01/2013 |
Data da última atualização: |
23/01/2020 |
Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
Autoria: |
NAGAI, L. A. E.; SILVA, F. R.; CINTRA, L. C.; GIACHETTO, P. F.; ZERLOTINI NETO, A. |
Afiliação: |
LUÍS AUGUSTO EIJY NAGAI, Estagiário do CNPTIA; FELIPE RODRIGUES DA SILVA, CNPTIA; LEANDRO CARRIJO CINTRA, CNPTIA; POLIANA FERNANDA GIACHETTO, CNPTIA; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA. |
Título: |
Using Galaxy to facilitate RNA-Seq analysis. |
Ano de publicação: |
2012 |
Fonte/Imprenta: |
In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 8., 2012, Campinas. Abstract book... Ribeirão Preto: AB3C, 2012. |
Páginas: |
Não paginado. |
Idioma: |
Inglês |
Notas: |
X-MEETING 2012. |
Conteúdo: |
In this experiment, two RNA-Seq datasets were analyzed in order to evaluate both, the Galaxy platform and the RNA-Seq analysis suite. We were able to observe that such combination of softwares is really effective on allowing two biologists researchers to perform the whole transcriptome analysis through a intuitive web interface. |
Palavras-Chave: |
Bioinformática; Plataforma Galaxy; Sequenciamento de RNA. |
Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; Computer software; Sequence analysis. |
Categoria do assunto: |
-- |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/75401/1/galaxy.pdf
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Marc: |
LEADER 01163nam a2200253 a 4500 001 1946554 005 2020-01-23 008 2012 bl uuuu u00u1 u #d 100 1 $aNAGAI, L. A. E. 245 $aUsing Galaxy to facilitate RNA-Seq analysis.$h[electronic resource] 260 $aIn: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 8., 2012, Campinas. Abstract book... Ribeirão Preto: AB3C$c2012 300 $aNão paginado. 500 $aX-MEETING 2012. 520 $aIn this experiment, two RNA-Seq datasets were analyzed in order to evaluate both, the Galaxy platform and the RNA-Seq analysis suite. We were able to observe that such combination of softwares is really effective on allowing two biologists researchers to perform the whole transcriptome analysis through a intuitive web interface. 650 $aBioinformatics 650 $aComputer software 650 $aSequence analysis 653 $aBioinformática 653 $aPlataforma Galaxy 653 $aSequenciamento de RNA 700 1 $aSILVA, F. R. 700 1 $aCINTRA, L. C. 700 1 $aGIACHETTO, P. F. 700 1 $aZERLOTINI NETO, A.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
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Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registros recuperados : 41 | |
1. | | CINTRA, L. C. Computational investigations in eukaryotes genome de novo assembly using short reads. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 7.; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE IBEROAMERICAN SOCIETY FOR BIOINFORMATICS, 3., 2011, Florianópolis. Proceedings... Florianópolis: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2011. Não paginado. X-MEETING 2011.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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9. | | CINTRA, L. C.; NAKAI, A. M.; CORREA, J. L. Métodos, procedimentos e técnicas utilizadas na construção de AgroTIC. In: MASSRUHÁ, S. M. F. S.; LEITE, M. A. de A.; LUCHIARI JUNIOR, A.; ROMANI, L. A. S. (Ed.). Tecnologias da informação e comunicação e suas relações com a agricultura. Brasília, DF: Embrapa, 2014. Cap. 15. p. 293-301.Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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10. | | CINTRA, L. C.; NAKAI, A. M.; CORREA, J. L. Methods, procedures and techniques used in constructing AgroICT. In: MASSRUHÁ, S. M. F. S.; LEITE, M. A. de A.; LUCHIARI JUNIOR, A.; ROMANI, L. A. S. (Ed.). Information and communication technologies and their relations with agriculture. Brasília, DF: Embrapa, 2016. ch. 15, p. 287-294.Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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12. | | HONGO, J. A.; CASTRO, G. M. de; CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P. POTION: an end-to-end pipeline for positive Darwinian selection detection in genome-scale data through phylogenetic comparison of protein-coding genes. BMC Genomics, London, v. 16, n. 1, 567, Aug. 2015.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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14. | | FELTRIM, D.; GUPTA, B.; GUNDIMEDA, S.; KIYOTA, E.; DOMINGUES JÚNIOR, A. P.; CINTRA, L. C.; MAZZAFERA, P. Exposure of Eucalyptus to varied temperature and CO2 has a profound effect on the physiology and expression of genes related to cell wall formation and remodeling. Tree Genetics & Genomes v. 18, n. 1, 3, Feb. 2022.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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16. | | ZERLOTINI NETO, A.; NHANI JÚNIOR, A.; VIEIRA, F. D.; CINTRA, L. C.; MUDADU, M. de A.; FALCÃO, P. R. K.; GIACHETTO, P. F. Aplicações da bioinformática na agricultura. In: MASSRUHÁ, S. M. F. S.; LEITE, M. A. de A.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MEIRA, C. A. A.; LUCHIARI JUNIOR, A.; BOLFE, E. L. (Ed.). Agricultura digital: pesquisa, desenvolvimento e inovação nas cadeias produtivas. Brasília, DF: Embrapa, 2020. cap. 10, p. 234-257.Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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17. | | ZERLOTINI NETO, A.; NHANI JÚNIOR, A.; VIEIRA, F. D.; CINTRA, L. C.; MUDADU, M. de A.; FALCÃO, P. R. K.; GIACHETTO, P. F. Applications of bioinformatics in agriculture. In: MASSRUHÁ, S. M. F. S.; LEITE, M. A. de A.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MEIRA, C. A. A.; LUCHIARI JUNIOR, A.; BOLFE, E. L. (ed.). Digital agriculture: research, development and innovation in production chains. Brasília, DF: Embrapa, 2023. cap. 10, p. 179-194.Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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18. | | GUIMARÃES, P. S.; SCHENK, J. C. M.; CINTRA, L. C.; GIACHETTO, P. F.; SILVAROLLA, M. B.; PADILHA, L.; MALUF, M. P. Large-scale prospection of genes on caffeine-free Coffea arabica plants - discovery of novel markers associated with development and secondary metabolism. Plant Gene, v. 27, p. 1-9, Sept. 2021. Article 100314.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Café. |
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19. | | LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; SILVA, N. M. A. da; IANELLA, P.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. Genome Sequencing and de novo assembly of the South American Tiger Catfish (Pseudoplatystoma punctifer). In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s. n.], 2016. Não paginado. PAG 2016. Pôster P0481.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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20. | | LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; SILVA, N. M. A. da; IANELLA, P.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. Genome sequencing and de novo assembly of the South American Tiger Catfish (Pseudoplatystoma punctifer). In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s. n.], 2016. Não paginado. PAG 2016. Pôster P0481.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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